특허기술을 개발한 연구원이 퇴직 후 받은 특허권 보상금에 대해서는 소득세를 물릴 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 박양준 부장판사)는 A씨 등 3명이 서울반포세무서장을 상대로 낸 종합소득세 경정거부처분 취소소송(2018구합78084)에서 최근 원고승소 판결했다. 한국원자력연구원 소속 연구원이었던 A씨 등은 재직 중 4건의 특허 기술을 발명했다. 원자력연구원은 이들이 퇴직한 후 해당 기술의 특허권을 보유하게 됐다. 특허권의 가치는 3억7800만원으로 평가됐다. 원자력연구원은 이를 현물출자 후 매각해 경비 등을 공제한 뒤 1억6000만원을 보상금으로 A씨 등 기술개발에 기여한 연구원들에게 지급하기로 결정했다. 하지만 이후 문제가 생겼다. 원자력연구원은 이 보상금을 비과세대상인 발명진흥법상 직무발명보상금으로 봐 소득세를 원천징수하지 않았는데, 세무당국은 보상금이 성과급에 해당한다며 근로소득세 과세대상이라고 판단했기 때문이다. A씨 등은 이에 불복해 조세심판원에 심판 청구를 했으나 기각되자 소송을 제기했다. 상여금 아닌 직무발명보상금 근로소득에 해당 안돼 재판부는 "원자력연구원은 미리 내부규정인 기술출자관리지침에 보상금의 보상 형태와 보상액 결정 방법 등을 마련해 문서로 공개했다"며 "이 지침에 근거해 지급된 보상금은 발명진흥법에서 정한 기준과 방법 등에 따라 지급됐다고 볼 수 있으므로 법상 정당한 직무발명보상금에 해당한다"고 밝혔다. 이어 "상여금은 종업원 등의 개인적인 성과에 대해 지급하기보다 회사 전체의 성과에 대해 지급한 것인데 반해, 보상금은 A씨 등의 개인적 성과에 대해 지급한 것"이라며 "세무당국이 이를 상여금으로 보고 근로소득에 해당한다고 주장하는 것은 타당하지 않다"고 판시했다.