양벌규정에 면책조항이 추가돼 법이 개정됐다면 법원은 신법을 적용해 재판해야 한다는 헌재결정이 나왔다. 따라서 신법을 적용하지 않고 구법에 대해 법원이 위헌법률심판을 제청하면 각하로 처리된다. 지금까지 법원은 양벌규정에 따라 기소된 법인이나 영업주의 처리를 놓고 유·무죄 여부가 엇갈리는 등 혼선을 빚어왔지만 앞으로는 신법을 적용해 사건을 처리하면 된다. 2007년11월 헌재가 보건범죄단속에 관한 특별조치법의 양벌규정에 대해 위헌결정을 내린 후, 일부 재판부에서는 신법을 적용해 형이 가벼워진 경우 신법을 적용해왔다. 그러나 일부 다른 재판부에서는 신법을 적용해도 유죄가 나오는 경우는 형이 가벼워진 경우라고 볼 수 없다며 계속 헌재에 위헌법률심판을 제청해왔다. 그러나 이번 헌재결정에 따라 앞으로 법원은 면책조항이 신설돼 무과실책임이 과실책임으로 바뀐 법조항에 대해서는 신법을 적용해야 한다. 헌법재판소는 구 의료법·구 풍속영업의 규제에 관한 법률의 양벌규정에 대한 위헌심판사건(2009헌가23 등)에서 "면책조항이 생긴 법에 대해서는 재판의 전제성이 상실됐다"며 지난 30일 재판관 5(각하):4(본안판단) 의견으로 각하했다. 헌재는 결정문에서 "구 의료법 등 이 사건 구법조항들은 제청법원의 제청 전에 단서조항을 신설해 양벌규정에 면책조항이 추가되는 형식으로 개정됐으나 개정법 시행 전 범죄행위에 대해서는 종전 규정을 따른다는 취지의 경과규정은 두지 않고 있다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "이 사건과 같이 양벌규정에 면책조항이 추가돼 무과실책임규정이 과실책임규정으로 유리하게 변경된 경우에는 신법우선적용의 원칙에 의해 신법이 적용된다고 봐야 할 것이므로 구법은 재판의 전제성을 상실한다"고 판단했다. 하지만 헌재는 구 약사법과 성매매알선 등 행위의 처벌에 관한 법률 등 양벌규정에 면책조항이 신설되지 않은 법에 대해서는 위헌결정을 내렸다. 헌재는 "구 약사법과 성매매알선 등 처벌에 관한 법률은 종업원 등의 범죄행위에 대한 영업주의 가담여부나 주의의무 위반여부를 전혀 묻지 않고 곧바로 영업주인 개인을 종업원과 같이 처벌한다"며 "이는 책임주의에 반해 위헌"이라고 밝혔다.