특별법원인 군사법원은 군형법상 범죄와 함께 경합범으로 공소제기된 일반 범죄에 대해서는 재판할 수 없다는 첫 대법원 전원합의체 결정이 나왔다. 군형법상의 범죄는 군사법원이, 일반 범죄는 일반 법원이 각각 재판권을 가진다는 것이다. 대법원은 지금까지 이 같은 경우 일반 범죄까지도 군사법원이 한꺼번에 재판할 수 있다는 입장을 취해왔는데, 이번 결정을 통해 판례(2003도8253 판결 등)를 변경했다. 이번 결정은 군사법원의 재판 관할권이 일반 국민에게 무분별하게 확장되는 것을 막아 헌법상 국민의 '법률에 정한 법관에 의한 재판 받을 권리'를 한층 더 두텁게 보장했다는 평가를 받고 있다. 대법원 전원합의체(주심 권순일 대법관)는 16일 군용물 절도와 허위공문서 작성 혐의 등으로 기소된 예비역 대령 김모(66)씨가 자신에 대한 재판권이 일반 법원인 서울중앙지법과 관할 보통군사법원 가운데 어디에 있는지 가려달라며 낸 재판권 쟁의에 대한 재정신청사건(2016초기318)에서 "서울중앙지방법원은 군용물절도 부분을 제외한 나머지 부분에 대해 재판권이 있다"고 결정했다. 재판부는 "헌법 제27조 1항은 '모든 국민은 헌법과 법률이 정한 법관에 의하여 법률에 의한 재판을 받을 권리를 가진다'고 규정함으로써 재판청구권을 보장하고 있고, 같은 조 2항은 헌법과 법률이 정한 예외적인 경우를 제외하고는 일반 국민은 군사법원에서 재판을 받지 아니한다고 함으로써 군사법원의 재판을 받지 아니할 권리를 기본권으로 선언하고 있다"며 "이에 따라 군사법원법은 일반 국민에 대하여 중대한 군사범죄로서 군의 조직과 기능을 보존하는 데에 구체적인 위험을 야기하는 초병이나 군용물에 관한 죄 등 특정 군사범죄에 한해 일반 국민에 대한 군사법원의 신분적 재판권을 인정하고 있다"고 밝혔다. 이어 "이 같은 헌법 취지를 고려할 때 군사법원이 예외적으로 일반 국민에 대해 신분적 재판권을 가진다고 하더라도 그 재판권의 범위에 관한 법률의 규정은 확장해석하거나 유추적용해서는 안 된다"면서 "군사법원이 특정 군사범죄를 범한 일반 국민에 대해 재판권을 가진다고 하더라도 일반 국민이 범한 특정 군사범죄 외의 다른 죄까지 군사법원이 재판권을 가진다고 해석하는 것은 헌법과 법률에 의하지 않고 군사법원의 재판권을 창설하는 것으로 허용될 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "따라서 일반 국민이 군형법상의 범죄를 범해 군사법원이 그 범죄에 대한 재판권을 가지게 되었다고 하더라도 군형법상의 범죄와 경합범으로 공소제기 된 다른 일반 범죄에 대해서까지 군사법원이 재판권을 가진다고 할 수 없다"며 "특정 군사범죄는 군사법원이, 이 밖의 일반 범죄에 대해서는 일반 법원이 재판권을 갖는다"고 판시했다. 이 같은 다수의견에 대해 김용덕·박상옥 대법관은 "특정 군사범죄의 재판권은 군사법원에 전속되나, 일반 범죄는 군사법원 또는 일반 법원의 재판권이 인정될 수도 있으므로 대법원이 여러 사정을 검토하여 재정결정에 의해 일반 범죄의 재판권이 어느 법원에 있는지를 결정해야 한다"며 "이 사건의 일반 범죄에 대하여는 일반 법원의 재판권을 인정할 수 있다"는 별개의견을 냈다. 반면 박병대·김창석·김신 대법관은 "일반 범죄에 대한 군사법원의 재판권을 인정하지 않는 헌법 정신을 고려할 때 특정 군사범죄와 일반 범죄가 경합범으로 기소돼 함께 재판을 해야 하는 경우에는 일반 법원이 공소사실 전체에 대한 재판권을 갖는다고 봐야 한다"는 반대의견을 냈다. 하지만 이기택 대법관은 "사람에 대한 재판권은 사건별로 분리될 수 없고, 헌법과 군사법원법 등이 일반 법원의 재판권에 대한 특별규정으로서 군사법원의 재판을 받을 수 있는 신분적 재판권을 인정하고 있는 이상 일반 범죄에 대해서도 군사법원의 재판권이 인정된다"는 반대의견을 냈다. 김씨는 육군사관학교 교수로 재직하던 2009년 두 차례에 걸쳐 육사에서 쓰는 실탄 300여발을 외부업체로 반출(군용물 절도)하고, 2009년 12월에는 한 방위사업체가 만든 방탄유리의 성능을 시험한 사실이 없음에도 다른 업체의 시험 결과를 도용해 허위 시험평가서를 작성해 발급한 혐의(허위공문서 작성 및 행사)로 기소됐다. 검찰은 김씨가 이미 전역해 민간인 신분이라 군사법원이 아닌 서울중앙지법에 김씨를 기소했다. 그러자 군사법원은 "군형법에 따라 군용물절도죄는 민간인도 군사법원에서 재판을 받아야 하는 특정 군사범죄에 해당한다"며 서울중앙지법에 재판권을 주장했다. 이에 김씨는 대법원에 "어느 법원에 재판권이 있는지를 가려달라"며 재정신청을 냈다. 이번 대법원 결정에 따라 김씨는 결국 군용물 절도죄에 대해서는 군사법원에서, 허위공문서 작성 및 행사죄에 대해서는 서울중앙지법에서 판단을 받게 됐다. 대법원 관계자는 "미국 연방대법원도 '일반 법원이 제대로 기능하고 있음에도 불구하고 일반 국민을 군사법원에서 재판하는 것은 위법하며 모든 국민은 군사법원의 재판을 받지 않을 권리가 있다'고 선언한 바 있다"며 "이번 결정은 일반 국민에 대한 군사법원의 재판권이 확장되는 것을 제한해 헌법과 법률이 정한 법관으로부터 공정하고 신속한 재판을 받을 기본권의 본질적인 내용이 침해되어서는 안 된다는 점을 명시적으로 선언했다는 점에서 큰 의미가 있다"고 말했다.

군사시설을 손괴한 일반 국민을 군사법원에서 재판하게 하는 현행 군사법원법은 헌법에 위반된다는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 28일 대법원이 민간 군사시설을 훼손한 혐의로 군사법원에서 재판을 받은 민간인 이모(대리인 법무법인 로고스)씨의 신청을 받아들여 군사법원법 제2조1항에 대해 낸 위헌법률심판제청사건(2012헌가10)에서 위헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "헌법 제27조2항은 초병과 초소, 군용물 등에 관한 죄 중 법률이 정하는 바에 따라 일반 국민에 대해 평시에도 군사법원에 재판권이 있음을 규정하고 있지만, 구 헌법에서 군용물과 군사시설에 관한 죄를 병렬적으로 규정하고 있던 점에 비춰보면 군용물은 명백히 군사시설을 포함하지 않은 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 헌재는 "군기의 유지와 군 지휘권 확립의 필요성, 평시에도 항상 대기하고 집단적 병영생활을 하는 군 임무의 특성상 평시에 군사법원을 설치해 군인 또는 군무원에 대한 재판권을 행사하는 것에 대해서는 이미 합헌결정이 내려졌지만, 비상계엄시가 아닌 평시에 일반 국민에 대한 군사법원의 재판권 행사에 있어 이런 특수성을 강조하기는 어렵다"며 "일반 국민에 대한 군사법원의 재판은 헌법이 보장하는 '헌법과 법률이 정한 법관'에 의해 재판받을 권리의 예외라는 점 등을 고려하면 일반 국민에 대한 군사법원의 재판권 범위를 규정한 헌법 조항은 엄격히 해석해야 한다"고 설명했다. 헌재는 "일반 법원도 군용시설 중 전투용 시설을 손괴한 군인 또는 군무원이 아닌 일반 국민을 얼마든지 재판할 수 있고, 일반법원이 재판한다고 해서 군기의 유지나 군 지휘권 확립에 지장을 초래하는 것도 아닌데도 군사법원의 재판권 범위를 넓게 해석한다면 군의 자율성과 특수성을 강조한 나머지 일반 국민에 대한 인권보장과 사법정의 실현에 미흡한 결과를 초래할 우려가 있다"고 지적했다. 이씨는 2009년 2월 공사도중 경기 연천군에 있는 군사기지의 대전차방벽을 군사시설인 줄 알면서도 철거했다가 기소됐다. 이씨는 제28보병사단 보통군사법원에서 징역2년에 집행유예 4년, 항소심인 고등군사법원에서 징역 1년6월에 집행유예 2년을 선고받고 상고했다. 이씨는 상고심 도중 일반 국민을 군사법원에서 재판받도록 하는 것은 헌법에 어긋난다며 군사법원법 제2조1항에 대해 위헌법률심판제청(2010초가274)을 신청했고, 대법원은 지난해 3월 이를 받아들여 헌재에 위헌심판을 제청했다.