헌법재판소 전원재판부(주심 이공현 재판관)는 만17세 이상 국민에게 주민등록증을 발급하면서 열 손가락의 지문을 찍도록 한 주민등록법시행령 제33조제2항에 의한 별지 제30호 서식과 경찰청장이 주민등록증 발급신청서에 날인되어있는 지문정보를 보관·전산화해 범죄수사목적에 이용하는 행위로 인해 인간의 존엄과 가치, 개인정보자기결정권 등의 침해여부를 묻는 헌법소원사건(99헌마513·2004헌마190 병합)에서 26일 재판관 6:3의 의견으로 합헌결정을 내렸다.
재판부는 결정문에서 "이 사건 지문날인제도는 신원확인기능의 효율적인 수행을 도모하고 신원확인의 정확성 내지 완벽성을 제고하기 위한 것으로 그 목적의 정당성이 인정되고 목적달성을 위한 효과적이고 적절한 방법의 하나가 될 수 있다"고 밝혔다.
또 "범죄자 등 특정인의 지문정보만 보관해서는 17세 이상 모든 국민의 지문정보를 보관하는 경우와 같은 수준의 신원확인기능을 도저히 수행할 수 없고 한 손가락만의 지문정보를 수집하는 경우 그 손가락 자체의 손상 등으로 인해 신원확인이 불가능한 경우가 발생할 수 있어 열 손가락 모두의 지문정보 수집이 필요하다"며 "대체확인수단인 사진은 세월 경과, 성형수술 등으로 정확성 담보가 어렵고 유전자, 홍채, 치아 등의 사용은 인권침해우려가 높아 여러 신원확인수단 중 열 손가락 지문확인제도가 가장 정확하고 간편해 피해 최소성의 원칙에 어긋난다고 볼 수도 없다"고 밝혔다.
다만 "오늘날 정보화 사회로의 급속한 진전에 따라 개인정보보호의 필요성이 날로 증대하고 있는 현실에 비추어 볼 때 경찰청장이 지문정보를 보관·전산화하고 이를 범죄수사목적 등에 이용하기 위해선 그 보관·전산화·이용의 주체, 목적, 대상 및 범위 등을 법률에 구체적으로 규정함으로써 법률적 근거를 보다 명확히 하는 것이 바람직하다"고 지적했다.
반면 송인준·주선회·전효숙 재판관은 반대의견을 통해 "경찰청장이 지문원지를 수집·보관할 수 있도록 하는 법률의 직접적인 규정은 찾아볼 수 없어 지문정보의 수집·보관행위는 헌법상 법률유보원칙에 어긋날 뿐 아니라 개인정보 침해의 위험성이 더 큰 지문정보 전산화나 범죄수사목적에 활용하는 행위는 더욱더 법률상 근거가 없는 것"이라고 밝혔다.
또 "반드시 하나가 아니라 열손가락의 평면·회전지문 모두를 수집해야할 필요성이 있다고 보기도 힘들고 수사상의 목적을 위한 경우 범죄의 전력이 있는 자나 성향을 가진 자의 지문정보를 수집·활용하면 될 것을 모든 일반 국민의 지문을 활용하는 것은 개인정보자기결정권에 대한 최소한의 침해라고 할 수 없다"며 "지문정보가 신원확인에 효율적인 수단이어서 신원확인의 정확성을 제고하기 위해 무제한적인 지문정보 수집·보관·전산화·이용행위라도 타당성이 인정된다는 견해는 행정의 편의성을 국민의 기본권보다 앞세운 발상"이라며 위헌 의견을 냈다.