[대법원 판결] 교육감이 사립학교법인의 이사장과 학교장들을 상대로 사립학교 직원의 호봉을 정정하고 과다 지급된 급여를 이들로부터 환수할 것을 명령한 경우, 해당 명령으로 인해 사립학교 직원들은 급여가 실질적으로 삭감되거나 기지급된 급여를 반환해야 하는 직접적이고 구체적인 손해를 입게 되므로 명령의 상대방(이사장 및 학교장들)이 아닌 직원들에게 명령을 다툴 개별적·직접적·구체적 이해관계가 있어 원고적격이 인정된다는 대법원 판결. 대법원 특별2부(주심 민유숙 대법관), 2022두56630(2023년 1월 12일 선고) [판결 결과] A 씨 등이 강원도교육감을 상대로 제기한 호봉정정명령 등 취소소송에서 각하 판결한 원심과 1심 판결을 취소하고 사건을 1심 법원인 춘천지방법원으로 환송. [쟁점] 처분의 직접 상대방이 아닌 원고들에게 이 사건 각 명령을 항고소송으로 다툴 원고적격이 있는지 여부(사립학교 소속 직원의 호봉산정이나 보수에 관하여 규정하고 있는 사립학교법 제70조의2 제1항, 각 사립학교의 정관 및 지방공무원 보수규정 등이, 사립학교법 제43조와 함께 이 사건 각 명령의 근거법규 내지 관련 법규에 해당하여, 원고들이 제3자에 대한 피고의 이 사건 각 명령으로 인해 법률상 보호되는 이익을 침해당한 자에 해당하는지) [사실관계와 1,2심] 강원도교육감은 2020년 8월 사립학교 소속 사무직원인 A 씨 등이 소속된 사립학교법인의 이사장과 학교장들에 대해 '사립학교 사무직원들의 호봉을 획정함에 있어 유사경력 호봉환산율을 과다하게 반영했다'는 이유로 관련자의 급여를 5년의 범위 내에서 환수하도록 시정명령을 했다. 또 강원도교육감은 다음달 A 씨 등이 소속된 법인의 이사장과 학교장에 대해 정정된 호봉으로 호봉재획정처리 후 시정조치결과를 제출할 것을 명령했다. 이에 각 명령에 따라 호봉 정정 및 급여환수 대상이 된 A 씨 등은 강원도교육감을 상대로 각 명령의 취소를 구하는 소송을 냈다. 1심은 각하 판결했고 2심은 A 씨 등의 항소를 기각했다. [대법원 판단(요지)] "행정처분의 직접 상대방이 아닌 제3자라고 하더라도 당해 행정처분으로 인하여 법률상 보호되는 이익을 침해당한 경우에는 취소소송을 제기해 그 당부의 판단을 받을 자격이 있다. 사립학교에 소속된 사무직원의 호봉산정이나 보수에 관하여 규정하고 있는 사립학교법 제70조의2 제1항, 각 사립학교법인의 정관 및 지방공무원 보수규정 역시 이 사건 각 명령의 근거법규 내지 관련 법규에 해당한다. 이 규정들은 사립학교 사무직원의 경제적 생활안정과 복리향상을 보장하고자 하고 있으므로 사립학교 사무직원의 이익을 개별적·직접적·구체적으로 보호하고 있는 규정으로 볼 수 있다. A 씨 등은 각 명령으로 인해 급여가 실질적으로 삭감되거나 기지급된 급여를 반환해야 하는 직접적이고 구체적인 손해를 입게 되므로, A 등이 이 사건 각 명령을 다툴 개별적·직접적·구체적 이해관계가 있어 이를 다툴 원고적격이 있다." [대법원 관계자] "이 판결은 어떠한 행정처분의 직접적인 근거법령뿐 아니라 관련 법규도 살펴서 원고적격 여부를 판단해야 한다는 점을 구체적으로 확인하면서, 사립학교 직원의 호봉산정과 관련한 사립학교법 제70조의2 제1항, 정관 및 보수규정 등이 이 사건 각 명령(사립학교 직원들에 대한 호봉정정 및 환수명령 등)의 근거법규 내지 관련 규정에 해당해 시정명령 대상인 원고들에게 원고적격이 인정된다는 점을 최초로 판시하였다는 데 의의가 있다."

서울시교육청이 숭문고와 신일고에 대해 자율형사립고 지정 취소 처분을 내린 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 지난달 세화고·배제고에 이어 자사고 지정취소에 불복해 학교들이 제기한 소송에서 교육청이 잇따라 패소하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 이정민 부장판사)는 23일 숭문고와 신일고를 운영하는 학교법인 동방문화학원과 신일학원이 서울특별시 교육감을 상대로 낸 자율형 사립고 지정취소처분 취소소송(2019구합75822)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "자사고는 헌법 제31조 제6항에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않는 학교"라며 "자사고 제도의 운영은 국가의 교육정책과도 긴밀하게 관련되는 등 자사고의 지정 및 취소는 국가의 교육정책과 해당 지역의 실정 등을 고려해 신중하게 이뤄져야 할 필요가 있다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 학교들은 자사고 제도가 법령에 도입돼 2009년 자사고로 지정된 후 2014년 운영성과 평가를 거쳐 계속해 자사고로 운영돼 왔으므로 이에 대한 자사고 지정취소는 신중하게 이뤄져야 한다"며 "자사고의 지정취소가 원고들과 학생, 학부모를 비롯한 이해 관계인들에 대해 갖는 의미와 중요성 등을 고려할 때, 지정취소 요건 해당 여부를 평가하기 위한 주요 평가지표를 신설·변경하는 경우 그 변경 내용 등은 사전에 고지돼야 한다고 봄이 타당하다"고 설명했다. 그러나 "이 사건 학교들은 2014년 평가와 2016년 운영 개선계획의 이행 여부에 대한 평가를 받아 2019학년도까지 자사고로 지정돼 있었고, 2019년 평가에서 자사고 지정취소처분을 받지 않기 위해서는 이 사건 평가대상기간동안 종전에 받았던 2014년 평가의 평가기준을 참조해 운영될 수밖에 없었다"며 "그런데 2019년 평가계획은 평가지표와 평가기준에 있어 자사고 지정취소 여부를 좌우할 정도로 중대한 변경이 이뤄졌고, 이 사건 평가대상기간의 대부분이 경과한 시점에서 그와 같이 변경됐으며, 이 사건 학교들을 비롯한 평가대상 학교들에 대한 통지는 2018년 12년 27일에 이르러서야 이뤄졌다"고 지적했다. 그러면서 "교육청은 변경된 내용을 소급해 이 사건 평가대상 기간에 대해 적용한 후 이 사건 학교들에 대해 자사고 지정목적 달성이 불가능하다고 평가했는데 이는 합리적인 기준에 의한 공정한 심사라고 보기 어렵다"며 "교육청이 자사고 지정을 취소한 것은 처분기준 사전공표제도의 입법 취지에 반하고 갱신제의 본질 및 적법절차원칙에서 도출되는 공정한 심사요청에도 반한다고 보아야 하므로 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하다고 봐야한다"고 판시했다. 2019년 7월 서울시교육청은 경희고·세화고·배재고·숭문고·신일고·중앙고·이대부고·한대부고 등 8개 서울 자사고를 운영성과 평가점수 미달을 이유로 지정 취소를 결정했고, 교육부도 이를 승인했다. 이에 세화고·배제고 등 8개 학교들은 2곳씩 나눠 처분을 취소해달라며 소송을 제기했다. 이들은 "교육청의 자사고 재지정 평가기준 변경에 절차적으로 문제가 있고, 평가항목 기준이 자의적이고 모호해 지정 취소 처분은 무효"라고 주장했다. 앞서 세화고와 배제고는 지난달 18일 승소 판결을 받았고, 지난해 12월에는 부산 해운대고가 시교육청을 상대로 소송을 제기해 승소했다. 현재까지 지정취소 처분을 받은 자사고들은 모두 승소했다.

사립학교법인의 정상적 운영이 어려운 경우 지방자치단체 교육감으로부터 위임을 받은 교육장이 임시이사를 선임할 수 있도록 한 것은 정당하다는 대법원 판결이 나왔다. 지역별·학교별 특수성과 학교법인의 사정을 고려할 필요가 있어 '국가사무'가 아닌 '지자체 자치사무'로 봐야 한다는 것이다. 대법원 특별2부(주심 노정희 대법관)는 A씨가 경기도 안성교육지원청 교육장을 상대로 낸 임시이사 선임처분 취소소송(2019두58650)에서 최근 원고승소 판결한 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. A씨는 안성에서 중학교를 운영하는 B사립학교법인 설립자의 손자로, 2006년부터 이 법인 이사로 근무했다. 경기도교육청은 2016년 특정감사에서 A씨 등의 법인 자금 횡령 등 비위행위를 적발해 같은 해 6월 이사 8명 중 6명에 대해 선임 무효 처분을 내리고, A씨와 B법인에 대한 수사를 의뢰했다. A씨는 직원 채용 및 하도급공사 청탁 관련 금품 수수로 인한 배임수재, 업무상 횡령 등의 혐의로 구속 기소돼 2017년 징역 1년 6개월에 집행유예 2년의 유죄 판결이 확정됐다. 한편 안산교육지원청 교육장은 B법인의 정상적인 운영을 위해 사학분쟁조정심의위 심의를 거쳐 8명의 임시이사를 선임했다. 이에 A씨는 임시이사 선임처분을 취소해달라며 행정심판을 제기했으나 기각되자 소송을 냈다. 임시이사 선임은 국가사무 아닌 지자체 자치사무 재판에서는 지방자치단체 교육감이 조례를 통해 사립학교를 운영하는 학교법인의 임시이사 선임 권한을 관할청 교육장에게 위임할 수 있는지 여부가 쟁점이 됐다. 사립학교법은 '교육감이 관할청으로서 지도·감독을 하도록 하면서 학교법인이 이사의 결원보충을 하지 아니하여 학교법인의 정상적 운영이 어렵다고 판단될 때 등의 경우에 이해관계인의 청구 또는 직권으로 사학분쟁조정위원회 심의를 거쳐 임시이사를 선임해야 한다'고 규정하고 있다. 경기도교육감 행정권한 위임에 관한 조례 제6조는 '교육감은 교육장에게 임시이사 선·해임 및 정상화 등을 위임한다'고 규정하고 있다. '위임 조례'는 조례 제정권 범위 벗어났다고 못봐 재판부는 "사립학교 등을 운영하는 학교법인의 임시이사 선임에 관한 교육감의 권한은 지자체 자치사무라고 봄이 타당하다"며 "사립학교법이 정하는 임시이사 선임 제도는 이사 결원으로 학교법인의 목적을 달성할 수 없거나 손해가 생길 염려가 있는 경우 관할청이 그 지도·감독권에 근거해 임시적으로 운영을 담당하는 위기관리자를 선임하도록 하는 것"이라고 밝혔다. 이어 "임시이사 선임은 지역별·학교별 특수성과 해당 학교법인의 사정 등을 구체적이고 개별적으로 고려해 행해질 필요가 있으므로 사무의 성질이 전국적으로 통일적인 처리가 요구되는 사무라고 보기 어렵다"며 "임시이사 선임권한에 관한 사무가 국가사무에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 대법원 '처분취소' 원심 파기 그러면서 "경기도교육감의 권한 중 중학교를 설치·경영하는 사립학교법인의 임시이사 선임에 관한 권한을 소속 교육장에게 위임하는 내용의 이 사건 조례 조항은 조례제정권의 범위를 벗어난 것이라고 볼 수 없다"고 판시했다. 앞서 1심은 안성교육지원청의 손을 들어줬지만, 2심은 "교육감의 임시이사 선임 권한을 교육장에게 위임한 것은 조례제정권의 범위를 벗어난 국가사무를 대상으로 한 것으로 무효"라며 A씨의 손을 들어줬다.

장학사로 근무하던 시절 일선 교사로부터 50만원 상당의 수표를 받은 지 12일만에 돌려줘 견책처분을 받은 교감을 교육감이 교장승진 대상에서 제외한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 장낙원 부장판사)는 서울시내 고등학교 교감으로 일하고 있는 A씨가 교육부를 상대로 낸 교장임용승진 제외처분 취소소송(2018구합74495)에서 최근 원고패소 판결했다. 1990년 교사생활을 시작한 A씨는 2009년 서울시교육청 장학사로 근무하던 중 견책처분을 받았다. A씨는 2017년 3월 서울시교육청 중등학교 교장 승진후보자 명부에 32위로 등재됐으나, 서울시 교육감은 2018년 1월 58명을 교장임용 제청대상자로 보아 교육부에 임용 제청 관련 서류를 제출하면서 A씨를 제외했다. A씨는 이에 반발해 지난해 8월 소송을 제기했다. 재판부는 "A씨는 장학사로 근무하면서 일선 고교의 체육교사로부터 사적인 선물을 받았고 그 안에 포함돼 있던 50만원 상당의 수표 5장을 뒤늦게 인지했음에도 12일이 지난 뒤에 반환했다"며 "이로 인해 A씨가 받은 징계처분이 견책에 그쳤다고 하더라도 교장승진임용에 적합한 능력과 자질을 갖추고 있는지에 관한 심사와 평가에 있어 그러한 행위가 사회통념상 결코 가벼운 비위라고 할 수는 없다"고 밝혔다. 그러면서 "교장은 교무를 통할하고 소속 교직원을 지도·감독하며 학생을 교육할 임무를 지니므로 일반 교직원보다 더 높은 수준의 윤리성·도덕성이 요구된다"며 "A씨를 '교장에게 요구되는 수준의 윤리성·도덕성을 갖추지 못한 자'로 판단해 승진임용에서 제외한 것을 두고 사회통념상 합리성을 갖추지 못한 결정이라고 보기는 어렵다"고 설명했다. 이어 "시대의 변화에 따라 우리 사회가 교장에게 요구하는 자질과 도덕성의 수준이 높아지면 교장승진임용 후보자의 요건 역시 강화될 수밖에 없다"며 "과거에는 견책처분과 같은 징계전력이 크게 문제되지 않았다고 해도 달리 볼 것은 아니다"라고 판시했다.

이른바 '교과서 파동'으로 불렸던 2014년 교육부의 교과서 가격 인하 명령을 둘러싸고 벌어진 교육부와 출판사들간 분쟁에서 서울고법이 1심을 뒤집고 출판사의 손을 들어줬다. 서울고법 행정7부(재판장 노태악 부장판사)는 교학사와 금성출판사 등 5개 출판사가 교육부장관과 각 시·도 교육감 7명을 상대로 낸 가격조정명령처분 취소소송(2015누35859)에서 최근 원고승소 판결했다. 앞서 1심은 일부 출판사들에 대해서만 가격조정명령 처분을 취소했는데, 2심은 모든 출판사에 대한 명령을 취소했다. 재판부는 "교육부장관이 출판사에게 가격조정명령을 하기 위해서는 해당 교과용 도서가 교과용도서규정에서 정하는 가격조정사유에 해당하는 것은 물론, 그로 인해 '가격이 부당하게 결정될 우려'가 별도로 인정돼야 한다"고 밝혔다. 이어 "가격이 부당하게 결정될 우려가 있는지 여부는 출판사의 과다한 이득과 이로 인한 수요자의 경제적 부담 증가 등을 종합적으로 고려해 판단해야한다"며 "이 사건에서 항상 출판사가 과다한 이득을 얻는다거나 그로 인해 수요자의 경제적 증가한다고 단정하기 어렵다"고 설명했다. 서울고법 출판사 승소 판결 그러면서 "교과서의 가격상승률이 소비자물가상승률에 비해 훨씬 높다는 점 등만으로는 교과서의 가격이 사회통념상 용인할 수 없을 정도로 높게 결정됐다고 인정하기 부족하다"며 "이번 사건은 '교과서의 가격이 부당하게 결정될 우려가 있는 경우'에 해당한다고 볼 수 없어, 1심을 취소하고 교육부의 가격조정명령을 취소한다"고 판시했다. 2014년 각 출판사는 가격협상에서 전년도보다 교과서 가격을 73% 인상안을 내놓았다. 교육부는 이를 타당하지 않다고 판단해 검정교과서 175개 중 171개에 대해 가격 인하 명령을 내렸다. 출판사들은 이에 반발해 2015년 소송를 제기했다. 앞서 1심은 "교육부가 (가격을 낮추라는) 처분을 내리기 전 출판사 단체 및 출판사 대표들과 3차에 걸쳐 심의회를 열어 조정권고가격 산정 기준 등을 설명하고 의견을 듣는 등의 절차를 거쳤다"며 "교육부가 이유 제시 의무를 위반하는 등 절차적 위법성이 있다는 출판사들의 주장은 이유 없다"며 교육부의 손을 들어줬다. 다만 지방교육청에서 가격 인하 명령을 받은 금성출판사 등의 일부 교과서에 대해서만 "가격조정명령과 관련한 어떤 협의도 없었으므로 절차상 하자가 인정된다"며 원고일부승소 판결했다.

2014년 10월 서울시교육청이 경희고 등 6곳의 자율형 사립고 지정을 취소한 것은 위법하다는 대법원 판결이 나왔다. 자사고 지정 취소는 교육부의 권한이라는 것이다. 이로써 서울시교육청과 교육부간에 벌어진 4년간의 소송전은 교육부의 승소로 끝이 났다. 대법원 특별3부(주심 조희대 대법관)는 12일 서울특별시교육감이 교육부장관을 상대로 낸 자율형 사립고 행정처분 직권취소처분 취소소송(2014추33)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 "구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 5항은 '교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부장관과 협의해야 한다'고 규정했는데, 이는 '사전 동의'를 의미한다"며 "이러한 동의 없이 교육청이 자사고 지정을 취소한 것은 시행령을 위반한 것이므로 위법하다"고 밝혔다. 이어 "새로운 교육제도는 충분한 검토와 의견수렴을 거쳐 신중하게 시행돼야 하며, 그러한 과정을 거쳐 시행되고 있는 교육제도를 다시 변경하는 것은 관련된 다수의 이해관계인들뿐만 아니라 국가의 교육시책에 대한 일반 국민의 신뢰에도 큰 영향을 미칠 수 있는만큼 더욱 조심스럽게 이뤄져야 한다"고 판시했다. 조희연 교육감이 이끄는 서울시교육청은 2014년 10월 서울시 내 자사고에 대한 재평가를 실시한 다음 경희고와 배재고, 세화고, 우신고, 이대부고, 중앙고 등 6개교에 대해 자사고 지정을 취소했다. 이에 교육부는 서울시교육청의 자사고 재평가와 지정 취소는 재량권 일탈·남용에 해당할뿐만 아니라 행정절차법과 초·중등교육법 시행령을 위반한 것이라며 그해 11월 서울시교육청의 자사고 지정 취소처분을 직권 취소했다. 그러자 서울시교육청은 "자사고 지정 취소는 교육감의 권한을 적법한 절차에 따라 정당하게 행사한 것으로 시정명령의 대상이 될 수 없다"며 "교육부의 직권취소처분을 취소해 달라"며 대법원에 소송을 냈다. 지방자치법은 광역자치단체장이나 시·도교육감의 사무에 관한 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 공익을 해친다고 인정될 경우 주무장관이 이를 취소할 수 있도록 하고 있다. 또 광역자치단체장이나 시·도교육감이 주무장관의 처분에 이의가 있는 경우에는 15일 이내에 대법원에 취소소송을 제기할 수 있도록 규정하고 있다. 한편 초·중등교육법 시행령 제91조의3은 자사고 지정 취소 논란이 발생한 직후인 2014년 12월 '교육감이 자사고 지정을 취소할 때는 미리 교육부장관의 동의를 받아야 한다'는 내용으로 개정됐다. 대법원 관계자는 "국가 또는 교육청에 의한 기존 교육제도의 변경은 교육 당사자 및 국민의 정당한 신뢰와 이익을 보호하는 전제에서 국민의 합의를 바탕으로 절차적으로 신중하고 조심스럽게 이뤄져야 한다는 원칙을 확인한 판결"이라고 설명했다.

교육환경보호구역 가운데 상대보호구역에는 당구장을 설치할 수 있다는 판결이 나왔다. 교육 환경에 나쁜 영향을 끼치는 시설로 볼 수 없어 금지시설에 해당하지 않는다는 취지다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김국현 부장판사)는 이모씨(소송대리인 법무법인 수호)가 서울서부교육지원청 교육장을 상대로 낸 금지행위 및 시설해제 신청 거부처분 취소소송(2017구합70687)에서 최근 원고승소 판결했다. 이씨는 지난해 6월 서울 아현역 인근 교육환경보호구역 중 상대보호구역에 있는 건물에서 당구장 영업을 하기 위해 서울서부교육지원청에 교육환경보호구역 내 금지행위 및 시설 제외 신청을 했다가 "당구장은 학생들 학습과 교육환경에 나쁜 영향을 준다"는 이유로 거부당하자 소송을 냈다. 교육환경 보호에 관한 법률 제9조는 '누구든지 학생의 보건·위생, 안전, 학습과 교육환경 보호를 위해 교육환경보호구역에서는 당구장, 무도학원, 무도장 등 시설을 하여서는 아니된다'고 선언하면서도 '다만, 학교경계로부터 직선거리 200m까지인 지역 중 절대보호구역(학교출입문으로부터 직선거리 50m까지인 지역)을 제외한 지역인 상대보호구역에서는 일부 시설 중 교육감이나 교육감이 위임한 자가 지역위원회의 심의를 거쳐 학습과 교육환경에 나쁜 영향을 주지 아니한다고 인정하는 행위 및 시설은 제외한다'는 단서를 두고 있다. 재판부는 "당구는 전국체육대회 정식종목으로 채택됐다"며 "헌법재판소 결정으로 당구장에 18세 미만자의 출입이 허용되는 등 당구에 대한 사회적 인식이 바뀌어 건전한 스포츠로 인식돼 가고 있다"고 밝혔다. 이어 "당구장 내에서 흡연이나 도박 등 비교육적 상황이 발생할 가능성은 있으나, 이는 당구가 가지는 본래 속성에 기인한 것이 아니다"며 "국민건강증진법에 따라 당구장은 지난해 12월부터 금연구역으로 지정됐으므로 당구장에서 흡연을 통한 비교육적 상황이 발생할 가능성도 줄어들게 됐다"고 설명했다. 그러면서 "당구장은 교육환경법 제9조 단서에서 정한 '학습과 교육환경에 나쁜 영향을 주지 아니한다고 인정하는 시설'에 해당한다"고 판시했다.

유치원과 초등학교 인근에 통신기지국을 설치할 수 없도록 하는 경기도 조례는 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 교육부 장관과 과학기술정보통신부 장관이 경기도의회를 상대로 낸 조례안 재의결 무효 확인소송(2016추5162)에서 "조례안에 관한 재의결은 효력이 없다"며 원고승소 판결했다. 재판부는 "교육감이 유치원 및 초등학교 등을 전자파 안심지대로 지정하면 그 곳에는 기지국을 설치할 수 없도록 하는 내용의 조례안은 영업의 자유와 계약의 자유를 제한하는 것"이라며 "그런데도 법률의 위임 없이 조례안이 규정돼 효력을 인정할 수 없다"고 판시했다. 경기도의회는 지난해 4월 교육감이 도내 유치원과 초등학교 등을 '전자파 안심지대'로 지정하면 근처에 기지국을 새로 설치할 수 없고, 이미 설치된 기지국도 철거할 수 있도록 하는 내용의 '전자파 취약계층보호 조례안'을 의결했다. 하지만 교육부는 같은 해 5월 "조례 내용이 국가사무인데다 통신사업자와 건물·토지 소유자의 권리를 침해한다"며 재의를 요구했다. 이후 경기도의회가 그해 10월 조례안을 원안대로 다시 의결하자 교육부와 과기부는 대법원에 소송을 냈다. 조례안 재의결 무효확인소송은 대법원에서 단심으로 진행된다.

서울시교육청이 비리로 형이 확정된 교직원을 당연퇴직시키지 않고 오히려 공익 제보 교사를 탄압했다는 이유 등으로 사학법인 동구학원에 대해 임원 전원 승인 취소 처분이라는 극약 처방을 내렸지만 법원에서 제동이 걸렸다. 동구학원이 운영하는 서울 성북구 동구마케팅고 교사인 안모씨는 2012년 4월 서울시교육청에 동구학원과 관련된 비리를 제보했다. 학교 공금을 횡령해 징역 10개월에 집행유예 2년이 확정된 행정실장 이모씨가 당연퇴직 사유에 해당하는데도 아직 학교에서 일하고 있다는 내용이었다. 서울시교육청은 특별감사를 실시해 이씨를 퇴직처리하라고 동구학원에 요구했다. 그러나 동구학원 측은 교육청의 시정요구를 받아들이지 않고, 오히려 공익제보자인 안씨를 파면했다. 안씨는 소송 끝에 복직했지만, 학교 측은 안씨를 다시 직위해제했다. 이에 교육청은 2016년 6월 △이씨를 당연퇴직 처리하고 △안씨에 대한 부당한 수업배제·경고 처분을 철회하는 한편 △동구마케팅고 교장 정모씨에 대한 파면 등을 이행하지 않으면 최씨 등 10명의 임원들에 대한 취임 승인을 취소하겠다고 동구학원에 통보했다. 그러나 동구학원은 "이씨는 정관상 당연퇴직자에 해당하지 않고, 안씨는 정치활동을 해 중징계가 불가피하다"며 "적법하지 않은 요구에 따르지 않았다고 학교장 등에 대한 파면을 요구하는 것은 부당하다"면서 또다시 시정요구를 거부했다. 동구학원 측은 2011년 2월 정관에서 사무직원에 대한 당연퇴직 규정을 삭제했기 때문에 2011년 11월 유죄 판결이 확정된 이씨는 당연퇴직자에 해당하지 않는다고 주장했다. 그러자 교육청은 최모씨 등 10명의 동구학원 임원들에 대한 취임 승인을 취소하는 초강수를 뒀고, 동구학원은 이에 반발해 소송을 냈다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김정숙 부장판사)는 동구학원과 동구학원 임원으로 재직했던 최씨 등 10명이 서울특별시교육감을 상대로 낸 임원취임승인 취소처분 취소소송(2016구합76602)에서 최근 원고승소 판결했다. 재판부는 "동구학원 측이 이씨를 계속 근무하게 하려는 부당한 목적으로 정관을 개정했더라도 교육청이 별다른 문제의식 없이 이를 인가했다"며 "과거 비위행위를 저지른 사무직원 1인의 퇴직 여부에 관한 정관 규정 해석 차이에서 비롯된 문제로 임원들 전원에 대한 승인을 취소할 당위성을 인정하기 어렵다"고 밝혔다. 이어 "학교법인 임원 전원에 대해 임원취임승인을 취소하면 정상적인 학교 운영이 불가능할뿐만 아니라 학생들의 학습권을 침해될 수 있기에 이런 조치는 최후의 수단으로 사용돼야 한다"고 설명했다. 또 "동구학원 임원들이 정당한 징계절차 없이 장기간 안씨를 수업에서 배제하고 이에 대한 교육청의 시정요구에 불응한 것은 위법하고 그 비난가능성도 적지 않지만, 특별감사 결과 학교 운영과 관련해 중대한 회계 부정이나 자금 유용, 입시·채용비리 등 정상적 학교 운영이 불가능하다고 볼 만한 비위행위는 발견되지 않았다"고 했다. 그러면서 "임원취임승인을 취소하면 학교법인 경영에 큰 변화를 가져올 뿐 아니라 임원들이 앞으로 5년간 이사나 감사 등으로 취임하거나 학교장으로 임명될 수 없는 등 중대한 권리제한을 받게 된다"며 "임원들을 해임함으로써 얻는 공익에 비해 임원들의 사익과 사립학교 자주성을 침해하는 정도가 현저히 크다"고 판시했다.

130억원대 교비를 빼돌려 재단 적립금 명목으로 따로 관리하다 교육청 감사에서 적발돼 반환처분을 받은 학교법인 홍익학원이 교육청을 상대로 소송을 냈지만 패소가 확정됐다. 홍대부속초·홍대부속중·홍대부속고·홍대부속여중·홍대부속여고·홍익디자인고·경성중·경성고 등을 운영하는 홍익학원은 2012년 7월 서울시교육청의 '교육환경개선사업에 대한 특정감사'에서 교비 회계에서 131억원이 불법으로 빼돌려 재단 계좌에 적립한 사실이 적발됐다. 교육청은 감사 결과에 따라 적립금 가운데 87억원을 각 학교에 반환하고 21억원은 교육청 특별 회계에 반환하도록 지시했다. 홍익학원은 이에 불복해 소송을 냈다. 1심은 "학교회계에서 불법 전출해 별도의 은행 계좌에 무단으로 관리하고 있었다고 볼 수 있다"며 원고패소 판결했다, 2심 교육청의 손을 들어줬다. 다만 "교육청의 처분에 일부 중복된 부분이 있다"며 학교 반환금을 76억원으로, 교육청 특별회계 반환금을 15억원으로 각각 감액했다. 대법원 특별1부(주심 김신 대법관)도 홍익학원이 서울특별시교육감을 상대로 낸 감사결과 취소소송(2017두34346)에서 최근 이 판결을 확정했다.