2014년 10월 서울시교육청이 경희고 등 6곳의 자율형 사립고 지정을 취소한 것은 위법하다는 대법원 판결이 나왔다. 자사고 지정 취소는 교육부의 권한이라는 것이다. 이로써 서울시교육청과 교육부간에 벌어진 4년간의 소송전은 교육부의 승소로 끝이 났다. 대법원 특별3부(주심 조희대 대법관)는 12일 서울특별시교육감이 교육부장관을 상대로 낸 자율형 사립고 행정처분 직권취소처분 취소소송(2014추33)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 "구 초·중등교육법 시행령 제91조의3 5항은 '교육감이 자사고 지정을 취소하는 경우에는 미리 교육부장관과 협의해야 한다'고 규정했는데, 이는 '사전 동의'를 의미한다"며 "이러한 동의 없이 교육청이 자사고 지정을 취소한 것은 시행령을 위반한 것이므로 위법하다"고 밝혔다. 이어 "새로운 교육제도는 충분한 검토와 의견수렴을 거쳐 신중하게 시행돼야 하며, 그러한 과정을 거쳐 시행되고 있는 교육제도를 다시 변경하는 것은 관련된 다수의 이해관계인들뿐만 아니라 국가의 교육시책에 대한 일반 국민의 신뢰에도 큰 영향을 미칠 수 있는만큼 더욱 조심스럽게 이뤄져야 한다"고 판시했다. 조희연 교육감이 이끄는 서울시교육청은 2014년 10월 서울시 내 자사고에 대한 재평가를 실시한 다음 경희고와 배재고, 세화고, 우신고, 이대부고, 중앙고 등 6개교에 대해 자사고 지정을 취소했다. 이에 교육부는 서울시교육청의 자사고 재평가와 지정 취소는 재량권 일탈·남용에 해당할뿐만 아니라 행정절차법과 초·중등교육법 시행령을 위반한 것이라며 그해 11월 서울시교육청의 자사고 지정 취소처분을 직권 취소했다. 그러자 서울시교육청은 "자사고 지정 취소는 교육감의 권한을 적법한 절차에 따라 정당하게 행사한 것으로 시정명령의 대상이 될 수 없다"며 "교육부의 직권취소처분을 취소해 달라"며 대법원에 소송을 냈다. 지방자치법은 광역자치단체장이나 시·도교육감의 사무에 관한 명령이나 처분이 법령에 위반되거나 공익을 해친다고 인정될 경우 주무장관이 이를 취소할 수 있도록 하고 있다. 또 광역자치단체장이나 시·도교육감이 주무장관의 처분에 이의가 있는 경우에는 15일 이내에 대법원에 취소소송을 제기할 수 있도록 규정하고 있다. 한편 초·중등교육법 시행령 제91조의3은 자사고 지정 취소 논란이 발생한 직후인 2014년 12월 '교육감이 자사고 지정을 취소할 때는 미리 교육부장관의 동의를 받아야 한다'는 내용으로 개정됐다. 대법원 관계자는 "국가 또는 교육청에 의한 기존 교육제도의 변경은 교육 당사자 및 국민의 정당한 신뢰와 이익을 보호하는 전제에서 국민의 합의를 바탕으로 절차적으로 신중하고 조심스럽게 이뤄져야 한다는 원칙을 확인한 판결"이라고 설명했다.