조세당국이 세무조사를 통해 과세처분을 하고, 추후 다시 실시된 조사에서 별 다른 조치를 하지 않았음에도 같은 기간 같은 대상에 대해 재차 중복세무조사를 통해 종합소득세 등 부과처분을 했다면 위법한 처분으로서 취소해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1-2부(김종호·이승한·심준보 부장판사)는 7일 변호사인 A 씨가 반포세무서장과 서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 등 취소소송(2021누37801)에서 원고일부승소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. A 씨는 공군 비행장 인근 주민들을 원고로 모집해 국가를 상대로 소음 피해로 인한 손해배상을 구하는 집단소송과 한국전력공사의 고압선 경유지 소유자들을 원고로 모집해 한국전력공사를 상대로 선하지(토지위에 고압선이 가설되어 있는 토지) 무단 점유에 따른 부당이득 반환 청구에 대한 집단소송을 수행했다. A 씨는 이들 소송 원고들에게 소송 결과에 따라 승소판결금을 자신의 계좌로 수령한 후, 변호사 보수 명목으로 지급받기로 한 금원을 제외한 나머지 금원을 승소한 원고들에게 지급하는 방식으로 성공보수금을 지급받기로 약정했다. 이에 따라 소음소송 57건과 선하지소송 41건에 대한 승소판결금을 지급받았다. A 씨는 이 승소판결금 중 11%의 비율로 계산한 금액에 해당하는 성공보수금(부가가치세 포함)을 지급받은 것을 전제로 2011년 귀속 종합소득세 및 2011년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세를 신고·납부했다. 그런데 서울남부지검은 2017년 11월 서울지방국세청에 A 씨가 소음소송과 관련해 부가가치세 및 소득세를 포탈했다며 조세범처벌법 위반사범에 대한 고발을 의뢰했다. 이에 서울지방국세청은 2018년 1월 A 씨에 대해 2개월 가량의 기간을 두고 2011 사업연도에 대한 개인통합조사에 착수했다. 서울고검은 2018년 2월 서울지방국세청에 A 씨가 집단소송 관련 부가가치세 및 소득세를 포탈한 혐의가 있다며 추가 고발을 의뢰했다. 그러자 서울지방국세청은 당초 세무조사를 조세범칙조사로 전환했고 조사 결과 △A 씨가 소음소송의 성공보수를 승소판결금의 16.5%로, 선하지소송의 성공보수를 임차료의 33%와 지연손해금으로 약정했음에도 허위로 작성된 약정서 및 입금증 등을 근거로 집단소송에 대한 현금 매출의 신고를 누락하고 △허위세금계산서 수취 등을 통해 가공경비를 계상하는 등 사기 기타 부정한 행위로 2011년 귀속 종합소득세 50억여 원 및 부가가치세 13억여 원을 포탈했다는 혐의로 서울고검에 A 씨를 고발하고 해당 과세자료를 반포세무서와 세초세무서에 통보했다. 두 세무서는 과세자료를 통보받고 집단소송 관련 A 씨의 2011년 귀속 매출신고 누락액을 합계 126억여 원으로 산정해 총 136억여 원의 종합소득세 및 부가가치세를 부과처분했고, 이에 불복한 A 씨는 소송을 제기했다. 앞서 서울지방국세청은 2012년 7월에 A 씨에 대한 개인제세 통합조사(1차 조사)를 실시한 바 있으며, 서초세무서는 선하지소송 성공보수금과 관련해 탈세 제보를 받고 2014년 9월 원고의 부가가치세에 대한 적정신고 여부를 확인하고자 현장확인 조사(2차 조사)를 비롯해 이미 3차례 조사를 실시했다. 그 결과 2012년 7월 조사에 대해서는 매출신고 일부를 누락했다며 2009년~2011년까지의 종합소득세 및 부가가치세에 대한 과세처분이 이뤄졌고, 2014년 9월 조사에 대해서는 A 씨가 수입금액 신고를 누락한 부분이 없다고 판단해 별다른 조치를 하지 않았다. 이후 세 번째 조사가 시작됐을 때 A 씨가 서울지방국세청에 “1·2차 조사와 동일한 세목 및 과세기간에대한 것이어서 중복조사금지원칙에 위반되므로 중단해달라”는 취지로 권리보호요청을 했고, 이것이 받아들여져 조사가 중단됐다. 이번 소송의 원인이 된 조사가 진행되자 A 씨는 재차 같은 취지로 중단해달라며 권리보호요청을 했으나 서울지방국세청 납세자보호위원회에서 기각 의결됐다. 재판부는 "국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있고, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다"며 “A 씨에 대한 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않고, 중복조사가 허용되는 다른 예외사유에도 해당하지 않아 중복세무조사금지의 원칙을 위반해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "2차 조사 결과, A 씨의 수입금액 신고 누락 금액이 없다는 판단을 내렸고, 납세자보호담당관이 작성한 검토서에는 '조사청은 1차 및 2차 세무조사를 통해 A 씨에 대한 강도 높은 세무조사를 실시했음이 명백하다'라고 기재된 부분이 있다"며 "서울지방국세청은 늦어도 제3차 조사에 착수하기 이전엔 이미 상당한 양의 검찰 수사기록을 확보해 검토했음은 물론이고, 검찰 수사기록에 A 씨 직원들의 참고인 진술조서 등 A 씨가 약정서를 위조해 제출한 사실을 뒷받침하는 자료들이 포함돼 있다고 해서 이를 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 '새로 밝혀진 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨에 대해 재조사가 허용되는 예외사유에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로 하여금 최초 세무조사를 부실하게 시행했더라도 이를 통해 확보한 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르게 된다"며 "이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 입법 취지에도 반해 허용할 수 없다"고 판시했다.

강남고속버스터미널 쇼핑 아케이드를 개발 운영하고 있는 센트럴시티가 창업주인 신선호 전 이사회 의장에게 80억원의 상여금을 지급했다가 법인세 35억원을 물게 됐다. 미리 정해 놓은 회사 급여지급기준에 따라 임원에게 상여금을 지급했어도 이익을 처분한 것에 해당하면 법인세 부과 대상이라는 것이다. 신 전 의장은 1970년대 중반 재계에 돌풍을 일으켰던 '율산 신화'의 주인공이다. 대법원 특별2부(주심 김창석 대법관)는 센트럴시티가 반포세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 취소소송(2014두6562)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 센트럴시티는 회사 정관에 따라 2006~2010년 당시 이사회 의장이던 신씨에게 상여금 80억원을 지급했다. 서울지방국세청은 2008년 세무조사를 하면서 신씨에게 지급된 상여금에 대해 별다른 조치를 취하지 않았지만, 2011년 다시 세무조사하면서 2006년과 2007년 사업연도에 대한 재조사를 실시했고 이후 법인세를 35억원으로 증액해 부과했다. 이에 반발한 센트럴시티는 소송을 냈다. 센트럴시티는 구 국세기본법이 세무조사의 재조사를 금지하면서 예외적으로 재조사가 허용되는 경우 중 하나로 '2개 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우'를 규정하고 있지만 자신들은 이에 해당하지 않는다고 주장했다. 또 신씨에게 지급한 상여금은 이사회 결의를 통해 정해진 급여지급기준에 따라 지급됐으며, 신씨가 지배주주가 아닌 점 등을 고려해 전액 비용으로 처리해야 한다고 지적했다. 법인세법 시행령에 따르면 이익 발생에 따라 지급하는 임원 상여금은 원칙적으로 회계처리 시 비용으로 포함시킬 수 없어 법인세 부과 대상이 된다. 그러나 '정관 주주총회, 사원총회 또는 이사회 결의에 의해 결정된 급여 지급기준에 의해 지급한 금액'은 비용으로 처리할 수 있다. 이 때문에 일부 기업들은 '대표이사에게 임원 이익 상여금 배당 권한을 모두 일임한다', '주총의 결정에 따른다'는 식으로 정관을 만들고 거액의 임원 상여금을 비용으로 처리하는 경우가 많다. 하지만 대법원은 이에 제동을 걸었다. 재판부는 "센트럴시티가 2006년부터 2010년까지 각 사업연도에 성과상여금을 지급한 것은 창업주이자 이사회 의장인 신씨에게 매년 임대수입의 10% 이내에서 상여금을 지급하기로 한 2005년 11월 8일자 이사회 결의에 기초한 것"이라며 "이러한 이사회 결의는 그 내용 및 전후 경과에 비춰볼 때 별다른 지급기준도 없이 실질적으로 잉여금 처분을 위한 분배금을 매년 지급하면서도 명목상으로만 손금산입대상이 되는 상여금의 형식을 갖추기로 한 것"이라고 밝혔다. 이어 "비록 신씨에게 지급될 구체적인 성과상여금의 액수 등은 해당 사업연도별로 개최됐던 주주총회와 이사회 등에서 확정됐다고 하더라도 이는 신씨와 통일교 관련단체가 센트럴시티 지분의 98% 이상을 차지하고 있는 상황 등을 감안할 때 앞선 이사회 결의에서 성과상여금을 지급하기로 결정한 후 그 당시 예정한 바대로 각 사업연도별로 후속절차로서 이뤄진 것이므로 이 사건 서울지방국세청의 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 2항 3호에서 예외적으로 허용하고 있는 재조사에 해당한다고 볼 여지가 있다"고 판시했다. 앞서 1심은 국세청의 손을 들어줬지만, 2심은 센트럴시티의 주장을 일부 받아들였다. 2심은 "2006년과 2007년 사업연도에 대한 세무조사는 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하지 않는다"며 "9억 3000만원은 취소하라"고 판결했다.

세무공무원이 수일동안 사업장을 방문해 사업주 등을 상대로 매출누락 등에 대한 조사를 벌였다면 이 역시 세무조사에 해당하므로 이후 추가로 다시 세무조사를 할 수는 없다는 대법원 판결이 나왔다. 조사행위의 절차보다는 그 내용의 실질에 따라 현지조사인지 세무조사인지 성격이 정해진다는 취지다. 대법원 특별2부(주심 박상옥 대법관)는 옥제품 도매업체 대표 A씨가 춘천세무서장을 상대로 낸 부가가치세 및 종합소득세부과처분 취소소송(2014두8360)에서 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 전부승소 취지로 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정하기 위한 것으로 납세자의 사업장 등에서 납세자를 직접 접촉해 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정 기간의 장부나 서류 등을 검사·조사하면 특별한 사정이 없는 한 세무조사로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "세무공무원이 '현지조사' 절차에 따랐더라도, 매출누락 금액을 확인하기 위해 A씨의 사업장에서 A씨나 직원들과 직접 접촉해 9일간에 걸쳐 매출사실에 대해 포괄적인 질문조사권을 행사하고 과세자료를 획득한 것은 구 국세기본법상 '재조사가 금지되는 세무조사'에 해당한다"고 판시했다. 춘천세무서는 2008년 12월A씨가 운영하는 업체의 사업장에서 장부 등을 확인하는 방식으로 현장 조사를 한 뒤 일부매출이 누락된 사실을 확인했다. 세무서는 이듬해 2월 A씨 업체에 대한 본격적인 세무조사에 착수해 13억9400만원의 매출누락을 확인하고 2억여원의 부가가치세를 부과했다. 이에 A씨는 2011년 5월 "현장 조사 후 진행된 세무조사는 위법한 재조사"라며 "2억여원의 과세처분을 취소해달라"며 소송을 냈다. 1심은 춘천세무서 측이 2008년 12월에 현장조사를 한 것은 세무조사가 아니라 현지확인 행위라고 판단해 원고패소 판결했다. 2심도 1심과 같은 판단을 내렸지만 부과한 부가가치세에 포함된 가산세 부분은 고지서에 종류와 산출근거 등을 밝히지 않은 잘못이 있다고 판결했다.

조세심판원의 재조사 결정에 따라 세무서가 다시 산정해 부과한 세금이 오히려 기존 세금보다 많다면 당초 부과된 세금을 초과하는 부분은 위법해 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(김용덕 대법관)는 A씨가 북인천세무서장을 상대로 낸 소득세부과처분 취소소송(2015구합5214)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 "(추가로 증액 부과된) 소득세 943만여원 부분을 취소하라"며 파기자판했다. 재판부는 "재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관해 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형 결정에 해당하고, 처분청의 후속 처분에 따라 그 내용이 보완됨으로써 결정으로서 효력이 발생한다"며 "조세심판원의 재조사 결정 취지에 따른 후속처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 '심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다'고 규정한 국세기본법 제79조 2항의 불이익변경 금지원칙에 위배되어 후속처분 중 당초처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다"고 밝혔다. 성형외과 의사인 A씨는 환자들로부터 수술비용 등을 현금으로 받은 뒤 세무신고를 하지 않았다가 2013년 9월 북인천세무서 종합소득세 통합조사 과정에서 적발됐다. 북인천세무서는 조사결과에 따라 2008~2012년 A씨가 누락한 수입금액을 추가해 종합소득세를 부과했다. A씨는 이에 불복해 조세심판원에 이의를 신청했고 조세심판원은 A씨의 주장을 받아들여 재조사를 지시했다. 북인천세무서는 이에 따라 재조사를 실시한 뒤 A씨의 2008~2011년 소득에 해당하는 세금에 대해서는 감액 결정을 내렸지만 2012년 소득에 대해서는 당초 세금보다 943만여원 증액된 금액을 새로 부과했다. 이에 A씨는 소송을 냈다. 1,2심은 세무서의 손을 들어줬다.

세무서가 조세심판원의 재조사 결정에 따라 과세 경정 처분을 하면서 처음에 민원인에게 부과된 세금보다 더 높은 세금을 부과하는 것은 국세기본법상 불이익변경금지 원칙 위반으로 위법하다는 항소심 첫 판결이 나왔다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 정모씨가 용인세무서장 등을 상대로 낸 부가가치세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누21616)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "피고의 종합소득세 369만원 증액처분을 취소한다"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "국세기본법 제79조2항은 조세심판관회의 또는 조세심판관합동회의는 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불리한 결정을 하지 못한다고 해 불이익변경금지 원칙을 규정하고 있다"며 "재조사결정은 처분청의 후속 처분에 따라 내용이 보완됨으로써 효력이 발생하므로, 불리한 결정인지 여부는 심판청구를 한 처분과 재조사결정의 후속 처분에 따른 처분을 비교해 판단하는 것이 타당하다"고 밝혔다. 재판부는 "용인세무서장은 2010년 1월 2001~2003년 귀속 종합소득세 부과처분을 했다가 조세심판원의 재조사결정 후 같은 해 11월 당초 처분에서 증액하는 처분을 했다"며 "증액 부분은 국세기본법 제79조2항에서 정한 불이익변경금지 원칙에 위배돼 무효"라고 지적했다. 약국운영자인 정씨는 2010년 1월 매출을 누락했다는 이유로 용인세무서로부터 종합소득세 3억1000여만원, 동작세무서로부터는 부가가치세 1억8200여만원의 부과처분을 받자, 같은 해 7월 조세심판원에 심판청구를 내 재조사 결정을 받았다. 재조사 후 동작세무서는 부가가치세를 일부 감액했지만, 용인세무서는 오히려 종합소득세를 일부 증액하는 경정처분을 하자 정씨는 12월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.

납세자가 세무당국의 과세처분에 이의신청을 해 재조사를 한다는 결정을 받은 경우 국세청에 심사청구를 할 수 있는 기간은 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산돼야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이는 대법원이 재조사결과에 대한 행정소송의 제소기간은 원칙적으로 납세자가 재결정을 하기 이전의 원결정을 받은 날부터 기산된다는 취지의 종전 대법원판결(96누10768 등)을 변경한 것이다. 그동안 납세자는 후속 처분의 통지를 받기 전에 곧바로 불복여부를 결정할 수 밖에 없어 납세자의 재판청구권 침해논란이 없지 않았으나 판례가 변경됨에 따라 재판청구권을 실질적으로 보장받게 됐다. 대법원 전원합의체(주심 이홍훈 대법관)는 지난 24일 화물운수업자 박모(54)씨가 양천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 소송 상고심(☞2007두12514)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 "재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관해 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사해 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다"면서 "이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다"고 설명했다. 재판부는 "그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의해 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다"고 지적했다. 반면, 김영란·양승태·안대희 대법관은 다수의견과 달리 "재조사결정은 단지 효율적인 사건심리를 위해 처분청에 재조사를 지시하는 사실상 내부명령에 불과해 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 할 수 없고, 후속처분에 의해 그 효력이 발생한다고 의제할 수도 없다"며 "따라서 이의신청인 등에게 재조사결정이나 후속 처분이 통지됐다고 하더라도 그 후 다시 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 해 이의신청인 등에게 통지할 때까지는 심사청구기간 등이 진행되지 않는다고 봐야 한다"는 별개의견을 냈다. 화물운수업을 하던 박씨는 2005년4월 매출신고를 하지 않는 사실이 드러나 양천세무서로부터 1억여원에 이르는 부가가치세를 부과받았다. 박씨는 7월29일 실지거래사실을 재조사해 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정할 것을 명하는 내용의 재조사결정서를 송달받았다. 양천세무서는 박씨가 조사내용을 번복할 자료를 내지 않자 3개월 후 당초 처분을 유지한다는 내용의 후속 처분을 했다. 그러자 박씨는 10월28일 국세청장에게 심사청구를 했으나, 국세청은 "재조사결정을 통보받은 7월29일을 기준으로 해야 하는데 이씨의 청구는 심사청구기간인 90일을 지났다"며 심사청구를 각하했다. 이씨는 2006년3월 양천세무서를 상대로 행정소송을 제기했다. 1심은 "박씨는 재조사 결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세청에 심사청구를 할 수 있다"며 본안판단을 했으나 "박씨가 부가가치세신고를 하지 않은 사실을 추인할 수 있다"며 원고패소 판결을 했다. 그러나 2심은 "박씨에게 과세를 할 수 있는 근거가 부족하다"며 원고승소 판결을 내렸다. 국세기본법은 이의신청이나 심사청구·심판청구에 대한 결정은 "이의신청 등이 신청기간 또는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 않은 때에는 그 신청이나 청구를 각하하는 결정을, 이의신청 등이 이유없다고 인정된 때에는 그 신청이나 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다"고 규정하고 있다. 또, 법은 심사청구 등의 제소기간에 관해 "이의신청을 거친 후 심사청구 또는 심판청구를 하고자 할 때는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 하고, 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 한다"고 규정하고 있다.