셀트리온 제약이 2009년 한서제약을 흡수 합병하며 발생한 회계상 영업권 282억원은 과세대상이 아니라는 판결이 나왔다. 회계상 영업권으로 돼 있지만 과세 대상 요건을 갖춘 무형자산에 대한 대가로 볼 수 없다는 것이다. 영업권은 부동산 매매 시 발생하는 권리금처럼 기업 인수·합병(M&A)과정에서 발생하는 피인수기업의 유형자산이 아닌 브랜드 가치나 영업상 비밀 등 무형자산의 가치를 말한다. 통상 M&A 시 매입한 가격과 순자산가치의 차액을 영업권에 대한 대가로 본다. 예컨대 회사의 주식가치가 100억원이고 순자산가치가 70억원이면 차액인 30억원을 유형자산이 아닌 무형자산에 대한 영업권으로 보는 것이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 박형순 부장판사)는 셀트리온(소송대리인 법무법인 태평양)이 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016구합77186)에서 최근 원고승소 판결했다. 셀트리온은 2009년 5월 한서제약을 합병하며 회계처리준칙에 따라 282억원을 회계상 영업권으로 계상했다. 셀트리온은 당시 국세청에 282억원을 세무상 익금으로 산입하지 않았다. 과세당국은 "셀트리온은 한서제약을 합병하며 영업상 비밀 등 무형의 재산적 가치로 장차 초과수익을 얻을 수 있다고 평가해 합병대가를 산정했다"면서 "셀트리온이 계상한 영업권 가액은 법인세법상 합병평가차익에 해당해 과세대상"이라며 2015년 3월 100억여원의 법인세를 부과했다. 이에 셀트리온은 "한서제약의 무형의 사업상 가치를 승계한 것이 아니라 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액의 차이를 회계상 영업권으로 계상한 것에 불과하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "법인을 합병할 때 발생하는 (차액인) 영업권을 과세대상으로 보기 위해선 합병법인(셀트리온)이 피합병법인(한서제약)의 상호·거래관계 기타 영업상의 비밀 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치에 대해 대가를 지급한 것으로 봐야 한다"며 "셀트리온이 한서제약을 합병할 때 발생한 영업권은 법령에서 정한 영업권의 자산인정 요건에 인정되지 않으므로 셀트리온의 회계상 영업권을 합병평가차익으로 보고 과세한 것은 위법하다"고 밝혔다. 옛 법인세법과 시행령은 '합병법인이 피합병법인으로부터 자산을 평가해 승계한 경우 자산 가액 중 피합병법인의 장부가액을 초과하는 부분을 합병평가차익으로 과세할 수 있다. 이에 대해 과세를 하기 위해서는 합병법인이 피합병법인의 상호 등을 장차 초과수익을 얻을 수 있는 무형의 재산적 가치로 인정해 사업상 가치를 평가해 대가를 지급한 것으로 볼 수 있어야 한다'고 규정했다. 재판부는 "셀트리온이 한서제약을 흡수합병한 것은 회사 규모를 확대하고 보다 안정적인 사업기반을 조성하기 위한 것으로 보인다"며 "당시 한서제약의 매출액 규모와 주가변동내역에 비춰볼 때 셀트리온이 유형적 자산을 뛰어넘는 특별한 초과수익력이 있는 무형의 가치를 기대해 합병에 이르렀을 것이라 단정할 수 없다"고 설명했다.

상가를 팔면서 매도금액이 다른 2개의 계약서를 쓰고 상대적으로 낮은 매도금액이 기재된 매매계약서를 기초로 양도소득세를 냈더라도 세금 탈루 목적이 없었고 5년이 지났다면 양도소득세를 추가 납부할 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울 강서구 아파트단지에 상가 2개를 갖고 있던 김씨는 2003년 3월 이모씨 등 2명에게 상가를 팔았다. 이 과정에서 김씨는 이씨 등과 두 차례 계약서를 썼다. 매매계약 체결 당시 양도가액을 4660만원으로 하는 계약서를 썼지만, 이후 당시 상가 임차인이던 조모씨가 이씨로부터 시설비와 영업권리금 등을 받기로 하면서 이들 금액을 포함시켜 상가 매매가를 1억3000만원으로 하는 계약서를 다시 쓴 것이다. 김씨는 처음 계약서를 기초로 양천세무서에 신고하고 양도소득세 14만원을 납부했다. 그런데 이씨가 이 상가를 다른 사람에게 넘기면서 취득가액을 1억3000만원으로 강서세무서에 신고하면서 뒤늦게 문제가 발생했다. 양천세무서가 2014년 2월 양도소득세를 다시 계산해 김씨에게 6200여만원을 추가납부하라고 고지했기 때문이다. 김씨는 이의신청을 했지만 양천세무서가 김씨의 주장 일부만 받아들여 850만원을 내야한다고 하자 소송을 냈다. 서울행정법원 행정3단독 이승윤 판사는 김씨가 "양도소득세 추가 부과처분을 취소해 달라"며 양천세무서장을 상대로 낸 소송(2015구단144)에서 최근 김씨의 손을 들어줬다. 이 판사는 판결문에서 "국세기본법 제26조의2는 조세 법률관계의 신속한 확정을 위해 국세 부과의 제척기간을 원칙적으로 5년으로 규정하면서, 납세자가 과세요건 사실을 발견하기 곤란하게 하거나 허위사실을 제출하는 등 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈한 사정이 있는 등의 경우에 한해 제척기간을 10년으로 연장하고 있다"고 밝혔다. 이어 "김씨 등이 2개의 매매계약서를 작성한 것은 세금을 탈루하기 위한 것이라기보다 매매 당시 임차인의 시설비와 영업권리금이 포함된 매매계약서를 다시 작성한 것으로 봐야 한다"며 "세금의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 보기 어렵다"고 설명했다. 이 판사는 "이 사건에서는 5년의 제척기간이 적용돼야 한다"며 "따라서 양도소득세 제척기간은 신고기한인 2004년 5월 1일부터 31일까지의 다음날인 6월 1일부터이고, 이 날로부터 5년이 넘은 2014년 2월 추가 납부 통지한 세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

시장재건축사업조합이 정한 권리금 가액이 적다는 사유만으로 보상가액결정이 무효라고 볼 수는 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정1부(재판장 오석준 부장판사)는 지난 7일 동대문지역 재래시장재개발을 추진하고 있는 A조합이 임차상인 B씨를 상대로 제기한 손실보상의무부존재확인소송(2010구합14503)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "도시및주거환경정비법에 따라 설립된 조합인 원고가 사업시행계획을 통해 점포에 대한 보상가액을 결정한 것은 공정력을 갖는 행정처분에 해당한다"며 "따라서 그 하자가 중대·명백해 무효로 인정되는 경우를 제외하고는 권한있는 기관에 의해 취소되기까지는 유효하다고 봐야 하므로 권리금 가액이 적다는 이유만으로는 보상가액결정이 무효라고 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "시장정비사업에서 입점상인의 '입점우선권'이나 '현금보상요구권'은 사업시행자가 구체적인 보호대책을 수립해 통지하고 입점상인이 사업시행자에게 현금보상지급신청을 해야 비로소 발생한다"며 "조합이 보호대책에 따라 보상금액을 수령할 것을 요구하였음에도 피고가 이를 거절하고 시위를 지속함에 따라 권리금 상당의 보상가액을 공탁한 것은 조합이 피고에게 이 사건 입점상인 보호대책에 따른 현금보상을 한 것으로 봄이 상당하다"고 판단했다. 서울 동대문지역 재래시장재개발사업을 추진하던 A조합은 지난 2003년 임차상인에 대한 보호대책을 마련하면서 B씨 점포에 대한 권리금을 1,350만원으로 책정했다. 하지만, B씨는 인근 시장의 점포권리금이 2억~4억원에 이른다며 조합의 보상액수령을 거절하고 서울시 중구청과 조합을 상대로 시위를 벌이면서 점포의 인도를 거부했다. 이에 A조합은 B씨를 피공탁자로 법원에 권리금 보상가액을 공탁한 뒤 소송을 냈다.