헌법재판소가 각종 법률에 대한 위헌심판 등을 통해 내린 결정의 취지가 국회의 입법과정이나 정부의 제도 개선과정에서 제대로 반영되고 있지 않은 것으로 드러나 문제다. 특히 헌재가 국회의 개정 작업에 필요한 가이드 라인을 제시하거나, 정부에 대해 제도적 보완책 마련을 촉구한 경우에도 국회나 정부가 기득권보호나 행정편의주의에 따라 이를 무시해 헌재의 권고가 하나마나라는 법조계의 지적이다. 국회는 지난해 10월 지역구 국회의원으로 출마하려는 지방자치단체장의 공직사퇴시한을 선거일전 1백80일로 정하고 있던 공직선거및선거부정방지법 제53조제3항을 선거일 1백20일 전으로 개정했다. 이는 헌재가 지난해 9월 이 조항에 대한 헌법소원사건에서 ‘지역구국회의원으로 출마하려는 다른 공무원들의 경우 사퇴시한이 선거일전 60일 전인데 비해 합리적 이유 없는 차별규정’이라는 이유로 위헌 결정을 내린데 따른 것이다.(2003헌마106) 하지만 당시 헌재는 결정문에서 “지방자치단체장의 경우 공선법의 각 금지조항을 통해 사전선거운동이 행해질 가능성이 광범위하게 방지되고 있어 특별히 이 사건 법률규정과 같이 사퇴시한을 훨씬 앞당겨 규정해야 할 합리적인 이유가 없다”며 사실상 다른 공무원들의 경우와 같이 사퇴시한을 선거일전 60일로 정해야 한다는 취지로 결정을 내렸었다. 헌재의 이같은 결정취지에도 불구하고 국회는 선거를 앞두고 현직의원의 최대 경쟁자라 할 수 있는 지자체장의 프리미엄을 조금이라도 더 깎으려는 계산으로 120일로 했던 것이다. 결과적으로 다른 공무원들과 여전히 차별을 둔 이 조항은 또다시 헌재 심판의 도마에 올려질 가능성이 높다. 헌재가 2001년 최대·최소선거구의 인구편차가 3대1이 넘는 선거구를 조정해야 한다는 취지로 내렸던 헌법불합치결정(2000헌마92)도 기존 국회의원들의 이해관계로2003년 말로 지정된 개정시한을 훨씬 넘겨 올해 3월이 되서야 가까스로 조정됐다. 정부도 헌재의 결정 취지나 권고사항을 제대로 이행하지 않고 있기는 마찬가지다. 지난 2001년 11월 헌재는 재외동포의출입국과법적지위에관한법률이 대한민국 정부 수립이전에 해외로 이주한 자들을 수혜대상에서 제외해 차별적인 법률“이라며 구 중국·소련 동포들을 보호하는 취지로 헌법불합치 결정을 내렸다.(99헌마494) 이에 따라 국회는 올해 3월 법을 개정했지만 시행령은 재외동포를 ‘부모 또는 조부모의 일방이 대한민국 국적을 보유했던 자’로 명기, 사실상 대한민국 정부수립 이전의 해외 이주자들에 대해선 명확한 보호 규정을 두고 있지 않은 상황이다. 또 헌재가 지난 99년 제대군인지원에관한법률 제8조 제1항에 대해 위헌 결정(98헌마363)을 내리며 “제대군인이 공무원채용시험에 응시하는 경우 과목별로 5% 또는 3%의 가산점을 주는 것은 상대적으로 혜택을 받지 못하는 국민의 공직취임권을 침해하는 것”이라고 밝히고 그러나 가산점을 없애는 대신 “제대군인에 대해 취업알선, 직업훈련 재교육 실시, 교육비 감면 등 여러 가지 사회정책적 지원을 강구할 필요성”을 제시했지만 가산점만 없앤채 보완책은 전혀 마련되지 않아 결국 병역을 제대로 필한 사람만 손해라는 인식만 더욱 깊게 만들었다. 또 보호감호 제도와 관련해서도 지난 91년 헌재는 “감호소의 시설이나 처우방법 등이 열악해 인간의 존엄과 가치가 충분히 보장되어 있다고 할 수 없어 개선해야 된다”는 의견과함께 인간 존엄성을 보장하는 집행을 전제로 합헌 결정을 내렸지만 지금까지도 개선이 이뤄지지 않아 사회보호법 존폐 문제가 거론되고 또다시 헌법소원 사건들(2003헌마189·343·395)이 헌재에 줄을 잇고 있는 형편이다. 국회나 정부뿐만 아니라 사익기관도 헌재의 결정 취지를 제대로 따르고 있지 않는 것으로 나타났다. 헌재는 지난해12월 공연 등을 관람하는 일부의 국민에게만 일반 문화예술의 진흥에 집단적으로 특별한 책임을 문예진흥기금 형식으로 부담시키는 구 문화예술진흥법 제19조 제5항에 대해 위헌 결정(2002헌가2)을 내렸고 관련법 자체도 기금 모금 기간을 지난해 말까지로 규정해 각종 공연관람료를 그만큼 인하할 수 있는 요인이 생겼지만 극장주들이나 기획자들은 문예진흥기금이 폐지됐는데도 종전과 같은 입장료를 받아 사익을 채우고 있는 실정이다. 이처럼 국회와 정부, 이해관계자들이 헌재의 결정 취지를 제대로 받아들이지않고있는 행태에 대해 한 법조인은 “국회나 정부가 헌재의 결정 취지를 기득권 보장이나 행정 편의주의에서 받아들이지않고있는 것은 큰 문제 ”라며 "헌법에 보장된 국민의 기본권을 보장한다는 측면에서도 헌재 결정의 취지는 충실히 수용하여 올바른 입법을 해야할 것”이라고 촉구했다. 현행 헌법과 법률에는 헌재의 결정 취지나 권고 내용을 그대로 법률 개정작업이나 정책 결정과정에 반영하도록 강제하는 법률 규정이 없어 헌재의 결정 취지에 맞지 않는 입법행위 등은 다시 제기되는 위헌심판이나 헌법소원 사건의 심판을 통해 해결할 수밖에 없는 실정이다. 그러나 독일의 경우에는 헌법소원 사건에 대한 헌재의 결정취지가 충분히 반영될 수 있도록 집행 규정을 두고 있어 우리나라도 이같은 제도의 도입 필요성이 제기되고있다.