영화 제작에 들어간 특수효과, 의상·미술디자인 등 개발비용은 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 '연구·인력개발비'에 해당하지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 이주영 부장판사)는 지난 4월 22일 리얼라이즈픽쳐스가 중부세무서장을 상대로 낸 법인세경정 거부처분 취소소송(2021구합57940)에서 원고패소 판결했다. 영화 '신과 함께' 시리즈 등을 제작한 리얼라이즈픽쳐스는 2019년 4월 중부세무서에 "2015 내지 2017 사업연도의 법인세가 공제돼야 한다"고 주장하면서 해당 사업연도 법인세 이월공제액의 증액을 청구하고, 이월공제액 증가에 따른 2018 사업연도 법인세 7억2700여만원의 감액 및 환급을 요구하는 경정 청구를 했다. '신과 함께' 시리즈 등 영화 제작 과정에서 사용한 특수효과, 의상디자인, 미술디자인 등 위탁개발비용 162억8300만원이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구·인력개발비에 해당한다는 주장이었다. 하지만 중부세무서는 "영화들을 제작하는 과정에서 지출된 디자인 비용은 조세특례제한법 및 시행령에서 정한 고유디자인의 개발을 위한 비용에 해당하지 않으므로, 세액공제 대상인 연구·인력개발비에 해당하지 않는다"며 거부했다. 리얼라이즈픽쳐스는 조세심판원에 중부세무서의 경정거분처분을 취소해달라는 심판을 청구했지만 기각되자 소송을 냈다. 재판부는 "경정청구 당시 법인세 과세표준이나 세액의 감액경정을 청구한 것이 아니라 이월공제액의 증액을 청구했다"며 "해당 경정청구 중 법인세 이월공제액의 증액을 구하는 부분은 법인세 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이나 결손금액 또는 환급세액의 경정을 구하는 것에 해당하지 않아 경정청구 사유가 있다고 보기 어렵다"고 밝혔다. 또 "조세특례제한법에서 연구개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대해 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것"이라며 "기존 영화에서 사용하지 않았던 특수효과나 디자인을 사용했더라도 통상적인 영화 제작활동을 수행한 것에 불과해 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고 볼 수는 없다"고 설명했다. 그러면서 "영화 제작에 사용된 특수효과 및 디자인 비용의 세액공제 산입 여부를 제한해 해석하지 않는다면, 영화 제작에 사용된 특수효과 비용과 디자인 비용은 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 된다"며 "이는 연구개발비 세액공제 규정의 취지와 전혀 부합하지 않는다"고 판시했다.

르노삼성자동차가 3년 간 감면받았던 법인세 258억원을 도로 내게 됐다. 자동차 엔진 세금과 관련해 르노삼성 측은 대리점에서 정비용으로 판매된 엔진 가격을 기초로 산정해야 한다고 주장했지만, 엔진 대부분이 완성차에 탑재된 만큼 원가비례법으로 산정한 금액을 토대로 세금을 부과해야 한다는 세무서의 주장을 대법원이 받아들였기 때문이다. 대법원 특별1부(주심 이기택 대법관)는 르노삼성차가 북부산세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두64043)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 르노삼성차는 2003년 12월 정부로부터 전자제어식 엔진에 대한 조세감면 승인을 받았다. 외국인투자 기업의 '고도의 기술을 수반하는 사업'으로 인정되면 조세를 감면해주는 조세특례제한법에 따른 것이었다. 르노삼성차는 이에 따라 2008∼2010년까지 세금을 감면받았지만, 감면 대상인 엔진의 시가를 계산하는 방법에서 문제가 지적됐다. 르노삼성차는 이 기간 대리점에서 정비용으로 판매된 엔진 가격을 시가로 보고 과세 당국에 신고해 조세 감면을 받았지만, 2013년 세무조사를 실시한 국세청은 이런 계산법에 문제가 있다고 판단했다. 해당 기간에 팔린 정비용 엔진은 12대에 불과한 반면 완성차에 탑재돼 판매된 엔진은 43만4996대에 달해 감면액이 부당하게 커질 수 있다는 지적이었다. 감면 대상인 엔진을 대부분 비감면 대상인 완성차에 얹어 팔아놓고 엔진만 따로 떼어내 팔았다는 식의 세금 계산은 성립할 수 없다는 것이다. 이에 따라 세무당국은 완성차에서 엔진 원가가 차지하는 비율에 완성차 판매가격을 곱한 원가비례법 방식으로 구한 엔진 매출을 토대로 감면액을 재산정해 법인세 258억원을 추가로 부과했다. 르노삼성차는 "국세청이 알려준 방식대로 계산한 것"이라며 "뒤늦게 법인세를 추가 부과한 것은 부당하다"며 소송을 냈다. 재판부는 "구 조세특례제한법 제121조의2 1항 1호는 '국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 산업지원 서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업'을 하기 위한 일정한 외국인투자에 대해서는 법인세를 감면하도록 하면서, 2항에서는 '감면대상이 되는 사업을 함으로써 발생한 소득'에 대해서만 감면하도록 정하고 있다"며 "감면대상 사업이 그렇지 않은 다른 사업과 함께 해당 법인에 대해 전체적으로 하나의 소득을 창출하는 것으로 평가할 수 있는 경우라면 그 전체 소득 중 감면대상 사업으로 인한 부분을 구분해 계산해야 한다"고 밝혔다. 앞서 1,2심은 "원가비례법은 엔진 판매가 자동차 판매와 연동되고 엔진의 합리적인 시장가격을 정할 수 없는 상황에서 불가피한 것"이라며 세무당국의 손을 들어줬다.

매출액이 1000억원 미만인 중소기업에 해당돼 3년 동안 과세 유예기간을 주는 조세 특례 혜택 대상이 됐다면 이후 시행령이 바뀌어 중소기업에서 벗어났더라도 과세 유예기간은 보장해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김용덕 대법관)는 ㈜필맥스(소송대리인 법무법인 동서양재)가 구미세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2016두33902)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 2003년 설립된 플라스틱 제조업체 필맥스는 2010년 처음으로 매출액 1000억원을 돌파했다. 매출액이 1000억원 이상이면 중소기업 지정에서 제외되지만 필맥스는 '중소기업이 그 매출액이 1000억원 이상인 경우와 같이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초로 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 중소기업으로 본다'는 조세특례제한법 시행령 제2조 2항에 따라 2013년까지 중소기업 유예기간 적용을 받아 세제 혜택 등을 계속 받을 수 있었다. 그런데 2012년 해당 시행령이 개정되면서 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘으면 유예기간의 적용을 배제하는 내용이 추가됐다. 필맥스는 당시 몇 개의 계열사를 두고 있었는데 이들 관계기업의 매출액 합계가 1000억원을 넘었다. 그러자 구미세무서는 필맥스가 더 이상 중소기업 유예기간의 적용을 받을 수 없다고 판단해 법인세 2억원을 부과했다. 필맥스는 "개정 규정이 종전 유예기간까지 실효시키는 것으로 볼 수 없다"며 소송을 냈다. 대법원은 "개정 조세특례제한법 시행령 제2조 2항 본문 전단은 유예기간이 언제부터 실효되는지에 관해 아무런 규정을 두고 있지 않다"며 "언제부터 유예기간의 효과가 배제되는지에 관한 명문의 규정이 없는 상태에서 그 사유가 발생하는 즉시 유예기간의 효과가 배제된다고 해석하는 것은 무리"라고 밝혔다. 이어 "이 같은 점 등을 고려할 때 개정 규정을 이미 진행중이던 유예기간의 실효규정으로까지 해석하기는 어렵다"고 판시했다. 앞서 1심은 "이전에 중소기업이었던 기업이 개정 시행령의 관계기업 기준에 따라 중소기업에 해당하지 않게 되면 유예기간 적용이 배제됨은 관련 규정상 명백하다"며 "필맥스처럼 이미 유예기간의 혜택을 받아온 기업에 대해 유예기간을 유지해 더 보호한다면 이는 형평에 어긋나는 결과가 된다"며 세무서의 손을 들어줬다. 하지만 2심은 이를 뒤집었다.

부동산 펀드가 수익증권 등 집합투자상품을 판매한 수익으로 취득한 부동산은 해당 펀드가 부동산집합투자기구로 등록하기 전이라도 취득세 감면대상이라는 판결이 나왔다. 이번 판결은 지난 2013년 부동산집합투자기구 등록을 마친 집합투자기구가 취득한 부동산만 취득세 감면대상이라는 안전행정부의 유권해석 이후 벌어진 지방자치단체의 대규모 취득세 환수조치 관련 소송의 항소심 첫 판결이다. 지자체의 취득세 환수조치에 반발해 자산 운용사 등이 제기한 소송이 현재 100여건에 달하고 소송금액도 1000억원을 웃돌아 이번 판결이 어떤 영향을 미칠지 주목된다. 서울고법 행정1부(재판장 곽종훈 부장판사)는 농협은행(소송대리인 법무법인 화우)이 마포구청을 상대로 낸 취득세 등 부과처분취소소송(2015누49841)에서 원고패소 판결한 원심을 취소하고 원고승소 판결했다. 재판부는 "자본시장법에 따라 적법하게 설정·설립된 부동산집합투자기구인 이상 비록 금융위원회 등록을 마치기 전이라도 집합투자상품을 판매해 취득한 부동산에 대해서는 세금 감면규정이 적용된다"며 "따라서 등록 전 취득한 부동산이라는 이유로 이미 감면된 취득세 등을 추징한 마포구청의 처분은 위법하다"고 밝혔다. 이어 "등록절차가 완료된 이후 집합투자상품을 판매해 부동산을 취득한 경우에만 감면규정이 적용된다고 보게 되면 부동산집합투자기구를 통한 간접투자가 위축된다"며 "이는 부동산 시장을 활성화하려고 한 감면규정 취지에도 반한다"고 설명했다. 구 조세특례제한법 제120조 4항 2호는 '자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득하는 부동산은 2014년 12월 31일까지 취득한 경우 취득세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다'고 규정했다. 부동산 펀드는 그동안 이 조항에 따라 취득세의 30%를 감면받아왔다. 농협은 2012년 9월 투자회사인 ㈜케이비자산운용과 부동산집합투자기구 설정계약을 체결했다. 케이비자산운용은 계약 체결 전 미리 수익증권을 판매해 농협에 판매대금으로 신탁원본을 납입했다. 농협은 같은해 10월 납입받은 재산으로 서울 마포구의 한 오피스텔을 산 뒤 구청에 "구매한 건물은 부동산집합투자기구의 집합투자재산으로 취득한 부동산이므로 취득세 감면 대상"이라며 세액감면신청을 했다. 마포구청도 신청을 받아들여 세금을 깎아줬다. 케이비자산운용은 이후 금융감독원에 부동산집합투자기구 등록신청을 냈고 같은해 11월에 등록이 됐다. 그런데 안전행정부가 2013년 10월 '감면규정은 등록을 마친 부동산집합투자기구가 부동산을 취득한 경우에 한해 적용된다'는 유권해석을 내리자, 마포구청은 2014년 11월 20억여원의 세금을 농협에 부과했다. 농협은 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 "감면규정 취지가 자본시장법이 정한 절차에 따라 부동산을 취득한 경우에 한해 세액감면 혜택을 부여하려고 했던 것으로 보인다"며 원고패소 판결했다. 화우 조세팀의 오태환(50·사법연수원 28기) 변호사는 "이번 판결은 조세특례제한법상 부동산 펀드에 대한 취득세 감면의 입법취지와 자본시장법상 등록제도의 의미를 충실히 반영한 판결"이라고 말했다.

지주회사 설립을 위해 현물출자한 사람이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 과세이연(세금 납부를 미뤄주는 혜택)을 받은 상태에서 공익법인에 지주회사 주식을 기부했다면 과세이연 받은 양도소득세를 즉각 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 일반적으로 공익재단에 기부하면 세금이 면제되지만 지주회사 설립 과정에 관계됐던 주식에는 이를 적용할 수 없다는 취지다. 대법원 행정2부(주심 박상옥 대법관)는 강영중(66) 대교그룹 회장이 "공익법인에 기부한 주식에까지 세금을 부과하는 것은 부당하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두40569)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 구 상속세 및 증여세법 제48조 1항은 공익법인에 대한 출연은 과세대상이 아니라고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법 제38조의2가 주식 현물출자 양도차익에 과세이연 혜택을 주고 있지만 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도해 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지"라며 "그런데 강 회장은 지주회사 주식을 증여해 기업구조조정 촉진이라는 기존 목적을 상실시켰으므로 과세대상이 된다"고 밝혔다. 강 회장은 2001년 그룹을 지주회사 체제로 바꾸면서 대교홀딩스를 설립해 자신이 보유하고 있던 계열사 2곳의 주식을 출자하고, 그 대신 대교홀딩스 주식을 받았다. 강 회장은 이 과정에서 주식을 현물투자해 지주회사를 설립할 때 주식 양도차익에 대해서는 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정한 구 조세특례제한법 제38조의2에 따라 2740억여원에 달하는 양도차익에 대한 세금 납부를 미룰 수 있었다. 그러다 강 회장은 2009년 자신이 이사장으로 있던 공익법인인 세계청소년문화재단에 대교홀딩스 주식 7만주(70억원 상당)를 기부했다. 재단은 강 회장의 기부가 공익법인에 대한 출연으로 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 증여세를 납부하지 않았다. 하지만 과세당국은 과세이연 받은 양도소득세를 내야한다며 강 회장에게 양도소득세 16억8000만원을 부과했고, 강 회장은 소송을 냈다.

기존 건물의 소유자들이 재건축으로 신축된 건물을 취득한 후 5년 이내에 양도하는 경우 과세관청이 양도소득세를 부과하기 위해 그동안 임의적으로 실시했던 세금계산방식이 위법하다는 법원의 판결이 나와 논란이 예상된다. 조세특례제한법은 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위해 2003년 6월까지 신축건물에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우 신축건물 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하도록 규정하고 있다. 또 5년 이후 양도하는 경우에는 시행령에 규정된 계산식을 통해 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득세를 추산해 감면한 양도소득세를 부과하도록 규정했다. 이 계산방식은 조세특례제한법 시행령 제40조1항에 규정했다. 문제는 신축건물이 재건축된 건물인 경우다. 기존 건물의 소유자들이 재건축된 신축건물을 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세를 계산할 방법이 없다. 이 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차이에 해당하는 양도소득세에서 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하는 방식으로 양도소득세를 계산해야 한다. 하지만 시행령에는 이에 대한 마땅한 계산식이 없어 그동안 과세관청은 시행령 제40조1항 계산방식을 준용해왔다. 서울 서초구 S재건축조합의 조합원인 이모(60)씨는 지난 2011년 11월 이같은 양도소득세 계산이 위법하다면 서울 성동세무서를 상대로 소송을 제기했다. 이씨는 기존 건물이 재건축된 후 신축 건물을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차액에 대한 양도소득세를 전액 감면하거나, 법적 근거 없이 과세관청이 임의로 계산식을 준용해서는 안 된다고 주장했다. 이에 대해 서울고법 행정1부(재판장 고의영 부장판사)는 지난달 31일 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누8931)에서 "법적 근거 없이 조세특례제한법 시행령 제40조1항의 계산식을 재건축된 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하는 것은 위법하다"고 판단했다. 재판부는 "시행령 제40조1항의 계산식은 주택재건축을 통해 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 재건축된 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 할 것"이라고 말했다. 이어 "과세관청과 같이 계산할 경우 기존주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 취급해 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 되고, 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하다"고 덧붙였다. 항소심의 판단이 그대로 확정될 경우 조세특례제한법 시행령에 해당 계산식을 규정하는 법 개정이 불가피할 것으로 보인다. 원고측을 대리한 손병준(47·사법연수원 25기) 법무법인 광장 변호사는 "법원의 판단대로라면 현재로서는 재건축된 신축건물을 5년 이내에 양도할 경우 양도소득세를 계산할 수 있는 방법이 존재하지 않으므로 입법적으로 해결해야 할 것"이라고 말했다. 손 변호사는 "법원에 계류 중인 유사 사건 외에도 아직 소송화되지 않은 유사 사건들이 많아 판결이 그대로 확정될 경우 상당한 파급력이 예상된다"고 전망했다.

법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.

인터넷 오픈마켓은 상품중개업자가 아니라 부가통신업자이므로 농어촌특별세를 낼 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이인형 부장판사)는 지난 19일 인터넷 오픈마켓인 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 역삼세무서장을 상대로 낸 농어촌특별세 부과처분 취소소송(2012구합18059)에서 "G마켓은 농어촌특별세 부과 대상이 아닌 부가통신업자"라며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "조세특례제한법 제6조에 의하면 부가통신업을 영위하는 기업은 세액의 100분의 50이 감면되고, 상품중개업을 영위하는 기업에 대해서는 세액감면이 인정되지 않는다"며 "G마켓은 인터넷 사이트에서 수행되는 전자적 기능에 의해 상품거래가 이뤄지도록 하는 설비와 관련된 기술을 보유해 사업을 영위하는 부가통신업체에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "상품중개업은 판매자와 구매자를 발굴하고 이들에게 거래조건을 제시하는 등 상품매매계약이 체결되도록 하는 행위"라며 "G마켓은 회원들의 상품정보·대금결제·배송정보의 입력 및 검색 등의 전자적 기능을 이용해 정보검색망 이용을 판매회원과 구매회원에게 제공하는 부가통신업 사업을 한 것"이라고 설명했다. 이어 "G마켓을 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업으로 전제하고 법인세 감액분에 대한 농어촌특별세를 부과한 처분은 위법하다"고 지적했다. 이베이코리아는 조세특례제한법에 따라 법인세 100분의 50이 감면되는 부가통신업이라는 이유로 2005~2008년 사업연도까지 법인세를 감면받았다. 역삼세무서는 2010년 1월 이베이코리아가 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업에 해당한다며 170억여원의 법인세를 부과했으나, 이베이코리아는 2010년 4월 조세심판원에 심판을 청구해 법인세 22억여원을 감액받았다. 역삼세무서는 2011년 8월 "G마켓은 상품중개업에 해당하므로 법인세 감액에 따른 농어촌특별세를 납부해야 한다"며 농어촌특별세 5억6000여만원을 부과했다. 이베이코리아는 농어촌특별세 부과에 불복해 2011년 10월 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 지난 6월 소송을 냈다.

골프장 요금(그린피)에 부과되는 개별소비세에 대해 위헌법률심판이 제청됐다. 의정부지법 행정1부(재판장 김동하 부장판사)는 25일 파주시 서서울골프장을 운영하는 (주)서서울관광이 파주세무서장을 상대로 낸 개별소비세 등 경정거부처분취소 소송에서 서서울관광의 신청을 받아들여 구 개별소비세법 제1조3항 제4호와 구 조세특례제한법 제112조에 대해 위헌법률심판 제청결정을 내렸다(2010아274). 구 개별소비세법 제1조3항 제4호는 골프장 입장에 대해 1만2,000원의 세금을 부과하도록 했으며, 구 조세특례제한법 제112조는 수도권 밖의 회원제골프장에 대해서만 개별소비세를 면제했다. 재판부는 결정문에서 "골프장 입장행위가 여전히 사치라는 사회적 인식이 더 이상 사치라고 볼 수 없다는 사회적 인식에 비해 압도적으로 우세하다고 볼 상황은 아니라고 판단된다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "골프장 이용객이 정당하지 않은 세금을 납부함으로써 재산적 손실을 입도록 하고, 골프장사업자가 이로 인해 이용객수와 수입의 감소를 감내하게 하는 손해를 감수하도록 하고 있다"며 "골프장 이용객과 사업자 모두의 재산권을 침해해 헌법 제23조1항에 위배될 소지가 있다"고 밝혔다. 재판부는 또 "승마나 요트 등 다른 사치성 스포츠 물품/행위를 과세대상에서 제외하고 골프장 입장행위만을 과세대상으로 한 것은 조세평등주의를 위반해 헌법 제11조에 위배된다고 볼 여지가 있다"고 덧붙였다. 한편 재판부는 구 조세특례제한법 제112조에 대해서도 "개별소비세 면제대상을 정함에 있어 기준을 수도권 안과 밖으로 해 수도권 골프장을 지방골프장과 차별하는 것은 합리적이지 않아 헌법 제11조의 평등의 원칙에 위배될 여지가 있다"고 지적했다. 1989년부터 파주시에서 회원제골프장을 운영해 온 서서울관광은 2009년10월 수도권 골프장의 개별소비세 면제를 규정한 구 조세특례제한법 제112조가 위헌임을 이유로 과세표준 및 세액의 경정청구를 청구했으나 거부당하자 개별소비세 등 경정거부처분취소소송을 제기하는 한편 위헌법률심판 제청신청을 냈다.

사업시행인가전에 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 과세특례규정을 적용해 기준시가로 양도소득세를 산정해야 한다는 판결이 나왔다. 사업시행인가전 양도시 과세특례규정 적용여부에 대해 항소심에서 나온 첫 판결로 동일한 쟁점으로 법원에 계류중인 재판들에 영향을 미칠 것으로 보인다. A씨는 지난 2006년12월 마포구 서교동 소재의 토지를 B사에 매도했다. 서교동 일대는 그 이전인 3월에 도시환경정비구역으로 지정·고시됐고 B사는 정비사업을 시행하기 위해 토지를 매입하는 중이었다. A씨는 이어 2007년2월 ‘실지거래가액’을 기준으로 양도소득세 4억6,000여만원을 신고·납부했다. 한편 마포구는 5월 B사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 했다. 그러자 A씨는 사업시행자에게 양도한 경우에 해당해 구 조세특례제한법의 과세특례가 적용된다며 ‘기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산해 차액인 3억7,000여만원을 돌려달라며 마포세무서에 경정청구를 했다. 2006년1월부터 시행된 개정 소득세법 제96조1항은 ‘기준시가’가 아니라 ‘실지거래가액’에 따라 양도소득세를 부과하도록 했다. 다만 구 조세특례제한법 제85조는 정비구역을 지정한 날 이전에 취득한 토지를 2006년 12월31일 이전에 사업시행자에게 양도하는 경우에는 ‘기준시가’에 의해 양도가액을 산정할 수 있도록 했다. 하지만 마포세무서는 A씨가 토지를 양도할 당시 B사가 공익사업시행자로 지정되지 않았다며 2007년8월 경정청구를 거부하는 처분을 했다. 그러자 A씨는 “실제 사업시행을 하면서 토지의 양도·양수 이후 사업시행인가를 받은 사업시행자도 포함해 해석해야 한다”며 지난해 4월 소송을 내 1심에서 승소했다. 서울고법 행정4부(재판장 윤재윤 부장판사)는 지난 21일 A씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세과세표준과세액의경정 청구소송(2009누2056)에서 “사업시행인가전 사업시행자에게 양도한 경우에도 과세특례규정이 적용된다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조특법은 사업시행자에 관해 인가받은 사업시행자라고 명백히 규정하고 있지 않다”며 “도시 및 주거환경정비법도 사업시행자를 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 않다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “납세자의 세부담 완화와 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 입법취지에 비춰 사업시행인가 이전의 사업시행에 협조해 토지를 양도한 자를 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비해 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제해야 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는다”고 덧붙였다.