기업이 과세당국의 부당한 조치로 관세와 가산세를 수정신고해 납부했다면 이 같은 수정신고는 당연무효이므로 해당 기업이 납부한 세금을 돌려줘야 한다는 판결이 나왔다. 수정신고는 납세의무자가 신고기한 내에 신고를 했으나 신고사항 중 기재상·계산상 착오가 있음을 발견하고 이를 수정해 다시 신고하는 것을 말한다. 서울중앙지법 민사46부(재판장 이수영 부장판사)는 외국계 담배회사인 브리티쉬 아메리칸 토바코 코리아(BAT Korea·소송대리인 법무법인 율촌)가 국가를 상대로 낸 부당이득금반환 청구소송(2015가합578925)에서 "국가는 3억5400여만원을 지급하라"며 최근 원고일부승소 판결했다. BAT는 2011년 7월부터 2013년 4월까지 47회에 걸쳐 모잠비크, 우간다 등으로부터 잎담배를 수입하면서 '최빈개발도상국에 대한 특혜관세 공여 규정'에 따라 해당국 정부가 발행한 원산지증명서를 세관에 제출하고 0%의 특혜관세율을 적용받았다. 그러던 2013년 5월 잎담배 원산지를 조사하던 서울세관은 BAT가 제출한 원산지증명서 서식이 '최빈개발도상국 특혜 원산지증명서' 서식에 해당하지 않는다는 이유로 수입신고분 전부에 대해 기본관세율 20%를 적용해 과세하겠다는 방침을 통보했다. 이에 BAT는 원산지 조사가 종료되기 전에 관세부과 제척기간 2년의 경과가 임박한 2011년 7~9월 총 10회 잎담배 수입분에 관해 20%의 기본관세율을 적용한 관세와 그 가산세 7억1700여만원을 부산·진주세관에 수정신고하고 납부했다. 이후 서울세관은 BAT에 2011년10월부터 2013년 4월까지 총 37회 잎담배 수입분에 관해 14억9900여만원을 부과했다. 이에 BAT는 2014년 1월 관세청장에게 관세 부과처분이 부당하다며 이의를 제기했고, 관세청장은 이를 받아들여 같은해 3월 "BAT가 제출한 원산지증명서는 최빈국 특혜를 적용받을 수 있는 원산지증명서로 인정하는 것이 타당하다"며 서울세관의 관세 부과처분을 취소했다. 이후 BAT는 앞서 수정신고·납부한 관세 및 가산세액의 경정을 청구해 부산·진주세관으로부터 3억6300여만원을 돌려받았다. 하지만 진주세관은 경정청구기간 도과 등의 이유로 나머지 3억5400여만원의 반환은 거부했고 BAT는 소송을 냈다. 법원은 BAT의 손을 들어줬다. 재판부는 "관세는 신고납부방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정해 신고하는 행위에 의해 납세의무가 구체적으로 확정된다"며 "납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 당연무효가 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "BAT는 자신들에게 관세 및 가산세 납부의무가 없다고 판단하면서도 수정신고·납부하지 않거나 수정신고 납부 즉시 납부한 세액에 대한 경정청구를 할 경우 관세조사나 이후 잎담배 수입시 통관 등에서 불이익을 입을 수도 있다고 염려해 원산지 조사 결과에 대한 통보도 받기 전에 관세와 가산세를 수정신고·납부했다"며 "이때문에 BAT에 관세조사 결과가 통지된 때에는 신고납부한 세액의 경정청구기간이 이미 도과해 수정신고에 대한 경정청구가 불가능했다"고 설명했다. 그러면서 "관세청장이 서울세관의 과세부과처분을 취소하였던 점 등을 고려해 볼 때 BAT의 수정신고는 그 하자가 중대·명백해 당연무효에 해당한다"며 "국가는 수정신고에 따라 납부받은 관세 및 가산세액을 보유할 법률상 원인이 없으므로 반환해야 한다"고 판시했다.