서울고등법원 2021누56086 취득세등부과처분취소 [제11행정부 2022. 6. 15. 선고] □ 사안 개요 - 원고는 이 사건 토지를 종합병원 설치·운영 목적으로 취득하여 구 지방세특례제한법상 감면세율을 적용하여 취득세 등을 신고 납부함 - 원고가 취득 후 1년 이상 경과하였으나 종합병원은 건축되지 않았고, 이에 피고(서울특별시 금천구청장)는 ‘원고가 정당한 사유 없이 이 사건 토지의 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니하였다’는 이유로 감면 취득세 등을 추징 부과함(‘이 사건 처분’) □ 쟁점 - 구 지방세특례제한법 제178조 제1호에 정한 ‘정당한 사유’의 인정 여부(적극) □ 판단 - 아래와 같은 사정을 바탕으로 정당한 사유가 있다고 판단함 ① 구 지방세특례제한법 제38조가 취득세를 감면하는 취지는 국민의 보건복지증진과 의료시설이 열악한 지역의 의료 환경 개선을 위한 것임. 피고는 종합병원 유치를 위해 부영주택에 직접 이를 제안하였고, 이에 따라 부영주택이 이 사건 토지 등을 출연하여 원고를 설립함 ② 대한전선부지에 종합병원을 건축하기까지는 상당한 시간이 걸릴 수밖에 없음. 대한전선부지는 하나의 특별계획구역으로 지정된 부지이고, 원고가 이 사건 토지를 취득할 당시 ‘대한전선부지 중 20,000㎡ 내외’를 의료시설(종합병원) 용도로 지정한다는 계획지침만 정해져 있었을 뿐 병원부지의 구체적 위치와 면적도 확정되지 않은 상태였음 ③ 원고는 종합병원을 건축하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나, 다만 사업의 규모, 행정절차의 지연 등 원고가 그 뜻대로 할 수 없는 다양한 사유로 그 유예기간을 경과하였다고 봄이 타당함 ④ 원고와 부영주택은 종합병원 건축을 위해 필요한 절차를 별다른 공백 없이 계속 진행하였고, 현재 건축허가를 받아 공사절차가 진행 중에 있음 (원고승)

◇ 부가가치세 면세 대상인 고유의 사업목적을 위하여 실비로 공급한 용역에 해당하는지 여부의 판단 기준 ◇ 구 부가가치세법(2010. 1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1항은 부가가치세의 과세 대상에 관하여 “부가가치세는 다음 각 호의 ‘거래’에 대하여 부과한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ‘재화 또는 용역의 공급’을 규정하고, 구 부가가치세법 제12조 제1항은 일정한 ‘재화 또는 용역의 공급’을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 위 각 규정의 문언에다가 세금계산서 교부 및 부가가치세 거래징수는 부가가치세 면세 여부에 따라 그 의무의 존부가 달라지는데 이는 모두 재화 또는 용역을 공급할 때 이루어지는 점 등의 사정을 보태어 보면, 부가가치세 면세 여부는 원칙적으로 ‘개별적인 재화 또는 용역의 공급’을 기준으로 판단하여야 한다. ☞ 피고들은 원고가 정부업무대행사업, 환경시설설치지원사업 등과 관련하여 제공한 용역이 실비로 제공된 것이 아니어서 부가가치세 면세 대상이 아니라고 보아, 원고에게 부가가치세를 부과하였음. ☞ 대법원은, 원고가 수행하는 각 개별 사업들은 구체적인 계약 내용이 다르고 사업의 기간이나 내용 등에서도 차이가 나므로 이들을 묶어서 하나의 공급단위로 보아 실비 공급 여부를 판단할 합리적 근거가 없고, 하나의 사업 분야에 속한 개별 사업들의 수수료 산정방식이 비슷하다고 단정할 수도 없으므로, 재화 또는 용역의 실비 공급 여부는 개별 재화 또는 용역을 기준으로 판단하여야 하고 각 사업 분야 전체를 기준으로 판단할 수 없다는 이유를 들어, 이와 다른 전제에서 판단한 원심판결 중 부가가치세 부과처분에 관한 부분을 파기환송하였음.

◇ 1. 주택법에 따른 단독주택이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 ‘국민주택’에 해당하기 위한 요건인 ‘주택법에 따른 국민주택 규모 이하’인지 여부를 판단하는 기준 ◇ ◇ 2. 조세특례제한법 시행령 제51조의2 제3항 괄호에서 말하는 ‘다가구주택’의 의미 및 다중주택으로 건축허가·사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 사실상 다가구주택의 용도로 개조한 경우 위 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호(이하 ‘이 사건 면세조항’이라고 한다)에 의하면 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호는 위 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘을 ’제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택‘으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항은 위 규모를 ’주택법에 따른 국민주택 규모‘라고 정하면서 그 괄호 부분(이하 ’이 사건 괄호규정‘이라고 한다)에서 “기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다”라고 정하고 있다. 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행규칙 제20조는 위 ’기획재정부령이 정하는 다가구주택‘을 ’건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (다)목에 해당하는 것‘으로 정하고 있다. 그리고 주택법 제2조 제6호는 ’국민주택 규모‘를 “주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 ’주거전용면적‘이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)”으로 정하고 있다. 한편 주택법령상 ’주택‘은 ’단독주택‘과 공동주택’으로 구분되는데, ‘단독주택’에는 ‘건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (나)목에 따른 다중주택’과 ‘건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (다)목에 따른 다가구주택’이 포함된다(주택법 제2조 제1호, 주택법 시행령 제2조 제2호, 제3호). 구 건축법 시행령(2016. 5. 17. 대통령령 제27175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) [별표 1] 제1호 (나)목에 의하면, ‘다중주택’은 ① 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것, ② 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다), ③ 연면적이 330제곱미터 이하이고 층수가 3층 이하인 것의 요건을 모두 갖춘 주택을 말하고, 같은 호 (다)목에 의하면, ‘다가구주택’은 ① 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것(다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다), ② 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 위 각 규정에 의하면, 이 사건 괄호규정은 주택법에 따른 단독주택 중 ‘다가구주택’만을 그 적용대상으로 하고 있으므로, 주택법에 따른 단독주택이 이 사건 면세조항의 ‘국민주택’에 해당하기 위한 요건인 ‘주택법에 따른 국민주택 규모 이하’인지 여부는 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’의 경우에는 ‘가구당 전용면적’을 기준으로 판단하고, 그 외의 단독주택의 경우에는 ‘주택의 전체 주거전용면적’을 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 위와 같이 주택법령에서 인용하고 있는 구 건축법 시행령은 단독주택 중 ‘다중주택’과 ‘다가구주택’의 요건을 분명하게 구분하면서 특히 ‘다중주택’의 경우 각 실별로 취사시설을 설치할 수 없다고 규정하고 있는 점, ‘다중주택’과 ‘다가구주택’은 주차장법령에 따른 부설주차장의 설치기준에도 차이가 있는데, ‘다가구주택’의 경우 공동주택에 준하여 그 설치기준의 적용을 받기 때문에 ‘다중주택’에 비해 많은 주차대수의 부설주차장을 설치해야 하는 점 등을 종합하면, 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’은 특별한 사정이 없는 한 관련 법령에 따른 ‘다가구주택’의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 ‘다가구주택’으로 등재된 건축물만 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 달리 ‘다중주택’으로 건축허가 및 사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 각 실별로 취사시설을 설치함으로써 사실상 ‘다가구주택’의 용도로 개조한 경우에는 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 면세조항의 적용과 관련하여 가구당 전용면적이 아닌 주택의 전체 주거전용면적을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부를 판단하여야 한다. ☞ 주택신축판매업을 영위하는 원고는 ‘다중주택’인 이 사건 주택을 신축하여 매도한 후, 이 사건 주택이 실질적으로 ‘다가구주택’에 해당함을 전제로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하로서 그 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면제대상이라고 보아 부가가치세 신고를 하지 않음. ☞ 이에 대하여 이 사건 주택은 ‘다중주택’으로 건축허가 및 사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 임의로 각 실별로 취사시설을 설치한 것에 불과하고 공부상 용도 역시 ‘다중주택’이므로, 조세특례제한법 시행령 제51조의2 제3항 괄호에서 ‘가구당 전용면적’을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부를 판단하도록 규정하고 있는 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 ‘전체 주거전용면적’을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모를 초과함이 명백한 이 사건 주택은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 ‘국민주택’에 해당하지 않는다고 판단하여, 같은 취지의 원심 판단을 수긍함.

◇ 구 도시 및 주거환경정비법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 전부개정되기 전의 것) 제65조 제2항 후단 규정에 따라 사업시행자가 용도폐지 정비기반시설을 무상으로 양도받아 취득하는 경우 이에 대한 취득세 납세의무 성립일인 취득시기(= 정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때) ◇ 구 도시 및 주거환경정비법(2017. 2. 8. 법률 제14567호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ‘구 도시정비법’이라고 한다) 제65조 제2항은 '시장·군수 또는 주택공사 등이 아닌 사업시행자가 정비사업의 시행으로 새로이 설치한 정비기반시설은 그 시설을 관리할 국가 또는 지방자치단체에 무상으로 귀속되고, 정비사업의 시행으로 인하여 용도가 폐지되는 국가 또는 지방자치단체 소유의 정비기반시설은 그가 새로이 설치한 정비기반시설의 설치비용에 상당하는 범위 안에서 사업시행자에게 무상으로 양도된다'라고 규정하고 있다. 위 조항 후단에 따라 사업시행자가 용도폐지되는 정비기반시설을 구성하는 부동산을 취득하는 것은 무상의 승계취득에 해당하는데(대법원 2019. 4. 3. 선고 2017두66824 판결 등 참조), 이에 대한 취득세 납세의무 성립일인 취득시기는 구 도시정비법 제65조 제4항에서 정한 ‘정비사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때’라고 봄이 타당하다. ☞ 주택재건축사업을 시행하는 주택재건축조합인 원고가 구 도시정비법 제65조 제2항 후단에 따라 재건축사업의 시행으로 용도가 폐지되는 국가 및 지방자치단체 소유의 정비기반시설인 이 사건 토지를 무상으로 양도받아 취득한 사안에서, 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기는 ‘재건축사업이 준공인가되어 관리청에 준공인가통지를 한 때’임을 전제로, 원고의 취득세 등 신고·납부 당시 아직 5년의 부과제척기간이 도과하지 않았다고 판단한 원심을 수긍한 사례