명의신탁이 종료된 후에 부동산실명제위반으로 과징금을 부과하는 경우에도 부과 시점의 부동산 가액을 기준으로 과징금을 산출할 수 있도록 한 부동산실명법 관련조항은 헌법에 위반된다는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부(주심 송인준 재판관)는 25일 수원지법이 부동산실권리자명의등기에 관한법률 제5조2항에 대해 "부동산 평가액을 과징금 부과일을 기준으로 산출하도록 한 것은 행정청의 부과시기 선택에 따라 과징금액이 달라지는 불합리한 결과를 낳는다"며 낸 위헌법률심판제청사건(2005헌가17·2006헌바17 병합)에서 재판관 8대1의 의견으로 헌법불합치 결정했다. 헌재는 법적 혼란상태를 방지하기 위해 오는 2007년 5월31일까지를 개정 시한으로 정했으며 개정 전까지 이 사건 법률조항 적용을 중지하도록 했다. 재판부는 결정문에서 “행정청이 과징금을 부과할 당시에 명의신탁관계가 계속 존재하는 경우에는 과징금 부과일의 부동산 가액을 과징금 산정기준으로 해도 문제가 없지만 명의신탁관계가 종료된 경우까지 과징금 부과 시점의 부동산 가액을 과징금 산정기준으로 삼게 되면 부동산 가격 상승에 따른 과징금 증가의 손해를 법 위반자에게 부담토록 해 재산권을 제한한다”고 밝혔다. 재판부는 또 "행정청이 과징금을 부과하는 시점에 명의신탁관계가 이미 종료된 경우에는 법 위반사실이 없는 기간에 발생한 부동산 가액 상승에 대해 과징금을 부과하는 셈이 돼 적합성 원칙과 최소침해성 원칙 등에 위배된다"고 덧붙였다. 재판부는 따라서 "이 사건 법률조항 전체에 대해 단순위헌결정을 하게 되면 과징금 산정의 기초가 되는 부동산가액을 평가하는 기준이 없게 되어 과징금부과 시점에 명의신탁관계가 존재하는 경우에도 부동산실명법 위반사실에 대해 과징금을 부과할 수 없게 되는 법적 공백이 발생하게 된다"며 "입법자가 위헌이유에 맞춰 새로 개정할 때까지 그 형식적 존속만을 잠정적으로 유지키로 한다"고 헌법불합치결정 이유를 밝혔다. 반면 조대현 재판관은 주문 표시방법과 관련 "이 사건 법률 조항의 내용은 헌법에 합치되는 부분과 헌법에 합치되지 않는 부분을 함께 가지고 있고 헌법에 합치되지 않는 부분을 특정할 수 있으므로 일부 위헌을 선언해야 한다"고 밝혔다. 제청신청인 S건설은 2002년10월 경기도 용인시에 아파트를 건설하기 위해 29필지의 땅을 사며 회사 임·직원 명의로 등기해 부동산실명법 위반혐의로 검찰에 적발됐는데 1년9개월 후인 2004년 9월 용인시로 부터 당시 부동산 가액을 기준으로 45억여원의 과징금 부과처분을 받자 행정소송을 제기하며 위헌법률심판제청을 신청했다.