서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.

의료기관을 폐업하기 전에 요양기관 업무정지 처분을 받은 경우 폐업후에 새로 개설한 때로부터 업무정지가 개시된다는 조건부 처분은 부당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 제11부(재판장 韓騎澤 부장판사)는 5일 조모씨(42)가 보건복지부장관을 상대로 낸 요양기관업무정지처분취소 청구소송(2003구합15522)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "피고가 원고에 대해 업무정지처분을 내리면서 '처분서가 송달되기 전에 폐업할 경우 추후 개설일부터 업무정지가 개시된다'는 조건을 붙였으나 이는 의료기관개설 및 폐업에 관한 자유를 지나치게 제약한 것으로 무효"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고는 피고의 처분을 받은 후에 의료보험 적용을 받지 않는 환자들만을 대상으로 의료기관을 운영하거나 업무정지기간 동안 폐업하는 방법을 택할 수 있는데도 피고가 붙인 조건으로 폐업기간이 아무리 장기간이라도 다시 개설할때부터 업무를 정지시킬 수 있게 돼 결국 폐업대신에 업무정지기간동안 의료보험환자를 받을 수 없는 상태에서 운영하도록 강제하게 되는 처분이므로 위법하다"고 설명했다. 재판부는 또 "피고는 원고의 주소지 변경으로 행정처분사전통지서가 제대로 전달되지 못하자 관보에 공고하는 방법으로 송달했지만 종전 주소지 동사무소 등을 통한 확인절차 없이 곧바로 관보에 싣는 것은 위법하다"고 덧붙였다. 지난 97년 부산에서 의원을 개업한 조씨는 2000년9월 요양급여비용을 부당청구했다는 이유로 보건복지부로부터 요양기관업무정지 63일의 처분을 받아 의료보험환자에 대한 진료를 할 수 없게 됐지만 이 기간동안 의료보험환자를 받은 사실이 드러나 지난해 5월 '폐업후 새로 개설할때부터 업무정지가 개시된다'는 조건이 붙은 요양기관업무정지 1년의 처분을 받자 소송을 냈엇다.

무급휴직 기간이라 할지라도 피보험자 자격이 유지돼 의료보험 혜택을 받는 이상 보험료 납부는 당연하다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 제1부(주심 裵淇源 대법관)는 지난달 22일 출산으로 인해 3년간 육아휴직한 뒤 복직한 초등학교 교사 남모씨(47)가 "휴직기간 중 보수를 받지 않았으므로 이에 대해 보험료를 부과한 것은 부당하니 공제된 보험료를 돌려달라"며 국민건강보험공단과 서울시를 상대로 낸 의료보험료반환 청구소송 상고심(2003다981)에서 상고를 기각, 원고 패소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "구 국민의료보험법 제47조와 제49조에 따르면 보험료에 관해 '피보험자의 자격을 취득한 날이 속하는 달로부터 피보험자의 자격을 상실한 날의 전날이 속하는 달까지 보험료를 징수한다'고 규정돼 있다"고 전제한 후 "원고는 피보험자 자격상실 사유인 사망 또는 의료보호대상자가 된 경우와 보험료 면제 사유에도 해당하지 않으므로 피보험자의 자격이 유지되고 실제로 급여를 받았는지와 관계없이 보험료 납부의무가 있다"고 밝혔다. 재판부는 또 "휴직중인 공무원은 휴직전후에 보수를 지급받을 것이 확실시 되는 사람으로서 단지 휴직기간동안 일시적으로 소득이 줄어들 뿐이므로 일시 휴직으로 급여를 받지 못한 기간에 대해 보험료를 부담하게 하는 것이 현저히 부당하다고는 할 수 없다"고 덧붙였다. 남씨는 서울 N초등학교에서 교사로 재직하던 중 출산을 위해 지난 95년10월부터 98년11월까지 육아휴직한 후 서울 K초등학교로 복직했으나 K초등학교장이 남씨의 휴직기간인 36개월분 의료보험료 1백만원을 급여에서 공제해 국민건강보험공단에 납부하자 소송을 내 1심과 2심에서 모두 패소했었다.

정부와 의사들이 의료보험수가 조정을 놓고 논란을 벌이고 있는 가운데 의료보험 수가를 인하한 보건복지부 고시는 적법하다는 법원의 판결이 나왔다. 서울행정법원 제4부(재판장 조병현·趙炳顯 부장판사))는 사단법인 대한의사협회와 정모씨 등 의사 4명이 보건복지부장관을 상대로 낸 고시무효확인 청구소송(☞2002구합12472)에서 의사협회의 소를 각하하고 의사들의 청구는 모두 기각, 원고패소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "2002년 보험수가를 정하기 위한 2002년2월27일 제7차 정책심의위원회에서 위원 25명중 19명이 표결에 참가해 10명이 찬성한 공익대표안은 가결된 것으로 보아야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "대한의사협회 대표 2명이 불참하고 표결방법에 불만을 품은 대한병원협회 대표가 퇴장했으며, 치과협회대표와 약사회 대표는 표결에 참가하지 않았으나 스스로 퇴장하거나 표결장소에 있으면서 표결불참의사를 명백히 표시한 위원은 회의에 출석한 위원으로 볼 수 없어 절차적으로 하자가 없다"고 설명했다. 국민건강보험공단과 의약계 대표들이 모여 내년도 의료수가 즉, 의료기관의 진료비와 약국의 조제비 단가 계약 협상을 하다 결렬되면 보험공단·시민단체·의약계 대표가 참여하는 보건복지부 산하 건강보험정책심의위원회가 수가 조정안을 처리하게 된다. 복지부는 지난해 건강보험 재정악화와 병·의원의 경영수지분석자료 등을 내세우며 2000년 대비 보험료 6.7% 인상, 보험수가 2.9% 인하안을 관철했다. 의협 주수호·朱秀虎 공보이사는 "표결에 참여하지 않았더라도 표결장에 남아 있었다면 기권 의사로 보는 것이 상식"이라면서 "표결장에 있었던 치과의사협회와 약사회 대표까지 계산하면 표결 참여 위원은 21명으로 봐야 하며 따라서 위원 10명의 찬성을 확보한 가결안은 의결정족수인 과반수(11명) 미달"이라고 주장하며 소송을 냈었다.

국민전체를 의료보험 피보험자로 규정하고 있는 이상 모든 의료기관을 의료보험급여 제공의무가 있는 '요양기관'으로 지정하는 의료보험법은 합헌이라는 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원합의부(주심 김경일·金京一 재판관)는 31일 서모씨 등 의사 5명이 "모든 의료기관을 의료보험 요양기관으로 강제 지정하는 제도는 직업의 자유를 침해한다"며 제기한 헌법소원 사건(99헌바76, 2000헌마505)에서 재판관 7대2 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 재판부는 결정문에서 "요양기관 강제지정제는 사회보험의 형태로 이뤄지는 현 의료보험체계의 기능을 확보하고 피보험자인 국민에게 원활한 보험급여를 보장하고자 하는 것으로 그 입법목적이 정당하다"며 "우리 의료기관중 공공의료기관이 약 10여%에 불과하기 때문에 민간의료기관을 의료보험쳬계에 강제동원하는 것이 의료보험의 시행을 위해 불가피하다"고 밝혔다. 재판부는 그러나 "국가는 이 제도가 보다 근본적으로 의료인의 기본권을 포괄적으로 제한하는 제도라는 인식를 깊이 인식, 장기적 안목에서 공공의료기관을 확충하거나 보험급여율을 높이는 등의 다양한 방법을 통해 민간 의료기관이 의료보험 체계에 자발적으로 참여할 수 있는 환경이 조성되도록 노력을 기울여야 할 것"이라고 지적했다. 한대현(韓大鉉)·권성(權誠) 재판관은 반대의견을 통해 "획일적 통제제도의 비효율성에 비추어 그 제도의 장기적 성과가 상대적으로 의심되는 수단"이라며 "헌법상의 과잉금지 원칙에 어긋남으로써 의사의 직업의 자유를 침해하므로 위헌"이라고 밝혔다. 서씨 등은 보건복지부에서 의료기관을 요양기관으로 강제 지정하고 보험수가를 지급하는 현행 의료보험 체계에서는 의료인들이 자신들이 개발한 의술을 적용, 소신껏 진료를 하면서 경영상 안정을 도모하기 어렵다는 등의 이유로 99년 7월과 2000년 8월에 각각 헌법소원을 냈다.