김포 장릉 사이로 보이는 신축 아파트 단지<사진=연합뉴스> 유네스코 세계문화유산인 김포 장릉 인근에 아파트를 짓고 있는 건설사들이 문화재청을 상대로 공사중지 명령을 취소해달라고 낸 소송 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정10부(성수제·양진수·하태한 부장판사)는 3일 건설사 제이에스글로벌, 금성백조주택 등이 문화재청 궁능유적본부장을 상대로 낸 공사중지명령처분 취소소송(2022누53831) 항소심에서 1심과 같이 원고승소 판결했다. 앞서 대방건설과 대광이엔씨도 문화재청을 상대로 같은 소송을 내 1심에서 승소한 뒤 올해 8~9월 항소심에서도 승소했다. 문화재청은 이 같은 판결에 불복해 상고했고, 대법원 판단을 남겨두고 있다. 문화재청은 이번 사건도 상고할 것으로 전망된다. 제이에스글로벌 등 건설사들은 인천검단신도시개발사업으로 조성된 공동주택용지를 분양받아 사업계획 승인을 얻어 아파트를 건설 중이었다. 그런데 문화재청은 해당 부지가 국가지정문화재 사적 제202호인 김포 장릉의 외곽 경계로부터 500m 이내에 해당해 역사문화환경 보존지역에 포함된다고 봤다. 문화재청은 문화재보호법 제35조에 따라 문화재청장 등의 허가를 받아야 하는데 그런 절차를 거치지 않고 아파트를 건설하고 있다며 높이 20m를 초과하는 아파트에 대한 공사중지명령을 내렸다. 이에 건설사들은 "해당 토지는 역사문화환경 보존지역에 해당하지 않아 문화재보호법 관련 절차가 요구되지 않는다"며 "설령 그렇지 않다고 하더라도 공사중지명령은 재량권을 일탈·남용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 "경기도 문화재 보호 조례에 따르면 해당 토지는 역사문화환경 보존지역에 해당하지 않는다"며 "아파트 건축행위가 그 자체로 문화재보호법 시행령 등에서 정하는 '국가지정문화재의 경관을 저해할 우려가 있는 건축물을 설치하는 행위'에 해당한다고 단정할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "문화재청 처분 당시 해당 아파트는 이미 골조가 완성된 상태였고, 공사 중단으로 건설사와 수분양자들이 입을 재산상 손해는 막대한 반면 건물 일부라도 철거해 얻을 수 있는 이익은 그에 비해 크지 않거나 미미하다"며 "공사 중단 처분으로 침해되는 사익이 달성하고자 하는 공익과 비교해 결코 작지 않으므로, 비례의 원칙에 비춰 보더라도 재량권 일탈·남용의 여지가 있다"고 설명했다. 그러면서 "설령 해당 토지가 김포 장릉의 역사문화환경 보존지역에 해당하더라도, 관련 규정에 의해 조산 전망은 '역사문화환경 보존지역 내 건설행위 등에 관한 허용기준'의 중요한 고려 대상이 아니다"라고 판시했다.

유네스코 세계문화유산인 김포 장릉 인근에 건설 중인 아파트에 대해 공사 중단을 명령한 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 8일 건설사인 대광이엔씨(소송대리인 법무법인 광장 정영훈·유재성·윤성휘·전소영·이인형 변호사)가 궁능유적본부장을 상대로 낸 공사중지명령처분 취소소송(2021구합73386)에서 원고승소 판결했다. 이 재판부는 같은 취지로 또 다른 건설사인 제이에스글로벌(소송대리인 법무법인 동인 서재덕·김상우·선우인·함시은·전종민·장윤정·이환승 변호사) 등이 낸 소송(2021구합78084)에서도 원고승소 판결했다. 이 건설사들은 인천검단신도시개발사업으로 조성된 공동주택용지를 분양받아 사업계획 승인을 얻어 아파트를 건설 중이었다. 그런데 문화재청은 해당 부지가 국가지정문화재 사적 제202호인 김포 장릉의 외곽 경계로부터 500m 이내에 해당해 역사문화환경 보존지역에 포함된다고 봤다. 문화재청은 문화재보호법 제35조에 따라 문화재청장 등의 허가를 받아야 하는데 그런 절차를 거치지 않고 아파트를 건설하고 있다며 높이 20m를 초과하는 아파트에 대한 공사중지명령을 내렸다. 이에 건설사들은 "해당 토지는 역사문화환경 보존지역에 해당하지 않아 문화재보호법 관련 절차가 요구되지 않는다"며 "설사 그렇지 않다고 하더라도 공사중지명령은 재량권을 일탈·남용한 것"이라며 소송을 냈다. 재판부는 "경기도 문화재 보호 조례에 따르면 해당 토지는 역사문화환경 보존지역에 해당하지 않는다"며 "아파트 건축행위가 그 자체로 문화재보호법 시행령 등에서 정하는 '국가지정문화재의 경관을 저해할 우려가 있는 건축물을 설치하는 행위'에 해당한다고 단정할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "문화재청 처분 당시 해당 아파트는 이미 골조가 완성된 상태였고, 공사 중단으로 건설사와 수분양자들이 입을 재산상 손해는 막대한 반면 건물 일부라도 철거해 얻을 수 있는 이익은 그에 비해 크지 않거나 미미하다"며 "공사 중단 처분으로 침해되는 사익이 달성하고자 하는 공익과 비교해 결코 작지 않으므로, 비례의 원칙에 비춰 보더라도 재량권 일탈·남용의 여지가 있다"고 설명했다. 그러면서 "설령 해당 토지가 김포 장릉의 역사문화환경 보존지역에 해당하더라도, 관련 규정에 의해 조산 전망은 '역사문화환경 보존지역 내 건설행위 등에 관한 허용기준'의 중요한 고려 대상이 아니다"라고 판시했다.

산업단지 관리·감독 기관이 사업자에게 사업계획 적정통보를 한 뒤, 뒤늦게 사업자가 산업단지 지정권자 등이 정한 부관을 어긴 사실을 알고 이를 취소한 것은 재량권 일탈·남용에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 사업 관련 기관 간 처분의 통일성·일관성을 위한 적절한 조치라는 취지다. 대전지법 행정1부(재판장 이영화 부장판사)는 폐기물처리업체 A사가 금강유역환경청을 상대로 낸 폐기물처리 사업계획서 적정통보 취소처분 취소청구소송(2018구합103364)에서 최근 원고패소 판결했다. A사는 2012년 충남 서산시 일대에 폐기물처리시설 용지를 분양받았다. 이후 폐기물매립시설 설치를 위해 산업단지 관리기관인 서산시에 입주계약체결 신청을 하고, 산업단지 지정권자인 충청남도에 사업실시계획변경 승인을 신청했다. 서산시와 충청남도는 이를 승인하면서 '산업단지 내 발생되는 폐기물만 매립할 것'이라는 조건을 부가했다. 이후 2016년 A사는 산업단지 관리·감독 기관인 금강유역환경청에 폐기물처리시설 사업계획 적정통보 신청을 했고 환경청은 두 달 뒤 적정통보를 했다. 그런데 2018년 환경청은 A사 사업계획서 내용이 입주계약 등의 승인 조건과 일치하지 않는다는 것을 발견하고 사업계획서에 대한 적정통보를 직권으로 취소했다. 이에 A사는 "수익적 행정행위를 취소하는 것은 재량권 일탈·남용에 해당한다"며 소송을 냈다. “선행적 부관이 존재 기관 간 처분 통일성 위한 조치” 재판부는 "산업입지 및 개발에 관한 법률에 따라 산업단지로 지정된 곳에서 폐기물처리시설업을 시행하고자 하는 자는 실시계획을 작성해 산업단지 지정권자의 승인을 받고 관리기관과 입주계약을 체결해야 한다"며 "사업시행자가 사업 지정 또는 승인 시 부과된 조건을 지키지 않으면 승인 등을 취소할 수 있다"고 밝혔다. 대전지법 사업자 패소 판결 이어 "A사에게 입주계약 승인 조건 및 실시계획변경 승인 조건이 선행적으로 존재하는 상황에서 금강유역환경청이 조건들의 내용을 전혀 검토하지 않은 채 사업계획 적정통보를 했는데, 적정통보를 유지하게 되면 지정권자·관리기관·관리감독기관 사이에 일관성 있고 통일된 행정이 이루어질 수 없다"며 "이로 인해 이해관계인들은 어느 기관의 행정에 따라야 할지 예측하기가 어려워 혼란을 초래할 여지가 있다"고 밝혔다. 그러면서 "환경청이 추후 입주계약 해지 사유를 발견하고 일관되고 통일된 행정을 위해 적정통보 취소 처분을 한 것을 불가피한 조치로 보인다"며 "현저히 합리성을 결여했거나 타당성을 잃었다고 볼 만한 다른 사정이 없어 환경청의 처분은 적절한 조치에 해당하는 것으로 보인다"고 판시했다.

기업이 환경영향평가를 피하기 위해 사업규모를 축소해 지방자치단체에 공장 신설 신청을 내는 꼼수를 부렸다면 지방자치단체는 허가를 내주지 않아도 된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김신 대법관)는 A사가 충남 공주시장을 상대로 낸 공장신설 불승인처분 취소소송(2017두71789)에서 원고승소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "공장설립 등의 개발행위 허가는 허가기준과 금지요건이 불확정 개념으로 규정된 부분이 많아 그 요건에 해당하는지 여부는 행정청의 재량판단 영역에 속한다"며 "특히 환경 훼손이나 오염을 발생시킬 우려가 있는 개발행위에 대한 행정청의 허가 여부와 관련한 재량권 일탈·남용 여부를 심사할 때에는 해당 지역 주민들의 토지이용 실태와 생활환경 등 구체적인 지역 상황과 상반되는 이익을 가진 이해관계자들 사이의 권익 균형과 환경권 보호에 관한 각종 규정의 입법 취지 등을 종합해 신중하게 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "'환경오염 발생 우려'와 같이 장래에 발생할 불확실한 상황과 파급효과에 대한 예측이 필요한 요건에 관한 행정청의 재량적 판단은 형평과 비례의 원칙에 뚜렷하게 배치되지 않는 한 폭넓게 존중돼야 한다"고 설명했다. 또 "A사 측이 공장건물 내 파쇄시설 설치, 습식파쇄방식 도입 등 운영계획을 밝히는 등 분진과 소음, 오·폐수 저감 대책을 세우고는 있으나, 이러한 저감 대책만으로 환경오염 우려를 불식시키기에는 부족하다고 판단된다"며 "환경이 훼손되면 원상회복이 어려운 경우가 많아 피해복구에 한계가 있다는 점까지 고려해 보면 더욱 그렇다"고 지적했다. 그러면서 "공주시의 공장신설 불승인 처분이 재량권을 일탈·남용해 위법하다고 단정하기 어렵다"고 판시했다. A사는 2015년 6월 공주시 의당면의 한 야산에 공장을 짓겠다며 공장부지 1만6550㎡, 제조시설 525㎡ 규모의 공장 신설 승인신청을 했다가 그해 8월 1차 신청을 취하하고 같은해 10월 공장부지를 5041㎡로 줄여 같은 내용의 공장 신설 승인 신청을 냈다. 이에 공주시는 이 사업이 소규모 환경영향평가 대상 사업에 해당하므로 지역환경청장과 협의하라고 요구했다. 그러자 A사는 2016년 4월 2차 신청을 취하하고 이튿날 사업부지 면적을 대폭 축소해 다시 공장 신설 승인신청을 냈다. 공주시는 이에 "환경영향평가를 회피할 목적으로 한 부적합한 신청"이라며 불승인 처분을 내렸고, A사는 이에 불복해 소송을 냈다. 앞서 1심은 공주시의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "설령 A사가 환경영향평가를 회피하기 위해 사업계획 면적을 축소해 신청했다고 하더라도, 회피행위 자체가 처분 당시 법령에 저촉되지 않는 이상 신청이 부당하다고 볼 수 없다"며 "공주시가 A사의 신청을 거부할 합리적인 사유라고 보기 어렵다"며 1심 판결을 취소했다.

행정처분의 취소를 구하는 것보다 실효적이고 직접적인 구제수단이 있는데도 무조건 처분을 취소해달라며 법적 다툼을 이어가는 것은 분쟁해결의 적정한 수단이라고 할 수 없으므로 각하해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 법률상 이익이 없다는 것이다. 대법원 특별3부(주심 김창석 대법관)는 건설업체인 A사가 충청북도행정심판위원회를 상대로 낸 주택건설사업계획 변경승인신청 반려처분 취소재결 취소소송(2015두45045)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. A사는 충북 진천군에 아파트를 짓겠다며 주택건설사업계획 승인을 받아 사업을 진행했다. 그런데 이후 경매절차를 통해 사업부지와 A사가 짓던 아파트를 낙찰받은 B사가 진천군에 사업계획 변경승인을 신청했다. 진천군은 서류미비를 이유로 B사의 신청을 반려했고, B사는 충북행심위에 반려처분을 취소해달라며 행정심판을 청구했다. 행심위는 B사의 손을 들어줬고, 진천군은 이에 따라 B사의 사업계획 변경을 승인했다. 그러자 A사는 법원에 행심위의 취소재결 자체를 취소해달라는 소송을 냈다. 재판부는 "행정청이 한 처분의 취소를 구하는 소송은 그 처분에 의해 발생한 위법 상태를 배제해 원래 상태로 회복시키고 그 처분으로 침해된 권리나 이익을 구제하고자 하는 것"이라며 "따라서 해당 처분 등의 취소를 구하는 것보다 실효적이고 직접적인 구제수단이 있는데도 그 처분의 취소를 구하는 것은 분쟁해결의 유효적절한 수단이라고 할 수 없으므로 법률상 이익이 없다"고 밝혔다. 이어 "행정청이 행심위의 재결에 따라 이전 신청을 받아들이는 후속처분을 했더라도 그 후속처분이 위법한 경우에는 재결에 대한 취소소송 없이 곧바로 후속처분에 대한 항고소송을 제기해 다툴 수 있고, 만약 거부처분을 취소하는 재결이 있더라도 후속처분이 있은 후에야 비로소 제3자의 권리나 이익에 변동이 발생한다"며 "또한 재결에 대한 항고소송을 통해 재결을 취소하는 판결이 확정되더라도 그와 별도로 후속처분이 취소되지 않는 이상 후속처분으로 인한 제3자의 권리나 이익에 대한 침해 상태는 여전히 유지된다"고 설명했다. 그러면서 "거부처분이 재결에서 취소된 경우 재결에 따른 후속처분이 아니라 그 재결의 취소를 구하는 것은 실효적이고 직접적인 권리구제수단이 될 수 없어 분쟁해결의 유효적절한 수단이라고 할 수 없으므로 법률상 이익이 없다"고 판시했다. 앞서 1심은 A사의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "취소재결로 B사의 사업계획변경 승인신청이 자동적으로 받아들여지게 되는 것이 아니라 반려처분이 있기 전의 상태로 돌아가는 것 뿐이고 지자체는 이를 처분할 의무를 부담하게 되는 것"이라며 "이는 재결과는 별개의 독립적인 행정처분이므로 A사가 재결의 취소를 구할 법률상 이익이 없다"며 1심을 취소하고 A사의 청구를 각하했다.

국고보조 기능보강사업 신청자가 지방자치단체로부터 보조금을 받아 사업을 진행하던 중 사전승인 없이 사업 내용을 변경했더라도, 보조금이 사업 목적에 맞게 정상적으로 집행됐다면 지자체는 보조금 반환처분을 할 수 없다는 판결이 나왔다. 부산지법 행정1부(재판장 전상훈 부장판사)는 최근 성우복지재단이 부산광역시 기장군을 상대로 낸 보조금반환명령처분 취소소송(2014구합329)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "보조금 대부분이 사업 수행을 위해 정상적으로 집행됐고, 사업내용 변경이 장애인들의 보다 안정된 생활을 위한 것임을 볼 때 승인을 받지 못한 부분의 보조금 전부를 반환하라고 하는 것은 재량권의 한계를 일탈해 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "사업 내용 변경 시 사전승인을 받도록 하는 제도의 취지는 구체적인 사용내용 변경에 따라 보조금 교부의 필요성과 적합성 등을 실질적으로 검토해 예산의 낭비를 막고 보조금이 원래 목적에 맞게 적정하게 사용되도록 하기 위한 것이므로 사전승인을 받지 못했다면 지자체는 보조금 반환을 명할 수 있다"면서 "그러나 지자체가 보조금 교부 결정을 취소할 때 보조금 취소 범위는 보조사업의 목적과 내용, 위반 내용과 동기 등을 종합해 개별적으로 결정해야 한다"고 설명했다. 2006년 설립된 사회복지법인인 성우복지재단은 2009년 중증장애인 생활시설을 신축하기 위해 국고보조 기능보강사업을 신청하고 사업신청서를 제출한 뒤 기장군으로부터 2009년 11월부터 2010년 8월까지 8차례에 걸쳐 보조금 9억7000여만원을 받았다. 그런데 재단은 사업계획서와 다르게 '터 파기' 공사 설계를 변경하고 절개지 구조물을 옹벽에서 자연석으로 바꾸는 등 기장군의 승인 없이 사업 내용을 바꿔 공사했다. 기장군은 2013년 8월 "재단이 보조금 일부를 사업계획 변경 승인 없이 집행했다"며 2억2000여만원을 반환하라는 처분을 내렸다. 재단은 "보조금을 교부 목적 외에 다른 용도로 사용하지는 않았다"며 소를 제기했다.

지방자치단체가 사업 예정지 일부가 농업진흥구역이나 국유재산이라는 이유만으로 사업계획자가 낸 계획서를 검토하지 않고 반려한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 2013년 1월 이모씨는 강원 화천군에서 콘크리트나 골재 등 건설폐기물을 재활용하는 사업을 하기 위해 사업계획서를 화천군에 냈다. 그러나 화천군은 "사업 신청지 중 일부가 농지법에서 정한 농업진흥구역이고 국유재산이므로 건설폐기물 처리시설을 설치할 수 없다"며 사업계획 부적합 통보처분을 하자 이씨는 소송을 냈다. 춘천지법 행정부(재판장 강성수 부장판사)는 지난달 25일 이씨가 화천군을 상대로 낸 건설폐기물처리사업계획서 부적합통보처분 취소청구소송(2013구합1339)에서 "화천군의 처분을 취소한다"고 판결했다. 재판부는 판결문에서 "이씨가 개발 신청한 땅의 대부분은 제한적으로 이용·개발이 가능한 계획관리지역이고 땅이 농업진흥구역이나 국유재산이라 할지라도 농업생산기반시설 목적 외 사용허가신청과 국유재산 사용허가신청을 받으면 사용이 가능하며, 이씨가 사업계획 제출 당시 농업생산기반시설 목적 외 사용허가신청과 국유재산 사용허가신청을 했다"며 "화천군이 이에 대한 심사를 전혀 하지 않은 채 이 사건 토지가 농업진흥구역 및 국유재산에 해당한다는 이유만으로 사업계획 적정 여부의 기준을 설정하지 않고 구체적·합리적 이유 제시 없이 부적합 통보를 한 것은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "사업계획 적정 여부 통보를 위해 필요한 기준을 정하는 것은 행정청의 재량에 속하므로, 특별한 사정이 없는 이상 행정청의 의사는 가능한 존중돼야 할 것이지만 행정청이 설정한 기준이 객관적으로 합리적이지 않거나 또는 그 기준을 설정하지 않은 채 구체적이고 합리적 이유 제시 없이 부적정 통보를 하거나 사업계획서를 반려하는 경우까지 행정청의 의사를 존중해야 하는 것은 아니다"라고 설명했다.

제주 서귀포시 강정마을 해군기지 건설 승인 무효확인 청구 사건 파기환송심에서 국방부의 건설계획 승인이 적법하다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정9부(조인호 부장판사)는 13일 강모씨 등 주민 438명이 "제주해군기지 설립계획을 취소해달라"며 국방부장관을 상대로 낸 국방·군사시설 사업실시계획 승인처분 무효확인 청구소송의 파기환송심(2012누21170)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "사전에 환경영향평가서가 제출되지 않은 상태에서 실시계획 승인처분이 이뤄진 것이 위법한 것인지 여부가 쟁점"이라며 "환경영향평가서 제출시기는 실시계획의 승인 전이 아니라 건설기술관리법 시행령상의 기본설계의 승인 전으로 봐야 하므로 기본설계 승인 전에 환경영향평가서가 제출된 이상, 승인처분은 위법하지 않다"고 밝혔다. 재판부는 "주민의 의견수렴절차, 제주도지사와의 협의절차, 사전환경검토절차, 절대 보전지역 지정해제 등과 관련해 위법사항이 있거나 재량권 일탈 남용에 해당하지 않는다"고 설명했다. 강씨 등은 국방부가 2009년 1월 함정 20여 척을 동시에 댈 수 있는 해군기지를 강정마을 인근에 건설하는 국방·군사시설 사업실시계획을 승인하자 "환경영향평가가 마무리되지 않은 상태에서 승인한 것은 무효"라며 같은 해 4월 소송을 냈다. 이후 국방부는 2010년 3월 환경영향평가를 반영해 새로 제출된 사업실시계획을 변경승인했다. 1· 2심은 환경영향평가가 빠진 최초의 사업실시계획 승인처분을 무효로 판단하고 이를 보완한 변경승인만 유효하다며 원고일부승소로 판결했으나, 대법원은 지난 7월 최초 승인과 변경승인 모두 유효하다며 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 한편 이 사건 이후 국방사업법은 사업계획과 실시계획을 구별해 사업계획 단계에서는 사전환경성검토를, 실시계획 단계에서는 환경영향평가를 거치도록 개정됐다.

사업실시계획 승인 전 환경영향평가를 거치지 않은 제주 해군기지 건설사업은 합법이라는 대법원 판결이 나왔다. 사업실시계획 전에는 사업지역을 지정하는 단계일 뿐이므로 환경영향평가는 사업의 구체적 단계인 기본설계 승인 전까지 거치면 된다는 취지다. 사업 승인에 일부 위법성을 인정했던 원심과 달리 대법원이 합법성을 인정함에 따라 해군기지 건설사업은 탄력을 받을 전망이다. 대법원 전원합의체(주심 민일영 대법관)는 5일 제주 서귀포시 강정마을 주민 강모씨 등 438명이 국방부를 상대로 낸 국방·군사시설사업실시계획승인처분 무효확인소송 상고심(☞2011두19239)에서 원고일부승소한 원심을 파기하고 원고패소 취지로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "구 환경정책기본법 등 관계법령은 사전 환경성 검토협의는 실시계획 승인 전에, 환경영향평가서는 기본설계의 승인 전에 각각 요청·제출하도록 규정함으로써 사전 환경성 검토와 환경영향평가가 갖는 고유한 목적과 기능을 고려해 그 이행시기를 달리하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "구 국방사업법상의 '실시계획 승인'에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 사업인정과 극히 제한적인 인·허가 의제의 효력만 인정될 뿐 사업시행에 필요한 각종 인·허가 의제의 효력이 포괄적으로 인정되지 않아 사업시행자는 실시계획의 승인을 받은 후 다시 구체적인 계획을 수립해 사업시행절차를 추진하게 된다"며 "결국 실시계획의 승인은 사업지역의 지정단계일 뿐이고 그 단계에서는 환경영향평가의 취지를 달성하기도 어려우므로 국방·군사시설사업에서 국방사업법상 '실시계획승인' 전에는 사전환경성 검토를, '기본설계 승인' 전에는 환경영향평가를 거치도록 하는 것이 합리적이다"라고 설명했다. 재판부는 "원심이 구 환경영양평가법 시행령상의 기본설계의 승인이 실시계획의 승인을 의미한다는 전제하에 승인처분 전 환경영향평가를 실시한 바 없다는 이유로 위법하다고 판단한 것은 환경영향평가서 제출시기 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다"고 지적했다. 반면 전수안·이상훈 대법관은 "구 환경영향평가법 시행령의 기본설계의 승인 전은 구 국방사업법상 실시계획의 승인 전을 의미한다고 봐야 하므로 무효이고, 무효인 시행령 규정에 따라 행해진 국방부의 승인처분은 하자가 중대하고 명백해 무효다"라며 반대의견을 냈다. 2006년 5월 국방부는 제주남방해역과 해상교통로에 대한 효율적인 감시 등을 목적으로 제주해군기지 건설방침을 발표했다. 2007년 서귀포시 대천동 강정마을 회장은 제주도지사에게 해군기지 유치건의를 했고, 도지사는 이를 받아들여 강정마을을 제주해군기지 건설사업지로 발표했다. 1·2심은 2009년 1월 승인된 해군기지 설립기본계획이 환경영향평가를 거치지 않은 하자가 존재해 무효이지만, 해군본부가 계획승인 후 환경영향평가를 실시했고 도지사와의 협의를 거친 뒤 변경승인을 받은 이상 변경된 해군기지 설립계획까지 위법하다고 볼 수 없다고 판결했다. 한편 이 사건 이후 국방사업법은 이번 판결 다수의견과 같은 취지로 사업계획과 실시계획을 구별해 사업계획 단계에서는 사전환경성검토를, 실시계획단계에서는 환경영향평가를 거치도록 개정됐다.

공공사업 시행고시 이후 비로소 어업허가를 받거나 신고를 한 경우에는 국가가 피해를 보상할 책임이 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사8부(재판장 김창석 부장판사)는 지난달 31일 김모씨 등 충남서산 일대 어민 193명이 "대산항 개발사업으로 어업피해를 봤으므로 사업계획 당시 약정한 보상금을 지급하라"며 국가를 상대로 낸 보상금청구소송 항소심(2006나104398)에서 1심과 달리 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "공공사업의 시행으로 어민들에게 손실보상 또는 손해배상을 청구할 만한 피해가 생겼다고 보려면 사업시행 당시 적법한 면허가 있거나 허가 또는 신고어업자로서 어업에 종사하고 있어야 한다"며 "사업시행고시 이후에 비로소 어업허가를 받았거나 어업신고를 한 경우는 이미 공공사업의 시행과 허가 또는 신고어업의 제한이 객관적으로 확정되어 있는 상태에서 이뤄진 것이어서 손실보상 또는 손해배상을 구할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "대산항이 91년 무역항으로 지정되기 전 이미 항로 및 항만지정예정지역에 관해 어장이 완전히 소멸됨을 전제로 하는 '폐업보상'이 이뤄졌다"며 "그 후 어민들이 사실상 어업이 가능해 어업을 행했다고 하더라도 이는 사실상 이익에 그칠 뿐 법적으로 보호되는 이익으로 볼 수 없다"고 덧붙였다. 또 "대산항이 무역항으로 지정된 이후에도 어민들이 어업허가 등을 받아 기존 대산항 항계 내 수역에서 실제 어업을 해왔고 2002년에 항로 및 항만접안시설확장 등 개발사업으로 어로행위를 할 수 없게 돼 사실상 어업피해를 입게 됐어도 이는 사실상의 손해지, 법적으로 보호되는 손해는 아니다"고 판단했다. 국가는 2002년1월 다기능 항만건설 등을 위해 대산항의 항로 및 항만접안시설을 확장하는 내용의 개발사업실시계획을 수립, 고시하면서 주변해역 어민들의 어업피해보상을 위해 어민대표와 어업피해보상약정을 체결했다. 그러나 국가가 '91년 대산항이 무역항으로 지정될 당시 이미 어업피해에 대한 보상이 이뤄졌고 그 이후 사실상 조업이 가능했더라도 이는 불법조업이므로 손실보상대상이 아니다'라는 이유로 보상금 지급을 거부하자 어민들이 단체로 법원에 소를 제기했다. 91년 당시 대산항은 인근 석유화학회사의 정유공장 가동을 위해 무역항으로 지정되면서 주변 어민들의 어업피해 등 보상이 이뤄진 바 있다. 이 사건 1심 재판부는 "공공사업 이후 어업허가를 받은 경우라도 새로운 공공사업으로 인해 추가로 피해가 발생했다면 추가로 발생된 피해에 대해 보상을 청구할 수 있다"며 원고들의 손을 들어줬다.