국민카드 합병과 관련해 부과된 4천억원대의 법인세를 취소해달라며 소송을 낸 국민은행이 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 12일 국민은행이 "국민카드가 적립한 대손충당금을 합병 후 회계처리해 손금으로 인정받은 것은 부당회계가 아니다"라며 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누13417)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 대손충당금이란 외상 매출금이나 대출금 등에서 받지 못할 것으로 예상해 장부상으로 처리하는 추산액을 말한다. 재판부는 판결문에서 "국민카드의 대손충당금 손금불산입은 부적절한 회계관리로 비난받을 여지가 크기는 하지만, 세법상 명시적으로 규정돼 있는 납세자의 선택권을 박탈할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "법인세법 제34조1항은 결산상 대손충당금의 적립여부를 납세자가 선택하도록 규정했다"며 "세법 규정에 저촉되지 않는 이상 납세자가 세무상 유리한 방향으로 세법 규정을 적용해 세무 조정 및 신고를 하는 것은 허용되고, 명시적인 조항이 있는 경우 납세자의 선택은 더욱 존중돼야 한다"고 지적했다. 재판부는 또 "2003년 카드사태로 총체적인 경제위기 문제가 대두되자 정부는 은행들에게 계열 카드사를 재편해 조기정상화를 추진할 것을 요구했다"며 "국민은행은 국민카드의 부실채권을 인수해 카드 사업을 지속했다는 점에서 합병 전 국민카드의 사업에서 발생한 손실에 대해 국민은행이 손금을 인정받는 것을 심히 부당하다고 단정하기도 어렵다"고 설명했다. 국민은행은 지난 2003년 9월 국민카드와의 흡수합병 과정에서 국민카드의 대손충당금 9320억원을 국민은행의 손금으로 회계처리해 법인세 신고를 했다. 이후 세무당국이 '회사 손실을 과장해 조세 부담을 부당하게 감소시켰다'며 법인세 4118억원을 부과하자 2010년 6월 소송을 내 1심에서 승소판결을 받았다.

중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 다른 중소기업을 흡수합병했더라도 여전히 중소기업에 해당한다는 판결이 나왔다. 중소기업법 제2조3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 유예기간으로 하여 중소기업으로 보도록 하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 6일 유명 게임업체 N사의 주주인 박모씨 등 5명이 서울 역삼세무서장 등을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2011구단8065)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않는 중소기업법 시행령 제9조1호는 중소기업이 주체가 돼 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것"이라며 "반대로 이 규정이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에 중소기업으로 보는 기업에게 기존에 부여된 유예기간이 실효되는 근거 규정으로 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 "단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 돼 다른 중소기업을 합병하는 경우까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다"고 설명했다. 법원의 판단에 따라 N사와 같은 중소기업 유예 기간 중 다른 중소기업을 합병한 기업의 주식을 양도한 경우, 양도소득세는 중소기업 주식의 양도에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다. 소득세법 제104조1항은 중소기업의 주식을 양도한 경우 10%의 세율을 적용한 양도소득세를, 중소기업이 아닌 기업의 주식을 양도한 경우 20%의 세율을 적용한 양도소득세를 부과하도록 하고 있다.

회사를 흡수합병 하면서 합병되는 법인이 지점으로 쓰고 있던 임차건물을 제3자로부터 매수하는 경우 등록세를 중과세하는 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별7부(재판장 김대휘 부장판사)는 최근 한국투자증권(주)가 “지점을 그대로 인수했을 뿐 점포수가 늘어난 것도 아니고, 소멸법인이 지점을 설치한지 5년이 지났으므로 등록세를 중과세 할 수 없다”며 서울마포구청장을 상대로 낸 등록세등 부과처분 취소청구소송 항소심(2007누19432)에서 1심판결을 취소하고 원고 패소판결을 내렸다. 지방세법 제138조에 의하면 대도시 안에서의 법인의 지점 또는 분사무소의 설치에 따른 부동산 등기와 지점이 설치된 이후 5년 이내에 취득하는 일체의 부동산 등기에 대해 등록세를 중과세하도록 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 “영업을 양수하는 법인이 영업양도인이 아닌 다른 제3자로부터 부동산을 양수하는 경우까지 등록세 중과대상에서 제외된다고 한다면 등록세 중과규정의 잠탈우려가 있다”며 “영업을 양수하는 법인이 실질적으로 사업장을 설치하고 부동산을 취득하면서도 일단 다른 제3자로 하여금 부동산을 취득하게 하고 영업양도인으로 하여금 이를 임차해 일시 영업하게 하다가 영업양수와 동시에 부동산을 취득하는 형식을 취하는 등의 잠탈우려가 있으므로 입법취지 등에 비추어 볼 때 지점 인수 후 11개월 가량 지난 후 임차해 쓰던 건물을 매수한 이번 사건도 등록세 중과대상에 해당한다”고 밝혔다. 재판부는 또 “종전의 회사를 흡수합병하면서 그 지점을 소속만 합병회사의 지점으로 바꾸어 유지·존속하는 것은 지방세법이 규정하는 대도시 내에서의 지점설치에 해당한다”라고 설명했다. 한국투자증권은 2005년 동원증권을 흡수합병 하면서 동원증권이 지점으로 사용하고 있던 임차건물 등 인적·물적 시설을 그대로 인수해 영업을 계속했다. 이후 영업을 계속해 오다가 11개월 이후 임차건물을 매수했고, 구청이 등록세를 중과세 하자 소송을 내 1심에서 승소했다.