상장에 따른 이익 증여 규정의 적용에 있어서 주식이 ‘증권시장에 상장’된 것인지 여부가 문제된 사건 ◇ 코넥스시장 개설 전에 취득한 주식이 ‘증권시장에 상장’된 시점을 코넥스시장에 상장된 때 또는 코넥스시장이 코스닥시장으로부터 독립하여 개설된 때로 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ 구 상속세 및 증여세법(2011. 12. 31. 법률 제11130호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 상증세법’이라 한다) 제41조의3 제1항은 최대주주 등과 특수관계에 있는 자가 얻은 비상장주식의 상장이익에 대하여 증여세를 부과하여 증여나 취득 당시 실현이 예견되는 부의 무상이전까지 과세함으로써 조세평등을 도모하려는 취지에서 실제로 상장된 후의 상장이익을 증여 또는 취득 시점에 사실상 무상으로 이전된 재산의 가액으로 보아 과세하는 규정이고, 이러한 상장이익을 해당 주식 등의 상장일부터 3개월이 되는 날인 정산기준일을 기준으로 계산할 뿐이므로, 구 상증세법 제41조의3 제1항에 따른 증여세 납세의무의 성립시기는 주식 등의 증여 또는 취득 시로 보아야 한다(대법원 2017. 3. 30. 선고 2016두55926 판결, 대법원 2017. 9. 26. 선고 2015두3096 판결 등 참조). 한편 세금의 부과는 납세의무의 성립 시에 유효한 법령의 규정에 따라야 하고, 세법의 개정이 있을 경우에도 특별한 사정이 없는 한 개정 전후의 법령 중에서 납세의무가 성립될 당시의 법령을 적용하여야 한다(대법원 1997. 10. 14. 선고 97누9253 판결 등 참조). ▶원고 1은 2010. 10. 28.부터 2011. 12. 2. 사이에 甲회사의 주식을 취득하였는데, 이후 2013. 7. 1. 코넥스시장이 개설되면서 같은 날 甲회사가 코넥스시장에 상장되었고, 2013. 8. 17. 코넥스시장이 코스닥시장에서 분리되어 독립된 시장이 되었으며, 2014. 12. 17. 甲회사가 코스닥 시장에 상장되었음. 이에 피고 세무서장 측이 위 주식이 코스닥시장에 상장됨에 따른 상장차익에 대하여 구 상증세법 제41조의3에 따라 과세하자, 원고1이 위 주식이 ‘증권시장에 상장’된 날은 코넥스시장에 상장된 2013. 7. 1.이거나 코넥스시장이 코스닥시장으로부터 독립하여 개설된 2013. 9. 17.로 보아야 한다며 다투는 사안임 ▶대법원은, 甲회사의 주식이 ‘증권시장에 상장’된 날을 코넥스시장에 상장된 2013. 7. 1. 또는 코넥스시장이 코스닥시장으로부터 독립하여 개설된 2013. 9. 17.로 볼 수는 없다고 보아, 원심판결을 수긍하여 상고를 기각함

[제11행정부 2023. 8. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 다국적기업 P그룹이 상표를 소유한 담배브랜드의 담배완제품을 국내에서 제조·판매하기 위해 ① 상표를 보유한 P의 계열사(라이선서)와 사이에 상표 등 사용에 관한 라이선스계약을 체결하여 로열티를 지급하고, ② P의 다른 계열사 또는 비계열사로부터 담배재료(담뱃잎, 향료, 필터, 상표가 부착된 포장재 등, 이하 ‘이 사건 물품’)를 수입하여 국내 담배제조공장에서 완제품을 제조·판매함 - 피고는, 이 사건 로열티는 이 사건 물품과 관련되고 그 거래조건으로 지급된 권리사용료라는 전제에서 이 사건 물품의 거래가격을 가산·조정하여 98억 원의 관세 등을 부과함. 피고는 구 '수입물품 과세가격 결정에 관한 고시'(관세청 고시 제2014-88호) 제9조 제2호 단서 및 제4호 가목에 따라 이 사건 로열티 전부에 완제품 가격에서 이 사건 물품 가격이 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출함 □ 쟁점 - 이 사건 로열티와 이 사건 물품 사이에 관련성 및 거래조건성을 인정할 수 있는지 및 권리사용료 가산방법이 적법한지(적극) □ 판단 - 로열티의 지급대상인 권리로서 담배완제품에 관한 상표, 특허, 디자인, 노하우, 영업비밀 등 제반 무형재산권이 이 사건 물품에 구현·체화되어 있으므로 위 로열티와 물품 사이에 관련성이 인정됨 - 원고가 로열티를 지급하지 않았다면 물품을 구매할 수 없었을 것이므로 이 사건 로열티는 이 사건 물품의 거래조건으로 지급됨 - 권리사용료 가산방식도 적법함. ① 이 사건 로열티에 이 사건 물품이나 이를 재료로 하여 제조되는 완제품과 관련이 없는 ‘국내에서의 그 밖의 사업 등에 대한 활동대가’가 포함되어 있다고 볼 수 없음 ② 이 사건 로열티 지급대상인 권리 중 상표권 역시 이 사건 물품을 포함한 담배 완제품과 관련이 있으므로 위 고시 제9조 제2호 단서, 제4호 가목에 따라 거래가격에 가산할 권리사용료를 안분하기에 앞서 이 사건 로열티에서 ‘상표권에 대한 대가’를 공제하여야 할 것도 아님 ③ 이 사건 로열티의 지급대상인 권리에 ‘이 사건 물품 수입 후 국내에서 이루어지는 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우나 영업비밀’이 포함되어 있더라도, 이는 이 사건 물품을 재료로 하여 생산되는 담배 완제품의 생산 활동에 대한 대가에 해당하므로 위 고시 규정을 적용하기에 앞서 이 사건 로열티에서 국내에서의 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우, 영업비밀 등에 대한 대가 부분을 공제하여야 하는 것도 아님 ④ 그밖에 피고가 이 사건 물품의 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 만한 자료가 없음 (원고패)

[제8-2행정부 2023. 5. 19. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 A회사 비상장주식 중 일부를 중소기업창업투자조합인 B, C펀드들에게 주당 350만 원에 매도(콜옵션 내지 풋옵션 포함)하였다가 다시 그 옵션을 행사한 B, C펀드들로부터 그 해당 주식을 매수하였음 - 피고는 당초 처분사유로 위 주식 매도가 B, C펀드들의 조합원들(출자자 D, E, F)에게 고가양도를 한 것으로 보아, 구 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 계산된 시가(주당 97,320원)를 기초로 증여재산가액(양도가액과의 차액)을 산정하여 D, E에 대한 부분에 관하여 증여세를 부과하였음 - 피고는 이 사건 소송계속 중 예비적 처분사유로 증여자가 위 조합원들이 아닌 B, C펀드들임을 전제로 증여세를 부과하는 처분사유를 추가(그 고지세액은 조합원 F 부분까지 포함하여 증액됨)한 사건 □ 쟁점 - 고가양도에 따른 증여자가 B, C펀드들인지 아니면 그 조합원들인지 - 증여세 부과처분에 있어 처분사유 변경의 허용범위 - 구 상증세법령의 보충적 평가방법에 따라 증여재산인 비상장주식 가액 산정 시 비상장주식 옵션의 반영 여부 □ 판단 - 구 중소기업창업법에 설립 근거를 둔 중소기업창업투자조합인 B, C펀드들은 같은 법이 예정하는 투자업무를 수행하여 비법인사단으로서의 성격을 가지므로, B, C펀드들이 위 해당 주식의 거래당사자로서 증여자에 해당함 - 처분사유의 변경은 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 허용되는 것이고 허용되는 처분사유 변경은 공격방어방법을 변경한 것에 불과할 뿐 새로운 처분이라고 할 수 없음. 증여세 부과처분의 경우에 개개의 증여행위마다 별개의 과세요건을 구성하여 각 증여행위가 과세단위가 되므로, 각 증여행위별로 별개의 처분에 해당하는바, 추가된 예비적 처분사유 중 조합원 F 부분까지 포함하여 증액된 부분을 제외한 나머지 부분만이 적법한 처분사유 변경에 해당함 - 비상장주식을 거래하는 개별 당사자(옵션 매수자)가 주식발행법인이 아닌 거래 상대방(옵션 매도자)에 대하여 행사할 수 있는 풋옵션 내지 콜옵션이 위 보충적 평가방법에 의해 당해 법인의 자산력의 측면에서 파악한 순자산가치나 당해 법인의 수익력의 측면에서 파악한 순손익가치에 포함되어 있다고 단정하기 어려운 점, 위 법령상에는 이를 반영할 수 있는 특별한 규정이 없는 점 등에 비추어, 위 산정 시 옵션의 가치를 고려하지 않았다고 하여 그것이 위법하다고 볼 수 없음. (원고패) ※ 사건검색 : 2021누38101

2022누47294 양도소득세경정거부처분취소 [제3행정부 2022. 12. 8. 선고] <조세> □ 사안 개요 원고는 종전 주택을 보유하던 중 2014. 2. 26. 신규 주택에 관한 분양계약을 체결하고 중도금은 공급자의 연대보증 아래 중도금 대출을 받아 지급하였으며, 2016. 11. 22. 잔금을 지급한 뒤 2016. 12. 7. 중도금 대출금을 상환한 후 입주증을 수령하여 신규 주택에 입주하고 소유권이전등기를 마침. 한편 원고는 2019. 10. 5. 종전 주택을 매도하고 2019. 12. 5. 제3자에게 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 피고는 신규 주택의 대금 청산일이 2016. 11. 22.이라는 전제 아래 원고가 신규 주택을 사용승인일인 2016. 11. 30. 취득함으로써 그때부터 3년이 경과한 후 종전 주택을 양도하였다고 보아 1세대 1주택 비과세 감면대상에 해당하지 않는다고 봄 □ 쟁점 - 분양계약에 따른 신규 주택의 취득시기를 소득세법상 언제로 볼 것인지 □ 판단 - 대출확약서 및 입주안내문에 따르면 원고는 중도금 대출금을 상환하지 아니하여 공급자의 인적담보를 해소하지 않으면 신규 주택에 입주하거나 소유권이전등기를 마치는 것이 불가능하였음. 비록 원고가 신규 주택의 분양계약에 따른 잔금을 최종적으로 지급한 날짜가 인적담보 해소일 이전인 2016. 11. 22.이기는 하지만, 잔금 지급만으로 대금이 청산되었다고 보는 것은 분양계약의 실질이나 공급자 및 수분양자의 의사에 부합하지 않음. 또한 이 사건에서 신규 주택의 취득시기를 중도금 대출금 상환에 따른 인적담보 해소일로 보더라도 납세자의 자의를 배제하고 과세의 공평을 기하기 위한 소득세법 제98조와 소득세법 시행령 제162조 제1항의 입법 취지가 몰각된다고 보기 어려움. 따라서 원고가 이 사건 중도금 대출금을 상환하여 인적담보를 해소한 2016. 12. 7. 대금을 청산함으로써 신규 주택을 취득하였다고 봄이 타당하고, 그때부터 3년 이내에 종전 주택을 양도한 이상 1세대 1주택 특례가 적용됨. (원고승)

◇ 1. 거주자인 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우 소득세법상 부당행위계산 부인의 기준이 되고 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가의 의미 ◇ ◇ 2. 명의신탁 증여의제에서 부당무신고가산세의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당하는지에 대한 판단기준 ◇ 1. 소득세법 제41조 제1항, 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제4호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제50조 제1항, 제52조 제1항 등에 따르면, 거주자인 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우 소득세법상 부당행위계산 부인의 기준이 되고 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 거주자인 사업자가 특수관계인 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고, 그와 같은 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 감정한 가액 등 법령이 정한 방법으로 계산한 금액에 의하여야 한다. 2. 구 국세기본법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항은 납세의무자가 ’부정행위‘로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 산출세액 등의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 하도록 규정하고 있다(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제47조의2 제2항도 같은 취지이다. 이하 위 각 국세기본법을 구분하지 않고 ’구 국세기본법‘이라 통칭한다). 구 국세기본법 제47조의2 제2항 등에 규정된 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 참조). 또한 명의신탁재산 증여의제의 경우 명의신탁자가 명의수탁자에게 주식을 명의신탁하면서 주식의 매매 등이 있었던 것과 같은 외관을 형성하여 그 형식에 따른 계약서나 계좌거래내역 등을 토대로 과세관청에 신고하는 것은 주식의 명의신탁에 통상 뒤따르는 부수행위에 불과하다고 볼 수 있다(대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두36004 판결 참조). 따라서 이와 같은 경우에는 명의신탁의 결과 명의수탁자가 부담할 증여세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 정도에 이르렀다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 증여세 부당무신고가산세의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다. ☞ 원고 1이 종전에 자신이 직접 임대하였던 이 사건 건물을 자신이 받은 임대료보다 낮은 가액으로 정해진 임대료로 특수관계인인 ○○○개발에 임대하였고, ○○○개발은 원고 1이 받은 임대료와 동일한 조건으로 이 사건 건물을 전대한 사안에서, ○○○개발이 원고 1 대신 부담하기로 한 각종 비용과 책임 등을 고려하여 원고 1과 ○○○개발이 임대료를 약정한 사정에 비추어 볼 때, ○○○개발이 부담하게 된 이러한 비용과 책임 등에 대한 고려 없이 ○○○개발이 전대료로 원고 1이 종전에 받은 임대료와 같은 금액을 받았다는 사정만으로 그 전대료 상당액이 바로 원고 1이 ○○○개발에 제공한 이 사건 건물에 관한 임대용역의 시가라고 단정할 수 없다는 이유로, 원고 1이 ○○○개발에 제공한 이 사건 건물에 관한 임대용역의 시가를 ○○○개발이 받은 전대료 상당액으로 본 원심판결을 파기함. ☞ 또한, 원고 1이 ○○○개발 주식을 원고 2 내지 7에게 명의신탁하면서 ‘원고 2, 3이 자신들의 자금으로 출자금을 납입하고, 원고 4 내지 7 역시 자신들의 자금으로 주식양수대금을 지급한’ 외관을 형성한 것은 주식의 명의신탁에 통상 뒤따르는 부수행위로 평가할 수 있다는 등의 이유로, 명의신탁 당시의 위와 같은 자금거래가 구 국세기본법 제47조의2 제2항 등이 정한 부정행위에 해당한다고 본 원심판결을 파기한 사례.

◇ 납세의무자가 무자력이거나 그 소재가 불명하여 압류의 집행에도 착수할 수 없는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 조세징수권의 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 조세채권 존재확인의 소를 제기할 수 있는지(적극) 및 과세주체가 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 제기한 조세채권확인의 소가 공법상 당사자소송에 해당하는지 여부(적극) ◇ 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항은 국세징수권의 소멸시효에 관하여 국세기본법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다고 규정하고 있고, 제28조 제1항은 납세고지(제1호), 독촉 또는 납부최고(제2호), 교부청구(제3호), 압류(제4호)를 국세징수권의 소멸시효 중단사유로 규정하고 있다. 위 납세고지, 독촉 또는 납부최고, 교부청구, 압류는 국세징수를 위해 국세징수법에 규정된 특유한 절차들로서 국세기본법이 규정한 특별한 국세징수권 소멸시효 중단사유이기는 하다. 그러나 구 국세기본법은 민법에 따른 국세징수권 소멸시효 중단사유의 준용을 배제한다는 규정을 두지 않고 있고, 조세채권도 민사상 채권과 비교하여 볼 때 그 성질상 민법에 정한 소멸시효 중단사유를 적용할 수 있는 경우라면 그 준용을 배제할 이유도 없다. 따라서 구 국세기본법 제28조 제1항 각 호의 소멸시효 중단사유를 제한적?열거적 규정으로 보아 구 국세기본법 제28조 제1항 각 호가 규정한 사유들만이 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 된다고 볼 수는 없다. 이와 같은 관련 규정의 체계와 문언 내용 등에 비추어, 민법 제168조 제1호가 소멸시효의 중단사유로 규정하고 있는 ‘청구’도 그것이 허용될 수 있는 경우라면 구 국세기본법 제27조 제2항에 따라 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 될 수 있다고 봄이 타당하다. 한편 조세는 국가존립의 기초인 재정의 근간으로서, 세법은 공권력 행사의 주체인 과세관청에 부과권이나 우선권 및 자력집행권 등 세액의 납부와 징수를 위한 상당한 권한을 부여하여 그 공익성과 공공성을 담보하고 있다. 따라서 조세채권자는 세법이 부여한 부과권 및 자력집행권 등에 기하여 조세채권을 실현할 수 있어 특별한 사정이 없는 한 납세자를 상대로 소를 제기할 이익을 인정하기 어렵다. 다만 납세의무자가 무자력이거나 소재불명이어서 체납처분 등의 자력집행권을 행사할 수 없는 등 구 국세기본법 제28조 제1항이 규정한 사유들에 의해서는 조세채권의 소멸시효 중단이 불가능하고 조세채권자가 조세채권의 징수를 위하여 가능한 모든 조치를 충실히 취하여 왔음에도 조세채권이 실현되지 않은 채 소멸시효기간의 경과가 임박하는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 시효중단을 위한 재판상 청구는 예외적으로 소의 이익이 있다고 봄이 타당하다. 그리고 국가 등 과세주체가 당해 확정된 조세채권의 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 제기한 조세채권존재확인의 소는 공법상 당사자소송에 해당한다. ☞ 외국법인인 피고에게 국내사업장이 없어 과세관청이 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항, 제60조 제1항에 따라 국내원천소득에 관한 법인세 신고?납부의무가 있는 피고에 대하여 법인세를 부과?고지하였는데, 피고의 재산이 외국에는 있으나 국내에는 없어 압류 등 조치를 취하지 못하였고, 징수위탁을 위한 상호합의 등의 노력을 기울였음에도 그 법인세와 가산금을 징수하지 못하고 소멸시효 완성이 임박한 경우, 그 소멸시효 중단을 위한 이 사건 소는 예외적으로 소의 이익이 있다고 판단한 사례.

◇ 1. 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ ◇ 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 구 법인세법(2008년 12월 26일 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있는지 여부(적극) ◇ 1. 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았다면 특별한 사정이 없는 한 그 징수처분은 위법하다. 그러나 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면, 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다는 사정만으로 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 것은 아니다. 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 매수인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있다고 보아야 한다. ☞ 납세고지서에 세율이 0.00%로 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서상 기재된 과세표준과 산출세액, 기타 문언 등을 고려할 때 원고가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받았을 것이라고 평가할 수 없으므로 그에 관한 법인세 본세 징수처분은 위법하다고 보기 어렵고, 내국법인이 외국법인에게 지급한 계약금이 추후 위약금으로 몰취된 경우에도 내국법인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천기타소득에 대한 원천징수의무를 부담한다는 이유로, 이와 다른 취지의 원심판결을 전부 파기한 사례.

◇외국법인 간 합병에 따라 100% 자회사인 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식이 합병법인에 이전하는 경우 법인세 과세대상인 주식의 양도에 해당하는지 여부◇ 내국법인의 경우에 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다. 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. ☞완전 자회사인 외국법인이 모회사인 외국법인에 흡수합병되면서 합병 당시 피합병법인이 보유한 내국법인 발행 주식이 합병법인으로 이전되자, 내국법인 발행 주식의 양도에 해당한다는 이유로 법인세 징수처분을 한 사안에서, 이러한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 정한 ‘주식의 양도’에 해당하고, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며, 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다고 하더라도 마찬가지로 보아야 한다고 판단한 사례

◇구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항과 관련하여 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이 양도되는 경우 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 한정하여 적용되는지(적극)◇ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다. 2013년 1월 1일 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.

◇대표이사의 보수를 상여금으로 보아 구 법인세법 시행령 제43조에 의하여 손금불산입할 수 있는지 여부(적극)◇ 1. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적?계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 2. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다. ☞대부업을 영위하는 법인의 1인 주주이자 대표이사에게 지급된 보수(연 36억 원)가 ① 위 보수금 차감 전 법인의 전체 영업이익 대비 약 38%에서 95%에 이르는 점, ② 다른 임원 보수의 50배에 달하고, 동종업체 중 보수금 상위 3개 업체의 대표이사 평균 연봉과도 현격한 격차를 보이는 점, ③ 최초로 영업이익이 발생한 사업연도부터 갑자기 10배가 인상된 점, ④ 주주에게 공식적으로 배당금을 지급한 사실이 없는 점, ⑤ 법인 내부 문건에서 법인세를 절약하기 위하여 대표이사의 급여를 높인다는 취지의 내용이 기재되어 있는 등 대표이사의 보수를 전액 법인세의 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보이는 점 등을 이유로, 위 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이라고 본 사례