2022누53299 법인세부과처분취소 [제1-1행정부 2023. 3. 21. 선고] <조세> □ 사안 개요 A회사의 주주인 원고 법인이 A회사가 발행한 신주인수권부사채 인수 및 신주인수권 행사를 통해 A회사에 대한 지분율을 기존 5.44%에서 9.84%로 증가하게 됨. 피고는, 원고가 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 A회사의 개인주주들(원고의 주주들이기도 한 원고의 특수관계인)로부터 이익을 분여받았다고 보아, 위 이익금액 등을 익금산입하여 원고의 2014사업연도 법인세를 증액경정하고 2013사업연도 결손금을 감액함(피고는 처분사유에 관한 기존 주장 중에서 이를 제외한 부분은 당심에서 철회함) □ 쟁점 - 법인주주가 아닌 개인주주를 이익분여의 주체로 하여 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정하기 전의 것) 제88조 제1항 제8호의2 규정을 적용할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 “제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 다른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우”를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있음 - 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 같은 항 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 시사하는데, 같은 항 제8호가 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하는 경우를 전제로 하는 점, 같은 항 제8호의2는 물론 그 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 요건으로 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는데, 같은 항 제8호의2의 ‘이익을 분여한 특수관계인’에 개인 주주까지 포함한다고 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아닌 점 등에 비추어 보면, 같은 항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’으로 보아야 함 - 1심과 달리 중복세무조사에 관한 원고 주장은 배척하였으나, 위와 같은 이유로 이 부분 처분을 취소한 결론을 유지함. [항소기각(원고일부승)]

2021누70341 부가가치세부과처분취소 [제8-1행정부 2022. 9. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 A회사에 대한 납품대가로 A로부터 이 사건 제1어음(지급기일 2016. 4. 30.)과 이 사건 제2어음(지급기일 2015. 6. 30.)을 발행받았는데, 이 사건 제1, 2어음은 해당 지급기일에 각 부도처리 되었음 - 원고는 2015. 12. 8. A측에 어음금액의 40% 상당액을 지급받고 나머지 금액은 포기하는 내용의 채권부존재 확인서를 작성해 주었음 - 원고는 2016년 제1기 부가가치세 확정신고 시 변제받지 못한 나머지 60% 상당액(이 사건 제1, 2잔존 채권) 중 부가가치세 상당액에 대하여 대손세액 공제를 받고자 ‘대손세액공제신고서’를 제출하였음 - 피고는 원고의 대손세액 공제를 부인하고 원고에게 2016년 제1기 부가가치세를 경정·고지하였음(이 사건 처분). 이에 원고가 그 취소를 구한 사건 □ 쟁점 및 판단 - 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제45조 제1항, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8. 2. 대통령령 제27433호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항, 구 법인세법 시행령(2016. 11. 29. 대통령령 제27619호로 개정되기 전의 것) 제19조의2 제1항에서 대손세액 공제 대상 채권을 한정적으로 규정한 것인지(적극) - 채권부존재 확인서를 통한 포기로 인하여 이 사건 제1, 2잔존 채권이 구 부가가치세법상 대손세액 공제 대상 채권에 해당하지 않게 되는지 [= 대손세액 공제제도를 규정하고 있는 구 부가가치세법 제45조의 입법 취지 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권은 채권부존재 확인서 작성 당시 이미 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제9호에서 정한‘부도발생일부터 6개월 이상 지난 어음상의 채권’에 해당하여 여전히 대손세액 공제 대상 채권에 해당하나, 이 사건 제2잔존 채권은‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’, 즉 대손이 확정된 날에 이르기 전에 포기하였으므로 이에 해당하지 않음] - 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손세액 공제 해당 과세기간 [= 법인세법상의 대손금과 부가가치세법상의 대손세액 공제가 그 제도와 목적을 달리하는 점 등에 비추어, 이 사건 제1잔존 채권에 대한 대손이 확정된 날은 이 사건 제1어음채권이 ‘부도발생일부터 6개월 이상 지난’ 시점인 2015. 11. 1.이므로, 대손세액 공제 과세기간은 구 법인세법 시행령 제19조의2에 따른 손금으로 계상한 날이 속하는 사업연도인 2016년이 아니라, 구 부가가치세법 제45조 제1항에 따른 그 대손이 확정된 날이 속하는 2015년 제2기 부가가치세 과세기간임] (원고패)

종중원이 경작하던 종중 소유 토지의 양도소득이 과세감면대상에 해당하는지 여부 1. 판단 가. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등). 한편, 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등). 나. 제1주장에 관하여 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제1항, 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따를때 법인이나 단체가 아닌 개인(자연인)만이 ‘거주자’에 해당할 수 있음이 문언상 명백하므로 원고의 양도소득에 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 그대로 적용할 수는 없다. 나아가, 육농정책의 일환이라는 입법목적에 따른 조세부담 경감대상을 정함에 있어서 자연인과 법인이 그 법적 지위나 성격, 설립 및 활동상 차이가 있음에 기초하여 위와 같은 입법목적에 충실하게 자연인과 법인에 각각 걸맞는 다른 요건을 둘 수 있는것인데(헌법재판소 2003. 11. 27.자 2003헌바2 전원재판부 결정 참조), 법인세를 납부하는 법인 등에 대하여는 구 조세특례제한법 제66조 제1항, 제68조 제1항에서 법인세를 감면하는 특례를 따로 두고 있는 점 등에 비추어 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 양도소득세 감면 대상을 개인에 한정한 것이 조세형평의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으므로, 개인이 아닌 단체에 대하여까지 위 규정을 굳이 유추적용할 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다. 오히려 원고가 주장하는 ‘물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작하는 것을 상정할 수 없다’는 사정은 구 조세특례제한법이 개인과 법인 등을 구별하여 조세감면의 특례를 따로 정한 근거 중 하나가 된다고 봄이 상당하다. 이와 다른 원고의 제1주장은 이유 없다. 다. 제2주장에 관하여 1) 경작하여 수입을 얻은 사정 관련 갑 제7 내지 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 보유한 일부 기간 동안 원고 종원 □□□이 이 사건 토지를 경작하고 그 수입 일부를 종중에 지급하였으며, 원고가 이를 선조 분묘 벌초 비용 등에 사용한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 위 사실들만으로는 아래의 사정들에 비추어 이 사건 토지를 ‘원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당한다고 볼 수 없다. ◎ 종중은 공동선조의 분묘수호와 봉제사 및 종원 상호간의 친목을 목적으로 형성되는 종족단체로서 공동선조의 사망과 동시에 그 후손에 의하여 자연발생적으로 성립하는 것인데(대법원 2005. 7. 21. 선고 2002다1178 전원합의체 판결), 원고 정관 제1조, 제4조에 비추어 볼 때 원고는 위의 요건에 부합하는 전형적인 종중에 해당한다. 따라서 원고의 고유한 목적은 '공동선조의 분묘수효와 봉제사 및 종원 상호간의 친목'이라고 볼 것이다.(중략) 2) 선조 분묘가 소재하였다는 사정 관련 원고가 이 사건 토지를 선조의 묘지로 사용하였다면, 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 있을 것이다. 그런데 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2호에 따라 고정자산의 처분수익이 과세대상에서 제외되려면 그 고정자산이 ‘처분일 당시 3년이상 계속하여’ 고유목적사업에 직접 사용된 것이어야 하는데, 원고의 주장에 의하더라도 원고 종원들의 선조인 망 △△△의 묘가 이 사건 토지에 존재한 것은 1948년부터 2003년까지였다는 것이므로, 원고가 이 사건 토지를 그 처분일인 2015년 9월 1일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하고 있었다고 할 수 없음은 분명하다. 따라서 과거 이 사건 토지에 망 △△△의 묘지가 존재하였다는 사정만으로 이 사건 토지의 양도소득이 비과세대상이 된다고 볼 수는 없다. 3) 소결 달리 이 사건 토지가 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라는 점에 관한 증거가 없는 이상, 원고의 제2주장도 이유 없다.

사학진흥기금조성사업의 준비금 손금부인 1. 판단 가. 피고가 부인한 손금이 이 사건 기금조성사업 준비금인지 여부 구 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하면, 원고는 고유목적사업에 ‘지출’하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있다. 살피건대, ① 원고는 이 사건 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 이 사건 기금에 편입시킨 후 이 사건 기금을 사학기관에게 대출하는 방식으로 이 사건 융자사업을 수행하였다고 인정되는 점, ② 원고가 자신 소유의 자금을 이 사건 기금에 편입한 것은 위 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 이 사건 기금으로 확정한 것이므로, 이 사건 기금에 편입된 자금은 이 사건 융자사업과 같은 이 사건 기금의 용도에 한하여 지출되는 점, ③ 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금을 사학기관에 대출하기 전에 별도로 이 사건 기금조성사업에 '지출'하는 현금거래 또는 금융거래를 하였음을 인정할만한 증거는 제출되지 않은 점 등을 종합하면, 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 '이 사건 기금조성사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이 아니라 '이 사건 융자사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이라고 할 것이니, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다. 나. 이 사건 융자사업 준비금의 손금 산입 여부 1) '수입이 발생하는 사업' 요건 앞서 본 바와 같이 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 '한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)'에 해당할 경우, 구 법인세법 시행령 제56조 소정의 '고유목적사업'에 해당하지 아니하고, 그 경우 그 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없다. 2) 인정사실 ① 원고는 아래와 같이 2011년부터 2015년까지 사학기관을 상대로 계속적, 반복적으로 자금을 융자하는 방법으로 이 사건 융자사업을 하였다. ② 이 사건 융자사업은 2011년부터 2015년까지의 기간 동안 대출금리가 조달금리보다 높아 이익이 발생하였고, 그 결과 이 사건 융자사업에 지출된 비용을 공제한 후에도 이익잉여금이 매년 지속적으로 발생하여 2015년 사업연도말까지 발생한 누적 이익잉여금은 303,636,157,018원에 이른다. 3) 이 사건 융자사업의 성격과 손금산입 허용 여부 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 융자사업은 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당하므로, 이 사건 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없어 원고의 위 주장 역시 이유 없다. ① 이 사건 융자사업으로부터 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호 소정의 '비영업대금(非營業貸金)의 이익' 또는 제12호의 '금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것'에 해당하므로, 그 사업에서 수입이 발생하였다고 봄이 타당하다. ② 원고는 이 사건 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 다시 융자사업을 위한 재원으로 편입하여 운용해왔고 원고가 과세기간 동안 사학기관을 상대로 융자사업을 영위한 방법, 내역, 규모 등에 비추어 보면, 이 사건 융자사업은 '보험 또는 연금목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동'으로서 구 한국표준산업분류 중 금융업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다. ③ 원고가 법령이나 정관의 규정에 의하여 공익적 목적을 달성한다거나 관할 관청의 관리·감독을 받아야 하는 사정은, 정부가 원고에 대한 출연자로서의 권리를 행사하는 데에 따른 결과이거나 수익사업과 비수익사업을 불문하고 비영리법인의 공공성을 유지·확보하기 위한 주무관청의 관리감독에 불과하므로 원고가 수행하는 사업이 '법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업'인지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다. ④ 원고가 2011년도부터 2015년도까지 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업의 이자소득을 고유목적사업준비금 명목으로 손금으로 계상한 점에 비추어 원고 역시 이 사건 융자사업이 ‘수입이 발생하는 사업’에 해당한다고 이해하였던 것으로 보인다. ⑤ 원고가 손금산입의 근거로 들고 있는 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결은, 비영리법인이 융자사업을 하였더라도 대출금리가 조달금리보다 현저히 낮아 매년 이차손실이 발생한 경우에 대한 것이므로, 이차손실이 전혀 발생하지 않은 이 사건의 융자사업과는 사실관계가 다르다. 다. 소결 따라서 이 사건 처분이 원고 주장의 준비금에 대하여 손금을 부인하여 이를 과세 대상으로 인정한 것은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.

◇대표이사의 보수를 상여금으로 보아 구 법인세법 시행령 제43조에 의하여 손금불산입할 수 있는지 여부(적극)◇ 1. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적?계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 2. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다. ☞대부업을 영위하는 법인의 1인 주주이자 대표이사에게 지급된 보수(연 36억 원)가 ① 위 보수금 차감 전 법인의 전체 영업이익 대비 약 38%에서 95%에 이르는 점, ② 다른 임원 보수의 50배에 달하고, 동종업체 중 보수금 상위 3개 업체의 대표이사 평균 연봉과도 현격한 격차를 보이는 점, ③ 최초로 영업이익이 발생한 사업연도부터 갑자기 10배가 인상된 점, ④ 주주에게 공식적으로 배당금을 지급한 사실이 없는 점, ⑤ 법인 내부 문건에서 법인세를 절약하기 위하여 대표이사의 급여를 높인다는 취지의 내용이 기재되어 있는 등 대표이사의 보수를 전액 법인세의 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보이는 점 등을 이유로, 위 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이라고 본 사례

구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘상증세법’이라 한다) 제45조의2는 명의신탁재산의 증여의제에 관하여 제1항 본문에서 ‘권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에도 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날에 그 재산의 가액을 명의자가 실제 소유자로부터 증여받은 것으로 본다’고 규정하고, 제3항(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는 법인세법 제109조 제1항 및 제119조의 규정에 의하여 납세지 관할 세무서장에게 제출한 주주 등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.”라고 규정하고 있다. 이 사건 법률조항은 주식등변동상황명세서 등에 주식 등의 소유자 명의를 실제 소유자와 다르게 기재하여 조세를 회피하려고 하였더라도 주주명부나 사원명부 그 자체가 없어 명의개서가 이루어지지 아니한 경우에는 상증세법 제45조의2 제1항 본문을 적용할 수 없었던 문제점을 보완하여 그러한 경우에도 증여세를 과세하려는 것이다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두11099 판결 참조). 그런데 이 사건 법률조항은 납세지 관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서 등에 의하여 명의개서 여부를 판정한다고 규정하고 있을 뿐 구체적으로 어떤 일자를 주식등변동상황명세서 등에 따른 증여의제일로 볼 것인지에 대하여 규정하고 있지 않다. 한편 과세관청이 주식등변동상황명세서 등을 과세자료로 활용할 수 있다고 하더라도 이는 과세목적상 협력의무 이행의 일환으로 사업연도 중 주식 등의 변동 상황을 기록하는 문서에 불과한 것이어서, 주주권 행사 등의 기초가 되는 주주명부와는 본질적으로 차이가 있다. 또한 주식등변동상황명세서에는 주주명부의 명의개서일과 같이 당해 회사가 주식양도사실을 확인한 일자가 별도로 나타나 있지도 않다. 따라서 이러한 주식등변동상황명세서 등에 비록 주식의 양도일이나 취득일이 기재되어 있다고 하더라도, 바로 그 시점에 다수의 주주와 관련된 법률관계를 처리할 목적에서 마련된 주주명부에 명의개서가 이루어진 것과 동등한 효력을 부여할 수는 없다. 다만 주식등변동상황명세서 등이 제출되면 그때 비로소 주식 등의 변동상황이 회사를 비롯한 외부에 명백하게 공표되어 명의신탁으로 인한 증여의제 여부가 판정될 수 있는 것이므로, 그와 같이 실제소유자와 명의자가 다른 주식의 변동사실이 외부에 분명하게 표시되었다고 볼 수 있는 위 명세서 등의 제출일을 증여세 목적에 따른 증여의제일로 보아야 한다. ☞ 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정하여 명의신탁증여의제 규정을 적용하는 경우 증여의제일은 주식등변동상황명세서 등에 기재된 주식의 양도일 또는 취득일이 아니라 주식등변동상황명세서의 제출일로 보아야 한다는 원심의 판단을 수긍한 사례