최성해 동양대 총장<사진=연합뉴스> 최성해 전 동양대 총장의 학교법인 이사회 임원 자격을 취소한 교육부 결정이 적법하다는 대법원 판단이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 오석준 대법관)는 18일 최 전 총장이 교육부를 상대로 낸 임원 취임 승인 취소 처분 취소 소송(2022두63850)에서 원고 승소로 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 지난 2020년 교육부는 "최 전 총장의 부친이 이사장으로 있던 2010년 당시 최 전 총장을 이사로 선임하면서 거쳐야 할 절차를 지키지 않았다"며 두 사람의 임원취임 승인 취소를 학교법인에 요구했다. 당시 사립학교법상 학교법인 이사장의 배우자나 직계존비속 등은 이사회 이사 정수 3분의 2 이상 찬성과 교육부 승인이 필요했지만 이를 지키지 않았다는 이유에서다. 최 전 총장의 부친은 2010년 10월부터 2013년 9월까지 학교법인 이사장을 지냈는데 이 기간 이뤄진 최 전 총장의 이사·총장 임명 과정에 문제가 있다고 교육부는 판단했다. 최 전 총장은 처분이 부당하다며 소송을 냈다. 1심은 원고 패소로 판결했다. 하지만 2심은 최 전 총장의 손을 들어줬다. 2심은 "교육부가 임원 취임 승인을 취소한 처분에 앞서 시정 요구를 해야 했지만 이러한 절차 없이 바로 처분으로 나아간 것은 위법하다"고 밝혔다. 그러나 대법원은 다시 판단을 뒤집었다. 재판부는 "이번 처분 사유는 시정할 수 없는 것이 명백한 경우에 해당하므로 시정 요구 없이 처분이 이뤄져도 적법하다"고 판단했다. 이어 "최 전 총장은 자격 요건을 갖추지 않은 채 임기 만료 때까지 동양대 법인 임원으로 재직했고, 그 사이에 부친이 사망했기 때문에 자격 요건을 갖추기 위한 절차를 다시 밟더라도 위법 상태 자체를 시정할 가능성이나 실효성이 있다고 볼 수 없다"며 "사후에 이사 정수 3분의 2 이상의 찬성 및 관할청의 승인을 받는다고 하더라도 최 전 총장이 총장으로 재직하기 위한 자격요건을 소급하여 갖추게 되는 것은 아니어서 처분 사유의 위법성이 해소되거나 제거된다고 볼 수도 없다"라고 설명했다.

회계감사 지적을 시정하지 않은 대학에 대해 교육부가 정원을 감축한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 지적사항의 정도에 비해 정원 감축 처분은 과하다는 취지다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 2월 9일 A 학교법인 등이 교육부장관을 상대로 제기한 정원감축 처분 취소소송(2021구합80070)에서 원고일부승소 판결했다. 교육부는 2018년 4월과 5월 A 법인 및 A 법인이 운영하는 B 대학에 대한 회계부분감사를 실시한 뒤 같은해 12월 총 15건의 감사결과 지적사항 및 그 처분요구사항을 통보하면서 60일 이내에 이행하라는 지시를 내렸다. A 법인은 2019년 5월 교육부의 처분이 절차적·실체적 하자가 있고 정도가 중대·명백하다며 법원에 무효확인과 처분취소를 주장하며 소송을 제기했으나 패소 판결을 받았고, 그대로 확정됐다. 이후 교육부는 2020년 8월 △교육용 기본재산 미활용 △기부급 업무처리 부적정 등 지적사항에 대한 처분요구사항을 이행하지 않았다며 B 대학의 2021학년도 총 입학정원을 2020학년도 대비 5% 감축하는 처분을 했다. 이에 불복한 A 법인은 소송을 제기했다. 재판부는 "정원감축 처분은 학교 교육의 질과 교육여건을 향상시키기 위해 사립학교의 재정 건전성을 확보하고, 사립학교 교육의 공공성을 수호하며 건전한 발전을 도모하기 위한 것"이라며 "그런데 해당 처분은 고등교육법 제60조가 정하는 가장 무거운 처분의 하나로, 입학정원이 감축되는 것이어서 한시적으로 입학정원의 증원을 불허하는 정원동결처분이나 학생모집을 제한하는 모집정지처분과 비교할 때 그 불이익의 정도가 매우 크다"고 밝혔다. 이어 "각 지적사항의 위법 정도가 그리 중하다고 보기 어렵고, A 법인이 처분요구사항 이행을 위해 상당한 노력을 하고 있고 실제 일부 이행을 완료하기도 한 점 등을 고려해 볼 때 정원감축 처분으로 달성하고자 하는 공익은 더 낮은 정도의 제재처분만으로도 충분히 달성할 수 있을 것으로 보여 비례의 원칙에도 반한다"고 설명했다.

임금체계가 다르더라도 일반계약직에게 행정사무직과 달리 통합수당과 격려금을 지급하지 않은 것은 차별적 처우에 해당한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 강우찬 부장판사)는 지난 10월 28일 학교법인 연세대학교가 중앙노동위원회 위원장을 상대로 낸 차별시정 재심판정 취소소송(2021구합87569)에서 원고패소 판결했다. A 씨 등은 2018년 8월 연세대와 근로계약을 체결하고 일반계약직으로 입사했다. 최초 계약일로부터 2년이 경과한 2020년 8월부터 정규직인 행정사무직으로 전환됐다. A 씨 등은 지난해 2월 "연세대가 일반계약직에게 행정사무직과 달리 통합수당과 격려금을 지급하지 않은 것은 기간제 및 단시간근로자에 관한 법률에 위반되는 차별적 처우에 해당한다"며 강원지방노동위원회에 차별시정을 신청했다. 강원지노위는 연세대가 A 씨 등에게 격려금 등을 지급하지 않은 것은 합리적인 이유가 없는 차별적 처우에 해당하고, 이로 인한 금전배상금을 지급할 이유가 있다고 판정했다. 이에 불복한 연세대는 중앙노동위원회에 재심을 신청했으나, 기각되자 소송을 제기했다. 연세대는 "일반계약직과 행정사무직은 서로 다른 임금체계가 적용되므로, 비교대상 근로자가 될 수 없다"며 "해당 수당은 노동조합 사이에 체결된 임금(단체)협약을 근거로 행정사무직에게만 지급되고 있다. 일반계약직은 이 노조에 가입할 자격이 없다"고 주장했다. 재판부는 "일반계약직과 비교대상 근로자인 행정사무직의 임금이 서로 다른 항목으로 구성돼 있지 않고, 일반계약직이 통합수당을 지급받지 않는 대신 다른 항목에서 행정사무직보다 유리한 대우를 받았다고 볼 만한 사정도 발견할 수 없다"며 "각 수당을 항목별로 각각 비교했을 때 연세대가 A 씨 등을 비롯한 일반계약직에게는 해당 수당을 지급하지 않았고, 이는 차별적 처우가 존재한다고 할 것"이라고 밝혔다. 이어 "해당 격려금은 연세대의 행정사무직 호봉(기본급)이 2015년부터 계속 동결되자 이에 대한 보상이 필요하다는 차원에서 2019년 임금협약에 의해 한시적으로 도입된 위로금으로, 연세대는 2018년도 연봉제 계약직으로 입사한 A 씨 등에게 지급하지 않은 것에 합리적 이유가 있다고 주장하지만, A 씨 등의 연봉은 행정사무직의 호봉을 규정하고 있는 급여표에 따른 월 급여에 12개월을 곱해 산정된 것으로 A 씨 등 또한 기존 행정사무직의 호봉 동결에 영향을 받았다고 볼 수 있다"고 설명했다. 그러면서 "사용자가 노조와 급여 지급에 관한 단체협약이나 임금협정을 체결하는 경우 그 협정은 노조 소속 조합원이 아닌 근로자들에게 그러한 급여를 지급하지 않아야 하는 의무를 부담하게 하는 것은 아니다"며 "격려금 지급의 근거가 노조와 체결된 임금협약이라는 사정만으로는 일반계약직에게 불리한 처우를 정당화하는 사유에 해당한다고 볼 수 없다"고 판시했다.

근로계약서에 계약기간을 분명하게 명시했고 수강생 수가 감소하는 등 근로여건에 변동이 있다면 주당 15시간 이내인 '초단시간근로자'에 해당하는 단기근로강사에게는 갱신기대권이 인정되지 않는다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정10부(재판장 성수제 부장판사)는 지난달 21일 학교법인 성균관대가 중앙노동위원회위원장을 상대로 제기한 부당해고구제재심판정취소소송(2021누63360)에서 원고패소한 1심 판결을 취소하고 원고승소 판결했다. 성균관대는 재학생 및 일반인을 위한 실용외국어 교육 및 연구와 외국인 등을 위한 한국어강좌 등을 운영하는 어학원을 부속기관으로 설치해 운영했다. 성균관대가 어학원 운영을 위해 마련한 내부 규정에 의하면 정규 및 비정규 실용외국어 교육과 기초교양과목 강의를 담당하는 전임교원 외에 외국인을 위한 한국어강좌를 담당하는 주당 15시간 이내 단기근로강사를 둘 수 있도록 했고, 단기근로강사의 계약기간은 연간 6개의 정규학기로 구성된 한국어강좌의 1학기(2개월) 이내로 정하도록 했다. A 씨와 B 씨는 어학원에서 2014년 3월, 2018년 8월 각각 단기근로계약을 맺고 한국어강의를 담당했고, 2019년까지 근로계약을 반복해 체결했다. 그러던 중 2019년 4학기와 5학기가 끝날 무렵, A 씨와 B 씨는 각각 성균관대로부터 계약기간 이후 더 이상 근로계약을 체결하지 않는다는 사실을 통보받았다. A 씨 등은 성균관대의 갱신거절이 부당해고에 해당한다고 주장하면서 경기지방노동위원회에 구제신청을 했으나 기각 판정을 받았고, 이에 불복해 중앙노동위원회에 재심을 신청해 인용하는 판정을 받았다. 그러자 성균관대 측은 "주당 15시간 이내 짧은 시간만 근무할 것을 전제로 기간을 정해 고용된 이른바 '초단시간근로자'에 해당하는 A 씨 등에 대한 갱신거절은 계약기간 만료에 따른 정당한 것"이라며 재심판정을 취소해달라는 소송을 제기했다. 재판부는 "성균관대와 A 씨 등 간 각 근로계약서에는 근로기간을 단순히 '2개월' 등과 같이 추상적·일반적으로 기재한 것이 아니라 매번 계약기간의 시작일과 종료일을 개별적으로 특정해 명시했고, 6학기제로 운영되는 연간 근무일정에 맞춰 해당 계약기간에 대응하는 정규학기의 명칭을 병기하기도 했다"며 "근로계약 체결 단계에서 계약기간에 대한 뚜렷한 인식을 갖고 해당 기간에 한해 고용관계를 유지할 의사를 명백히 했다"고 밝혔다. 이어 "근로계약서와 내부규정 등에 의하면 계약기간의 만료에도 불구하고 일정한 요건을 갖추면 근로계약이 갱신된다는 명시적인 규정이 마련되지 않았다"며 "단순히 직전 계약기간 동안의 근무태도나 강의평가에 특별한 하자나 문제점이 보고되지 않았고 반복적으로 근로계약이 갱신돼 왔던 사정이 근로계약 갱신에 대한 신뢰 형성의 근거 내지 토대로서 중대한 의미를 갖는 것으로 보기는 어렵다"고 설명했다. 그러면서 "한국어강좌를 수강하는 외국인 수강생의 인원수가 감소하는 등 근로여건의 변동은 성균관대에게 있어 충분히 A 씨 등에 대한 근로계약 갱신을 거절할 합리적 근거가 될 수 있다고 보인다"고 판시했다.

총 8년간 근무한 기간제 교사를 해임하더라도 중간에 공개채용 절차가 있었다면 기존 기간제 근로계약 관계는 단절돼 해고 시점이 그 이후부터 4년이 지나지 않았다면 부당해고로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3부(재판장 유환우 부장판사)는 A학교법인이 중앙노동위원회위원장을 상대로 낸 부당해고 구제 재심판정 취소소송(2019구합88415)에서 최근 "중노위의 재심판정을 취소한다"며 원고승소 판결했다. 종전의 근로계약은 단절 새로운 근로관계 형성 B씨는 2011년 3월부터 A학교법인이 운영하는 학교에서 기간제 영어회화 전문강사로 일했다. 이후 이 학교 교장은 2019년 1월 B씨에게 '2019년 2월 28일자로 계약기간 만료로 학교와의 근로관계가 종료된다'고 통보했다. 이에 B씨는 "부당해고"라며 서울지방노동위원회에 구제를 신청했고 서울지노위는 2019년 2월 "B씨가 2015년 3월부로 기간을 정함이 없는 근로자로 전환됐는데도 계약기간 만료를 이유로 근로관계를 종료한 것은 부당해고에 해당한다"며 B씨의 손을 들어줬다. A법인은 이에 불복해 중앙노동위에 재심을 신청했으나 기각되자 2019년 12월 소송을 냈다. 그후 4년 지나지 않아 계약갱신기대권 인정 안돼 A법인은 "2015년 실시한 공개채용 절차에서 B씨를 비롯한 지원자들 간 실질적인 경쟁이 이뤄져 B씨와 우리 사이에는 종전 근로관계와 단절된 새로운 근로관계가 형성됐다"며 "B씨가 계속 근로한 총기간이 4년을 초과하지 않아 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 전환됐다고 볼 수 없다"고 주장했다. 재판부는 "초·중등교육법령에 따라 임용된 후 기간제 근로계약의 갱신으로 '계속 근로한 총기간'이 4년을 초과한 기간제 영어회화 전문강사는 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자로 봐야한다"면서도 "B씨는 2015년 3월 근무하던 학교의 공개채용 절차에 따른 새로운 기간제 근로계약을 맺어 기존 기간제 근로계약 관계가 단절됐다"고 밝혔다. 서울행정법원 학교법인 승소판결 이어 "B씨는 기간제법 제4조의 '계속 근로한 총기간'을 산정할 때 2015년 3월을 전후한 근로기간을 합산할 수 없어 계속 근로한 총기간이 4년을 초과하지 않는다"며 "B씨를 기간제법 제4조 2항에 따라 기간의 정함이 없는 근로계약을 체결한 근로자라고 할 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "초·중등교육법 시행령은 기간제 영어회화 전문강사 임용 시 그 기간을 1년 이내로 하되, 필요한 경우 계속 근무한 기간이 4년을 초과하지 않는 범위에서 그 기간을 연장할 수 있다고 규정한다"며 "공개채용 절차로 새로운 근로계약을 맺은 B씨에게 정당한 근로계약 갱신 기대권도 인정되지 않는다"고 판시했다.

서울시교육청이 숭문고와 신일고에 대해 자율형사립고 지정 취소 처분을 내린 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 지난달 세화고·배제고에 이어 자사고 지정취소에 불복해 학교들이 제기한 소송에서 교육청이 잇따라 패소하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 이정민 부장판사)는 23일 숭문고와 신일고를 운영하는 학교법인 동방문화학원과 신일학원이 서울특별시 교육감을 상대로 낸 자율형 사립고 지정취소처분 취소소송(2019구합75822)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "자사고는 헌법 제31조 제6항에 따라 법률로 정하고 있는 학교교육제도에 관한 사항 중 일부가 적용되지 않는 학교"라며 "자사고 제도의 운영은 국가의 교육정책과도 긴밀하게 관련되는 등 자사고의 지정 및 취소는 국가의 교육정책과 해당 지역의 실정 등을 고려해 신중하게 이뤄져야 할 필요가 있다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 학교들은 자사고 제도가 법령에 도입돼 2009년 자사고로 지정된 후 2014년 운영성과 평가를 거쳐 계속해 자사고로 운영돼 왔으므로 이에 대한 자사고 지정취소는 신중하게 이뤄져야 한다"며 "자사고의 지정취소가 원고들과 학생, 학부모를 비롯한 이해 관계인들에 대해 갖는 의미와 중요성 등을 고려할 때, 지정취소 요건 해당 여부를 평가하기 위한 주요 평가지표를 신설·변경하는 경우 그 변경 내용 등은 사전에 고지돼야 한다고 봄이 타당하다"고 설명했다. 그러나 "이 사건 학교들은 2014년 평가와 2016년 운영 개선계획의 이행 여부에 대한 평가를 받아 2019학년도까지 자사고로 지정돼 있었고, 2019년 평가에서 자사고 지정취소처분을 받지 않기 위해서는 이 사건 평가대상기간동안 종전에 받았던 2014년 평가의 평가기준을 참조해 운영될 수밖에 없었다"며 "그런데 2019년 평가계획은 평가지표와 평가기준에 있어 자사고 지정취소 여부를 좌우할 정도로 중대한 변경이 이뤄졌고, 이 사건 평가대상기간의 대부분이 경과한 시점에서 그와 같이 변경됐으며, 이 사건 학교들을 비롯한 평가대상 학교들에 대한 통지는 2018년 12년 27일에 이르러서야 이뤄졌다"고 지적했다. 그러면서 "교육청은 변경된 내용을 소급해 이 사건 평가대상 기간에 대해 적용한 후 이 사건 학교들에 대해 자사고 지정목적 달성이 불가능하다고 평가했는데 이는 합리적인 기준에 의한 공정한 심사라고 보기 어렵다"며 "교육청이 자사고 지정을 취소한 것은 처분기준 사전공표제도의 입법 취지에 반하고 갱신제의 본질 및 적법절차원칙에서 도출되는 공정한 심사요청에도 반한다고 보아야 하므로 이 사건 각 처분은 재량권을 일탈·남용하여 위법하다고 봐야한다"고 판시했다. 2019년 7월 서울시교육청은 경희고·세화고·배재고·숭문고·신일고·중앙고·이대부고·한대부고 등 8개 서울 자사고를 운영성과 평가점수 미달을 이유로 지정 취소를 결정했고, 교육부도 이를 승인했다. 이에 세화고·배제고 등 8개 학교들은 2곳씩 나눠 처분을 취소해달라며 소송을 제기했다. 이들은 "교육청의 자사고 재지정 평가기준 변경에 절차적으로 문제가 있고, 평가항목 기준이 자의적이고 모호해 지정 취소 처분은 무효"라고 주장했다. 앞서 세화고와 배제고는 지난달 18일 승소 판결을 받았고, 지난해 12월에는 부산 해운대고가 시교육청을 상대로 소송을 제기해 승소했다. 현재까지 지정취소 처분을 받은 자사고들은 모두 승소했다.

대학이 교수를 해임한 사유 중 일부가 인정되는데도 해임 처분 자체를 취소한 교원소청심사위원회 결정은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정7부(재판장 서태환 부장판사)는 A대학교 총장이 교원소청심사위를 상대로 낸 교원소청심사위원회결정 취소소송(2019누67052)에서 최근 원고패소 판결한 1심을 취소하고 최근 원고승소 판결했다. A대학교는 2017년 12월 부교수인 B씨를 해임했다. 대학 측이 내세운 해임사유는 B씨가 재학생 및 졸업생들로부터 잦은 휴강과 지각을 했다는 평가를 받았으며, 결강하거나 수업시간을 단축해 불성실하게 강의했다는 등 총 10가지에 달했다. 이에 반발한 B씨는 교원소청심사위에 해임처분을 취소해달라며 소청심사를 청구했다. 교원소청심사위는 해임사유 중 일부만 인정될 뿐만 아니라 이에 대한 징계 양정도 과하다며 해임을 취소하는 결정을 내렸다. 그러자 대학은 소송을 냈다. 재판부는 "사립학교 교원이 어떠한 징계처분을 받아 교원소청심사위에 소청심사 청구를 하고, 이에 대해 교원소청심사위가 그 징계사유가 인정되지 않는다는 이유로 징계 양정의 당부에 대해서는 나아가 판단하지 않은 채 징계처분을 취소하는 결정을 한 경우, 그에 대해 학교법인 등이 제기한 행정소송 절차에서 심리한 결과 징계사유 중 일부 사유는 인정된다고 판단되면 법원으로서는 교원소청심사위의 결정을 취소해야 한다"고 밝혔다. 이어 "설령 인정된 징계사유를 기준으로 볼 때 당초의 징계 양정이 과중한 것이어서 그 징계 처분을 취소한 교원소청심사위의 결정이 결론에 있어서는 타당하다고 하더라도 마찬가지"라고 설명했다. 그러면서 "소청위의 결정은 직무 태만 등 해임사유 중 일부 사유가 인정됨에도 이를 인정하지 않은 위법이 있다"며 "B씨에 대한 해임의 징계 양정이 적정한지 여부에 관해 나아가 살펴볼 필요 없이 전부 취소돼야 한다"고 판시했다.

학생 감소 영향으로 구조조정이 잇따르고 있는 가운데 대학이 구조조정을 명분으로 자의적으로 교수를 면직한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 박양준 부장판사)는 A씨가 교원소청심사위원회를 상대로 낸 교원소청심사위원회결정 취소소송(2018구합75498)에서 최근 원고승소 판결했다. 지방의 한 사립대 교수였던 A씨는 2017년 학과 폐지를 이유로 면직됐다. 학교는 2013년부터 대학 특성화 발전 방향에 따라 입학정원을 대폭 감축하고, 학과명칭을 변경하는 등 구조조정을 실시해왔는데 A씨가 담당하던 학과의 재적생이 없어지게 됐기 때문이다. 그러나 A씨는 학교의 구조조정 규정에 따르면 대부분의 학과가 폐과 대상에 해당하는데도 자신이 속한 학과만 폐지한 것은 명백히 자의적이고 형평에 반해 위법하다며 소송을 냈다. 서울행정법원, 교수승소 판결 재판부는 "학교 내 다른 과의 경우 2012~2013년도 2년 연속 등록률이 70% 미만임에도 2012년도 야간 등록률이 100%라는 이유로 폐과를 유예했지만, A씨가 소속된 학과만 유일하게 직권으로 폐과했다"며 "구조조정 규정의 폐과기준을 충족한 여러 학과 중 유독 A씨가 소속된 학과만 폐지된 것은 학내 구조조정 규정에 따라 이뤄진 것이 아님이 명백하다"고 밝혔다. 이어 "학내 구조조정 규정과 달리 대학에 폐과기준을 충족한 여러 학과 중 일부만 선별해 폐과 여부를 결정할 수 있는 재량이 있다고 볼 수도 없다"고 설명했다. 그러면서 "총장은 2013년 7월 한국전문대학교육협의회장에게 모집단위에서 A씨 소속 학과를 삭제하는 내용 등이 포함된 2014학년도 입학전형 시행계획 변경사항을 제출했다"며 "2014년 2월 학칙을 개정하기도 전에 이미 사실상 A씨 소속 학과를 폐지하고 신입생 모집을 중단했다는 점에서 하자는 더욱 중대하다"고 판시했다. 앞서 2017년 대법원도 대학교가 신입생이 급감했다는 이유로 일부 학과를 폐지한 다음 담당 교수를 일방적으로 면직한 것은 무효라는 판결(2015다21554)을 한 바 있다. 당시 대법원은 "사립대학이 학급이나 학과를 폐지하고 그 이유로 교원을 직권면직하려면 학교법인 산하 다른 사립학교나 해당 사립대학의 다른 학과 등으로 교원을 전직발령 내지 배치전환함으로써 면직을 회피하거나 면직 대상자를 최소화하려는 노력을 해야 한다"며 면직된 교수의 손을 들어줬다.

대학 설립 인가 과정에서 교육부가 입법예고를 거치지 않은 부칙에 근거해 내린 대학 설립 인가 거부 처분은 무효라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정10부(재판장 한창훈 부장판사)는 학교법인 분진학원이 교육부를 상대로 낸 서인천대학 설립인가 거부처분 취소소송(2018누71863)에서 최근 원고승소 판결했다. 분진학원은 2016년 교육부에 서인천대학 설립인가 신청을 냈다. 그러나 교육부는 "대학설립·운영규정이 2015년 7월 대통령령 제26430호로 개정되면서 수익용 기본재산 확보기준이 변경돼 수익용 기본재산을 추가 확보해야 하는데도 이를 확보하지 못했다"며 거부했다. 이에 반발한 분진학원은 2017년 교육부를 상대로 소송을 냈다. 개정규정 적용 범위는 학교법인에 직접적인 영향 재판부는 "교육부는 2014년 2월 대학설립·운영 규정 일부개정령안을 입법예고 한 뒤 2015년 7월 개정했다"며 "그런데 수익용 기본재산의 기준 변경에 관한 경과규정인 부칙 제2조가 입법예고 된 개정안 부칙 제3조와 다른 내용으로 변경됐는데도 교육부는 입법예고 절차를 거치지 않았다"고 밝혔다. 2014년 교육부가 입법예고한 대학설립·운영규정 개정령안 부칙 제3조는 개정 규정 시행 당시 이미 설립돼 있는 '학교법인'의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 △대학 100억원 △전문대학 70억원 △대학원 대학 40억원의 기준을 적용하도록 했다. 그러나 2015년 실제 개정된 규정 부칙은 제3조를 삭제하고 제2조로 개정해, 개정 규정 시행 전에 설립돼 있는 '대학'의 경우 및 개정 규정 시행 전에 '대학' 설립 인가를 신청한 경우의 수익용 기본재산에 대해서만 종전의 낮은 수익용 기본재산 최소기준 규정을 적용하도록 했다. 이에 따라 2016년 설립 인가를 신청한 분진학원은 입법예고안에 따르면 종전의 낮은 규정이 적용되지만, 실제 개정 부칙에 따라 상향된 기준이 적용됐다. 입법예고 없이 중요사항 변경은 행정절차법 위반 재판부는 "개정 부칙의 변경은 대학설립의 인가기준인 수익용 기본재산의 최저기준을 상향 조정한 개정 규정 제7조의 적용 범위를 확대했다"며 "개정안 부칙은 입법예고 이후 단순한 표현·자구를 변경하는 수준을 넘어 그 내용이 실질적으로 변경된 것"이라고 했다. 이어 "개정 규정의 적용 범위 문제는 학교법인의 수익용 기본 재산 확보의무와 대학설립인가 여부 등에 직접적인 영향을 미치는 것으로서 학교법인으로서는 매우 중대한 이해관계를 지닌다"며 "개정안 부칙 제3조에 대한 입법예고 후 예고내용에 국민의 권리·의무에 직접 관련되는 내용이 추가되는 등 중요한 변경이 발생했는데도 교육부는 (추가) 입법예고를 하지 않았으므로 행정절차법 규정에 위반돼 무효"라고 설명했다. 그러면서 "무효인 개정 규정과 부칙에 근거해 이뤄진 대학 설립인가 거부처분은 취소돼야 한다"고 판시했다.

신입생 감소로 경영난을 겪다 지난해 전문대학 중 처음으로 자진 폐교한 대구미래대학교 교수들이 교육부의 폐교인가처분을 취소해달라고 소송을 냈지만 받아들여지지 않았다. 서울행정법원 행정14부(재판장 김정중 부장판사)는 대구미래대 교수협의회가 교육부장관을 상대로 낸 폐교인가 처분 취소소송(2018구합54989)에서 최근 원고패소 판결했다. 대구미래대는 2017년 5월 '신입생 감소로 학교운영의 재정적 어려움이 있다'며 교육부에 전문대학으로는 처음으로 폐교인가를 신청했다. 앞서 대구미래대는 2017년 1월 이사회에서 대구대와 통합하는 방향으로 폐교하기로 의결했다. 하지만 교육부에 신청자료를 제출하자 보완요청을 받았고, 이후 대구대와의 통합이 무산됐다는 내용이 담긴 최종 폐교 신청서를 제출했다. 대구미래대는 교육부에 폐교 후 '부설 유치원이 사용하고 있는 건물은 교육용 재산으로 남겨두고, 이를 제외한 나머지 모든 교육용 재산을 법인 수익용 재산으로 귀속한다'고 밝혔다. 교육부는 지난해 1월 폐교를 인가했다. 이에 대구미래대 교수협의회는 "폐교인가 처분은 대구대와의 통합이 조건이거나 필수불가결한 사항이었는데, 통합이 무산됐는데도 교육부가 폐교를 인가한 것은 부당하다"며 "(학교 측이)폐교 후 재산처리계획 역시 교육용 기본재산을 (법인의) 수익용 기본재산이나 보통재산으로 전환하겠다고 밝혔음에도 그대로 인가해 지나치게 큰 특혜를 준 것"이라고 주장했다. 폐교 후 남은 자산을 학교법인 설립자 유족일가가 사유화하려는 것이라는 주장이다. 서울행정법원, “재산처분 계획 등에 위법 사유 없다” 하지만 재판부는 "최종 폐교신청 보완자료에는 '대구대와의 통합이 무산됐다'고 하면서 재산처리계획을 '부설유치원을 제외한 교육용 재산을 수익용 기본재산 및 보통재산으로 변경하고, 교직원에 연금 및 퇴직 위로금을 지급하겠다'고만 기재돼 있다"며 "교육부는 최종보완 신청서를 기준으로 폐교처분을 했기 때문에 '대구대와의 통합'이 폐교 인가조건으로 볼 수 없다"고 밝혔다. 이어 "학교가 폐지되면 기존 교육용 재산을 그대로 유지할 필요가 없고, 학교법인은 폐지 후에도 여전히 적법하게 교비를 집행하고 수익용 기본재산을 효율적으로 관리해야할 의무를 부담한다"며 "앞으로 관할청이 학교법인의 수익용 기본재산 처분 등에 관한 관리·감독을 계속할 것이므로 위법사유는 없다"고 판시했다.