당초 조세감면결정을 받았던 기술이 시간이 흘러 보편적인 기술이 됐다면 조세감면대상에서 제외해도 신뢰보호원칙을 위반한 것이 아니라는 대법원판결이 나왔다.
대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 수질오염물질처리사업체 (주)A사가 기획재정부를 상대로 낸 조세감면거부처분 취소소송 상고심(2008두19659)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다.
재판부는 판결문에서 "국립환경연구원은 2002년 이 사건 기술현황에 대해 2001년부터 2002년까지 국내 26개 업체가 이 기술 또는 유사한 환경신기술 보유업체로 지정받은 점을 근거로 해 원고의 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인해 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명했다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이 사건 투자는 이 같은 의견표명이 있은 후에 이뤄졌고 법에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없다"고 설명했다.
따라서 재판부는 "기재부가 사정변경으로 이 기술이 법에서 정한 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이뤄진 투자에 대해서도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 했다고 할 수 없어 이 사건 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다"고 판단했다.
하수처리시설의 건설 등을 위해 2001년 설립된 A사는 인천광역시와 협약을 체결하고 사업을 하던 중 자신들의 사업이 조세특례제한법에서 정한 '고도의 기술'을 이용하고 외국인의 투자를 받았다며 기획재정부에 조세감면신청을 해 조세감면결정을 받았다. 이후 A사는 2004년께 사업을 진행하면서 다시 기재부에 조세감면신청을 했으나 거부당하자 소송을 냈다. 1심은 "시간이 지나면 조세감면대상에 해당하는지 여부는 달라질 수 있어 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 이를 뒤집어 원고승소 판결을 내렸다.
현행 조세특례법은 '고도의 기술을 수반하는 사업, 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 기술을 수반하는 사업으로서 국내사업의 국제경쟁력 강화를 위해 필요하다고 인정되는 사업'에 대해서는 법인세 등을 감면한다고 규정하고 있다.