간이과세자가 일반과세자로 전환하면서 재고품 등의 자산을 직전의 과세기간 확정신고기간에 신고하지 않았더라도 재고매입세액 공제를 해줘야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 재고매입세액 공제란 간이과세자는 물품을 구입할 때 낸 부가가치세 10% 중 일부만 공제를 받기 때문에 일반 과세자로 전환되는 경우에 보유하고 있는 재고품이나 감가상각자산에 대해 기왕에 공제받지 못했던 부분을 추가로 공제해주는 제도다. 대법원 민사3부(주심 민일영 대법관)는 최근 여성용품 판매업자 민모(38)씨가 강서세무서를 상대로 낸 부가가치세 환급거부처분 취소소송 상고심(☞2010두2845)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세법 시행령은 간이과세자가 일반과세자로 변경되는 경우 변경되는 날 현재의 재고품 및 감가상각자산을 변경되는 날의 직전 과세기간 확정신고 기한 내에 관할세무서장에게 신고해야 하고, 관할세무서장은 재고매입세액으로 공제할 수 있는 재고금액을 조사·승인하고 1월 이내에 사업자에게 공제될 재고매입세액을 통지해야 한다고 규정하고 있다"며 "규정의 문언 내용과 형식, 재고매입세액 공제제도의 취지 등을 종합해보면 간이과세자에서 일반과세자로 변경되는 사업자가 부가가치세법 시행령에서 정하는 기한 내에 일반 과세 전환 시의 재고품과 감가상각 자산을 신고하지 않았다고 해서 재고매입세액이 공제되지 않는다고 할 수는 없다"고 밝혔다. 강서구 화곡동에서 일반과세자에 비해 낮은 부가가치세율을 적용받는 간이과세자로 여성용품 판매업을 하던 민씨는 2008년부터 일반과세자로 전환했다. 민씨는 2008년 4월 제1기분 부가가치세 확정신고를 하면서 재고매입세액 1700여만원을 포함한 2300여만원의 부가가치세 환급신청을 했으나, 강서세무서가 "민씨가 부가가치세법 시행령에서 정한 재고품 등을 과세기간 확정 신고기한인 2008년 1월 25일까지 신고를 하지 않았다"며 재고매입세액을 인정하지 않자 소송을 냈다. 1심은 "시행령이 재고매입세액 공제를 위한 필요조건이 아니라 조세액을 조속히 확정하기 위한 절차규정에 불과하다"며 원고승소 판결했으나, 2심은 "사업자의 재고품은 수시로 증감·변동되는 것이어서 간이과세자가 일반과세자로 전환되는 경우에 이를 신속히 조사·확정하지 않으면 그 진실성을 담보할 수 없어 시행령이 이를 방지하기 위한 규정을 둔 것"이라며 원고패소 판결했다.

대법원은 판결주문이 불명확하다는 이유로 하급심 판결을 파기했다. '주문 불명확'을 이유로 하급심 판결이 대법원에서 파기되는 사례는 매우 드물다. 대법원 특별1부(주심 김지형 대법관)는 조모(60)씨가 안양세무서를 상대로 낸 종합소득세부과처분취소소송 상고심(☞2006두8334)에서 원고 일부승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "판결주문의 내용이 모호하면 기판력의 객관적 범위가 불분명해 질 뿐만 아니라 집행력·형성력 등의 내용도 불확실하게 되어 새로운 분쟁을 일으킬 위험이 있으므로 판결주문에는 청구를 인용하고 배척하는 범위를 명확하게 특정해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원심은 피고의 종합소득세 부과처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 기각한 제1심 판결 중 '피고의 원고에 대한 종합소득세 1,203만8,590원(과세표준금액 3,264만4,280원)의 부과처분 중 과세표준금액 1,269만8,219원을 초과하는 부분에 대응하는 종합소득세에 관한 부분'을 취소하고 원고의 나머지 항소를 기각한다는 판결을 선고했다"며 "이러한 원심판결의 주문은 원고에게 부과된 세금 중 얼마를 취소하는지를 명확하게 특정한 것으로 볼 수 없고, 원심판결 이유를 살펴보아도 원심이 판시한 과세표준금액에 대해 얼마의 세액이 산출될 것인지를 알 수 없으므로 명확성을 갖추지 못해 그대로 유지될 수 없다"고 덧붙였다. 지난 97년 3월부터 7월까지 가구회사의 대표이사로 근무했던 조씨는 97년 1기 부가세 확정신고 때 2,837만5,000원의 가공매입세금계산서를 만들어 매입세액 공제를 받고 97년도 법인세 신고 때에도 이를 손금산입한 사실이 드러나 2002년 10월 세무서로부터 97년 귀속 종합소득세로 1,203만8,590원을 경정부과 받자 소송을 냈었다.