의약분업 적용 예외지역이더라도 병원 내에 설치된 조제실은 병원업의 일부일 뿐 약국으로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 의약분업 원칙에 따라 의사는 처방을, 약사는 처방전에 따른 조제 업무만 할 수 있다. 다만 병원이나 약국의 접근이 쉽지 않은 지역은 의약분업 예외를 인정해 병원 내 조제 업무를 직접 할 수 있다. 특허법원 특허2부(재판장 이제정 부장판사)는 A씨가 B병원 원장 C씨를 상대로 낸 상표등록취소소송(2018허3994)에서 최근 원고승소 판결했다. C씨는 의약분업 예외지역으로 지정된 전남 나주에 개설된 'B병원' 대표로, 병원 1층에 소속 의사들이 발행하는 처방전에 따라 약을 조제하기 위한 조제실을 설치했다. 이후 C씨는 2012~2014년까지 약사를 고용해 조제 업무를 담당시켰다. 이 조제실의 유리층 상단에는 '약국' 표시가, 하단에는 'B병원' 표시가 부착돼 있었고 약 봉투에도 'B병원'이라 쓰여 있었다. 한편 C씨는 2010년 'B'를 건강관리업, 병원업, 약국업 등 상표로 등록했다. 이에 A씨는 2016년 특허심판원에 "B라는 상표는 약국업에 관해 3년 이상 국내에서 사용되지 않았다"며 등록취소 심판을 청구했다. 특허심판원은 "C씨가 B병원 내 개설된 약국에서 상표를 사용했다"며 A씨의 청구를 기각했다. 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다. 특허법원, 약국 상표등록취소소송 원고 승소 판결 재판부는 "약사법 규정에 따라 약사가 아닌 자는 약국을 개설할 수 없고 의료기관 내에는 약국을 설치할 수 없다"며 "약사법상 약국의 개설요건은 의약분업 예외지역이라 해서 달라지지 않는다"고 밝혔다. 이어 "B병원 조제실은 의료기관 내부에 위치했고, 약사가 약국개설허가를 받은 사실도 없다"고 설명했다. 또 "의료기관 내 조제실처럼 약사의 업무범위에 속하는 일이 이뤄지는 곳이 모두 약국이라고 볼 수는 없다"며 "병원이 관리약사를 고용해 조제 업무에 따른 보험급여를 받는 일련의 영업은 병원업의 일부분에 해당하는 것"이라고 했다. 재판부는 '의약분업 예외지역이므로 약국업을 할 자격이 있고, 상표를 정당하게 사용했다'는 C씨의 주장도 "의약분업 예외지역은 약사가 의사 또는 치과의사의 처방전에 의하지 않고 의약품을 조제할 수 있거나 의사 또는 치과의사가 의약품을 직접 조제할 수 있는 지역의 범위를 정한 것일 뿐 의사 또는 치과의사에게 약국의 개설을 허용한 것이 아니다"라며 받아들이지 않았다.

건물 1층에 병원 안내데스크가 있더라도 같은 층에 약국 개설이 가능하다는 판결이 나왔다. 환자 등 방문객들이 안내데스크가 있다는 사실만으로 1층도 병원이라고 인식하지는 않기 때문에 병원과 약국이 분리돼 있는 것으로 봐야 하며, 따라서 의약분업 원칙에도 어긋나지 않는다는 취지다. 서울고법 행정7부(재판장 윤성원 부장판사)는 약사인 문모씨(소송대리인 서태용 변호사)가 서울 금천구 보건소장을 상대로 낸 약국개설등록 불가처분 취소소송(2017누37217)에서 최근 1심과 같이 원고승소 판결했다. 재판부는 "병원은 건물 지하 1층과 지상 2~5층을 임차해 운영하고 있는데, 문씨가 개설하고자 하는 약국은 병원 구역 밖인 건물 지상 1층 대로변에 위치하고 있다"며 "약국 개설 장소가 병원과 공간적·기능적으로 독립된 곳으로 보여 병원의 시설 안 또는 구내에 위치한다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 이어 "건물 1층 복도에 병원 안내데스크가 있는 것은 사실이지만, 그곳에서 안내하는 사람들의 업무는 병원이 지하나 지상 2층 이상의 층에 위치하고 있는 까닭에 1층 출입구로 들어오는 방문객들을 병원으로 적절히 안내를 해 편의를 돕는 것"이라며 "이는 방문객들도 충분히 예상할 수 있는 정도의 업무이고, 일반인이라면 단지 안내데스크가 위치하고 있다는 사정만으로 의료시설이 설치돼 있지도 않은 지상 1층 복도를 병원으로 인식하지는 않을 것으로 보인다"고 설명했다. 문씨는 지난해 9월 경기도 성남시의 한 건물 1층에 약국을 내기로 하고 금천구보건소에 등록을 신청했지만, 보건소 측이 "약국이 들어설 건물의 지하 1층과 지상 2~5층이 병원으로 운영되고 있고, 1층에 병원 안내데스크가 있어 병원과 약국이 서로 분리되지 않는다"며 거부하자 소송을 냈다. 약사법 제25조 5항은 '약국을 개설하려는 장소가 의료기관의 시설 안 또는 구내인 경우에는 개설등록을 받지 아니한다'고 규정하고 있다.

약국을 운명하며 의약품 구매 전용 신용카드로 대금을 결제하고 마일리지를 캐시백으로 돌려받았다면 이 또한 사업소득에 해당해 과세 대상이라는 대법원 판결이 나왔다. 제약회사가 신용카드사의 마일리지 제도를 이용해 약국에 우회적으로 지원금(리베이트)을 제공하는 것에 제동을 건 판결이라는 평가다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 이모씨가 서울 양천세무서를 상대로 낸 소득세 부과 취소소송(2014두205)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 서울 종로구에서 약국을 운영하는 이씨는 의약품 도매상들의 권유를 받고 의약품 구매전용 신용 카드를 발급받았다. 이씨는 2009년 7~12월 의약품을 산 뒤 이 카드로 대금을 결제하고 결제대금의 3%에 해당하는 마일리지로 1억7000여만원를 캐시백 받았다. 양천세무서는 캐시백을 받은 마일리지도 소득으로 판단해 2011년 4월 이씨에게 지방소득세 4900여만원을 부과했다. 이씨는 이에 불복해 소송을 냈다. 대법원은 "구 소득세법 시행령 제51조 3항 2호는 사업소득에 대한 총수입금액으로 '사업과 관련된 수입금액으로서 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액'에 해당하는 경우 중 하나를 구체적으로 정한 것이라고 봄이 상당하다"며 "사업자가 거래상대방으로부터 직접 받는 장려금뿐만 아니라 제3자를 통해 간접적으로 받는 수입금액도 그 사업과 관련된 것인 이상 구 소득세법 시행령 제51조 3항 2호가 정한 '거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액'으로서 그 사업의 태양에 따른 사업소득에 대한 총수입금액에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 마일리지가 실질적으로 의약품 도매상들이 신용카드회사에 지급한 가맹점 수수료 부담에 의해 이씨에게 지급됐다고 볼 수 있다"며 "이는 의약품 도매상들이 의약품을 판매하면서 이씨에게 지급한 '장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액'으로 사업소득에 해당한다"고 설명했다. 앞서 1,2심도 세무서의 손을 들어줬다.

약국이 병원과 한 건물에 입주해 있더라도 출입구가 서로 다르다면 약국 개설을 허용해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 병원 구내 약국으로 볼 수 없다는 취지다. 병원과 약국이 담합해 불필요한 약을 처방하고 판매하는 것을 막기 위해 의약분업 제도를 시행한 이후 병원 구내 약국 개설은 금지돼 있다. 대법원 특별1부(주심 이인복 대법관)는 약사 A씨가 대구 달서구 보건소장을 상대로 낸 약국개설등록 불가처분 취소소송(2014두44311)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. A씨는 2013년 8월 대구 달서구에 위치한 지하 1층, 지상 7층 건물의 1층에 약국을 개설하려고 했다. 이 건물의 2~7층에는 B병원이 있었고, 1층에는 C내과와 커피숍 등이 입주해 있었다. 그러나 달서구 보건소장은 '의료기관의 시설 안 또는 구내인 경우에는 약국 개설등록을 받지 아니한다'는 약사법 제20조 5항 2호를 근거로 A씨의 약국 개설 등록 신청을 반려했고, A씨는 이에 반발해 소송을 냈다. 대법원은 "A씨가 운영하는 약국에 출입하기 위한 유일한 방법은 건물 남쪽 대로변과 인도 쪽에 있는 출입문을 통하는 것이기 때문에 북동쪽 전면에 설치된 B병원의 외부출입문이나 계단 및 엘리베이터 등을 이용할 필요가 없다"며 "약국을 통해서는 B병원으로 출입할 수 없을 뿐 아니라 B병원에서 약국으로 들어오기 위해서도 북동쪽 출입문을 통해 건물 밖으로 나가 인도를 지난 후 약국 출입문을 통해야 한다"고 밝혔다. 이어 "건물의 외벽, 입구, 주차타워 상단에 B병원 간판 외에 C내과 간판도 부착돼 있어 어느 방향에서 보든지 건물에 2개의 병원이 있는 것을 알 수 있다"면서 "특히 B병원은 정신건강의학과가 주된 진료과목인데 정신건강의학과 환자들에 대해서는 대부분 원내처방이 이뤄지고 있고, 전문의가 1명 있는 가정의학과에서 원외처방이 이뤄지고 있으나 환자가 하루 평균 3.3명에 불과해 약국이 개설되더라도 B병원의 구내약국 역할을 할 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A씨의 약국은 B병원과 독립적인 별개의 공간에 해당할 뿐 아니라 의료기관 이용자와 일반인들도 약국을 B병원의 시설 안 혹은 구내로 인식할 가능성이 없으므로 달서구 보건소장의 처분은 부당하다"고 판시했다. 앞서 1심은 "의료기관의 외래환자에 대한 원외조제를 의무화하기 위해 약국을 의료기관과 공간적·기능적으로 독립된 장소에 두고자 하는 의약분업의 취지에 어긋난다"며 A씨에게 패소 판결했지만, 2심은 이를 뒤집었다.

약국이 아르바이트생을 고용해 인근 병원에서 나오는 환자들에게 약국 명함을 배포하면서 손짓으로 약국 방향을 가리키도록 하게 했더라도 이는 약사법이 금지하는 호객행위가 아니라 광고의 일환으로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 약사법 시행규칙 제44조 1항 2호는 의약품 도매상 또는 약국 등의 개설자는 사은품 등 경품류를 제공하거나 소비자·환자 등을 유치하기 위해 호객행위를 하는 등의 부당한 방법으로 소비자를 유인하지 못하도록 하고 있다. 서울고법 행정9부(재판장 김주현 부장판사)는 약사 A씨가 "과징금 171만원을 부과한 것은 부당하다"며 동작보건소장을 상대로 낸 과징금부과처분 취소소송(2015누69401)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 최근 원고승소 판결했다. 재판부는 "A씨가 고용한 아르바이트생이 A씨의 약국을 손짓해 가리키면서 약국 명함을 배포한 행위는 환자나 소비자에게 약국 명함 뒷면에 인쇄된 약국으로 찾아오는 방법을 손을 이용해 표현한 것에 불과하므로 약사법 시행규칙이 금지하고 있는 소비자를 유인하는 호객행위로 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "약국 광고는 그 성질상 기본적으로 환자를 유인하는 성격을 갖는데 이를 시행규칙에서 금지하는 '소비자를 유인하는 행위'에 해당한다고 하면 약국 개설자의 직업수행의 자유 및 표현의 자유는 물론 의약품소비자의 알 권리를 지나치게 제약하고 약국 간 경쟁을 통한 건전한 발전을 저해할 우려가 적지 않다"며 "따라서 호객행위의 범위를 제한적으로 해석할 필요가 있다"고 설명했다. 서울 동작구에서 약국을 운영하는 A씨는 2014년 7월 아르바이트생을 고용해 보라매병원에서 진료를 받고 처방전을 갖고 나오는 환자에게 손짓으로 자신의 약국을 가리키면서 명함을 뿌리도록 한 혐의로 적발돼 동작구보건소로부터 과징금 171만원을 부과받자 소송을 냈다. 앞서 1심은 "A씨가 호객행위를 한 점이 인정된다"며 원고패소 판결했다.

병원이 과잉진료 등 요양급여기준을 위반한 처방전을 발급해 국가기관이 약국에 요양급여비를 과다 지급했더라도 국가기관이 손해를 입은 것은 아니라는 판결이 나왔다. 과다 지급한 요양급여를 환수할 수 있는 방법이 있는데도 의료기관에게 손해배상 책임을 묻는 것은 부당하다는 취지의 판결이다. 서울고법 민사20부(재판장 장석조 부장판사)는 지난 2일 순천향대학교병원을 운영하는 학교법인 동은학원이 국민건강보험공단을 상대로 낸 진료비소송 항소심(2013나6614)에서 "12억1600여만원을 지급하라"며 원고일부승소 판결했다. 공단은 병원이 발급한 처방전에 따라 약을 조제한 약국에 약제비 상당의 요양급여비용을 지급해 왔다. 또 병원이 과잉진료·과다처방 등 요양급여기준을 벗어난 처방전을 발행했을 때는 약국이 받은 약제비를 병원으로부터 징수해 왔다. 그러나 대법원은 의약분업 이후 원외처방에 대해 공단이 약국에 지급한 약제비를 병원에서 징수하는 것은 무효라고 판결했다(2006두6642). 그러자 공단은 병원이 잘못 발급한 처방전에 따라 약국에 약제비를 지급했다며 병원에 손해배상을 청구했다. 재판부는 판결문에서 "의료기관이 요양급여기준을 벗어난 원외 처방을 하고 약국이 환자에게 처방전에 따라 약을 조제·교부한 뒤 공단이 약국에 요양급여비용을 지급했다면, 약국은 공단으로부터 약제비 상당의 요양급여비용의 이득을 취득한 것"이라며 "공단은 약국에 약제비 상당액에 대해 민법상 부당이득반환채권을 가지게 된 것이기 때문에, 병원의 원외 처방전 발급행위만으로 바로 공단에 손해가 발생했다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "공단이 입은 손해와 병원이 공단으로부터 받아야 할 진료비를 상계해야 한다"는 공단의 주장에 대해 의료보험체계의 오류와 입법 미비를 의료기관에 떠넘기는 행정편의적 발상이라고 지적했다. 판결에 따르면, 병원의 처방전 발급으로 인해 공단이 지출한 약제비는 약제비 상당의 이익을 받은 약국이 부담해야 하고, 약국은 약 처방으로 이득을 본 환자에게 부당이득반환을 청구해야 한다. 약국에게 부당이득을 반환해야 하는 환자는 의사의 처방이 정당했는지 의사를 상대로 다투는 절차를 순차적으로 거쳐야 한다. 재판부는 "이러한 결과가 의료보험체계 내에서 혼란을 야기할 우려가 있지만, 문제는 공권력 행사 권한을 가진 측에서 입법 또는 제도 운영상의 오류를 범해 빚어진 것으로 사적 영역에서 의료체계의 한 축을 담당하고 있는 병원에게 일방적으로 전가하는 것은 행정편의적 해결 방법으로 정당성을 인정받기 어렵다"고 덧붙였다. 건강보험공단은 동은학원이 운영하는 순천향대학병원 등이 2001~2008년 과잉진료 등 요양급여기준을 벗어난 처방전에 따라 약국에 약제비를 지급했다는 이유로 요양급여비용 12억1600여만원을 차감했다. 병원은 약국이 받은 약제비를 처방전을 발급한 병원으로부터 징수한 것은 무효라는 대법원 판결에 따라 차감한 요양급여비용을 돌려달라고 요구했다. 1심에서는 병원의 손해배상을 책임을 인정해 "병원이 받아야 할 요양급여 12억1600여만원과 공단이 받야야 할 손해배상 9억여원을 상계해 2억 7200여만원을 지급하라"고 판결했다.

약국이 먼저 생긴 건물에 병원이 들어서자 지방자치단체가 의약분업을 이유로 기존 약국을 계속해서 운영하지 못하게 한 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 약사 김모씨는 청주시 흥덕구에 있는 한 건물 1층에서 2008년 6월부터 약사인 아내와 함께 약국을 운영했다. 약국이 있는 건물의 나머지는 김씨가 이사로 일하고 있는 A의료원이 2008년 7월부터 병원을 운영하고 있다. 지난해 9월 김씨는, 아내가 사망하자 아내 이름으로 돼 있던 약국의 명의를 바꾸고 그 자리에서 계속 약국을 운영하기 위해 청주시에 약국개설등록을 신청했다. 하지만 청주시는 "약국이 병원과 같은 건물 안에 있어 약사법에 위반된다"며 신청을 반려했다. 약사법은 의료기관과 약국 사이의 담합을 차단하기 위해 약국이 의료기관과 공간적·기능적으로 독립된 장소에 있을 것을 규정하고 있다. 김씨는 "약국이 병원과 내력벽으로 완전히 구분돼 있다"며 "아내가 사망하지 않았다면 문제없이 약국을 운영했을 것"이라며 소송을 냈다. 청주지법 행정부(재판장 최병준 수석부장판사)는 지난달 30일 김씨가 청주시를 상대로 낸 약국개설등록신청반려처분 취소청구소송(2013구합500)에서 원고 승소 판결을 했다. 재판부는 "김씨의 약국은 출입문과 간판 등이 건물 앞 대로변 인도 쪽으로 설치돼 있어 이 건물 병원의 환자가 아닌 일반인도 상비약 등을 사기 위해 얼마든지 약국을 이용할 수 있고, 병원과 외부출입문이나 계단, 엘리베이터 등을 공유하지 않고 있다"며 "이 사건 약국과 병원과 유사한 구조적 특성이 있는 약국과 병원을 주변에서 쉽게 발견할 수 있는 점 등을 고려하면 김씨의 약국은 병원과 상호 독립적인 별개의 공간에 해당하고 병원의 시설 안 또는 구내라고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "병원이 건물에 들어서기 전에 약국이 이미 개설돼 있었고 소유주도 서로 달라 병원이 약국에 영향력을 행사할 가능성이 적다"며 "처음 약국 명의를 김씨 아내가 아닌 김씨의 명의로 등록했거나 김씨의 아내가 아직 살아있었다면 약국을 계속 운영하는 데 아무런 문제가 없었으므로 김씨에게 약국을 계속 운영하게 하는 것이 의약분업의 목적을 해한다고 보기 어렵다"고 설명했다.

세무서가 조세심판원의 재조사 결정에 따라 과세 경정 처분을 하면서 처음에 민원인에게 부과된 세금보다 더 높은 세금을 부과하는 것은 국세기본법상 불이익변경금지 원칙 위반으로 위법하다는 항소심 첫 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 정모씨가 용인세무서장 등을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누21616)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "피고의 종합소득세 369만원 증액처분을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "국세기본법 제79조2항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 해 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있다"며 "재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완됨으로써 효력이 발생하므로, 불리한 결정인지 여부는 심판청구를 한 처분과 재조사결정의 후속 처분에 따른 처분을 비교해 판단하는 것이 타당하다"고 밝혔다. 재판부는 "용인세무서장은 2010년 1월 2001~2003년 귀속 종합소득세 부과처분을 했다가 조세심판원의 재조사결정 후 같은 해 11월 당초 처분에서 증액하는 처분을 했다"며 "증액 부분은 국세기본법 제79조2항에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배돼 무효"라고 지적했다. 약국운영자인 정씨는 2010년 1월 매출을 누락했다는 이유로 용인세무서로부터 종합소득세 3억1000여만원, 동작세무서로부터는 부가가치세 1억8200여만원의 부과처분을 받자, 같은 해 7월 조세심판원에 심판청구를 내 재조사 결정을 받았다. 재조사 후 동작세무서는 부가가치세를 일부 감액했지만, 용인세무서는 오히려 종합소득세를 일부 증액하는 경정처분을 하자 정씨는 12월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.

건물 대부분을 임차한 병원으로부터 건물 1층 점포를 재임대(전대차)받아 약국을 개설했다면 약사법에서 금지하는 구내약국에 해당한다는 판결이 나왔다. 전대차란 임차인이 임차물을 제3자(전차인)에게 임대하는 것을 말한다. 서울행정법원 행정14부(재판장 진창수 부장판사)는 지난 16일 약사 한모(48·여)씨가 서울 성북구 보건소장을 상대로 낸 약국개설등록 반려처분 취소소송(2012구합13283)에서 "한씨의 약국과 병원이 공간적으로 독립됐다고 볼 수 없다"며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "지하 2층·지상 8층의 건물 면적 중 병원을 제외한 면적은 5%에 불과하다"며 "병원 출입문을 통해 한씨의 약국으로 바로 출입할 수 있고 약국 앞 공터가 병원 주차장으로 사용되고 있어 두 시설이 공간적으로 분리됐다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 "한씨가 약국 점포를 건물 소유자가 아닌 병원 원장으로부터 전차한 것을 볼 때 약국이 병원으로부터 공간적·기능적인 관계에서 독립적이라고 볼 수 없다"고 설명했다. 재판부는 이어 "병원 부근은 유동인구가 많지 않아 한씨의 약국이 설치되면 병원의 처방을 전담하는 구내약국의 역할을 할 가능성이 크다"며 "이는 원외조제를 의무화하기 위해 의료시설 안에 약국 설치를 금지한 약사법의 취지에 반한다"고 지적했다. 법원 관계자는 "약국과 병원이 같은 건물에 있다고 해서 모든 약국의 개설이 금지되는 것은 아니다"라며 "약국이 의료시설 구내에 포함됐는지 여부는 구조의 독립성 등을 종합적으로 판단해서 결정해야 한다"고 말했다. 한씨는 성북구 정릉동에 있는 지하 2층부터 지상 8층까지가 병원인 건물 1층에 약국을 개설하기 위해 성북구 보건소에 약국개설등록 신청을 냈다가 거부당하자 지난 4월 소송을 냈다. 이 건물은 한씨가 개설하려고 한 약국과 지하주차장, 음식점을 제외하고는 모두 병원으로 사용되고 있다.

서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.