<사진=pixabay, 법률신문DB> 외형상 주택이라고 해도 임차인이 모두 퇴거해 사용 가능성이 없었고 이미 건축물 해체를 신청해 철거를 앞두고 있었다면 종합부동산세를 부과할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 2023년 11월 10일 주택개발업체 A 사가 영등포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분 취소소송(2022구합87160)에서 "영등포세무서장이 2021년 11월 A 사에 내린 2021년도 귀속 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원의 부과 처분을 각 취소한다"며 원고승소 판결했다. A 사는 2020년 12월 소유하던 서울 용산구 소재 건물을 해체하기로 하고, 용산구청에 건물 해체허가신청서를 제출했다. 용산구청은 2021년 8월이 돼서야 건축물 해체 허가서를 발급했다. 이후 영등포세무서는 A 사가 과세기준일인 '2021년 6월 1일'을 기준으로 3주택 이상을 소유했다는 이유로 2021년 11월 종부세 6억2700여만 원과 농어촌특별세 1억2500여만 원을 부과했다. A 사는 국세심사위원회 이의신청과 조세심판원 심판청구가 모두 기각되자 소송을 냈다. A 사는 "이 사건 건물이 외형상 주택이라고 해도 과세기준일 당시 기존 임차인이 모두 퇴거했고 단전·단수돼 오직 철거를 앞두고 있어 사실상 주택 기능을 상실해 주택으로 볼 수 없다"며 "종부세 과세기준일 이전에 건물 해체신청을 했음에도 용산구청의 처리 지연으로 철거를 못 한 것일 뿐, 그 책임을 우리가 부담하는 것은 부당하다"고 주장했다. 재판부는 "실제로 철거할 예정으로 취득한 주택의 경우, 부의 편중현상을 완화해 경제적 효율성을 높이고 투기적 목적의 주택 소유를 억제한다는 종합부동산세의 입법 목적과는 그다지 관계가 없다"며 "고액의 부동산 보유자에 대해 과세를 해 부동산 가격 안정 등의 적극적인 목적을 추구한다는 종부세의 유도적·형성적 기능과도 거리가 멀다"고 밝혔다. 이어 "2022년 2월 종합부동산세법 시행령 개정으로 '그 취득일부터 3년 내에 멸실시키는 주택'이 종부세 합산배제 대상에 추가돼 합산배제 대상이 확장됐는데, 그 취지는 '주택 공급을 촉진하기 위해 종부세 과세표준 합산 대상에서 제외되는 주택의 범위에 공공주택사업자, 주택조합, 주택건설사업자 등이 주택건설 사업을 위해 멸실시킬 목적으로 취득해 3년 이내에 멸실시키는 주택'을 추가한 것"이라고 설명했다. 그러면서 "실제로 A 사는 건물을 양도받은 직후 곧바로 건축물 해체허가 신청을 했는데, 용산구청의 심의를 여러 차례 거치고 재차 신청서를 제출하는 과정을 거쳐 그 허가가 2021년 8월에야 있었다"며 "그 과정에서 건물이 사용되거나 사용될 가능성이 있었다는 사정은 보이지 않는 바, 건물의 외관이 존재하고 있었다는 것만으로 해당 건물이 주택으로 이용되고 있었다고 볼 수 없다. 해당 건물은 종부세 과세 대상에 포함되지 않는다고 봄이 타당하다"고 판시했다.

한국필립모리스가 2015년 1월 담뱃값 인상을 앞두고 담배 재고를 축적했다가 실제 담뱃값이 오르자 이를 반출·판매해 부당이득을 취했다는 이유로 수백억 원의 세금을 부과받아 처분 취소 소송을 내 1,2심에서 승소했지만, 대법원이 파기환송했다. 필립모리스 측은 고액의 세금을 물게 될 처지에 놓였다. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관)는 13일 필립모리스가 이천·금정세무서(소송대리인 법무법인 동인 임수정, 최영헌 변호사, 법무법인 바른 이수경, 최주영, 김지은 변호사)를 상대로 낸 개별소비세 부과 처분 취소 청구 소송(2020두51341)에서 세무당국이 필립모리스에 부과한 개별소비세 및 가산세 처분을 취소한 원심을 파기하고 사건을 수원고법으로 돌려보냈다. 당초 담배는 개별소비세 과세 대상이 아니었는데, 2014년 12월 개별소비세법이 개정되면서 1갑(20개비)당 개별소비세가 594원을 부과하는 근거 규정이 마련됐다. 또 지방세법 개정에 따라 담배 소비세율을 20개비당 1007원으로 인상됐다. 이에 필립모리스는 2015년 1월부터 담뱃값이 2500원에서 4500원으로 인상된다는 결정이 나오자, 2014년 9월부터 12월까지 전산시스템 관리 코드를 변경해 담배를 허위로 반출하거나 임시창고를 이용한 가장 반출로 1억9100만여 갑을 축적하고 개정 전 세법에 따른 담배소비세만 납부했다. 담뱃세는 공장에서 제조된 담배가 보세창고로 옮길 때가 아닌 보세창고에서 도매상으로 넘길 때 부과되는데, 국세청은 필립모리스가 담뱃값 인상과 함께 부과되는 개별소비세를 피하기 위해 미리 창고 등에 축적한 담배를 담뱃값이 오른 후 판매했다고 판단해 고의적 조세 포탈 행위를 했다고 보고 약 997억 원의 세금을 부과했다. 필립모리스는 국세청의 결정에 불복했지만, 조세심판원이 청구를 기각하자 불복해 소송을 냈다. 1,2심은 국세청이 문제 삼은 담배는 이미 개별소비세가 붙기 전인 2014년에 반출이 이뤄졌다는 필립모리스 측의 주장을 받아들였다. 하지만 대법원의 판단은 달랐다. 재판부는 필립모리스가 마련한 임시창고는 담뱃값의 인상 차액을 얻으려 담뱃값이 인상되기 전에 제조공장에서 담배를 반출하기 위해 일시적인 방편으로 마련된 장소에 불과하다고 판단했다. 재판부는 "제조장에서 일시적인 방편으로 마련된 장소로 담배를 옮긴 것에 불과하다면, 이를 제조장에서 반출한 것으로 볼 수 없다"며 "제조공장에서 임시창고로 옮긴 때가 아니라, 이 사건 임시창고에서 각 물류센터로 옮긴 때 비로소 제조장에서 반출한 것으로 봐야 하므로 2015년 1월1일 이후에 임시창고에서 물류센터로 옮겨진 담배에 대해서는 개별소비세를 부과할 수 있다"고 판시했다.

대주주가 기업에 맡긴 기금은 회사의 순자산을 늘린 수익으로 볼 수 없어 법인세 부과 대상에 포함할 수 없다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 5월 11일 티브로드를 흡수합병한 SK브로드밴드(소송대리인 법무법인 광장 김동하, 김성환, 박재만 변호사)가 동수원세무서장과 서울지방국세청장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 등 취소소송(2022구합59578)에서 원고승소 판결했다. 태광그룹 계열사였던 티브로드는 2017년 이호진 전 태광그룹 회장과 중소 방송채널사용사업자(PP) 운영 및 지원을 위한 공동 협력 양해각서'를 체결하고 기금 100억 원을 기부받았다. 티브로드는 2017년 9월부터 2019년 7월까지 총 6회에 걸쳐 100억 원 중 38억여 원을 21개 중소 PP에게 지원했다. 이후 2019년 12월 티브로드와 이 전 회장은 양해각서를 합의해지했고, 해지한 날 티브로드는 이 전 회장에게 이미 지급된 금액을 뺀 미사용 정산금 61억 7900만 원을 반환했다. 2020년 서울지방국세청은 티브로드에 대한 법인세 통합 세무조사를 실시해 기부금 100억 원과 그 이자수입을 티브로드의 익금(법인의 순자산을 증가시킨 거래에 의해 생긴 수익)으로 산입해야 한다고 판단했고, 이를 합병 뒤 법인인 SK브로드밴드에 과세하겠다고 통지했다. 이에 SK브로드밴드는 국세청에 과세전적부심사를 청구했으나 대부분 받아들여지지 않았다. 서울지방국세청은 61억여 원을 SK브로드밴드 2020년 귀속 소득금액으로 변동 통지했고, 동수원세무서는 2017년 사업연도 법인세를 25억 5000여만 원으로 경정·고지했다. 이에 불복한 SK브로드밴드는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 SK브로드밴드 측의 의견을 받아들여 기금과 이자수입을 티브로드의 익금으로 산입할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "티브로드는 양해각서에서 정한 목적에 따라 기금을 관리·집행할 수 있었을 뿐이고, 자기를 위한 용도로는 사용할 수 없었다"며 "해당 기금은 티브로드의 고유재산과 분리돼 별도로 집행·관리됐고 티브로드의 자산으로 회계 처리되지도 않았으며, SK브로드밴드와 합병을 진행할 때에도 티브로드는 기금을 자산이 아닌 것으로 봐 회사가치의 평가에도 반영하지 않았다"고 밝혔다. 이어 "티브로드는 경제적인 측면에서 기금을 선량한 주의의무로 집행·관리하며 수탁사무를 처리한 자에 해당할 뿐, 사용·수익 내지 처분의 측면에서 현실로 기금을 지배·관리했다고 인정되지 않는다"며 "양해각서에서 정한 바에 따라 중소PP 등을 위해 지출됐고, 이와 무관한 용도로 사용됐다고 볼 만한 사정도 없다. 남은 정산금도 합의해지에 따라 이 전 회장에게 반환됐다"고 설명했다. 그러면서 "기금의 객관적 지출 형태나 반환 경위를 보더라도 SK브로드밴드의 순자산을 증가시킨 것으로서 SK브로드밴드에 실질적으로 귀속된 것이었다고 보기는 어렵다"고 판시했다.

삼양식품 등에 라면박스와 스프를 공급하는 자회사들이 허위 세금계산서를 작성했다는 이유로 법인세 부과 처분을 받았으나, 법원에선 일부 세금계산서에 대해 허위가 아니라고 판단했다. 서울고법 행정1-1부(심준보·김종호·이승한 부장판사)는 4일 삼양식품과 삼양내츄럴스, 삼양프루웰, 알이알이 성북세무서장, 원주세무서장을 상대로 제기한 부가가치세 부과처분 등 취소소송(2021누33601)에서 원고일부승소 판결했다. 삼양내츄럴스와 삼양프루웰, 알이알은 삼양식품 라면박스 등을 공급하는 삼양의 자회사다. 재판부는 알이알 등이 내부거래 세금계산서의 발급·수취 주체라고 볼 수 없다는 내츄럴스와 프루웰 측의 주장을 받아들였다. 재판부는 "구 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급이 있기는 했으나 세금계산서에 기재한 '공급하는 자' 또는 '공급받는 자'가 실제 거래의 당사자와 다른 경우 그 세금계산서상의 '공급하는 자'나 '공급받는 자'를 수범자로 규정한다고 볼 수 없다"며 "자회사들이 실제 자신이 공급하거나 공급받는 재화에 대해 각 자회사 명의를 이용해 세금계산서를 발급·수취했을 뿐, 이를 두고 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급·수취했다고 볼 수 없어 구 부가가치세법상 가공 세금계산서에 해당하지 않는다"고 판단했다. 내츄럴스의 2011~2012사업연도와 프루웰의 2008~2012사업연도 각 법인세 등에 대한 부과제척기간 경과 주장에 대해 재판부는 "일반과소신고가산세, 부당과소신고가산세, 납부불성실가산세는 구 국세기본법(2014.12.23 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호의2 나목 소정의 구법인세법 제76조 제9항 제4호에 따른 가산세에는 해당하지 않으므로, 이에 대해선 10년의 장기부과제척기간을 적용할 수 없어 이들 가산세 부과처분은 모두 5년의 제척기간이 지난 후에 한 것이므로 당연무효"라고 했다. 다만 "증액경정처분은 당초 처분과 증액하는 부분을 포함해 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이어서, 당초 처분은 독립한 존재가치를 상실하고 오직 증액경정처분만 쟁송의 대상에 해당한다"며 "납세의무자로서는 증액한 부분만 아니라, 당초 처분에서 확정한 과세표준과 세액에 대해서도 위법 여부를 다툴 수 있는 것이지만, 제척기간 도과 전에 있었던 당초 처분은 유효한 것이므로 당초 처분에 의해 이미 확정했던 부분에 대해 다시 위법 여부를 다툴 수 없다"고 밝혔다. 앞서 서울지방국세청은 2018년 10월부터 2019년 2월까지 삼양식품과 내츄럴스, 프루웰, 알이알에 대한 법인제세통합조사를 실시했다. 그 결과 △삼양식품이 2011년~2017년 내츄럴스로부터 388억여 원 상당의 라면스프 원료를 공급받았음에도 페이퍼컴퍼니 명의로 발급된 세금계산서를 수수했고, 프루웰로부터는 115억여 원 상당의 포장박스를 공급받았음에도 알이알 명의로 발급된 세금계산서를 수수했으며 △내츄럴스와 프루웰이 그 전 거래 단계에서 다른 거래처로부터 라면스프와 포장박스를 공급받았음에도 알이알 등으로부터 받은 것처럼 세금계산서를 꾸며 수수한 것으로 조사됐다. 이러한 세금계산서를 확인한 서울지방국세청은 관련 과세자료를 관할세무서인 성북세무서와 원주세무서에 통보했다. 성북세무서는 삼양식품이 내츄럴스 등으로부터 수취한 세금계산서 관련 매입세액을 공제하지 않기로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 합계 47억여 원을 증액경정·고지했다. 원주세무서는 알이알 등의 매출로 신고된 부분에 관한 납세의무를 실제 사업자인 내츄럴스, 프루웰이 부담해야 한다는 전제로 해당 세금계산서와 관련된 매출세액을 내츄럴스와 프루웰의 매출세액에 가산하는 등으로 하고 그에 따른 부가가치세 본세와 일반과소신고가산세, 납부불성실가산세 등 내츄럴스에게는 26억여 원을, 프루웰에는 5억여 원을, 각 증액경정·고지했다. 알이알에 대해선 2억4000여만 원을 고지했다. 이에 불복한 삼양식품 등은 2019년 4월 심판청구를 제기했고, 그 결정이 있기 전인 같은해 5월 소송을 제기했다. 조세심판원은 2020년 6월 이들의 심판청구를 모두 기각했다. 1심은 내츄럴스와 프루웰의 부과제척기간 관련 주장은 받아들이지 않았지만, 세금계산서미발급가산세 관련 주장 등 일부를 받아들여 원고일부승소 판결했다.

[대법원 판결] 같은 날 여러 개의 공익법인 등에 출연된 주식이라더라도 출연의 시간적 선후관계가 있다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정해 증여세 과세가액 불산입 한도 내의 주식을 계산해야 한다는 대법원 판결. 대법원 특별1부(주심 김선수 대법관), 2019두56418(2023년 2월 23일 판결) [판결 결과] 밀알미술관과 남서울은혜교회가 삼성세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분소송에서 원고패소 판결한 원심 가운데 밀알미술관에 대한 부분을 파기하고 이부분 사건을 서울고법으로 환송. [쟁점] 같은 날 이루어진 다수의 공익법인등에 대한 주식 출연에 시간적 선후관계가 있는 경우의 증여재산가액 산정 방법 [사실관계와 1,2심] 오뚜기 창업주인 고(故) 함태호 명예회장은 2015년 밀알복지재단과 원고인 밀알미술관, 남서울은혜교회에 오뚜기 주식 총 3만주를 출연했다. 밀알미술관 등은 2016년 증여 주식 중 2만8000주가 구 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 단서에서 정한 '공익법인 등이 내국법인의 주식을 출연받은 경우로서 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 100분의 5를 초과하는 경우'에 해당한다고 보고 2016년 2월 이에 대한 증여세를 신고했다. 세무당국은 이들에게 증여세를 결정·고지했는데, 이후 밀알복지재단이 구 상증세법 제16조 제2항에서 정한 일정한 요건을 갖춘 공익법인등(성실공익법인등)에 해당한다는 사실이 밝혀지자 밀알복지재단에 대한 증여세 부과처분을 직권으로 취소하면서 밀알미술관에 대해 '당초 과세가액 불산입 한도 내에 있다고 보아 과세표준에서 제외하였던 주식 2000주에 대해 추가로 증여세를 부과하겠다'고 통지했다. 밀알미술관은 2018년 9월 과세당국에 통지에 대해 과세전적부심사를 청구했고 과세당국은 그해 11월 '증여세 과세가액 불산입 대상 주식 2000주를 밀알미술관 등이 출연받은 주식의 비율에 따라 안분해 과세표준과 세액을 산정해야 한다'며 밀알미술관의 청구를 일부 받아들였다. 이에 과세당국은 그해 12월 남서울은혜교회에 대한 증여세를 일부 감액경정하고, 밀알미술관에 대한 증여세를 증액경정 결정했다. 1심은 원고승소 판결했지만 2심은 원고패소 판결했다. [대법원 판단(요지)] "구 상증세법 제48조 제1항 제1호 등 관련 법령의 내용과 규정 체계 등에 비춰보면 다수의 공익법인등이 같은 날 동일한 주식을 출연받았더라도 그 출연이 시간적으로 선후관계에 있는 경우에는 해당 출연으로 구 상증세법 제48조 제1항에 따른 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는 부분이 있는지 여부는 특별한 사정이 없는 한 각 출연 시점을 기준으로 관련 법령에서 정한 주식을 합해 개별적으로 판단해야 한다. 다수의 공익법인등이 같은 날 출연받은 주식을 모두 동시에 출연된 것으로 의제하는 것은 허용될 수 없다. 구 상증세법 제48조 제1항 제1호 및 구 상증세법 시행령 제37조 제7항 제2호, 제3호는 공익법인등이 출연받은 주식이 증여세 과세가액 불산입 한도를 초과하는지 여부를 판단할 때 '출연 당시'를 기준으로 관련 법령에서 정하는 일정한 주식을 합산하도록 정하고 있어 같은 날 다수의 공익법인등에 출연된 주식이라 하더라도 그 출연의 시간적 선후관계가 확인된다면 각 출연 시점을 기준으로 합산 대상 주식을 확정하는 것이 타당하다. 출연자는 다수의 공익법인등에 주식을 출연하는 경우 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 각 공익법인등에 대한 주식의 출연 시기와 순서를 자유롭게 정할 수 있는데, 출연자가 증여세 과세가액 불산입 한도 등을 고려해 주식을 순차로 출연했음에도 출연이 같은 날 이뤄졌다는 이유만으로 출연자의 의사를 무시한 채 각 주식이 동시에 출연된 것으로 의제해야 할 합리적인 이유를 찾기 어렵다."

영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

[대법원 판결] 국외투자기구도 '국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인'에 해당하면 구 법인세법 제98조의6 제4항에 따라 조세조약상의 제한세율을 적용받기 위한 경정청구를 할 수 있다는 대법원 첫 판결. 대법원 특별1부(주심 오경미 대법관), 2020두47397(2022년 10월 27일 판결) [판결 결과] A 사가 서울종로세무서를 상대로 제기한 제한세율 적용을 위한 경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 각하 판결한 원심을 파기하고 서울고법으로 환송. [쟁점] 국외투자기구에 투자한 개별투자자들이 아닌 외국법인인 국외투자기구가 이 사건 규정에 따른 경정청구권자에 해당할 수 있는지 여부 [사실관계와 1,2심] A 사의 수탁은행인 국내 모 은행은 외국법인이자 국외투자기구인 A 사에 국내 보유 주식에 대한 배당소득을 지급하면서 2016년 12월 개정되기 전의 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에서 정한 일반세율(20%)에 따른 법인세를 원천징수해 과세관청인 종로세무서에 납부했다. A 사는 종로세무서에 "국내법상 일반세율이 아닌 한미조세조약상 제한세율(15%)이 적용돼야 한다"고 주장하며 구 법인세법 제98조의6 제4항에 따라 수탁은행이 납부한 원천징수분 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 했다. 종로세무서가 경정청구를 거부하자, A 사는 경정거부처분의 취소를 구하는 소송을 냈다. 1,2심은 "국외투자기구는 구 법인세법 제98조의6 제4항에서 정한 실질귀속자에 해당할 수 없다는 전제에서 원고에게는 경정청구권이 인정되지 않는다"며 각하했다. [참고 조항] 구 법인세법 제98조의6은 제1항에서 '국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인이 조세조약에 따른 제한세율을 적용받으려는 경우에는 제한세율적용신청서를 원천징수의무자에게 제출해야 한다'고 규정하고, 제4항에서 '제한세율을 적용받지 못한 실질귀속자가 제한세율을 적용받으려는 경우에는 실질귀속자 또는 원천징수의무자가 납세지 관할세무서장에게 경정을 청구할 수 있다'고 규정하고 있다. [대법원 판단 요지] "국외투자기구도 '국내원천소득을 실질적으로 귀속받는 외국법인'에 해당하면 해당 규정에 따라 조세조약상의 제한세율을 적용받기 위한 경정청구를 할 수 있다. 국외투자기구의 경우에도 설립된 국가의 법에 따라 법인격이 부여되거나 구성원과 독립해 직접 권리·의무의 주체가 되는 경우에는 법인세법상 외국법인에 해당할 수 있고, 국내원천소득과 관련하여 법적 또는 경제적 위험을 부담하고 그 소득을 처분할 수 있는 권리를 가지는 등 소득에 대한 소유권을 실질적으로 보유하는 경우에는 해당 국내원천소득이 외국법인인 국외투자기구에게 실질적으로 귀속된다고 볼 수 있다.구 법인세법 제98조의6 제2항, 제3항에서 국외투자기구와 실질귀속자를 구별하고 있다고 하더라도 이는 국외투자기구가 아닌 개별투자자들이 제한세율을 적용받기 위한 절차를 정한 규정일 뿐이며 위 규정을 근거로 국외투자기구에게 경정청구권이 인정되지 않는다고 볼 수 없다." [대법원 관계자] "국외투자기구가 조세조약상 제한세율의 적용대상이 될 뿐만 아니라(종래 판결 취지), 나아가 구 법인세법 제98조의6 제4항에 따라 제한세율을 적용받도록 경정청구권을 행사할 수 있는 실질귀속자에 해당할 수 있음을 최초로 명시적으로 설시한 판결이다. 다만, 외국법인인 국외투자기구에게 경정청구권을 인정한다고 하여 국외투자기구의 경정청구권이 인정되는 경우 배후 개인투자자들의 경정청구권이 배제된다는 취지는 아니다."

국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 정상이자율로 선택해 적용한 과세관청의 처분은 자의적인 과세권 행사에 해당해 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 지난달 15일 한국쓰리엠이 영등포세무서장을 상대로 제기한 법인세 등 부과처분 취소소송(2021구합55647)에서 원고일부승소 판결했다. 한국쓰리엠은 2005년 9월 룩셈부르크에 위치한 A사와 '회사간 융자 및 예치 협정'을 체결했다. 이 협정에 따라 한국쓰리엠은 2012년 10월부터 2018년 12월까지 약정이자율 연 1.232%~2.5%로 약 1~3개월 이후 상환받기로 약정하고 A사에 무보증 조건으로 예치했고, 만기를 갱신하면서 추가 예치가 예금 회수가 필요한 경우엔 원금을 증액 또는 감액하면서 해당 약정이자율 상당 이자를 수취하는 금전거래를 했다. 서울지방국세청은 한국쓰리엠에 대해 세무조사를 실시했는데, A사와의 거래를 통해 A사로부터 수취한 이자는 실질적으로 저리의 이율로 국외특수관계인인 A사에게 금전을 대여한 것으로 국세조정에 관한 법률 제5조 제1항 제1호 등에서 규정한 '비교가능 제3자 가격방법'에 따른 정상가격보다 낮다는 전제 하에, 한국쓰리엠과 A사 간의 약정이자율을 부인하고 조사청이 산정한 정상이자율에 따른 이자소득과 한국쓰리엠이 신고한 이자소득 간의 차액을 익금에 산입해야 한다고 관할 세무서장에게 과세자료를 통지했다. 독립기업의 원칙 따른 국제조세조정법 형해화 영등포세무서장은 특수관계가 없는 독립된 기업간 회사채발행 거래를 기초로 정상이자율 산정 및 소득금액 조정을 통해 2018년 한국쓰리엠에 대해 가산세와 법인세 합계 87억여 원을 부과했다. 이에 불복한 한국쓰리엠은 조세심판원에 심판청구를 제기했다. 심판원은 위법한 처분이라고 판단하면서 "해당 거래를 금전대차 거래로 보고 그에 따른 정상이자율(정상가액)을 재조사해, 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라"는 취지의 재조사결정을 내렸다. 이에 서울지방국세청은 해당 결정 취지에 따라 재조사를 했고, 가산세와 법인세 합계 19억여 원을 부과했다. 그러자 한국쓰리엠은 "과세당국은 임의로 이자율을 산정·조정한 뒤 이전가격 과세를 해 위법하다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 "국제조세조정법에선 정상가격에 의해서만 과세조정이 허용된다고 규정하고 있고, 국외특수관계인이 아닌 자와 통상적인 거래에서 허용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성·기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려해 계산하도록 해 독립기업의 원칙에 따라 정상가격을 산정하도록 규정하고 있다"며 "그런데 과세관청이 독립기업의 원칙에 따른 정상가격을 산정하기 위한 노력 없이 일률적으로 간주정상이자율 규정을 적용해 과세할 수 있다면, 이는 독립기업의 원칙에 따른 정상가격 산출을 규정한 국제조세조정법을 형해화하는 해석"이라고 밝혔다. 서울행정법원 기업 일부승소 판결 이어 "한국쓰리엠과 A사의 거래는 국제조세조정법 시행령에서 정한 독립기업의 원칙에 따라 산정되는 통상적인 이자율로 인정할 수 있다"며 "그럼에도 국제조세조정법 시행령 개정일인 2017년 2월을 기준으로 이후 거래에 대해 과세관청이 국제조세조정법 시행령에서 정한 간주정상이자율을 해당 거래의 정상이자율로 선택해 적용할 수 있다고 보는 것은 그 자체로 자의적인 과세권 행사에 해당한다"고 판시했다. 정상가격이란 거주자·내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하며, 정상이자율은 특수관계인이 아닌 자 간의 통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율을 말한다. 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령은 거주자와 국외특수관계인의 국제거래서의 경우, 거래 금액 및 국제금융시장의 실세이자율을 고려해 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 정상이자율로 간주되는 이자율을 신설했다. 구 국세조세조정법 시행규칙에 따라 거주자가 국외특수관계인에게 자금을 대여하는 경우 등에서는 간주정상이자율을 따르도록 하고 있다.

삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다. 서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. 삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다. 서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다. 이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다. 재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.

투기 목적 없이 대체주택 잔금 지급을 위해 엿새 동안 일시적으로 3주택 보유자가 된 경우까지 양도소득세 중과세율을 적용하는 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12단독 최선재 판사는 지난달 10일 A 씨(소송대리인 김성규 변호사)가 강서세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송(2021구단73167)에서 원고승소 판결했다. A 씨는 배우자와 공동으로 취득한 서울 B 아파트를 2019년 12월 C 씨에게 15억 6000만 원에 양도한 뒤, 해당 아파트가 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보고 9억 원을 초과하는 양도차익에 대해 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용해 양도소득세 120만여 원을 신고·납부했다. 해당 아파트를 양도할 당시 A 씨는 자신의 명의로 서울의 한 장기임대주택(아파트)을, 배우자와 공동으로 또다른 주택을 소유하고 있었다. 강서세무서는 A 씨가 B 아파트 양도 당시 조정대상지역에 1세대 3주택을 소유하고 있었다고 판단해 장기보유특별공제를 배제하고, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율(일반세율에 20% 가산)을 적용해 2019년 귀속 양도소득세 3678만여 원(가산세 포함)을 경정고지했다. 이에 불복한 A 씨는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. A 씨는 "대체주택 잔금 지급을 위해 B 아파트 잔금일을 앞당긴 것"이라며 "양도일 기준 1세대 3주택자에 해당하게 됐으나 투기의 목적이 없었고 거주이전의 목적으로 사회통념상 일시적으로 볼 수 있는 6일간 3주택을 보유할 수밖에 없었던 특별한 사정이 있었다"고 주장했다. 재판부는 "양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되고, 1세대가 소유하는 주택 수는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 해야 한다"며 "구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항의 '국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택'을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정해 해석할 수도 없다. A 씨의 경우 B 아파트 양도일을 기준으로 3주택을 보유하고 있었고, A 씨의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 해당한다"고 밝혔다. 그러나 "A 씨는 해당 주택에 장기간 거주하다가 주거를 이전하기 위해 대체주택을 취득해 이사했으므로 투기 목적이 없고, 주택거래의 현실 등에 비춰 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨의 양도는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없는 특별한 사정이 인정되는 경우로서 장기보유특별공제도 적용돼야 한다"며 "이와 다른 전제에서 이뤄진 강서세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.