경유차에 대한 환경개선부담금 부과는 정당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 30일 송모씨 등 경유차 소유자 8명이 "환경개선부담금 부과는 평등권과 재산권을 침해한다"며 관악구청장 등 6개 지자체장을 상대로 낸 환경개선부담금부과처분취소소송(2008구합44860)에서 "환경개선부담금제도는 합리적인 정책형성권의 행사"라며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "경유차에서 일산화탄소가 휘발유차에 비해 비교적 적게 배출되고 연비가 다소 우수하더라도, 다른 오염물질에 비해 환경오염에 따른 사회적 비용이 현저하게 많이 소요되는 미세먼지나 질소산화물이 월등히 많이 배출되기 때문에 큰 의미를 가지지 못한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "국가가 대기환경보전법 등에 이산화탄소를 대기오염물질 중 하나로 규정해 규제하지 않고 있는 것은 우리나라의 자연환경, 환경오염의 현황, 국민의 소득수준 등의 여러 요소와 사정을 종합적으로 고려한 합리적인 정책형성권의 행사로서 존중돼야 한다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "입법자가 이러한 사정을 고려해 경유차 소유자에게, 특히 일부 환경오염물질이 적게 배출되는 경유차 소유자에게까지 휘발유차 소유자와 달리 환경개선부담금을 선별적으로 부과한 것이므로 합리적인 이유가 있고, 평등의 원칙에 위배된다고 할 수 없다"고 설명했다. 재판부는 재산권 침해라는 주장에 대해서도 "환경개선비용부담법 등에 대기오염물질이 현저히 적게 배출되는 일부 경유차 등에 관해서는 환경개선부담금을 면제하는 길을 열어두고 있다"며 인정하지 않았다. 스포티지, 트라제 등 경유차 소유자인 송씨 등은 지난해 9월 관악구청 등이 10,000~90,000원의 환경개선부담금 부과처분을 하자, "환경개선비용부담법은 평등원칙과 재산권 침해로 위헌, 무효이므로 부담금 부과는 위법하다"며 11월 소송을 냈다.

SK에너지가 거액의 석유수입부과금환급금 환수처분을 취소해달라며 낸 소송에서 사실상 패소판결을 받았다. 1심은 환수대상인 188억여원 가운데 환급사유가 인정된 금액을 뺀 40억여원에 대해서만 환수가 정당하다고 본 반면, 2심은 시효가 완성된 부분을 뺀 142억여원의 환수가 정당하다고 판단한 것이다. 한국석유공사는 (주)SK가 2001년부터 2004년에 걸쳐 수입한 중유 16억리터를 울산석유화학단지에서 사용한 것과 관련해 188억여원의 석유수입부과금을 환급했다. 구 석유사업법시행령 제27조1항 제3호의 발전사업용으로 공급한 것으로 본 것이다. 하지만 감사원은 2004년 산업자원부에 대한 감사를 하면서 “발전사업허가를 받지 않았다”는 이유로 환급처분이 부당하다고 지적했고, 공사는 2006년10월 환수처분을 했다. 이에 SK는 “환급처분취소는 부당하고 또 저유황 벙커시유 공급을 이유로 한 환급사유도 있다”며 12월 소송을 냈다. SK의 에너지 사업부는 2007년 (주)SK에너지로 인수됐다. 1심은 “SK에너지는 생산된 전기를 전량 자가소비한 이상 구 집단에너지사업법 제48조1항 등에서 규정한 발전사업허가를 받은 것으로 의제되는 사업자에 해당되지 않는다”며 “환급처분을 성립상의 하자를 이유로 소급해 상실시키는 이상 소멸시효의 적용대상도 아니다”라고 지적했다. 그러나 재판부는 “대기환경보전법 제26조 등에 의해 저유황 벙커시유를 공급했으므로 구 석유사업법 제27조1항 제5호에 의해 148억여원을 환급받을 수 있다”며 188억여원의 환수처분 가운데 40억여원만 정당하다고 봤다. 하지만 2심 판단은 달랐다. 서울고법 행정5부(재판장 조용구 부장판사)는 SK에너지가 한국석유공사를 상대로 낸 석유수입부과금환급금환수처분 취소소송(2008누2073)에서 “188억여원의 환수처분 가운데 소멸시효가 완성된 45억여원을 뺀 142억여원의 환수가 정당하다”며 원고 일부패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “저유황 벙커시유 공급을 이유로 한 환급처분은 별개의 소로 다퉈야 하는 것은 물론 환급사유가 존재하기 위해서는 중유가 국내에서 생산(원유를 수입해 정제)된 것이어야 하는데 이를 인정할 만한 증거도 없다”며 받아들이지 않았다. 하지만 재판부는 “석유수입부과금 환급금 환수처분은 부과처분과 동일한 성질을 가지므로 국세징수법 제27조의 국세징수권 소멸시효 5년의 적용을 받는다”며 “환수처분이 있었던 2006년10월부터 소급해 5년이 경과한 45억여원은 소멸시효가 완성됐다”고 밝혔다.