2022누53299 법인세부과처분취소 [제1-1행정부 2023. 3. 21. 선고] <조세> □ 사안 개요 A회사의 주주인 원고 법인이 A회사가 발행한 신주인수권부사채 인수 및 신주인수권 행사를 통해 A회사에 대한 지분율을 기존 5.44%에서 9.84%로 증가하게 됨. 피고는, 원고가 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 A회사의 개인주주들(원고의 주주들이기도 한 원고의 특수관계인)로부터 이익을 분여받았다고 보아, 위 이익금액 등을 익금산입하여 원고의 2014사업연도 법인세를 증액경정하고 2013사업연도 결손금을 감액함(피고는 처분사유에 관한 기존 주장 중에서 이를 제외한 부분은 당심에서 철회함) □ 쟁점 - 법인주주가 아닌 개인주주를 이익분여의 주체로 하여 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정하기 전의 것) 제88조 제1항 제8호의2 규정을 적용할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 “제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 다른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우”를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있음 - 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 같은 항 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 시사하는데, 같은 항 제8호가 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하는 경우를 전제로 하는 점, 같은 항 제8호의2는 물론 그 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 요건으로 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는데, 같은 항 제8호의2의 ‘이익을 분여한 특수관계인’에 개인 주주까지 포함한다고 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아닌 점 등에 비추어 보면, 같은 항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’으로 보아야 함 - 1심과 달리 중복세무조사에 관한 원고 주장은 배척하였으나, 위와 같은 이유로 이 부분 처분을 취소한 결론을 유지함. [항소기각(원고일부승)]

2021누70341 부가가치세부과처분취소 [제8-1행정부 2022. 9. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 A회사에 대한 납품대가로 A로부터 이 사건 제1어음(지급기일 2016. 4. 30.)과 이 사건 제2어음(지급기일 2015. 6. 30.)을 발행받았는데, 이 사건 제1, 2어음은 해당 지급기일에 각 부도처리 되었음 - 원고는 2015. 12. 8. A측에 어음금액의 40% 상당액을 지급받고 나머지 금액은 포기하는 내용의 채권부존재 확인서를 작성해 주었음 - 원고는 2016년 제1기 부가가치세 확정신고 시 변제받지 못한 나머지 60% 상당액(이 사건 제1, 2잔존 채권) 중 부가가치세 상당액에 대하여 대손세액 공제를 받고자 ‘대손세액공제신고서’를 제출하였음 - 피고는 원고의 대손세액 공제를 부인하고 원고에게 2016년 제1기 부가가치세를 경정·고지하였음(이 사건 처분). 이에 원고가 그 취소를 구한 사건 □ 쟁점 및 판단 - 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 2. 대통령령 제27433호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항, 구 법인세법 시행령(2016. 11. 29. 대통령령 제27619호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 제1항에서 대손세액 공제 대상 채권을 한정적으로 규정한 것인지(적극) - 채권부존재 확인서를 통한 포기로 인하여 이 사건 제1, 2잔존 채권이 구 부가가치세법상 대손세액 공제 대상 채권에 해당하지 않게 되는지 [= 대손세액 공제제도를 규정하고 있는 구 부가가치세법 제45조의 입법 취지 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권은 채권부존재 확인서 작성 당시 이미 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9호에서 정한‘부도발생일부터 6개월 이상 지난 어음상의 채권’에 해당하여 여전히 대손세액 공제 대상 채권에 해당하나, 이 사건 제2잔존 채권은‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’, 즉 대손이 확정된 날에 이르기 전에 포기하였으므로 이에 해당하지 않음] - 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손세액 공제 해당 과세기간 [= 법인세법상의 대손금과 부가가치세법상의 대손세액 공제가 그 제도와 목적을 달리하는 점 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손이 확정된 날은 이 사건 제1어음채권이 ‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’ 시점인 2015. 11. 1.이므로, 대손세액 공제 과세기간은 구 법인세법 시행령 제19조의2에 따른 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도인 2016년이 아니라, 구 부가가치세법 제45조 제1항에 따른 그 대손이 확정된 날이 속하는 2015년 제2기 부가가치세 과세기간임] (원고패)

◇ 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제167조 제6항이 개인의 양도소득에 관한 소득세법상 부당행위계산 부인 규정에서의 시가를 법인세법상 부당행위계산 부인 규정에서의 시가와 일치시키는 규정인지(소극) ◇ 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제167조 제6항 본문(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)은 “개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 소득세법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 이 사건 시행령 조항과 관련 규정의 문언 및 체계, 이 사건 시행령 조항의 취지 등을 종합하면, 이 사건 시행령 조항은 특수관계에 있는 개인과 법인 사이의 주식 등 재산 양도에서 ‘그 대가가 법인세법 시행령 제89조에서 정한 시가에 해당함’을 전제로 하여, 해당 법인의 거래에 대하여 부당행위계산부인에 관한 법인세법 제52조가 적용되지 않는 경우 그 상대방인 개인에 대하여도 양도소득의 부당행위계산부인에 관한 소득세법 제101조 제1항을 적용하지 않는다는 것이다. 이와 달리 이 사건 시행령 조항을 상고이유 주장처럼 개인과 법인에 적용되는 시가를 법인세법상 시가로 일치시키려는 규정으로 볼 수는 없다. 그런데 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항은 법인세법 제52조 제2항을 적용할 때 주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 종가에 따르도록 규정하고 있다. 따라서 개인이 한국거래소에서 특수관계에 있는 법인에 상장주식을 양도한 경우에는 위 조항이 정하는 시가인 해당 거래일의 종가로 양도한 때에 한하여 이 사건 시행령 조항에 따라 개인에게 양도소득의 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않게 되는 것이다. ☞ 개인인 원고가 특수관계에 있는 법인에 이 사건 주식을 법인세법상 시가에 양도하지 않은 이상 이 사건 양도에는 이 사건 시행령 조항이 적용될 수 없으므로, 구 소득세법 시행령 제167조 제5항, 구 상증세법 제60조 제1항 후문, 제63조 제1항 제1호 및 제3항에 따라 ‘양도일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 종가 평균액에 최대주주 등 할증률 20%를 가산한 금액’을 이 사건 주식의 시가로 보아 원고에 대한 부당행위계산부인 여부를 판단하고 그 소득금액을 계산하여야 하므로, 같은 취지로 판단한 원심을 수긍한 사례.

◇ 납세의무자가 무자력이거나 그 소재가 불명하여 압류의 집행에도 착수할 수 없는 등 특별한 사정이 있는 경우에는 조세징수권의 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 조세채권 존재확인의 소를 제기할 수 있는지(적극) 및 과세주체가 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 제기한 조세채권확인의 소가 공법상 당사자소송에 해당하는지 여부(적극) ◇ 구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제2항은 국세징수권의 소멸시효에 관하여 국세기본법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민법에 따른다고 규정하고 있고, 제28조 제1항은 납세고지(제1호), 독촉 또는 납부최고(제2호), 교부청구(제3호), 압류(제4호)를 국세징수권의 소멸시효 중단사유로 규정하고 있다. 위 납세고지, 독촉 또는 납부최고, 교부청구, 압류는 국세징수를 위해 국세징수법에 규정된 특유한 절차들로서 국세기본법이 규정한 특별한 국세징수권 소멸시효 중단사유이기는 하다. 그러나 구 국세기본법은 민법에 따른 국세징수권 소멸시효 중단사유의 준용을 배제한다는 규정을 두지 않고 있고, 조세채권도 민사상 채권과 비교하여 볼 때 그 성질상 민법에 정한 소멸시효 중단사유를 적용할 수 있는 경우라면 그 준용을 배제할 이유도 없다. 따라서 구 국세기본법 제28조 제1항 각 호의 소멸시효 중단사유를 제한적?열거적 규정으로 보아 구 국세기본법 제28조 제1항 각 호가 규정한 사유들만이 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 된다고 볼 수는 없다. 이와 같은 관련 규정의 체계와 문언 내용 등에 비추어, 민법 제168조 제1호가 소멸시효의 중단사유로 규정하고 있는 ‘청구’도 그것이 허용될 수 있는 경우라면 구 국세기본법 제27조 제2항에 따라 국세징수권의 소멸시효 중단사유가 될 수 있다고 봄이 타당하다. 한편 조세는 국가존립의 기초인 재정의 근간으로서, 세법은 공권력 행사의 주체인 과세관청에 부과권이나 우선권 및 자력집행권 등 세액의 납부와 징수를 위한 상당한 권한을 부여하여 그 공익성과 공공성을 담보하고 있다. 따라서 조세채권자는 세법이 부여한 부과권 및 자력집행권 등에 기하여 조세채권을 실현할 수 있어 특별한 사정이 없는 한 납세자를 상대로 소를 제기할 이익을 인정하기 어렵다. 다만 납세의무자가 무자력이거나 소재불명이어서 체납처분 등의 자력집행권을 행사할 수 없는 등 구 국세기본법 제28조 제1항이 규정한 사유들에 의해서는 조세채권의 소멸시효 중단이 불가능하고 조세채권자가 조세채권의 징수를 위하여 가능한 모든 조치를 충실히 취하여 왔음에도 조세채권이 실현되지 않은 채 소멸시효기간의 경과가 임박하는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그 시효중단을 위한 재판상 청구는 예외적으로 소의 이익이 있다고 봄이 타당하다. 그리고 국가 등 과세주체가 당해 확정된 조세채권의 소멸시효 중단을 위하여 납세의무자를 상대로 제기한 조세채권존재확인의 소는 공법상 당사자소송에 해당한다. ☞ 외국법인인 피고에게 국내사업장이 없어 과세관청이 구 법인세법(2007. 12. 31. 법률 제8831호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항, 제60조 제1항에 따라 국내원천소득에 관한 법인세 신고?납부의무가 있는 피고에 대하여 법인세를 부과?고지하였는데, 피고의 재산이 외국에는 있으나 국내에는 없어 압류 등 조치를 취하지 못하였고, 징수위탁을 위한 상호합의 등의 노력을 기울였음에도 그 법인세와 가산금을 징수하지 못하고 소멸시효 완성이 임박한 경우, 그 소멸시효 중단을 위한 이 사건 소는 예외적으로 소의 이익이 있다고 판단한 사례.

◇ 이 사건 각 토지 매매계약 해제의 경우에는 예외적으로 후발적 경정청구 사유가 되지 않는 특별한 사정이 있는지 여부(소극) ◇ 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조의2 제2항 제5호 및 그 위임을 받은 구 국세기본법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26066호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조의2 제2호는 후발적 경정청구사유의 하나로 ‘최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우’를 들고 있다. 그리고 법인세에서도 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제5호, 구 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호에서 정한 ‘해제권의 행사나 부득이한 사유로 인한 계약의 해제’는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 된다. 다만 법인세법이나 관련 규정에서 일정한 계약의 해제에 대하여 그로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 해제일이 속하는 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 해제일이 속한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 계약의 해제가 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없으므로 후발적 경정청구사유가 될 수 없다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결 등 참조). 원심은 그 판시와 같은 이유를 들어, 이 사건 각 토지 매매계약의 해제에 후발적 경정청구사유가 될 수 없는 특별한 사정이 존재하지 않는다고 판단하였다. 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단에 상고이유 주장과 같이 법인세법상 손익의 귀속시기, 기간과세원칙, 기업회계 적용, 후발적 경정청구사유 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. ☞ 법인세에서도 계약해제는 원칙적으로 후발적 경정청구사유가 되는바(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두10611 판결), 원고는 철도운송업을 주된 영업으로 하는 회사로서 이 사건 각 토지 매매계약 해제는 경상적·반복적으로 발생하는 상품판매계약 등의 해제에 해당하지 않으므로 예외적으로 후발적 경정청구사유가 되지 않는 특별한 사정이 존재하지 않는다고 판단한 사례.

◇ 1. 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ ◇ 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 구 법인세법(2008년 12월 26일 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있는지 여부(적극) ◇ 1. 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았다면 특별한 사정이 없는 한 그 징수처분은 위법하다. 그러나 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면, 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다는 사정만으로 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 것은 아니다. 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 매수인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있다고 보아야 한다. ☞ 납세고지서에 세율이 0.00%로 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서상 기재된 과세표준과 산출세액, 기타 문언 등을 고려할 때 원고가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받았을 것이라고 평가할 수 없으므로 그에 관한 법인세 본세 징수처분은 위법하다고 보기 어렵고, 내국법인이 외국법인에게 지급한 계약금이 추후 위약금으로 몰취된 경우에도 내국법인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천기타소득에 대한 원천징수의무를 부담한다는 이유로, 이와 다른 취지의 원심판결을 전부 파기한 사례.

◇ 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것) 제93조 제9호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 아니한 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정하였으나, 국제조세조정에 관한 법률 제28조는 “비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 및 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 규정하고 있으므로, 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 아니한 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 '대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약'(이하 ‘한미조세협약’이라 한다)에 따라 판단하지 아니할 수 없다. 그런데 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고(대법원 2007. 9. 7. 선고 2005두8641 판결 등 참조), 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수도 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2014. 11. 27. 선고 2012두18356 판결). ☞ 원고가 아일랜드 법인 甲에 지급한 이 사건 사용료 소득의 실질귀속자는 甲을 지배하는 미국법인 乙이라는 등의 이유로 '대한민국과 아일랜드간의 소득 및 양도소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약'을 적용할 수 없다고 본 원심의 결론이 정당하다고 판단하고, 나아가 한미조세협약의 해석상 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 수 없다는 이유로 미국법인 乙에 실질적으로 귀속된 이 사건 사용료 중 국내에 등록된 특허권의 사용료에 해당하는 부분만 국내원천소득에 해당하고 나머지 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 본 원심판결은 정당하다고 판단하여, 상고를 모두 기각한 사례

◇구 상증세법 시행령이 2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되면서 명의신탁 증여 의제의 경우가 최대주주 할증평가 예외사유로 추가되었는바, 위 시행령 시행 전에 명의신탁 주식의 가액을 평가한 경우 최대주주 할증평가 규정이 적용되는지 여부(적극)◇ 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 개정 전후를 불문하고 ‘구 상증세법’이라고 한다) 제63조 제3항은 주식 가액의 보충적 평가방법에 관한 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용할 때 대통령령이 정하는 최대주주 및 그와 특수관계에 있는 주주(이하 ‘최대주주 등’이라고 한다)의 주식에 대하여는 위 규정에 의하여 평가한 주식의 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10)을 가산하고, 최대주주 등이 해당 법인의 발행주식총수의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15)을 가산하도록 규정하고 있다. 이러한 최대주주 할증평가는 지배주주가 소유하는 주식은 경영권과 관계가 있고 소액주주가 소유하는 주식에 비하여 양도성 등에 차이가 있어 거래현실상 일반적으로 그 가치가 높게 평가되는 점을 반영하자는 것이지, 현실적으로 경영권 이전의 결과가 발생하는지에 따라 그 주식의 평가가 달라진다는 취지를 규정한 것이 아니다(대법원 2003. 2. 11. 선고 2001두8292 판결 참조). 또한, 구 상증세법 제63조 제3항은 당초에는 최대주주 할증평가 예외사유를 규정하고 있지 않았는데, 1999. 12. 28. 법률 제6048호로 개정되면서 비로소 그 예외사유를 신설하여 ‘평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식’을 할증평가 대상에서 제외하도록 하였다. 그 후 2002. 12. 18. 법률 제6780호로 다시 개정되면서 그 위임에 따른 구 상속세 및 증여세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17828호로 개정된 것, 이하 개정 전후를 불문하고 ‘구 상증세법 시행령’이라고 한다) 제53조 제5항을 두어 예외사유를 확대하였고, 다만 그 부칙 제6조에서 위 제53조 제5항을 위 시행령 시행 후 최초로 증여세를 결정하는 분부터 적용하도록 하였다. 한편 구 상증세법 시행령이 2016. 2. 5. 대통령령 제26960호로 개정되면서 ‘주식 등의 실제 소유자와 명의자가 다른 경우로서 법 제45조의2에 따라 해당 주식 등을 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 보는 경우’, 즉 명의신탁재산 증여 의제의 경우가 최대주주 할증평가 예외사유로 추가되었으나(제53조 제6항 제8호), 그 부칙 제7조에서 위 개정 규정을 위 시행령 시행 이후 평가하는 분부터 적용하도록 하고 있다. 이러한 최대주주 할증평가 관련 규정의 입법취지와 체계 및 개정 연혁 등을 종합적으로 고려하면, 명의신탁재산 증여 의제의 경우 그 제재로서의 성격을 감안하더라도 2016. 2. 5. 개정된 구 상증세법 시행령의 시행 전에 해당 주식의 가액을 평가하였다면, 그전의 법령에 따라 최대주주 할증가액이 가산된다고 보아야 한다. ☞원고들이 회사의 최대주주로부터 주식을 명의신탁 받았다는 이유로 이를 증여받은 것으로 의제하는 한편 최대주주 할증평가 규정에 따라 위 주식을 평가하여 원고들에게 증여세를 부과한 사건에서, 명의신탁재산 증여 의제의 경우를 최대주주 할증평가 예외사유로 추가한 2016. 2. 5. 개정 상증세법 시행령의 시행 전에 위 주식의 가액을 평가한 이상, 그전의 법령에 따라 최대주주 할증가액이 가산된다고 보아야 한다는 이유로 원고들의 상고를 기각한 사례

◇1. 부당행위계산의 유형 중 금전 대여와 자산 제공의 구별 기준, 2. 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것에 대해 비업무용 부동산에 관한 규정을 적용할 수 있는지 여부(소극)◇ 1. 부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산·용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적·경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 2. 관계법령의 체계와 문언, 개정 연혁과 취지에 의하면, 법인의 사택에 대해서는 일정한 경우에 업무무관지출에 관한 법인세법 제27조 제2호가 적용될 수 있을 따름이고, 비업무용 부동산에 관한 법인세법 제27조 제1호가 적용될 수 없음이 분명하다(대법원 2017. 8. 29. 선고 2014두43301 판결 참조). ☞ ① 원고 법인이 자신의 자금으로 이 사건 부동산을 취득한 다음 특수관계인에게 무상 또는 저가로 제공하여 거주하도록 한 것으로 보아야 하므로, 이러한 부동산 제공에 대하여 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 시가와의 차액 등을 계산하여 익금에 산입하는 것은 별론으로 하고, 원고 법인이 위 특수관계인에게 실질적으로 이 사건 부동산 취득자금을 대여하였다고 보아 그에 따른 인정이자를 익금에 산입할 수는 없으며, ② 원고 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것은 사택 제공에 해당하여 업무무관지출 규정이 적용되는 것은 별론으로 하고, 비업무용 부동산에 관한 규정이 적용될 수는 없다고 판단하여, 파기환송한 사례

◇1. 법인이 특수관계인에게 업무와 무관하게 가지급금을 제공한 후 대손사유가 발생하거나 그 매도에 따른 채권의 처분손실이 발생하기 전에 특수관계가 소멸한 경우에도 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 및 동 시행령 제61조 제5항에 따라 채권의 처분손실을 손금에 산입할 수 없는지(소극), 2. 원고가 전환사채를 액면가액보다 낮은 가액으로 양도함으로써 수익이 발생하였다고 볼 수 없는 경우에도, 구 법인세법 제113조 제1, 2항에 따라 원고가 위 사채를 보유한 기간 동안 이자소득을 얻은 것으로 의제하여 익금에 산입해야 하고, 나아가 그에 대한 원천징수의무를 인정할 수 있는지(적극)◇ 1. 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제34조 제3항 제2호 등의 입법취지는 법인이 특수관계자에게 제공한 업무무관 가지급금에 대손사유가 발생하여 채권 회수가 불가능하게 된 경우에는, 그 대손금을 손금불산입함으로써 특수관계자에 대한 비정상적인 자금대여관계를 유지하는 것을 제한하고, 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하는 데 있다. 또한 구 법인세법 시행령 제61조 제5항도 같은 취지에서 업무무관 가지급금에 해당하는 채권을 타인에게 매도하여 발생한 처분손실을 손금불산입하도록 규정하고 있다. 그런데 법인이 특수관계자에게 제공한 업무무관 가지급금에 대손사유가 발생하기 전 또는 그 채권의 매도에 따른 처분손실이 발생하기 전에 특수관계가 이미 소멸하였다면, 이는 더 이상 비정상적으로 자금을 대여하는 것으로 볼 수 없으므로, 업무무관 가지급금에 대한 세법적 규제를 가할 필요성도 함께 소멸되었다고 할 수밖에 없다. 이러한 점을 고려하면, 구 법인세법 시행령 제61조 제5항 및 구 법인세법 제34조 제3항 제2호 등에 따라 채권의 처분손실을 손금에 산입할 수 없는 특수관계자에 대한 업무무관 가지급금인지 여부는 특별한 사정이 없는 한 그 채권을 처분할 당시를 기준으로 판단하여야 한다. 2. 원천징수제도는 소득의 발생원천에서 원칙적으로 그 지급시점에 원천징수를 함으로써 과세편의와 세수확보를 기하기 위해 마련된 제도이므로, 이러한 원천징수제도의 특성상 원천징수대상이 되는 소득금액은 명확하게 특정될 필요가 있다. 이에 따라 앞서 본 관련 규정에서는 채권을 취득하여 보유한 기간에 발생한 소득으로서 채권 등의 이자에 대한 원천징수대상이 되는 소득을 ‘채권의 액면가액 × 보유기간 × 적용이자율’의 산식(이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)에 의해 획일적으로 계산하도록 규정함으로써 보유기간별 이자상당액의 총액에 대한 원천징수의 실효성을 확보하고 있다. 이러한 사정을 고려하면, 구 법인세법 제73조 제8항에 따라 원천징수의무를 부담하는 법인은 채권이 타인에게 매도되는 시점에 이 사건 산식에 따라 계산한 금액을 채권의 보유기간 이자상당액에 대한 원천징수대상금액으로 보아 원천징수를 할 의무가 있다고 봄이 타당하고, 이는 해당 채권이 매도되는 과정에서 채권의 처분손실이 발생하였다고 하여 달리 볼 수 없다.