<사진=연합뉴스> 신세계가 세무 당국을 상대로 제기한 850억 원 규모의 법인세 소송에서 최종 패소했다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 11월 2일 신세계가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소소송(2020두56803)에서 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 신세계는 2006년 9월 월마트를 인수한 뒤 사명을 신세계마트로 변경하고 흡수합병했다. 당시 이 합병은 법인세법에 따른 적격 합병으로 합병평가차익 2596억 원에 대한 과세이연(세금 납부를 연기해 주는 제도)이 적용됐다. 이후 신세계는 2011년 대형마트 사업 부분을 분리해 이마트를 신설하고 월마트 인수 관련 충당금 등 2560억 원을 이마트에 승계했다. 이에 서울지방국세청은 2015년 5월부터 11월까지 이마트에 대한 법인세제 통합 조사를 실시한 결과 ‘분할로 인해 합병에 따른 과세이연이 종료됐고, 이마트가 충당금 잔액을 승계받는 방법으로 과세이연을 할 수 없음에도 충당금 잔액을 승계받은 것은 부당하다’고 중부세무서에 통보했다. 이에 따라 중부세무서는 신세계에 2011년 사업연도 법인세 853억여 원을 부과했다. 신세계는 이에 불복해 2016년 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각되자, 소송을 냈다. 1,2심은 과세당국의 손을 들어줬다. 1,2심은 “신세계의 이마트 분할은 법인세법상 합병에 따른 합병평가차익의 과세이연 종료 사유인 ‘사업의 폐지’에 해당한다”며 “충당금 잔액은 분할이 있었던 2011년 사업연도 익금(법인의 순자산을 늘리는 거래에 의해 생긴 수익)에 산입되어야 한다”고 판시했다. 구 법인세법 제44조 제2항 등에 따르면 합병법인이 다음 사업연도 개시일부터 3년 내 승계받은 사업을 폐지하는 경우 손금에 산입한 금액을 폐지한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어 익금에 산입한다. 대법원도 “원심 판단에 처분의 적법 여부 판단에 적용될 법령, 개정 전 법인세법 제44조 제2항에서 정한 ‘사업의 폐지’ 및 개정 전 법인세법 시행령 제80조 제6항에서 정한 ‘처분’, 국세기본법 제18조 제3항에 따른 비과세 관행에 반하는 소급과세금지 등에 관한 법리 오해의 잘못이 없다”며 판결을 확정했다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

'주식의 포괄적 교환'은 기업의 합병과 경제적 실질이 유사해 증여세를 계산할 때는 합병에 관한 규정을 준용해야 한다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 노정희 대법관)는 지난달 29일 A 씨가 과세관청을 상대로 낸 증여세 과세처분 취소소송(2019두19)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 코스닥 상장법인인 B 사는 비상장법인인 C 사 주식을 전부 인수하면서 C 사 주주들에게 B사 주식을 발행해 주기로 하는 '주식의 포괄적 교환' 계약을 체결했다. C사 최대주주 A 씨는 계약에서 정한 기준에 따라 B 사 신주를 배정받았다. 과세관청은 세무조사 후 C 사 주가가 시가보다 과대평가돼 A 씨가 차액 상당을 증여받았다며 A 씨에게 세금을 부과했다. 이에 A씨는 증여세 부과 처분을 취소해달라는 행정소송을 제기했다. 1,2심은 과세관청의 손을 들어줬다. 주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 산정할 때 구 상속세및증여세법(상증세법) 시행령 제31조의9(기타이익의 증여 등)와 구 상증세법 제63조 제1항 제1호(주식의 평가에 관한 일반규정)를 적용한 과세관청의 판단에 문제가 없다고 판단했다. 그러나 대법원은 주식의 포괄적 교환이 사실상의 기업 합병이므로 주식 가액을 계산할 때도 상증세법 시행령의 '합병 규정'을 적용해야 한다는 판단을 내놨다. 재판부는 "주식의 포괄적 교환은 합병과 경제적 실질이 유사하고 이런 점을 고려해 증권거래법 등은 주식의 포괄적 교환의 경우 합병에 관한 규정을 준용하도록 정하고 있다"며 "주식의 포괄적 교환에도 합병처럼 불합리하게 증여세가 부과되는 문제가 생길 수 있어 증여이익 산정 시 구 상증세법 시행령 제28조를 준용할 필요가 있다"고 밝혔다. 대법원 관계자는 "주식의 포괄적 교환에 따른 증여이익을 구체적으로 계산하는 데 적용할 근거법령을 최초로 명시적으로 설시함으로써 향후 과세관청의 과세실무와 하급심 판단의 기준을 제시한 판결"이라고 말했다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

최대주주와 특수관계에 있는 사람이 회사 유상증자 때 최대주주가 인수를 포기한 실권주(失權株)를 추가로 인수했다면 이후 회사가 합병돼 주식이 올랐어도 증여세 과세 대상이 아니라는 첫 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 호제훈 부장판사)는 홍석현 중앙일보 회장(소송대리인 법무법인 세종)이 용산세무서장을 상대로 낸 증여세 경정거부처분 취소소송(2014구합61552)에서 최근 원고승소 판결했다. 중앙일보의 자회사인 비상장법인 ㈜중앙엠앤비는 2009년 11월 60만주를 유상증자했다. 이 회사 주식의 5%를 갖고 있던 홍 회장은 지분율에 따라 3만주를 인수했다. 이후 홍 회장은 이 회사 지분의 95%를 갖고 있던 중앙일보가 인수를 포기한 46만주도 추가로 인수했다. 2011년 이 회사는 상장법인인 ㈜아이에스플러스코프와 합병했다. 홍 회장은 합병된 회사의 주식을 받았는데 용산세무서는 증여세 62억6500여만원을 납부하라고 통보했다. 일단 세금을 낸 홍 회장은 "중앙일보가 인수를 포기해 추가로 인수한 46만주는 상속세 및 증여세법(상증세법)에 따른 과세대상이 아니다"라며 2013년 경정청구를 했지만 받아들여지지 않자 소송을 냈다. 상증세법은 최대주주와 특수관계에 있는 자가 '최대주주 등으로부터 해당 법인의 주식을 증여받거나 유상으로 취득한 경우' 또는 '최대주주 등으로부터 증여받은 재산으로 최대주주 등이 아닌 자로부터 해당 법인의 주식을 취득한 경우' 해당 법인 또는 다른 법인이 특수관계에 있는 상장법인과 합병해 주식가액이 증가한 경우 증여세를 부과할 수 있도록 했다. 또 이 조항을 적용할 때는 법인이 자본을 증가시키기 위해 신주를 발행함으로써 인수하거나 배정받은 신주를 포함한다고 규정했다. 재판부는 "법인이 유상증자를 해 인수·배정받은 신주도 과세대상으로 정한 해당 조항은 신주를 인수하는 모든 경우를 과세요건으로 삼겠다는 것이 아니라, 최대주주 등으로부터 주식을 증여받거나 유상으로 취득한 경우 또는 최대주주 등으로부터 증여받은 재산으로 최대주주 등이 아닌 자로부터 해당 법인의 주식을 취득한 경우 등 두 가지 유형을 기초로 해 법인이 유상·무상 증자를 실시하면서 주주배정 방식으로 배정한 신주를 과세대상으로 하겠다는 것으로 제한적으로 해석해야 한다"며 "홍 회장은 최대주주인 중앙일보가 포기한 신주를 추가로 인수한 것으로 상증세법상 이와 같은 두 가지 유형에 기초해 주식을 취득한 것이 아니므로 세무서의 경정거부 처분은 위법하다"고 밝혔다. 또 "두 가지 유형은 특수관계인과 최대주주 사이에 이익의 나눔이 있음을 추단할만한 거래 사실을 요건으로 하고 있다"며 "이 두 가지 요건과 관련지어 해석하지 않고 유상증자한 신주를 과세대상으로 정한 조항을 독자적인 요건으로 해석하면 상장이 예상되거나 상장법인과 합병이 예상되는 법인으로부터 인수한 신주가 모두 증여세 과세대상에 포함될 여지가 있어 증여세 과세대상이 과도하게 넓어진다"고 설명했다. 증여나 양도로 취득한 주식에 기초한 신주뿐만 아니라 최대주주 등이 청약하지 않아 실권한 신주를 특수관계인이 인수한 경우도 상증세법상 증여세 부과대상이 아니라고 판단한 이번 첫 판결은 선례적 의미를 갖는다는 평가를 받고 있다. 합병에 따른 상장 등으로 생긴 주식의 이익에 대해 증여세를 부과할 수 있도록 규정한 상증세법 제41조의5 1항은 과세요건으로 두 가지를 규정하고 있다. 최대주주 등의 특수관계인이 ①최대주주 등으로부터 해당 법인의 주식 등을 증여받거나 유상으로 취득한 경우 ②최대주주 등으로부터 증여받은 재산으로 최대주주 등이 아닌 자로부터 해당 법인의 주식을 취득한 경우 등이다. 또 같은 조 3항에서는 '1항을 적용할 때 주식 등의 취득에는 법인이 자본을 증가시키기 위하여 신주를 발행함에 따라 인수하거나 배정받은 신주를 포함한다'고 하고 있다. 세무서는 홍 회장이 추가로 인수한 중앙일보의 실권주도 3항에 따라 유상증자를 해 인수·배정받은 신주에 해당하므로 과세대상이 된다고 주장했다. 그러나 재판부는 추가로 인수한 주식이 증여세 대상이 되려면 1항에 따른 두 가지 요건을 먼저 충족해야 한다고 판단했다. 만약 세무서의 주장대로 유상증자를 해 인수·배정받은 신주를 모두 과세대상이 된다고 본다면 실권주 뿐 아니라 특수관계인이 기존에 보유하던 지분비율에 따라 인수한 신주와 특수관계인이 제3자 배정방식으로 인수한 신주 등 무조건 신주를 인수하기만 하면 모두 증여세 과세대상에 포함되는 결과가 돼 부당하다고 재판부는 설명했다. 재판부는 판결문에서 "신주를 모두 과세대상에 포함하는 결과가 나오면 1항이 두 가지 과세요건을 정해 과세대상 범위를 제한하는 것과 균형이 맞지 않다"고 지적했다. 재판부는 또 세무서의 자의적인 법 조항 해석에 따른 세금 부과를 경계했다. 재판부는 "세무서는 이와 같은 부당한 결론을 상증세법 입법취지나 관련 규정의 해석을 통해 제외할 수 있다고 주장하지만 이는 세무서의 해석에 따라 과세범위를 유동적으로 조정하겠다는 취지이므로 받아들일 수 없다"고 판시했다.

국민은행이 자회사인 국민카드를 합병하면서 부과받은 4000억원대의 세금이 취소됐다. 대법원 특별2부(주심 신영철 대법관)는 15일 ㈜국민은행이 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 상고심(2012두4111)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "대손충당금의 설정은 납세자에게 손급산입 여부에 대한 선택권이 부여된 것이기 때문에 국민카드가 대손충당금의 설정 여부를 선택할 수 있다"며 "국민카드가 대손충당금을 설정하지 않은 이상 합병법인인 국민은행은 대손충당금을 설정하지 않은 국민카드의 금전채권을 장부가액으로 승계할 수밖에 없었다"고 밝혔다. 이어 "국민은행이 흡수합병에 따라 국민카드로부터 채권을 장부가액으로 승계했다고 하더라도 이는 합병에 따른 효과일 뿐 비정상적인 거래형식을 택한 것으로 볼 수 없다"며 "국민카드의 회계처리가 기업회계기준에 위배된다고 하더라도 국민은행이 흡수합병함에 따라 취득한 채권의 실질 가치가 달라지는 것도 아니어서, 국민카드가 채권에 관해 대손충당금을 설정하지 않은 상태에서 국민은행이 흡수합병에 따라 장부가액으로 승계한 것이 부당행위계산부인의 대상이 된다거나 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다"고 지적했다. 재판부는 "국민은행의 대손충당금 설정이 소득신고의 오류·탈루로서 과세관청의 경정결정의 대상이 된다거나 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다는 과세당국의 주장은 받아들일 수 없다"고 판결했다. 국민은행은 2003년 9월 자회사인 국민카드를 흡수합병하면서 국민카드가 보유한 채권에 대해 대손충당금을 1조2660억여원을 적립해야 했다. 하지만 국민카드가 대손충당금을 모두 회계장부에 계상하지 않은 상태로 합병이 이뤄졌고, 국민은행은 장부가액대로 채권을 승계했다. 국민은행은 합병 후 2003사업연도에 대한 결산을 하면서 대손충당금 9320억여원을 회계장부에 계상했고 이를 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 중부세무서는 이같은 흡수합병이 채권 승계를 특수관계에 있는 자와 거래해 소득에 대한 조세 부담을 감소시킨 것으로 보고 법인세 4121억원을 부과했다. 1,2심도 "국민은행의 회게처리는 납세자의 선택권이 적용돼 위법하다고 볼 수 없다"고 판결했다.

국민카드 합병과 관련해 부과된 4천억원대의 법인세를 취소해달라며 소송을 낸 국민은행이 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 12일 국민은행이 "국민카드가 적립한 대손충당금을 합병 후 회계처리해 손금으로 인정받은 것은 부당회계가 아니다"라며 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누13417)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 대손충당금이란 외상 매출금이나 대출금 등에서 받지 못할 것으로 예상해 장부상으로 처리하는 추산액을 말한다. 재판부는 판결문에서 "국민카드의 대손충당금 손금불산입은 부적절한 회계관리로 비난받을 여지가 크기는 하지만, 세법상 명시적으로 규정돼 있는 납세자의 선택권을 박탈할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "법인세법 제34조1항은 결산상 대손충당금의 적립여부를 납세자가 선택하도록 규정했다"며 "세법 규정에 저촉되지 않는 이상 납세자가 세무상 유리한 방향으로 세법 규정을 적용해 세무 조정 및 신고를 하는 것은 허용되고, 명시적인 조항이 있는 경우 납세자의 선택은 더욱 존중돼야 한다"고 지적했다. 재판부는 또 "2003년 카드사태로 총체적인 경제위기 문제가 대두되자 정부는 은행들에게 계열 카드사를 재편해 조기정상화를 추진할 것을 요구했다"며 "국민은행은 국민카드의 부실채권을 인수해 카드 사업을 지속했다는 점에서 합병 전 국민카드의 사업에서 발생한 손실에 대해 국민은행이 손금을 인정받는 것을 심히 부당하다고 단정하기도 어렵다"고 설명했다. 국민은행은 지난 2003년 9월 국민카드와의 흡수합병 과정에서 국민카드의 대손충당금 9320억원을 국민은행의 손금으로 회계처리해 법인세 신고를 했다. 이후 세무당국이 '회사 손실을 과장해 조세 부담을 부당하게 감소시켰다'며 법인세 4118억원을 부과하자 2010년 6월 소송을 내 1심에서 승소판결을 받았다.

중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 다른 중소기업을 흡수합병했더라도 여전히 중소기업에 해당한다는 판결이 나왔다. 중소기업법 제2조3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 유예기간으로 하여 중소기업으로 보도록 하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 6일 유명 게임업체 N사의 주주인 박모씨 등 5명이 서울 역삼세무서장 등을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2011구단8065)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않는 중소기업법 시행령 제9조1호는 중소기업이 주체가 돼 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것"이라며 "반대로 이 규정이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에 중소기업으로 보는 기업에게 기존에 부여된 유예기간이 실효되는 근거 규정으로 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 "단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 돼 다른 중소기업을 합병하는 경우까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다"고 설명했다. 법원의 판단에 따라 N사와 같은 중소기업 유예 기간 중 다른 중소기업을 합병한 기업의 주식을 양도한 경우, 양도소득세는 중소기업 주식의 양도에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다. 소득세법 제104조1항은 중소기업의 주식을 양도한 경우 10%의 세율을 적용한 양도소득세를, 중소기업이 아닌 기업의 주식을 양도한 경우 20%의 세율을 적용한 양도소득세를 부과하도록 하고 있다.

법무법인이 받은 기업자문료가 직원의 실수로 거래내역이 불명확한 수입(가수금)으로 처리돼 매출액에서 누락됐더라도 이를 사외유출로 봐 대표변호사의 상여로 의제하는 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 현행 법인세법은 법인이 고의로 매출액을 누락한 경우 이 금액이 사외로 유출된 것으로 보고 있고, 법시행령은 사외유출이 분명한 금액은 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주해 일반적인 경우보다 고율의 소득세를 부과하고 있다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 8일 A법무법인이 서울 역삼세무서장을 상대로 낸 소득금액변동통지취소소송(2011구합10485)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인의 매출액이 장부에 기재되지 않은 경우 특별한 사정이 없는 한 매출누락액이 사외로 유출된 것으로 봐야 하지만, 이 금액이 가수금으로 입금돼 가수금계정에 상정돼 있다면 과세관청이 사외로 유출된 사실을 입증해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "기업자문료 금액이 가수금 계정에 계상돼 있었고 그 내용이 대표자로부터의 차입금 거래를 기장한 것도 아니므로 사외로 유출됐다고 보기 어렵다"고 설명했다. B법무법인은 지난 2006년 H회사로부터 자문료 1억1,000만 원을 지급받았지만 직원의 실수로 이를 장부에 '기타 가수금 입금'으로 처리, 매출액에서 누락시킨 채 법인세를 신고했다. 이후 B법무법인은 국세청으로부터 '과세자료 해명안내'를 받고 부가가치세와 법인세를 수정신고 했다. 하지만 역삼세무서는 누락된 자문료가 법무법인의 대표변호사에게 사외유출된 것으로 간주하고 B법무법인에 대표변호사를 소득자로 한 소득금액변동통지를 했다. 이에 B법무법인이 조세심판을 신청했지만 기각당하자 소송을 냈다. 한편 B법무법인은 지난 2009년 C법무법인과 합병해 A법무법인으로 명칭을 변경했다.

기업의 주요업종이 변경된 후 3년이 지났더라도 정상적 매출발생기간이 3년 미만이라면 증여세 과세의 기준이 되는 비상장주식의 가치를 최근 3년간 순손익액의 가중평균액으로 산정해서는 안 된다는 법원판결이 나왔다. 업종의 변화가 있은 후 단기간에 높은 소득이 발생했더라도 이는 정상적인 매출이라고 보기 어려워 감정 등의 방법에 의해 주식가치를 평가해 증여세를 부과하는 것이 합리적이라는 이유에서다. 서울고법 행정1부(재판장 김창석 부장판사)는 최근 친·인척 등으로부터 A사의 비상장주식을 저가로 인수 또는 증여받은 후 거액의 증여세부과처분을 받은 B씨 등 4명이 성남세무서장 등을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송 항소심(2010누20951)에서 "과세관청의 증여세부과가 적법하다"는 1심을 깨고 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "구 상속세법 및 증여세법시행령 제54조와 제56조는 비상장주식 증여시 증여세 과세산정의 기준인 비상장주식 1주당 가액을 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 '순손익가치환원율'로 나눈 금액으로 계산토록 하면서 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'은 원칙적으로 각 연도별 순손익액을 중심으로 일정산식에 의해 계산토록 하고 있지만 '주요업종에 있어서 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우' 등 재정경제부령(동법 시행규칙)이 정하는 예외적인 경우에는 회계법인 등의 감정평가액을 기준으로 산정토록 하고 있다"며 "'주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'를 '법인설립 후의 전 사업기간 중 매출발생기간이 3년 미만인 경우'로 해석한다고 하더라도 동법 시행규칙이 '평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병·분할·증자 또는 감자를 했거나 주요 업종이 바뀐 경우'까지도 원칙적 계산방법에 의해 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 평가하는 것이 불합리한 예외적인 경우로 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 '주요 업종이 바뀐 경우 그 후의 사업기간 중 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우'도 '주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'에 포함된다고 해석해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "A사는 금융업을 주된 사업목적으로 운영하다 지난 1999년5월 주택건설업 등으로 주된 사업목적을 변경했고, 사업목적이 변경되기 전인 1998년도 매출액은 2,400여만원이었으나 사업목적이 변경된 후인 1999년~2001년도까지는 매출액이 전혀 없다가 2002년과 2003년도에 매출액이 각 5,100만원, 5억2,300백만원인 사실을 인정할 수 있는데 이는 이 사건 주식거래일(저가인수·증여일)인 2004년10월을 기준으로 주요업종에 있어서 매출발생기간이 3년 미만인 경우에 해당한다 할 것이므로 이 사건 주식 1주당 최근 3년간의 순손익액을 구 시행령 제56조1항1호의 산식에 따라 산정해 부과한 것은 위법하다"고 판단했다. 서울지방국세청은 2008년10월 A사에 대한 주식이동 조사결과 B씨 등이 친·인척 등으로부터 A사 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 인수한 것을 발견하고 증여의제규정을 적용, 주식 1주당 평가액을 1만4,495원으로 산정한 과세자료를 성남세무서장 등에게 통보했고, 이에따라 B씨 등 4명에게 모두 7억1,600여만원의 증여세부과처분이 내려졌다. B씨 등은 "2003년 매출액이 급증한 것은 주택건설추진을 위해 구입했던 토지일부가 도로부지로 편입돼 이를 모두 매각하면서 얻은 양도차익 때문으로 이는 비정상적으로 순손익액이 증가한 때에 해당한다"며 소송을 냈다. 하지만, 1심은 "증여세부과가 적법하다"며 원고패소 판결했다(2010구합1569). 성남세무서장 등은 항소심 판결에 불복, 대법원에 상고했다.