국내회사가 외국회사를 통해 국내 다른 회사의 주식을 사들인 경우, 외국회사가 법인으로서의 실질을 갖추고 있다면 주식 양도로 인한 법인세 납부 주체는 외국회사가 돼야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 11일 AIG해외법인을 통해 국내회사 주식을 매입한 ㈜케이티(소송대리인 법무법인 세종)가 "법인세 231억원을 취소해달라"며 성남세무서를 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞ 2011두4411)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "외국의 단체가 소득세법이나 법인세법에서 규정한 국내원천소득을 얻어 이를 구성원들에게 분배하는 영리단체에 해당하는 경우 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있다면 그 단체를 납세의무자로 정하고, 만약 외국법인으로 볼 수 없다면 단체의 구성원들을 납세의무자로 정하고 세금을 징수해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "AIG모펀드는 미국 등지의 투자자들로부터 모집된 자금으로 AIG라부안 법인을 통해 주식을 취득해 보유하다가 양도하는 등의 고유한 사업활동을 하면서 KT의 주식매입자금의 실질적인 공급처 역할을 했고, AIG모펀드는 KT 주식 투자거래 외에도 아시아지역에서 다수의 투자거래를 수행해온 사실을 종합하면 AIG모펀드는 오로지 조세를 회피할 목적으로 설립된 것으로 볼 수 없다"고 설명했다. 재판부는 "원심은 AIG모펀드를 법인세법상 외국법인으로 볼 수 있는지를 심리해 양도소득의 납세의무자를 정했어야 했는데도 KT를 납세의무자로 단정한 것은 법리를 오해한 위법이 있다"고 지적했다.

자산 대부분이 부동산인 국내법인을 매각한 외국법인은 투자비율과 상관없이 국내원천소득으로 법인세를 내야 한다는 판결이 나왔다. 법인세법령은 과세요건으로 자산비율만을 요구하나 소득세법령은 자산비율 요건 외에 주식소유비율 요건 50% 및 주식양도비율 요건 50%를 요구하고 있다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이경구 부장판사)는 지난달 29일 허드코 파트너스 코리아 엘티디(버뮤다)사가 “투자비율이 2%에 불과해 주식소유비율과 주식양도비율을 갖추지 못했으므로 양도소득세 부과는 부당하다”며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2007구합37285)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “종전의 법령규정으로는 소득세법령에 규정된 자산비율 요건, 주식소유비율 요건, 주식양도비율 요건을 모두 갖추지 못한 경우 외국법인의 출자지분 양도소득에 대해 법인세를 과세할 수 없었다”며 “2003년12월 개정된 구 법인세법 제93조7호와 2000년 개정된 구 법인세법시행령의 취지는 자산비율 요건만 충족하면 법인세를 과세할 수 있도록 하기 위한 것”이라고 밝혔다. 재판부는 이어 “법인세법시행령 제132조10항은 외국법인의 국내원천소득으로 인정되는 출자지분 양도소득요건으로 소득세법 제94조 및 동 시행령 제158조에 규정된 요건 중 자산비율 요건만 남겨두고 주식소유비율 요건과 주식양도비율 요건을 배제한 규정으로 해석된다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “외국법인인 허드코사는 비록 스타타워에 대한 투자지분이 2%에 불과하다고 할지라도 부동산이 자산총액의 대부분인 스타타워의 주식을 양도함으로써 법인세법 제93조7호에 규정된 소득을 얻었으므로 과세처분은 적법하다”고 설명했다. 허드코사 등 3개사로 구성된 론스타펀드Ⅲ는 한국 부동산 투자목적으로 벨기에 법인인 스타홀딩스 에스에이(SH)를 설립했다. SH사는 (주)스타타워를 인수한 다음 이를 통해 강남구 역삼동의 스타타워빌딩을 매수했다가 2004년12월 (주)스타타워 주식 전부를 매각해 2,450억여원의 양도차익을 얻었다. SH사는 대한민국과 벨기에 사이에 맺어진 이중과세방지조약에 따라 2005년1월 비과세·면세신청을 했으나 역삼세무서는 12월 SH사를 조세회피 목적의 도관회사(conduit company)로 봐 론스타펀드Ⅲ의 각 구성회사에 지분비율별로 양도소득세를 부과했다. 지분비율이 2%인 허드코사는 양도소득세 16억여원이 부과되자 2007년10월 소송을 냈다.