[제11행정부 2023. 8. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 다국적기업 P그룹이 상표를 소유한 담배브랜드의 담배완제품을 국내에서 제조·판매하기 위해 ① 상표를 보유한 P의 계열사(라이선서)와 사이에 상표 등 사용에 관한 라이선스계약을 체결하여 로열티를 지급하고, ② P의 다른 계열사 또는 비계열사로부터 담배재료(담뱃잎, 향료, 필터, 상표가 부착된 포장재 등, 이하 ‘이 사건 물품’)를 수입하여 국내 담배제조공장에서 완제품을 제조·판매함 - 피고는, 이 사건 로열티는 이 사건 물품과 관련되고 그 거래조건으로 지급된 권리사용료라는 전제에서 이 사건 물품의 거래가격을 가산·조정하여 98억 원의 관세 등을 부과함. 피고는 구 '수입물품 과세가격 결정에 관한 고시'(관세청 고시 제2014-88호) 제9조 제2호 단서 및 제4호 가목에 따라 이 사건 로열티 전부에 완제품 가격에서 이 사건 물품 가격이 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출함 □ 쟁점 - 이 사건 로열티와 이 사건 물품 사이에 관련성 및 거래조건성을 인정할 수 있는지 및 권리사용료 가산방법이 적법한지(적극) □ 판단 - 로열티의 지급대상인 권리로서 담배완제품에 관한 상표, 특허, 디자인, 노하우, 영업비밀 등 제반 무형재산권이 이 사건 물품에 구현·체화되어 있으므로 위 로열티와 물품 사이에 관련성이 인정됨 - 원고가 로열티를 지급하지 않았다면 물품을 구매할 수 없었을 것이므로 이 사건 로열티는 이 사건 물품의 거래조건으로 지급됨 - 권리사용료 가산방식도 적법함. ① 이 사건 로열티에 이 사건 물품이나 이를 재료로 하여 제조되는 완제품과 관련이 없는 ‘국내에서의 그 밖의 사업 등에 대한 활동대가’가 포함되어 있다고 볼 수 없음 ② 이 사건 로열티 지급대상인 권리 중 상표권 역시 이 사건 물품을 포함한 담배 완제품과 관련이 있으므로 위 고시 제9조 제2호 단서, 제4호 가목에 따라 거래가격에 가산할 권리사용료를 안분하기에 앞서 이 사건 로열티에서 ‘상표권에 대한 대가’를 공제하여야 할 것도 아님 ③ 이 사건 로열티의 지급대상인 권리에 ‘이 사건 물품 수입 후 국내에서 이루어지는 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우나 영업비밀’이 포함되어 있더라도, 이는 이 사건 물품을 재료로 하여 생산되는 담배 완제품의 생산 활동에 대한 대가에 해당하므로 위 고시 규정을 적용하기에 앞서 이 사건 로열티에서 국내에서의 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우, 영업비밀 등에 대한 대가 부분을 공제하여야 하는 것도 아님 ④ 그밖에 피고가 이 사건 물품의 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 만한 자료가 없음 (원고패)

2022누53299 법인세부과처분취소 [제1-1행정부 2023. 3. 21. 선고] <조세> □ 사안 개요 A회사의 주주인 원고 법인이 A회사가 발행한 신주인수권부사채 인수 및 신주인수권 행사를 통해 A회사에 대한 지분율을 기존 5.44%에서 9.84%로 증가하게 됨. 피고는, 원고가 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 A회사의 개인주주들(원고의 주주들이기도 한 원고의 특수관계인)로부터 이익을 분여받았다고 보아, 위 이익금액 등을 익금산입하여 원고의 2014사업연도 법인세를 증액경정하고 2013사업연도 결손금을 감액함(피고는 처분사유에 관한 기존 주장 중에서 이를 제외한 부분은 당심에서 철회함) □ 쟁점 - 법인주주가 아닌 개인주주를 이익분여의 주체로 하여 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정하기 전의 것) 제88조 제1항 제8호의2 규정을 적용할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 “제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 다른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우”를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있음 - 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 같은 항 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 시사하는데, 같은 항 제8호가 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하는 경우를 전제로 하는 점, 같은 항 제8호의2는 물론 그 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 요건으로 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는데, 같은 항 제8호의2의 ‘이익을 분여한 특수관계인’에 개인 주주까지 포함한다고 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아닌 점 등에 비추어 보면, 같은 항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’으로 보아야 함 - 1심과 달리 중복세무조사에 관한 원고 주장은 배척하였으나, 위와 같은 이유로 이 부분 처분을 취소한 결론을 유지함. [항소기각(원고일부승)]

◇외국법인 간 합병에 따라 100% 자회사인 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식이 합병법인에 이전하는 경우 법인세 과세대상인 주식의 양도에 해당하는지 여부◇ 내국법인의 경우에 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다. 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. ☞완전 자회사인 외국법인이 모회사인 외국법인에 흡수합병되면서 합병 당시 피합병법인이 보유한 내국법인 발행 주식이 합병법인으로 이전되자, 내국법인 발행 주식의 양도에 해당한다는 이유로 법인세 징수처분을 한 사안에서, 이러한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 정한 ‘주식의 양도’에 해당하고, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며, 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다고 하더라도 마찬가지로 보아야 한다고 판단한 사례

◇구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항과 관련하여 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이 양도되는 경우 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 한정하여 적용되는지(적극)◇ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다. 2013년 1월 1일 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.