□ 사안 개요 - 원고는 벤처기업법의 규율 대상인 A회사로부터 상법상 주식매수선택권을 받아 보유하다가 이를 행사하여 납입 행사가액을 납부하고 주식을 인수하였고, 주식매수선택권의 행사에 따른 이익(‘이 사건 차액’)을 소득에 포함하여 피고(과세관청)에게 2015년 귀속 종합소득세를 신고·납부함 - 그 후 원고는 구 조세특례제한법 제16조 제1항 본문, 제4호(‘이 사건 과세특례조항’) 적용을 주장하며 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고는 납입 행사가액은 종합소득금액에서 공제하나 이 사건 차액까지 공제할 수 없다는 이유로 일부만 받아들이고 나머지는 거부함(‘이 사건 처분’) □ 쟁점 - 이 사건 과세특례조항에서 정한 벤처기업등에 ‘투자한 금액’의 범위 □ 판단 - 관계 법령의 내용, 체계 및 입법취지 등에 드러난 다음의 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건에서 ‘투자한 금액’이란 주식매수선택권을 행사하면서 직접 투입한 납입 행사가액을 가리킨다고 해석함이 자연스러움 ① 투자의 사전적 의미, 즉, “이익을 얻기 위하여 주권, 채권 따위를 구입하는 데 자금을 돌리는 일”(표준국어대사전)에 따르면 ‘투자한 금액’은 이익을 얻기 위하여 주권 등을 구입하고자 투입한 자금의 액수를 의미하는 것이지, 그 투자의 결과로 얻게 된 이익을 뜻하는 것이 아님 ② 이 사건 차액 상당의 소득은 원고가 이 사건 주식매수선택권을 행사하지 않는 한, 처음부터 이를 다른 형태로 얻을 방법이 없으므로, 이 사건 차액까지 원고가 ‘투자한 금액’이라고 되돌려서 해석하는 것은 무리임 ③ 주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 시가와 행사가액의 차액은 임직원이 회사에 제공한 것으로 볼 수 있는 근로와 일정한 상관관계 또는 경제적 합리성에 터 잡은 대가관계가 있는 것으로서, 소득세법 제20조 제1항 제1호의 근로소득으로 봄이 상당함(대법원 2005두11203 판결 등) ④ 원고의 주장처럼 보는 경우, 벤처기업에 대한 모험자본 투자를 용이하게 하려는 입법취지를 넘어, 투자자가 투자로 인하여 취득한 이익까지 전부 비과세함으로써 세제상 지나친 이익을 부여하는 결과가 됨 ⑤ 구 조세특례제한법 제16조 제2항 본문 및 제3호는 절대적인 ‘양도 제한’조항이 아니고, 그 추징의 범위도 소득금액에서 공제한 부분만 추징하는 것으로서 이 사건 과세특례조항과 하등 모순이 없음. 또한 같은 법 제25조의2는 이 사건 과세특례조항과는 입법 목적과 내용이 전연 상이하며, 그 밖에 원고가 들고 있는 법령 규정들도 이 사건과 상관이 없음. [항소기각(원고패)]

2022누33219 법인세 경정거부처분 취소청구 [제3행정부 2022. 10. 20. 선고]<조세> □ 사안의 개요 - 원고는 신기술사업금융업자로 등록한 후 의약품 등 연구·제조기업인 A회사의 주식을 취득하여 2006. 12.경 44만 주(‘이 사건 주식’)를 보유함. 원고의 신청에 따라 2012. 5. 원고에 대한 신기술사업금융업 등록이 말소되었고, 이후 원고가 이 사건 주식을 양도함 - 원고는 주식양도일이 속하는 2016, 2018 각 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 이 사건 주식 양도차익을 과세소득에 반영하였다가, 이후 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호(‘이 사건 규정’)에 따라 비과세 적용 대상이라고 주장하면서 피고에게 법인세 환급을 구하는 경정청구를 함 □ 쟁점 - 이 사건 규정에 따른 비과세 요건을 적용받기 위하여 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되어야 하는지(적극) □ 판단 - 이 사건 규정은 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 2. '여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’으로 규정하였는데, 개정 전 조항과 비교할 때 ‘'여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가’라는 문구가 본문에서 각 호로 내려오기는 하였으나, 본문에 주어를 모두 기재할 경우 해당 부분이 지나치게 길어지게 되고, 중복을 피하고자 이를 각 호로 내린 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 위 문구는‘취득’뿐만 아니라 ‘양도’까지 수식하는 것으로 봄이 문언 해석상 자연스러우며, 개정 전 조항과 달리 양도 주체와 관련된 요건을 삭제하였다고 볼 만한 개정이유나 부칙 등은 발견되지 않으며, 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호도 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함을 전제로 하고 있음 - 또한 이 사건 규정은 벤처기업 등에 창업자금 및 신기술사업화 자금을 원활하게 공급하기 위하여 신기술사업금융업자 등 모험자본 회사의 건실한 육성을 도모하고자 함에 그 취지가 있으므로, 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되고 있어야 할 필요가 있음 [항소기각(원고패)]

서울고등법원 2021누39982 상속세경정거부처분취소 [제3행정부 2022. 8. 25. 선고] <조세> □ 사안의 개요 - A회사는 구 조세특례제한법 제85조의7 제1항 제1호에 따라 2009사업연도에 발생한 양도차익 104억 원을 2012사업연도부터 2014사업연도까지 약 34억 7,000만 원씩(‘이 사건 이연익금’) 분할하여 익금 산입함 - 원고의 부친이 2015년 사망하였는데, 상속재산 중에 비상장주식인 A회사 주식이 포함되어 있었음. 원고는 구 상증세법 시행령 제56조 제1항에 따라 산출된 순손익액을 기준으로 평가하여 상속세를 납부하였는데, 이후 순손익액 계산 시 이 사건 이연익금이 산입되어서는 안 된다는 등의 이유로 상속세 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부함 □ 쟁점 - 구 상증세법 시행령에 따른 주식 순손익가치 산정 시 이 사건 이연익금을 평가대상 사업연도의 소득금액에서 차감되어야 하는지(적극) - 이 사건 주식을 순손익가치와 순자산가치의 가중평균이 아닌 순자산가치에 의해서만 평가할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 상증세법 시행령 제56조 제4항의 취지상 위 규정의 각 호는 예시적 조항으로 해석함이 타당한 점, 양도차익은 2009사업연도에 발생하였고 주식의 상속이 2015년에 이루어진 이상, 양도차익이 구 상증세법 시행령 제56조 제1항의 ‘최근 3년간의 순손익액’에 해당한다고 볼 수도 없는 점, 상속세는 법인세와 달리 기간과세의 성질이 없으므로 세무조정사항을 원래대로 되돌려 주식의 순손익가치를 산정하는 것이 실제 비상장주식의 가치를 객관적·합리적으로 평가할 수 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 이연익금은 구 상증세법에 따른 주식의 순손익가치 산정 시 2012, 2013, 2014 각 사업연도의 소득금액 계산에서 차감되어야 한다고 봄이 타당함 - A회사의 2014사업연도 소득에서 이 사건 이연익금 부분을 차감하면 소득금액은 약 10억 원이 되고 결손금이 없어 이 사건 주식은 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호에 해당한다고 볼 수 없음. 조세법률주의 원칙상 조세법규는 법문대로 해석해야 하는바, 구 상증세법 시행령 제54조에서 원칙적으로 비상장주식을 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하도록 규정하고 있고 순손익가치는 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액을 순손익가치환원율로 나누어 계산하도록 정하고 있는 점 등을 고려하면, 순자산가치평가 방법만을 적용하여 이 사건 주식의 가치를 평가할 수는 없음 (원고승)

◇ 1. 주택법에 따른 단독주택이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 ‘국민주택’에 해당하기 위한 요건인 ‘주택법에 따른 국민주택 규모 이하’인지 여부를 판단하는 기준 ◇ ◇ 2. 조세특례제한법 시행령 제51조의2 제3항 괄호에서 말하는 ‘다가구주택’의 의미 및 다중주택으로 건축허가·사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 사실상 다가구주택의 용도로 개조한 경우 위 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호(이하 ‘이 사건 면세조항’이라고 한다)에 의하면 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘의 공급에 대하여는 부가가치세가 면제된다. 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제106조 제4항 제1호는 위 ’대통령령으로 정하는 국민주택‘을 ’제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택‘으로 정하고 있고, 같은 법 시행령 제51조의2 제3항은 위 규모를 ’주택법에 따른 국민주택 규모‘라고 정하면서 그 괄호 부분(이하 ’이 사건 괄호규정‘이라고 한다)에서 “기획재정부령이 정하는 다가구주택의 경우에는 가구당 전용면적을 기준으로 한 면적을 말한다”라고 정하고 있다. 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행규칙 제20조는 위 ’기획재정부령이 정하는 다가구주택‘을 ’건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (다)목에 해당하는 것‘으로 정하고 있다. 그리고 주택법 제2조 제6호는 ’국민주택 규모‘를 “주거의 용도로만 쓰이는 면적(이하 ’주거전용면적‘이라 한다)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택(수도권정비계획법 제2조 제1호에 따른 수도권을 제외한 도시지역이 아닌 읍 또는 면 지역은 1호 또는 1세대당 주거전용면적이 100제곱미터 이하인 주택을 말한다)”으로 정하고 있다. 한편 주택법령상 ’주택‘은 ’단독주택‘과 공동주택’으로 구분되는데, ‘단독주택’에는 ‘건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (나)목에 따른 다중주택’과 ‘건축법 시행령 [별표 1] 제1호 (다)목에 따른 다가구주택’이 포함된다(주택법 제2조 제1호, 주택법 시행령 제2조 제2호, 제3호). 구 건축법 시행령(2016. 5. 17. 대통령령 제27175호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) [별표 1] 제1호 (나)목에 의하면, ‘다중주택’은 ① 학생 또는 직장인 등 여러 사람이 장기간 거주할 수 있는 구조로 되어 있는 것, ② 독립된 주거의 형태를 갖추지 아니한 것(각 실별로 욕실은 설치할 수 있으나, 취사시설은 설치하지 아니한 것을 말한다), ③ 연면적이 330제곱미터 이하이고 층수가 3층 이하인 것의 요건을 모두 갖춘 주택을 말하고, 같은 호 (다)목에 의하면, ‘다가구주택’은 ① 주택으로 쓰는 층수(지하층은 제외한다)가 3개 층 이하일 것(다만, 1층의 바닥면적 2분의 1 이상을 필로티 구조로 하여 주차장으로 사용하고 나머지 부분을 주택 외의 용도로 쓰는 경우에는 해당 층을 주택의 층수에서 제외한다), ② 1개 동의 주택으로 쓰이는 바닥면적(부설 주차장 면적은 제외한다)의 합계가 660제곱미터 이하일 것, ③ 19세대 이하가 거주할 수 있을 것의 요건을 모두 갖춘 주택으로서 공동주택에 해당하지 아니하는 것을 말한다. 위 각 규정에 의하면, 이 사건 괄호규정은 주택법에 따른 단독주택 중 ‘다가구주택’만을 그 적용대상으로 하고 있으므로, 주택법에 따른 단독주택이 이 사건 면세조항의 ‘국민주택’에 해당하기 위한 요건인 ‘주택법에 따른 국민주택 규모 이하’인지 여부는 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’의 경우에는 ‘가구당 전용면적’을 기준으로 판단하고, 그 외의 단독주택의 경우에는 ‘주택의 전체 주거전용면적’을 기준으로 판단하여야 한다. 그런데 위와 같이 주택법령에서 인용하고 있는 구 건축법 시행령은 단독주택 중 ‘다중주택’과 ‘다가구주택’의 요건을 분명하게 구분하면서 특히 ‘다중주택’의 경우 각 실별로 취사시설을 설치할 수 없다고 규정하고 있는 점, ‘다중주택’과 ‘다가구주택’은 주차장법령에 따른 부설주차장의 설치기준에도 차이가 있는데, ‘다가구주택’의 경우 공동주택에 준하여 그 설치기준의 적용을 받기 때문에 ‘다중주택’에 비해 많은 주차대수의 부설주차장을 설치해야 하는 점 등을 종합하면, 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’은 특별한 사정이 없는 한 관련 법령에 따른 ‘다가구주택’의 요건을 적법하게 충족하여 공부상 ‘다가구주택’으로 등재된 건축물만 해당한다고 봄이 타당하다. 이와 달리 ‘다중주택’으로 건축허가 및 사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 각 실별로 취사시설을 설치함으로써 사실상 ‘다가구주택’의 용도로 개조한 경우에는 이 사건 괄호규정의 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 면세조항의 적용과 관련하여 가구당 전용면적이 아닌 주택의 전체 주거전용면적을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부를 판단하여야 한다. ☞ 주택신축판매업을 영위하는 원고는 ‘다중주택’인 이 사건 주택을 신축하여 매도한 후, 이 사건 주택이 실질적으로 ‘다가구주택’에 해당함을 전제로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하로서 그 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면제대상이라고 보아 부가가치세 신고를 하지 않음. ☞ 이에 대하여 이 사건 주택은 ‘다중주택’으로 건축허가 및 사용승인을 받은 다음 용도변경의 허가 없이 임의로 각 실별로 취사시설을 설치한 것에 불과하고 공부상 용도 역시 ‘다중주택’이므로, 조세특례제한법 시행령 제51조의2 제3항 괄호에서 ‘가구당 전용면적’을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모 이하인지 여부를 판단하도록 규정하고 있는 ‘다가구주택’에 해당한다고 볼 수 없고, 따라서 ‘전체 주거전용면적’을 기준으로 주택법에 따른 국민주택 규모를 초과함이 명백한 이 사건 주택은 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호의 ‘국민주택’에 해당하지 않는다고 판단하여, 같은 취지의 원심 판단을 수긍함.

파기환송 1. 부당행위계산의 유형으로서 금전 대여에 해당하는지 또는 자산·용역 제공에 해당하는지는 그 거래의 내용이나 형식, 당사자의 의사, 계약체결의 경위, 거래대금의 실질적·경제적 대가관계, 거래의 경과 등 거래의 형식과 실질을 종합적으로 고려하여 거래관념과 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 한다. 2. 관계법령의 체계와 문언, 개정 연혁과 취지에 의하면, 법인의 사택에 대해서는 일정한 경우에 업무무관지출에 관한 위 구 법인세법 제27조 제2호가 적용될 수 있을 따름이고, 비업무용 부동산에 관한 구 법인세법 제27조 제1호 및 제28조 제1항 제4호 가목이 적용될 수 없음이 분명하다. 3. 관련 규정들에서 해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산의 특례를 두고 있는 취지, 해운소득의 범위에 관하여 각 호에서 세가지 유형으로 구분하여 정하고 있는 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제2항의 문언과 체계, 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합적으로 고려하면, 선박의 취득 등과 관련된 활동으로 발생한 것으로서 해운소득에 포함되는 소득은 선박의 취득 등과 직접적인 관련이 있는 소득에 한정된다고 할 것이다. ☞① 원고 법인이 그 소유의 부동산을 특수관계인에게 무상 또는 저가로 제공한 것으로 봄이 타당하므로 구 법인세법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 따라 시가와의 차액 등을 계산하여 익금에 산입하는 것은 별론으로 하고, 부동산 취득자금을 대여하였다고 보아 그에 따른 인정이자를 익금에 산입할 수는 없으며, ② 원고 법인이 주주인 임원에게 거주용 주택을 무상 또는 유상으로 사용하도록 한 것은 사택 제공에 해당하여 업무무관지출 규정이 적용되는 것은 별론으로, 비업무용 부동산에 관한 규정이 적용될 수는 없고, ③ 원고 법인이 선박을 매각하면서 그 피담보채무인 대출채무를 그대로 유지하기로 하여 질권설정자산을 은행에 교체 담보로 제공한 것은 선박의 취득을 위한 것이라고 보기 어려우므로, 질권설정자산에서 발생한 이자소득은 선박의 취득과 직접적인 관련성이 없어 해운소득에 해당하지 않는다고 본 사례.