토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지를 산 매수인에 대한 취득세 부과 시점을 놓고 지방자치단체 사이에 혼선을 빚고 있는 가운데 취득세 부과는 잔금납부일이 아닌 '허가일' 또는 '허가구역 해제일'을 기준으로 해야 한다는 판결이 최근 잇달아 나와 대법원의 최종 판단이 주목된다. 매수인이 매도인에게 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가가 나오기까지 길게는 수년이 걸리기 때문에 잔금 납부일을 기준으로 하면 납부 지연 등을 이유로 거액의 가산세를 부과받을 수 있다. 하지만 허가일을 기준으로 하면 가산세를 낼 필요가 없어 이번 판결은 매수인에게 유리하게 작용할 것으로 보인다. 특히 국토해양부가 지난 1월 31일자로 전국 토지거래허가구역의 절반에 가까운 면적을 허가구역에서 해제해 유사한 소송이 줄을 이을 전망이다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난 11일 K사의 과점 주주인 안모씨가 "토지거래계약 허가 전에 과점주주가 취득한 주식에 대해 법인의 재산 간주취득세를 부과한 것은 부당하다"며 용인시를 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송 항소심(2012누4144)에서 원고일부패소 판결한 1심을 취소하고 "취득세와 농어촌특별세 등 합계 18억 400여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고승소 판결을 내렸다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)도 지난달 13일 유사한 사건에서 같은 취지의 판결을 내렸다(2012누4137). 재판부는 판결문에서 "토지거래허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우, 해당 토지의 취득시기는 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 때라고 봐야 한다"고 밝혔다.<관련기사 4면> 재판부는 "잔금을 지급한 날을 취득 시기로 보면 과세관청은 토지거래계약 허가 후 소급해서 과세하게 된다"며 "잔금을 지급한 날과 토지거래계약 허가를 받게 된 날이 5년 이상 차이가 나면 제척기간 도과로 취득세 부과처분을 할 수 없게 된다는 점에서도 부당하다"고 지적했다. 재판부는 "소득세법 제105조1항 제1호는 토지거래허가구역에 있는 토지를 양도할 때 허가 전에 대금을 청산한 경우, 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다"며 "취득세도 토지거래계약 허가를 받은 날을 기준으로 취득세를 신고하도록 하는 것이 소득세법 규정의 취지와 맞다"고 덧붙였다. K사는 2007년 4월 토지거래허가구역인 경기 용인시 기흥구에 있는 토지 19만6360.9㎡에 대한 매매계약을 체결하고 잔금으로 1771억여원을 지급했다. K사 주식의 51%를 소유해 과점주주였던 안씨는 같은 해 10월 30.08%의 주식을 추가 취득해 81.08%를 소유하게 됐다. 2009년 1월 이 토지의 거래가 허가되거나 허가구역 해제가 결정됐고, 용인시는 매매계약 체결 후 취득한 주식 비율만큼 안씨가 토지를 취득한 것으로 봐 취득세와 농어촌특별세 11억7200여만원과 가산세 6억3200여만원 합계 18억400여만원을 부과했다. 그러자 "안씨는 허가일이나 허가 해제일을 취득시기로 봐야 하므로 세금 납부 의무가 없고, 잔금지급일이 기준이라 해도 신고가 늦은 데 정당한 사유가 있다"며 소송을 냈다. 1심은 취득 시기에 관한 안씨의 주장을 받아들이지 않았다. 다만, "과세관청도 지금까지 허가일이나 허가 해제일을 취득시기로 해석해 취득세를 부과한 사정이 엿보이고, 더구나 과점주주의 간주취득세의 경우에는 주식취득 후에 토지거래허가가 이뤄졌다면 아예 간주취득세 신고대상이 아니라고 판단했을 가능성이 매우 크다"며 가산세 6억3200여만원은 취소했다. 지방세법 제105조6항 등은 법인의 과점주주에 대해 법인의 재산을 취득한 것으로 의제해, 과점주주가 주식을 추가로 취득하면 증가분만큼 법인의 재산을 추가 취득했다고 봐 취득세를 부과하고 있다.

신주를 인수할 때 주가산정은 주식 인수금액을 납부한 날을 기준으로 정해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별6부(재판장 조병현 부장판사)는 지난달 28일 코스닥 상장업체인 동신에스엔티(주)에서 새로 발행된 주식을 배정받은 성모씨등 27명이 "증자와 주식배정이 결정된 이사회 결의일이 아닌 주금납입일을 기준으로 신주 가격을 산정해 증여세를 부과한 것은 위법하다"며 강남세무서장 등 13개 세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분 취소청구소송 항소심(☞2006누18678)에서 "주금납입일을 기준으로 이전 2개월동안의 평균가액을 시가로 봐야한다"고 1심과 같이 원고 패소판결했다. 재판부는 판결문에서 "상속세 및 증여세법에 따르면 신주를 시가보다 낮은 가액으로 발행하는 경우 법인의 주주가 아닌 자가 해당 법인으로부터 신주를 직접 배정 받음으로써 얻는 이익에 상당하는 금액을 증여받은 것으로 보고, 상속세법 60조에서는 '증여세가 부과되는 재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 의한다'고 규정한다"며 "증자전 주식의 가격을 정하는 것은'증여일'을 기준으로 하는 것이고,'증여일'은 일반적으로 권리의 귀속이 확정되는'증여재산의 취득시기'를 의미하는 것으로 봐야한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "'증여일'을 '주금납입일'로 해석할 때 신주를 배정받은 자가 이사회결의일 당시 예상하지 못한 증여세를 부담해야 하는 부당한 점이 있을수 있다"면서도 "상법에서 신주 인수인은 납입기일의 다음날로부터 주주의 권리의무가 있다고 규정하고 있고, 신주를 배정받은 자가 주금을 납입하지 않으면 주식취득 권리를 상실하므로 결국 주금납입 이전까지 주식을 취득했다고 보기 어려운 점 등을 종합해 볼 때 '증자에 따른 이익의 증여'를 계산하기 위한 이익산정의 기준이 되는 주식의 취득시기는 '주금납입일'을 의미하는 것이라고 해야한다"고 덧붙였다. 상속세법에 따르면 평가기준일 이후에 증자·합병 등의 사유가 발생한 경우 기준일 2개월 전부터 증자 등의 사유가 발생한 날 전일까지의 기간동안 주식의 평균액을 정해야 한다. 이번 경우 주금납입일이 곧 증자일이므로 주금납입일 이전 2개월동안의 평균가액으로 주가를 산정해야 한다는 것이다. 주금을 납입하기 전까지는 주식을 '취득'한 것이 아니고, 이번 사건의 경우 제3자에게 주식을 배정하는 방식으로 증자가 이루어졌으므로 주식을 '취득'하기 전까지 실질적인 '증자'도 이루어지지 않았다고 보는 것이다. 재판부는 또 "주금납입일을 기준으로 증자전 1주당 평가가액을 산정하는 것은 단지 탈법적인 증여행위를 방지하기 위해서만은 아니다"며 "원고들이 조세면탈 목적이 없었어도 증여세를 내야한다"고 설명했다. 동신에스엔티는 2001년 4월 이사회를 열어 성씨 등을 비롯한 36명에게 이사회 결의일 전날부터 1개월 전까지의 평균종가를 기준으로 1주당 1,700원에 주식을 배정하고 주금납입일을 2001년 5월로 정하는 제3자 배정방식의 유상증자를 결의를 했다. 이에 세무서가 "증자가 공시되면서 주가가 큰폭으로 상승했으므로 실제보다 낮은 가격에 주식을 배당받아 그 차액을 증여받은 것이나 마찬가지"라며 이사회 결의일이 아닌 주금납입일 2개월 전부터 전날까지의 주가를 기준으로 주식가격을 정해 실제 납입금액과의 차액에 대해 증여세를 부과하자 원고들은 이에 불복해 소송을 냈다.