가) 법인세법 제116조 제2항은 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 구입하는 경우의 지출증빙을 거래의 상대방과 ‘공급가액’이 확인되는 신용카드 매출전표, 세금계산서 및 계산서(이하 ‘정규지출증빙서류’라 한다)로 제한하고 있다. 그리고 정규지출증빙서류를 수취하지 아니한 경우 법인세법 제76조 제5항에 의해 가산세가 부과된다. 즉, 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급함에 있어서는 정규지출증빙서류를 수취하여 5년간 보관하여야 하고, 정규지출증빙서류를 수취하지 아니한 경우 거래자체를 부인하여 지출금액을 손금으로 인정하지 않는 것이 아니라 기타의 객관적인 서류에 의해 경비지출이 인정되는 경우 손금산입은 허용하되 미수취금액에 대해 일정률의 가산세를 부과하도록 한 것이다. 이는 법인의 경비지출내용의 투명성을 제고함과 아울러 그 거래상대방인 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서 근거과세를 구현하기 위한 법적 장치이다. 그 중에서도 특히 거래상대방인 사업자의 과세표준 양성화를 유도하는 데에 그 초점이 모아져 있다 할 것인바, 법인의 경비지출내용의 투명성 제고라는 목적은 법인세법 제116조 제1항에 의해서도 충분히 달성할 수 있기 때문이다. 결국, 법인세법 제76조 제5항은 법인이 재화 또는 용역을 구입할 때마다 거래상대방과 ‘공급가액’이 확인되는 정규지출증빙서류를 수취하도록 함으로써 종국적으로는 그 거래상대방 사업자의 ‘과세표준(매출액)’이 노출되도록 유도하는 효과를 주로 기대하고 있는 것이다. 이러한 가산세는 그 형식이 세금이기는 하나 그 실질적 성격은 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재라 할 것인데, 의무위반에 대한 책임의 추궁에 있어서는 의무위반의 정도와 부과되는 제재 사이에 적정한 비례관계가 유지되어야 하므로, 조세의 형식으로 부과되는 금전적 제재인 가산세 역시 의무위반의 정도에 비례하는 결과를 이끌어내는 그러한 비율에 의하여 산출되어야 하고, 그렇지 못한 경우에는 비례의 원칙에 어긋나서 재산권에 대한 침해가 된다(헌법재판소 2005. 11. 24. 선고 2004헌가7 전원재판부 결정 참조). 나) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 법인세법 제76조 제5항은 세금계산서 등 지출증빙서류의 기재사항 중에서 부가가가치세를 제외한 공급가액을 기준으로 하여 가산세를 계산하도록 규정하고 있다고 해석되므로, 이와 다르게 이 사건 세금계산서상의 부가가치세를 포함한 공급대가를 기준으로 가산세를 적용한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. ① 법인세법의 관심은 법인세의 과세표준을 정확히 파악하여 그에 합당한 세액을 정하고 이를 부과하는 것에 있으므로, 법인세법 제76조 제5항에서 가산세를 규정하여 법인으로 하여금 다른 사업자로부터 수취한 세금계산서 등 지출증빙서류를 보관하도록 한 것도 위 서류 중에 법인세의 과세표준을 드러내는 내용이 있음을 염두에 둔 제재조치라고 보아야 한다. 그런데 법인세법 제13조, 제14조, 제18조, 제21조 등 제반 규정을 종합하여 보면, 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 공제한 소득금액을 기본으로 하고 있고, 부가가치세의 매출세액과 매입세액은 익금 또는 손금에 산입되지 아니하므로, 부가가치세는 법인세의 과세표준에서 제외되어 세액 산정에 아무런 영향을 미치지 않는다. 그렇다면 세금계산서에 기재된 사항 중에서 공급가액만이 법인세의 과세표준을 결정하는 요소에 해당하고 부가가치세는 이와 관련이 없으므로, 법인세법 제76조 제5항에서 정한 가산세는 세금계산서상 공급가액을 기준으로 한다고 해석하는 것이 법인세의 과세표준 양성화를 목적으로 하는 위 조항의 입법취지에 부합한다. ② 법인세의 과세표준 양성화라는 목적을 달성하기 위하여서는, 법인세의 과세표준 양성화를 방해하는 행위에 대하여 그 과세표준을 기준으로 하여 일정 비율로 계산한 가산세를 부과하는 것으로 충분하다고 보이는바, 법인이 사실과 다르게 받은 세금계산서 등 지출증빙서류 중에서 법인세의 과세표준을 이루는 공급가액과 그렇지 아니한 부가가치세를 구분하는 것이 어렵지 않음에도, 위 서류에 위 두 금액이 일괄하여 기재되어 있다는 이유로 법인세법 제76조 제5항에서 말하는 ‘사실과 다르게 받은 금액’을 공급가액과 부가가치세를 모두 합한 액수로 해석하여 이를 기준으로 가산세를 부과하는 것은 법인세의 과세표준과 관련이 없는 부가가치세 부분에 대하여도 가산세를 부과하는 결과가 되므로 침해의 최소성을 충족하지 못하여 비례의 원칙에 반한다. ③ 피고는 법인세법 제76조 제5항에서 말하는 ‘사실과 다르게 받은 금액’을 공급가액에 부가가치세를 합한 공급대가로 해석하는 근거로 같은 법 시행령 제158조 제2항 제1호에서 ‘공급받은 재화 또는 용역의 건당 거래금액(부가가치세를 포함한다)이 3만 원이하인 경우’에 지출증빙서류의 수취 및 보관의무를 면제하고 있는 것을 들고 있으나, 위 조항은 같은 법 제116조 제2항의 위임에 따라 지출증빙서류의 수취 및 보관 원칙의 예외를 규정하고 있을 뿐이어서, 위와 같은 원칙이 적용된다는 전제 하에 가산세의 액수를 정하는 같은 법 제76조 제5항의 내용과는 직접적인 관련이 없을 뿐 아니라, 하위법인 시행령의 내용을 근거로 조세 관련 법률의 문언을 수범자에게 불리한 방향으로 해석하는 것은 조세법률주의에 반할 여지가 크므로, 위 조항이 같은 법 제76조 제5항의 해석 근거가 된다고 할 수 없다.