사택 제공이 필요한 회사에서 직원이 회사의 지원금에 자신이 돈을 보태 집을 구했더라도 근로소득세를 면제받을 수 있다는 판결이 나왔다. 한국도로공사는 무연고지에서 근무하는 무주택직원들에게 지원한도액 내인 경우는 직접 임대차계약을 체결해 사택을 제공하고 지원한도액을 초과할 경우 나머지를 직원이 부담해 회사와 직원이 공동으로 임대차계약을 체결해왔다. 도로공사는 단독임차사택의 경우 근로소득세를 납부하지 않았지만 공동임차사택 지원금에는 근로소득세를 원천징수해 납부했다. 2012년 도로공사는 "공동임차사택도 근로소득 부과 대상에서 제외되는 사택 제공에 해당한다"며 2008~2010년 치 근로소득세 환급을 세무서에 신청했으나 세무서는 환급을 거부했다. 대구지법 행정1부(재판장 권순형 부장판사)는 한국도로공사가 서대구세무서를 상대로 낸 근로소득세 경정청구 거부처분 취소소송(2013구합10085)에서 "서대구세무서는 한국도로공사에 부과한 3년 치 사택임차보조금 근로소득세를 돌려줘라"며 원고승소 판결을 했다. 재판부는 판결문에서 "단독임차사택을 제공받은 직원이 부담하지 않는 근로소득세를 단지 공동임차사택을 제공받았다고 근로소득세를 부담하는 것은 조세 형평의 원칙에 어긋난다"고 밝혔다. 재판부는 "임차사택지원제도는 회사의 업무상 어쩔 수 없이 직원들이 무연고지에서 생활을 할 경우 회사의 사택제공이 필수적이라 지원금을 받아 생긴 이득에 근로소득세를 부과하지 않는 것"이라며 "임차사택 제공은 단순히 자기 집을 마련하기 위해 회사에서 직원들에게 저리로 돈을 대여해주는 주택자금 지원제도와는 취지가 달라 임차사택지원금에 근로소득세를 매기는 것은 위법하다"라고 설명했다.

한국도로공사의 고속도로 휴게소 임대사업은 일종의 수익사업이므로 재산세 부과는 정당하다는 첫 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정3부(주심 이인복 대법관)는 지난 26일 한국도로공사가 충북 괴산군과 충주시장 등 7개 지방자치단체를 상대로 낸 재산세 등 부과처분 취소소송 상고심(2011두17165)에서 원고승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 지방세법 제109조3항 1호 등은 '도로법에 의한 도로에 대하여는 재산세를 부과하지 아니하되, 수익사업에 사용되는 경우에는 그러하지 아니하다'고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "도로법에 의한 도로에는 도로 이용증진을 위해 설치한 휴게시설 등 부속물도 포함된다"면서 "원심이 고속국도에 위치한 휴게시설 부지를 도로에 해당한다고 판단한 것은 정당하다"고 밝혔다. 하지만 재판부는 "도로공사는 2009 사업연도에 얻은 임대료 수익 1,100억원의 대부분을 휴게시설 신·증축, 도로 신·증설, 휴게시설 보수·유지 등에 사용했지만, 나머지는 영업이익으로 계상해 결국 주주에게 배당되도록 했다"며 "따라서 휴게소 토지의 임대행위는 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 하는 것으로서, 규모와 횟수 등에 비춰 부동산 임대사업 활동으로 볼 수 있는 정도의 계속성과 반복성이 있으므로, 수익사업에 해당한다고 봐야 한다"고 설명했다. 괴산군 등 7개 지자체는 2009년 9월 "휴게시설은 영리목적을 가진 만큼 세금을 내야 한다"며 도로공사에 총 7천600여만원의 재산세와 지방교육세를 부과하자 도로공사는 소송을 냈다. 1심은 휴게소 토지를 과세 대상으로 판단해 원고패소 판결했지만, 2심은 "휴게소 토지는 도로에 해당하며 도로공사가 휴게소 임대 수익금을 휴게소 신축이나 편의시설 설치 등에 사용하는 만큼 수익사업으로 볼 수 없다"며 원고승소로 판결했다. 한편 대법원은 이날 한국도로공사가 서울 만남의 광장 휴게소를 관할하는 서울 서초구청 등 전국 16개 지방자치단체를 상대로 낸 소송에서도 원고승소 판결한 원심을 모두 파기하고 서울고법과 부산고법 등으로 돌려보냈다.