사학진흥기금조성사업의 준비금 손금부인 1. 판단 가. 피고가 부인한 손금이 이 사건 기금조성사업 준비금인지 여부 구 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하면, 원고는 고유목적사업에 ‘지출’하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있다. 살피건대, ① 원고는 이 사건 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 이 사건 기금에 편입시킨 후 이 사건 기금을 사학기관에게 대출하는 방식으로 이 사건 융자사업을 수행하였다고 인정되는 점, ② 원고가 자신 소유의 자금을 이 사건 기금에 편입한 것은 위 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 이 사건 기금으로 확정한 것이므로, 이 사건 기금에 편입된 자금은 이 사건 융자사업과 같은 이 사건 기금의 용도에 한하여 지출되는 점, ③ 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금을 사학기관에 대출하기 전에 별도로 이 사건 기금조성사업에 '지출'하는 현금거래 또는 금융거래를 하였음을 인정할만한 증거는 제출되지 않은 점 등을 종합하면, 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 '이 사건 기금조성사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이 아니라 '이 사건 융자사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이라고 할 것이니, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다. 나. 이 사건 융자사업 준비금의 손금 산입 여부 1) '수입이 발생하는 사업' 요건 앞서 본 바와 같이 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 '한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)'에 해당할 경우, 구 법인세법 시행령 제56조 소정의 '고유목적사업'에 해당하지 아니하고, 그 경우 그 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없다. 2) 인정사실 ① 원고는 아래와 같이 2011년부터 2015년까지 사학기관을 상대로 계속적, 반복적으로 자금을 융자하는 방법으로 이 사건 융자사업을 하였다. ② 이 사건 융자사업은 2011년부터 2015년까지의 기간 동안 대출금리가 조달금리보다 높아 이익이 발생하였고, 그 결과 이 사건 융자사업에 지출된 비용을 공제한 후에도 이익잉여금이 매년 지속적으로 발생하여 2015년 사업연도말까지 발생한 누적 이익잉여금은 303,636,157,018원에 이른다. 3) 이 사건 융자사업의 성격과 손금산입 허용 여부 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 융자사업은 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당하므로, 이 사건 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없어 원고의 위 주장 역시 이유 없다. ① 이 사건 융자사업으로부터 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호 소정의 '비영업대금(非營業貸金)의 이익' 또는 제12호의 '금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것'에 해당하므로, 그 사업에서 수입이 발생하였다고 봄이 타당하다. ② 원고는 이 사건 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 다시 융자사업을 위한 재원으로 편입하여 운용해왔고 원고가 과세기간 동안 사학기관을 상대로 융자사업을 영위한 방법, 내역, 규모 등에 비추어 보면, 이 사건 융자사업은 '보험 또는 연금목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동'으로서 구 한국표준산업분류 중 금융업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다. ③ 원고가 법령이나 정관의 규정에 의하여 공익적 목적을 달성한다거나 관할 관청의 관리·감독을 받아야 하는 사정은, 정부가 원고에 대한 출연자로서의 권리를 행사하는 데에 따른 결과이거나 수익사업과 비수익사업을 불문하고 비영리법인의 공공성을 유지·확보하기 위한 주무관청의 관리감독에 불과하므로 원고가 수행하는 사업이 '법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업'인지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다. ④ 원고가 2011년도부터 2015년도까지 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업의 이자소득을 고유목적사업준비금 명목으로 손금으로 계상한 점에 비추어 원고 역시 이 사건 융자사업이 ‘수입이 발생하는 사업’에 해당한다고 이해하였던 것으로 보인다. ⑤ 원고가 손금산입의 근거로 들고 있는 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결은, 비영리법인이 융자사업을 하였더라도 대출금리가 조달금리보다 현저히 낮아 매년 이차손실이 발생한 경우에 대한 것이므로, 이차손실이 전혀 발생하지 않은 이 사건의 융자사업과는 사실관계가 다르다. 다. 소결 따라서 이 사건 처분이 원고 주장의 준비금에 대하여 손금을 부인하여 이를 과세 대상으로 인정한 것은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.