영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

금지기간을 따로 정하지 않았더라도 영업비밀침해금지 가처분신청을 할 수 있다는 대법원결정이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 양승태 대법관)는 S화학이 H화학을 상대로 낸 가처분이의신청 재항고심(☞2008마1087)에서 가처분 결정을 인용한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 결정문에서 "S사는 H사 품질관리부장으로 근무한 박모씨를 퇴사 직후 바로 채용한 뒤 영업비밀을 이용해 H사의 신형 산화로와 같은 형태의 산화로2기를 축조했다"며 "이는 부정한 수단으로 신청인의 영업비밀을 취득해 사용한 행위로서 부정경쟁방지법 제2조3호 가목이 규정한 영업비밀 침해행위에 해당한다"고 설명했다. 재판부는 이어 "중국에 축조된 산화로2기에서 생산된 산화아연제품이 대한민국에 수출돼 판매될 경우 H사의 영업상 이익이 침해될 우려가 있다"며 "중국소재공장에서 생산된 산화아연의 대한민국으로의 수출 및 대한민국 내에서의 판매금지를 명하는 가처분결정을 인용한 원심의 판단에 수긍이 간다"고 밝혔다. 한편 재판부는 "영업행위 침해행위의 금지는 영업비밀 보유자에게 침해가 없었더라면 원래 있었을 위치로 돌아갈 수 있게 하는 데에 목적이 있다"며 "금지는 상당한 기간동안으로 제한해야 하고, 영구적인 금지는 제재적인 성격을 가지게 될 뿐만 아니라 자유로운 경쟁을 조장하고 종업원들이 그들의 지식과 능력을 발휘할 수 있게 하려는 공공의 이익과 상치돼 허용될 수 없다"고 판시했다. 그러나 "가처분에 의한 채권자의 권리는 본안과는 달리 종국적인 것이 아니라 잠정적·임시적인것에 불과하고 가처분은 그 성질상 신속히 이뤄져야 할 뿐만 아니라 피보전권리가 소멸하는 등의 사정변경이 있는 때에는 언제든지 취소를 구할 수 있다"며 "특별한 사정이 없는 한 영업비밀의 침해행위를 금지하는 가처분의 금지기간을 정하지 않았더라도 위법하다고 할 수 없다"고 판단했다. S사는 H사의 품질관리부장으로 근무한 박씨가 퇴사하자 박씨를 영입해 H사의 산화로 제조기술 등을 이용, 중국공장에 H사와 유사한 산화로 2기를 만들어냈다. 뒤늦게 이 사실을 알게 된 H사는 "S사가 영업비밀을 침해했다"며 영업비밀침해금지 가처분신청을 해 1심에서 받아들여졌다. 그러자 S사는 "H사가 가처분이의 신청을 할 때 금지기간을 정하지 않았으므로 위법하다"며 항고했지만 기각됐다.