공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않아 근로소득세를 뗄 수 없다는 판결이 나왔다. 대전고법 행정1부(재판장 이준명 부장판사)는 한국철도공사(코레일·소송대리인 법무법인 동인 김형연, 김종욱 변호사, 보조자 홍기현 세무사, 법무법인 태평양 장성두, 빈은솔 변호사)가 대전세무서를 상대로 제기한 근로소득세경정청구 거부처분취소소송(2022누13617)에서 원고패소한 1심 판결을 취소하고 원고승소 판결했다. 코레일은 2007년 11월부터 소속 임직원이 각자에게 배정된 복지포인트 한도 내에서 사전에 설계된 다양한 복리혜택 중 개인의 선호와 필요에 따라 복지항목 및 수혜수준을 선택해 누릴 수 있도록 하는 선택적 복지제도를 실시했다. 이에 따라 소속 임직원들에게 매년 일정하게 포인트 1점당 1000원에 상응하는 복지포인트를 부여했다. 코레일은 정규직 전환자 및 기간제 근로자, 수습 중인 직원을 포함한 소속 임직원에 대해선 전년도 말일 기준으로 당해 연도 1월 1일에 일률적으로 복지포인트를 배정했고, 신규 입사자나 중도 퇴직자 등 복지포인트 배정사유가 발생, 중단 또는 소멸하는 사유가 발생할 경우 당해 연도 근무기간에 따라 월할 계산방식에 의해 배정했다. 코레일은 소속 직원들에 대한 2015년 귀속 근로소득세를 원천징수하면서 기본항목 포인트는 과세대상 급여에서 제외해 이를 원천징수하지 않았고, 복지포인트에 대해선 과세대상인 근로소득으로 보고 이를 원천징수해 근로소득세로 합계 909억 원을 납부했다. 2019년 8월 대법원 전원합의체는 공무원과 공기업 직원들에게 지급되는 복지포인트는 통상임금에 해당하지 않는다는 판결을 내놨다. 해당 사건에서는 복지포인트가 근로기준법이 정한 임금 및 통상임금에 해당하는지가 쟁점이 됐는데, 대법원은 "여행, 건강관리, 문화생활 등 사용 용도가 제한되고 1년 내 사용하지 않으면 소멸되며, 양도 가능성이 없어 임금이라 보기 적절치 않다"고 밝혔다. 이후 코레일은 2021년 3월 대전세무서에 "코레일 직원들에게 부여한 복지포인트는 소득세법상 과세대상이 되는 근로소득에 해당하지 않는다"고 주장하면서 이미 원천징수해 납부한 근로소득세액 28억여 원에 대한 환급을 구하는 경정청구를 했다. 하지만 대전세무서는 "해당 복지포인트는 과세대상인 근로소득에 해당한다"며 경정청구를 거부했고, 이 처분에 불복한 코레일은 조세심판청구를 했으나 재차 기각되자 소송을 제기했다. 1심은 코레일의 복지포인트가 근로소득에 해당한다고 판단하면서 원고패소 판결했다. 코레일 측은 항소하면서 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 밀접하게 관련된 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 근로소득에 해당하지 않는다는 취지로 주장했다. 재판부는 이 주장을 받아들였다. 재판부는 "코레일의 선택적 복지제도의 도입 경위, 복지포인트의 성격 등을 고려하면 기존에 코레일이 지급하던 각종 복지수당(복리후생적 성격의 급여 등)과는 구분되는 새로운 기업복지에 해당된다는 것을 알 수 있다"며 "사용자의 복지포인트 배정이라는 사실행위로 인해 근로자가 현실적 이익을 얻는 것도 아니고 사용자가 비용을 지출하게 되는 것도 아니어서 복지포인트 배정이 이뤄졌다고 해서 사용자의 근로자에 대한 금품 지급이 이뤄졌다고 평가할 순 없다"고 설명했다. 이어 "복지포인트 제도에선 사용자가 정한 사용 용도와 사용 방법에 따라 근로자가 물품 등을 구매해야만 배정된 포인트가 차감되고 그에 상응하는 돈을 사용자 등으로부터 보전받을 수 있는 구조"라며 "이 같이 채무를 인정하는 행위에 불과한 복지포인트 배정 행위를 사용자의 근로자에 대한 금품의 지급으로 평가하는 것은 아직 지급하지도 않은 금품을 이미 지급된 것처럼 간주하는 것에 다름 아니어서 타당하지 않고, 민사법적으로 보더라도 근거를 찾기 어렵다"고 밝혔다. 그러면서 "대전세무서의 주장대로 복지포인트에 대한 근로소득세 부과가 반드시 필요하다면, 조세법률주의 원칙에 따라 입법을 통해 과세요건을 명확하게 규정해야 할 것"이라며 "코레일 복지포인트의 배정은 근로의 대가에 해당하지 않을 뿐만 아니라, 근로를 전제로 그와 밀접히 관련돼 근로조건의 내용을 이뤄 지급되는 것이라고 볼 수 없어 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다. 코레일 측을 대리한 김형연(57·사법연수원 29기) 법무법인 동인 변호사는 "그동안 복지포인트 제도를 시행하는 기업들은 과세관청 의견에 따라 이를 근로소득에 포함해 해당 원천세를 임직원으로부터 징수해 신고·납부해 오던 위법한 관행에 대해 처음으로 이의 시정을 시도한 판결"이라며 "복지포인트의 근로소득 해당 여부에 대한 논란에 대해 납세자 입장에서 최초로 합법적인 판단을 내렸다는 점에서 의의가 있다"고 말했다. 현재 이 사건은 대전세무서 측이 상고하면서 대법원에서 심리 중이다.

한국철도공사(코레일)가 용산역세권 국제업무지구 개발사업 과정에서 낸 법인세 9000억원 가량을 돌려받게 됐다. 대법원 특별3부(주심 이동원 대법관)는 코레일이 대전세무서를 상대로 낸 법인세 경정 거부처분 취소소송(2016두59188)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 코레일은 2007년부터 2011년까지 5차례에 걸쳐 용산 철도차량기지 부지를 용산역세권개발사업 시행사인 '드림허브프로젝트금융투자'에 8조원을 받고 팔았다. 이 과정에서 법인세 약 8800억원을 부담했다. 그러나 2013년 4월 용산개발사업은 백지화됐고, 토지 매매계약 역시 해제됐다. 이에 코레일은 조세심판원에 납부한 세금을 돌려달라고 청구했으나 기각되자 소송을 냈다. 1,2심은 "토지 거래가 적법하게 해제된 효과는 계약 체결 시점이 속하는 사업연도로 소급해 귀속되어야 한다"며 "계약이 해제됐음이 증명된 이상 소송에 의해 해제 여부가 확정되지 않았다고 하더라도 후발적 경정 사유에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "애초 성립했던 코레일의 납세 의무는 그 전제를 상실해 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 봐야 한다"며 "코레일 측의 경정 청구를 거부한 처분은 위법하다"고 판시해 코레일의 손을 들어줬다. 대법원도 "국세기본법의 입법 취지 등에 비춰 해제권 행사로 계약이 해제됐음이 증명된 이상 관련 소송 판결로 해제 여부가 확정되지 않았다 않더라도 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 원심 판단에 잘못이 없다"며 원심을 그대로 확정했다. 대법원 판결로 코레일은 환급가산금을 포함해 약 9000억원을 돌려받을 것으로 보인다.