수정수입세금계산서의 발급 요건을 제한하고 있는 부가가치세법은 헌법에 위반되지 않는다는 헌법재판소의 결정이 나왔다. 관세청은 수입업자가 당초 신고·납부한 관세 및 부가세의 부족분이 발생할 경우 이를 추징·고지하면서 관할지 세관장을 통해 수정수입세금계산서를 발급해 왔으나, 지난 2013년 7월 부가가치세법 및 시행령이 개정되면서 발급 제한 사유가 신설됐다. 수정수입세금계산서가 발급되지 않으면 매입세액을 공제받지 못하고 납부한 부가세도 환급받지 못한다. 헌재는 A씨 등 2명이 부가가치세법 제35조 2항 2호 등이 헌법에 위반된다며 낸 헌법소원사건(2014헌바372 등)에서 최근 재판관 전원일치 의견으로 합헌 결정을 내렸다. 해당 조항은 세관의 과세표준 또는 세액결정 고지서를 받거나, 관세 조사 또는 관세 범칙사건에 대한 조사를 통지하는 행위, 세관공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위해 현지출장이나 확인 업무에 착수하는 행위 등이 있을 경우 수정수입세금계산서를 발급하지 않도록 규정하고 있다. A씨 등은 의류를 수입하면서 수입가격을 저가로 신고했다는 이유로 조사를 받고 인천세관장에게 부가가치세 수정신고를 한 다음 추가로 부가가치세 등을 납부했다. A씨는 추가로 납부한 부가가치세에 대해 인천세관장에게 수정수입세금계산서 발급을 신청했지만 인천세관장은 발급을 거부했다. 이에 A씨는 인천세관장을 상대로 수정수입세금계산서 발급 거부처분 취소소송을 제기했고, 재판 도중 법원에 관련 조항에 대한 위헌법률심판제정을 신청했다가 기각되자 2014년 8월 헌법소원을 냈다. 헌재는 "해당 조항은 납세의무자의 성실한 과세표준 신고를 유도하기 위한 것으로서 그 입법목적의 정당성이 인정된다"며 "수입자에게 수정수입세금계산서를 발급하지 않음으로써 매입세액 불공제라는 세제상의 불이익을 주는 것은 이러한 입법목적 달성을 위한 실효성 있는 제도적 장치라고 할 것이므로 수단의 적절성도 인정된다"고 밝혔다. 이어 "부가가치세법은 수입자의 단순 착오로 확인되거나 수입자가 자신의 귀책사유 없음을 증명하는 경우 등에는 여전히 수정수입세금계산서 발급이 가능하도록 규정하고 있어 수입자의 재산권 침해를 최소화하기 위한 합리적인 장치도 두고 있다"면서 "수정수입세금계산서를 일정한 요건 하에 발급하도록 함으로써 성실한 납세의무자와의 과세형평을 제고하고 성실한 납세신고를 유도하는 등 건전한 과세문화를 정착시키고자 하는 것이므로 해당 조항으로 달성하고자 하는 공익이 중대하다"고 설명했다.

재건축사업의 사업시행자가 임대사업 등을 하는 사업자의 건축물에 대해 매도청구권을 행사할 때 무조건 사업자가 부가가가치세를 부담하게 하는 도시 및 주거환경정비법(도시정비법) 제39조1호와 집합건물의 소유 및 관리에 관한 법률(집합건물법) 제48조4항에 대해 법원이 직권으로 위헌법률심판제청을 했다. 서울고법 민사20부(재판장 장석조 부장판사)는 지난 13일 경기 안양시 비산2동의 한 주택재건축조합이 김모씨 등 조합 설립에 동의하지 않는 상가 소유자 10명을 상대로 낸 매도청구소송 항소심(2012나22206 등)에서 이같이 결정했다. 김씨 등은 조합에 맞서 토지나 건축물에 대한 감정평가액은 물론 10%에 해당하는 부가가치세도 받아야겠다며 동시이행의 항변을 낸 상태다. 재판부는 "조합이 매도청구권을 행사하면 조합 설립에 동의하지 않은 자들은 토지와 건축물의 매도를 강요당해 재산권을 잃게 돼 헌법 제23조3항의 공용수용과 유사하다"며 "매도청구권 상대방인 사업자의 재산권 침해에 대한 보상을 불완전·불충분하게 규정하고 있어 헌법 제23조3항에 위반된다"고 밝혔다. 재판부는 "매도청구권 상대방이 비사업자인 경우, 조합으로부터 토지·건축물에 대한 시가를 매매대금으로 지급받아 재산권 제한에 대한 정당한 보상을 받는다"면서 "매도청구권 상대방이 사업자인 경우, 사업자는 시가상당의 매매대금에서 부가가치세를 부담할 수밖에 없게 돼 실질적인 매매대금이 줄어들게 되는 불이익을 입어 평등원칙에도 반한다"고 덧붙였다. 도시정비법 제39조1호는 주택재건축사업 시행자가 조합 설립에 동의하지 않은 자에 대해 매도청구를 할 수 있도록 하고 있고, 집합건물법 제48조4항은 구분소유권과 대지사용권을 시가로 매도할 것을 청구할 수 있도록 규정하고 있다. 매도인은 부가가치세의 부담에 관한 합의가 있는 경우에 한해 거래 상대방에게 부가가치세를 청구할 수 있다. 하지만 해당 조항들은 조합 설립에 동의하지 않은 상대방에게 매도청구권을 행사하면서 '시가에 의해 매매계약이 성립된다'고 규정하고 있을 뿐, 매도인이 부동산 임대업자 등의 사업자인 경우 토지 및 건축물을 매도하면서 납부해야 할 부가가치세의 보상 또는 조정에 관해서는 규정하지 않고 있다. 경기 안양시 비산2동주민자치센터 주변지구 주택재건축정비사업조합은 조합 설립에 동의하지 않는 김씨 등 10명을 상대로 매도청구권을 행사해 매매계약이 성립했으나 김씨 등이 소유권을 이전하지 않자 2010년 5월 소유권이전등기 청구소송을 냈다. 임대사업자로 등록돼 부동산을 매도할 경우 부가가치세를 내야 하므로 건축물 시가는 부가가치세 10%를 더한 금액으로 산정돼야 한다고 주장했지만 1심은 받아들이지 않았다.

헌법재판소 전원재판부(주심 高重錫 재판관)는 지난27일 특별부가세 부과대상에 관하여 규정하고 있는 구 법인세법 제59조의2 제1항에 대해 헌법불합치결정을 내렸다. 구 법인세법 제59조의2 제1항은 「과세표준」에 대해 '특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다'고 규정하고 있는데 재판부는 "과세대상의 범위를 시행령에 포괄적으로 위임한 것은 헌법 제75조(포괄적 위임입법 금지) 및 제59조(조세법률주의)에 위반된다"고 밝혔다. 재판부는 그러나 "당장 위 조항의 효력을 상실시킬 경우 특별부가세를 부과할 수 없게 되고 이미 특별부가세를 납부한 사람들과 사이에 형평에 어긋나는 결과가 생기므로 헌법불합치결정을 내리고 국가 및 지방자치단체에 대해 적용중지를 명한다"고 밝혔다. 반면 전원재판부의 이와같은 다수의견에 대해 金容俊 소장과 金汶熙 재판관은 소수의견을 통해 "그동안 조세에 관한 법률에 대해 포괄적위임입법금지 위반등을 이유로 헌법불합치결정이 내려지면 입법기관은 대통령령 등에 규정돼 있던 내용을 그대로 법률 내용으로 편입시켜왔다"며 "이로 인해 당사자들은 실질적으로 권리구제를 받지 못하는 불합리가 있었다"며 위 조항에 대한 단순위헌의견을 강력히 주장했다. 소수의견은 또 "국가기관은 조세법규가 헌법에 위반되는지 여부를 전반적으로 검토해 헌법에 합치되도록 노력했어야 했다"며 "헌법질서수호·기본권보장이라는 헌법재판소의 책무를 보다 실효성 있게 완수한다는 의미에서 단순위헌결정을 선고해야 한다"고 덧붙였다. 한편 D산업주택은 임대아파트를 건설해 임대하면서 복리시설(상가, 학원, 교회 등)을 함께 분양했는데 영등포세무서장이 복리시설 분양의 양도차익에 대해 특별부가세를 부과하자 서울고등법원에 법인세등부과처분취소소송(96구19880)을 서울고법에 냈으며, 법인세법 제59조의2 제1항 등에 대해 위헌제청신청을 냈으나 기각되자 이 사건 헌법소원(96헌바95)을 냈었다.