대학 설립 인가 과정에서 교육부가 입법예고를 거치지 않은 부칙에 근거해 내린 대학 설립 인가 거부 처분은 무효라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정10부(재판장 한창훈 부장판사)는 학교법인 분진학원이 교육부를 상대로 낸 서인천대학 설립인가 거부처분 취소소송(2018누71863)에서 최근 원고승소 판결했다. 분진학원은 2016년 교육부에 서인천대학 설립인가 신청을 냈다. 그러나 교육부는 "대학설립·운영규정이 2015년 7월 대통령령 제26430호로 개정되면서 수익용 기본재산 확보기준이 변경돼 수익용 기본재산을 추가 확보해야 하는데도 이를 확보하지 못했다"며 거부했다. 이에 반발한 분진학원은 2017년 교육부를 상대로 소송을 냈다. 개정규정 적용 범위는 학교법인에 직접적인 영향 재판부는 "교육부는 2014년 2월 대학설립·운영 규정 일부개정령안을 입법예고 한 뒤 2015년 7월 개정했다"며 "그런데 수익용 기본재산의 기준 변경에 관한 경과규정인 부칙 제2조가 입법예고 된 개정안 부칙 제3조와 다른 내용으로 변경됐는데도 교육부는 입법예고 절차를 거치지 않았다"고 밝혔다. 2014년 교육부가 입법예고한 대학설립·운영규정 개정령안 부칙 제3조는 개정 규정 시행 당시 이미 설립돼 있는 '학교법인'의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 △대학 100억원 △전문대학 70억원 △대학원 대학 40억원의 기준을 적용하도록 했다. 그러나 2015년 실제 개정된 규정 부칙은 제3조를 삭제하고 제2조로 개정해, 개정 규정 시행 전에 설립돼 있는 '대학'의 경우 및 개정 규정 시행 전에 '대학' 설립 인가를 신청한 경우의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 낮은 수익용 기본재산 최소기준 규정을 적용하도록 했다. 이에 따라 2016년 설립 인가를 신청한 분진학원은 입법예고안에 따르면 종전의 낮은 규정이 적용되지만, 실제 개정 부칙에 따라 상향된 기준이 적용됐다. 입법예고 없이 중요사항 변경은 행정절차법 위반 재판부는 "개정 부칙의 변경은 대학설립의 인가기준인 수익용 기본재산의 최저기준을 상향 조정한 개정 규정 제7조의 적용 범위를 확대했다"며 "개정안 부칙은 입법예고 이후 단순한 표현·자구를 변경하는 수준을 넘어 그 내용이 실질적으로 변경된 것"이라고 했다. 이어 "개정 규정의 적용 범위 문제는 학교법인의 수익용 기본 재산 확보의무와 대학설립인가 여부 등에 직접적인 영향을 미치는 것으로서 학교법인으로서는 매우 중대한 이해관계를 지닌다"며 "개정안 부칙 제3조에 대한 입법예고 후 예고내용에 국민의 권리·의무에 직접 관련되는 내용이 추가되는 등 중요한 변경이 발생했는데도 교육부는 (추가) 입법예고를 하지 않았으므로 행정절차법 규정에 위반돼 무효"라고 설명했다. 그러면서 "무효인 개정 규정과 부칙에 근거해 이뤄진 대학 설립인가 거부처분은 취소돼야 한다"고 판시했다.

[특 별] 2005두4649 한약사국가시험응시원서접수거부처분취소 (마) 상고기각 ◇법령의 개정과 신뢰보호원칙의 적용◇ 법령의 개정에 있어서 신뢰보호원칙이 적용되어야 하는 이유는, 어떤 법령이 장래에도 그대로 존속할 것이라는 합리적이고 정당한 신뢰를 바탕으로 국민이 그 법령에 상응하는 구체적 행위로 나아가 일정한 법적 지위나 생활관계를 형성하여 왔음에도 국가가 이를 전혀 보호하지 않는다면 법질서에 대한 국민의 신뢰는 무너지고 현재의 행위에 대한 장래의 법적 효과를 예견할 수 없게 되어 법적 안정성이 크게 저해되기 때문이라 할 것이고, 이러한 신뢰보호는 절대적이거나 어느 생활영역에서나 균일한 것은 아니고 개개의 사안마다 관련된 자유나 권리, 이익 등에 따라 보호의 정도와 방법이 다를 수 있으며, 새로운 법령을 통하여 실현하고자 하는 공익적 목적이 우월한 때에는 이를 고려하여 제한될 수 있다고 할 것이므로, 이 경우 신뢰보호 원칙의 위배 여부를 판단하기 위해서는 한편으로는 침해받은 이익의 보호가치, 침해의 중한 정도, 신뢰가 손상된 정도, 신뢰침해의 방법 등과 다른 한편으로는 새 법령을 통해 실현하고자 하는 공익적 목적을 종합적으로 비교·형량하여야 할 것이다. ☞ 개정 전 한약사법(1994. 1. 7. 법률 제4731호로 개정되고 2005. 7. 29. 법률 제7635호로 개정되기 전의 것) 제3조의2 제2항의 위임을 받은 같은 법 시행령(1994. 7. 7. 대통령령 제14319호로 개정되고 1997. 3. 6. 대통령령 제15301호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제3조의2에서 한약 관련 과목 및 이에 대한 최소학점의 이수자로만 한약사 국가시험의 응시자격을 부여하던 것을 1997. 2.경 입법예고를 거쳐 1997. 3. 6. 대통령령 제15301호로 개정되고 2006. 3. 29. 대통령령 제19425호로 개정되기 전의 같은 법 시행령(이하 ‘개정 시행령’이라 한다) 제3조의2에서 한약사 국가시험의 응시자격을 한약학과를 졸업한 자로 변경하고, 부칙에서 1996학년도 이전에 대학에 입학하여 재학 중인 자에게만 개정 전 시행령 제3조의2를 적용하게 하였는바, 1997. 3. 순천대학교 한약자원학과에 입학한 원고들이 2003. 10. 15.자 제5회 한약사 국가시험의 응시원서를 제출하였으나 한약학과를 졸업한 자가 아니어서 개정 시행령 제3조의2 및 부칙 제2항의 규정에 의하여 한약사시험 응시자격을 갖추지 못하였다는 이유로 응시원서의 접수를 거부당하자 제소한 이 사건에서, 개정 시행령은 원고들이 순천대학교 한약자원학과를 지원하여 합격통지를 받고 합격자 등록까지 마친 후인 1997. 2.경에 비로소 입법예고 되었으므로 원고들은 개정 전 시행령 제3조의2를 신뢰하여 한약사 국가시험 응시자격을 취득할 수 있으리라는 기대를 가지고 순천대학교 한약자원학과에 입학하였고, 그 신뢰이익은 법적으로 보호받을 만한 가치가 있으며, 개정 시행령은 원고들의 신뢰를 과도하게 침해하는 것으로서 신뢰보호의 원칙에 위반되고, 1997학년도에 입학한 자들과 1996학년도 이전에 입학한 자들 모두 개정 전 시행령 제3조의2에서 정해진 한약사 국가시험 응시자격을 신뢰하고 대학에 입학하였음에도 개정 시행령은 1997학년도에 입학한 원고들을 차별하여 한약사 국가시험 응시자격을 부여하지 않는 것이므로 평등의 원칙에도 위반된다고 하여 한약사국가시험응시원서접수거부처분이 위법하다고 한 원심의 판단을 수긍한 사례. 2005두14417 개발제한구역훼손부담금부과처분취소 (나) 상고기각 ◇구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령(2006. 6. 15. 대통령령 제19532호로 개정되기 전의 것, 이하 같음) 제35조 제1항 제3호 중 ‘집단에너지공급시설’에 대한 부분이 헌법상 평등원칙에 위배되는지 여부(적극)◇ 구 개발제한구역의 지정 및 관리에 관한 특별조치법 시행령 제35조 제1항 제2호 다목에서는 공익시설 중 전기공급시설, 가스공급시설, 유류저장 및 송유설비(이하 ‘전기공급시설 등’이라 한다)에 대하여 훼손부담금의 부과율을 100분의 20으로 정하고 있는 반면, 같은 항 제3호에서는 집단에너지공급시설에 대하여 훼손부담금의 부과율을 100분의 100으로 정하고 있는바, 개발제한구역 훼손부담금 제도의 입법목적상 집단에너지공급시설과 전기공급시설 등의 사이에는 아무런 차이가 없고, 또 그들 사이에 사실상의 차이도 찾아볼 수 없으므로, 위 시행령 규정에서 집단에너지공급시설을 전기공급시설 등과 구별하여 그 부과율을 전기공급시설 등의 다섯 배로 정한 것은 과도한 차등을 둔 것으로서, 합리적 근거 없는 차별에 해당하므로 헌법상 평등원칙에 위배되어 무효이고, 그 규정에 의해 산정된 훼손부담금을 부과한 피고의 이 사건 처분도 위법하다.<끝>