헌법재판소 전원재판부(주심 이공현 재판관)는 27일 제주도민과 기초단체 소속공무원 28명이 제주시, 서귀포시, 북제주군, 남제주군을 폐지하는 내용의 제주도행정체제등에관한특별법 3조와 제주도특별자치도설치및국제자유도시조성을위한특별법 제15조1항, 2항에 대해 "지방자치제도 보장의 본질적 내용을 침해하고 선거권을 침해한다"며 낸 헌법소원사건(2005헌마1190)에서 재판관전원일치 의견으로 합헌결정했다. 재판부는 결정문에서 "헌법 제117조2항은 지자체의 종류를 법률로 정하도록 규정하고 있을 뿐 종류 및 구조를 명시하고 있지 않아 이에 관한 사항은 기본적으로 입법자에게 위임된 것"이라며 "이 사건 법률조항으로 자치단체인 시·군을 폐지해 행정의 효율화를 달성하고 국제자유도시의 조성을 도모하려는 입법자의 판단이 잘못된 것이라고 할 수 없는 이상 청구인들의 선거권과 공무담임권이 제한된다 하더라도 현저히 자의적이고 불합리해 기본권 제한의 입법적 한계를 벗어난 것이라고 할 수 없다"고 밝혔다. 청구인들은 지난해 12월 도를 하나의 광역자치단체로 개편하고 기존 4개 시·군을 2개시로 통합하는 한편 임명제 시장을 두도록하는 이 사건 특별법에 대해 '지방자치제도 보장의 본질적 내용을 침해하고 청구인들의 선거권과 공무담임권 등을 침해해 위헌'이라고 주장하며 헌법소원을 냈다.