회사를 흡수합병 하면서 합병되는 법인이 지점으로 쓰고 있던 임차건물을 제3자로부터 매수하는 경우 등록세를 중과세하는 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별7부(재판장 김대휘 부장판사)는 최근 한국투자증권(주)가 “지점을 그대로 인수했을 뿐 점포수가 늘어난 것도 아니고, 소멸법인이 지점을 설치한지 5년이 지났으므로 등록세를 중과세 할 수 없다”며 서울마포구청장을 상대로 낸 등록세등 부과처분 취소청구소송 항소심(2007누19432)에서 1심판결을 취소하고 원고 패소판결을 내렸다. 지방세법 제138조에 의하면 대도시 안에서의 법인의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기와 지점이 설치된 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대해 등록세를 중과세하도록 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 “영업을 양수하는 법인이 영업양도인이 아닌 다른 제3자로부터 부동산을 양수하는 경우까지 등록세 중과대상에서 제외된다고 한다면 등록세 중과규정의 잠탈우려가 있다”며 “영업을 양수하는 법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 영업양도인으로 하여금 이를 임차해 일시 영업하게 하다가 영업양수와 동시에 부동산을 취득하는 형식을 취하는 등의 잠탈우려가 있으므로 입법취지 등에 비추어 볼 때 지점 인수 후 11개월 가량 지난 후 임차해 쓰던 건물을 매수한 이번 사건도 등록세 중과대상에 해당한다”고 밝혔다. 재판부는 또 “종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지·존속하는 것은 지방세법이 규정하는 대도시 내에서의 지점설치에 해당한다”라고 설명했다. 한국투자증권은 2005년 동원증권을 흡수합병 하면서 동원증권이 지점으로 사용하고 있던 임차건물 등 인적·물적 시설을 그대로 인수해 영업을 계속했다. 이후 영업을 계속해 오다가 11개월 이후 임차건물을 매수했고, 구청이 등록세를 중과세 하자 소송을 내 1심에서 승소했다.