□ 사안 개요 - 원고는 벤처기업법의 규율 대상인 A회사로부터 상법상 주식매수선택권을 받아 보유하다가 이를 행사하여 납입 행사가액을 납부하고 주식을 인수하였고, 주식매수선택권의 행사에 따른 이익(‘이 사건 차액’)을 소득에 포함하여 피고(과세관청)에게 2015년 귀속 종합소득세를 신고·납부함 - 그 후 원고는 구 조세특례제한법 제16조 제1항 본문, 제4호(‘이 사건 과세특례조항’) 적용을 주장하며 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 피고는 납입 행사가액은 종합소득금액에서 공제하나 이 사건 차액까지 공제할 수 없다는 이유로 일부만 받아들이고 나머지는 거부함(‘이 사건 처분’) □ 쟁점 - 이 사건 과세특례조항에서 정한 벤처기업등에 ‘투자한 금액’의 범위 □ 판단 - 관계 법령의 내용, 체계 및 입법취지 등에 드러난 다음의 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건에서 ‘투자한 금액’이란 주식매수선택권을 행사하면서 직접 투입한 납입 행사가액을 가리킨다고 해석함이 자연스러움 ① 투자의 사전적 의미, 즉, “이익을 얻기 위하여 주권, 채권 따위를 구입하는 데 자금을 돌리는 일”(표준국어대사전)에 따르면 ‘투자한 금액’은 이익을 얻기 위하여 주권 등을 구입하고자 투입한 자금의 액수를 의미하는 것이지, 그 투자의 결과로 얻게 된 이익을 뜻하는 것이 아님 ② 이 사건 차액 상당의 소득은 원고가 이 사건 주식매수선택권을 행사하지 않는 한, 처음부터 이를 다른 형태로 얻을 방법이 없으므로, 이 사건 차액까지 원고가 ‘투자한 금액’이라고 되돌려서 해석하는 것은 무리임 ③ 주식매수선택권의 행사로 취득한 주식의 시가와 행사가액의 차액은 임직원이 회사에 제공한 것으로 볼 수 있는 근로와 일정한 상관관계 또는 경제적 합리성에 터 잡은 대가관계가 있는 것으로서, 소득세법 제20조 제1항 제1호의 근로소득으로 봄이 상당함(대법원 2005두11203 판결 등) ④ 원고의 주장처럼 보는 경우, 벤처기업에 대한 모험자본 투자를 용이하게 하려는 입법취지를 넘어, 투자자가 투자로 인하여 취득한 이익까지 전부 비과세함으로써 세제상 지나친 이익을 부여하는 결과가 됨 ⑤ 구 조세특례제한법 제16조 제2항 본문 및 제3호는 절대적인 ‘양도 제한’조항이 아니고, 그 추징의 범위도 소득금액에서 공제한 부분만 추징하는 것으로서 이 사건 과세특례조항과 하등 모순이 없음. 또한 같은 법 제25조의2는 이 사건 과세특례조항과는 입법 목적과 내용이 전연 상이하며, 그 밖에 원고가 들고 있는 법령 규정들도 이 사건과 상관이 없음. [항소기각(원고패)]

2022누33219 법인세 경정거부처분 취소청구 [제3행정부 2022. 10. 20. 선고]<조세> □ 사안의 개요 - 원고는 신기술사업금융업자로 등록한 후 의약품 등 연구·제조기업인 A회사의 주식을 취득하여 2006. 12.경 44만 주(‘이 사건 주식’)를 보유함. 원고의 신청에 따라 2012. 5. 원고에 대한 신기술사업금융업 등록이 말소되었고, 이후 원고가 이 사건 주식을 양도함 - 원고는 주식양도일이 속하는 2016, 2018 각 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 이 사건 주식 양도차익을 과세소득에 반영하였다가, 이후 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제2호(‘이 사건 규정’)에 따라 비과세 적용 대상이라고 주장하면서 피고에게 법인세 환급을 구하는 경정청구를 함 □ 쟁점 - 이 사건 규정에 따른 비과세 요건을 적용받기 위하여 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되어야 하는지(적극) □ 판단 - 이 사건 규정은 조세특례제한법이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되면서 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. 2. '여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’으로 규정하였는데, 개정 전 조항과 비교할 때 ‘'여신전문금융업법'에 따른 신기술사업금융업자가’라는 문구가 본문에서 각 호로 내려오기는 하였으나, 본문에 주어를 모두 기재할 경우 해당 부분이 지나치게 길어지게 되고, 중복을 피하고자 이를 각 호로 내린 것으로 보이는 점 등을 고려하면, 위 문구는‘취득’뿐만 아니라 ‘양도’까지 수식하는 것으로 봄이 문언 해석상 자연스러우며, 개정 전 조항과 달리 양도 주체와 관련된 요건을 삭제하였다고 볼 만한 개정이유나 부칙 등은 발견되지 않으며, 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호도 벤처기업 등의 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함을 전제로 하고 있음 - 또한 이 사건 규정은 벤처기업 등에 창업자금 및 신기술사업화 자금을 원활하게 공급하기 위하여 신기술사업금융업자 등 모험자본 회사의 건실한 육성을 도모하고자 함에 그 취지가 있으므로, 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위가 유지되고 있어야 할 필요가 있음 [항소기각(원고패)]

펀드에서 일정 주식을 매수하자 위 펀드의 유한책임조합원인 법인인 원고가 위 주식매수의 실질적 당사자라고 전제하여 원고에게 법인세 등을 부과한 사건에서, 비법인사단인 펀드가 아닌 위 펀드의 유한책임사원인 원고가 위 주식매수의 당사자로 볼 수 없다고 본 판결 1. 판단 가. 이 사건 주식의 매수 당사자 및 소득세의 부과대상 (1) 피고의 과세근거 피고는 '이 사건 펀드들은 민법상 조합으로서 독립된 권리의무의 주체가 될 수 없을 뿐만 아니라 세법상 도관에 해당하므로 이 사건 거래로 인한 법률효과가 조합원인 원고에게 귀속된다. 또한 실질과세의 원칙에 따르더라도 이 사건 주식을 실질적으로 매수한 자는 원고이다'라고 주장한다. (2) 이 사건 펀드들의 사법상 성격 그러나 다음 사정에 의하면, 이 사건 펀드들은 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다. ① 이 사건 펀드들은 중소기업창업투자조합으로서, 중소기업의 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 내용의 고유의 목적을 가지고 설립되었다[구 중소기업창업법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업창업법’이라 한다) 제2조 제5호]. ②이 사건 펀드들은 창업투자조합의 효율적인 운영, 관리 및 재산의 배분 등을 위하여 업무집행조합원과 유한책임조합원 간에 합의된 사항을 규약으로 정하였는데, 위와 같은 규약은 이 사건 펀드들의 사단적 성격을 표상한다. ③이 사건 펀드들은 의사결정기관으로 조합원 총회를 두고 조합운영에 관한 중요한 사항을 의결하고 의사결정기관인 조합원 총회의 소집 및 운영에 관한 상세한 규정을 두고 있다. ④ 이 사건 펀드들의 업무집행조합원은 ○○○○이고, ○○○○는 조합재산의 관리, 운영, 투자대상 기업의 선정 및 투자 등 조합 전반에 관한 업무를 수행하고 조합에 관한 재판상 또는 재판 이외의 모든 행위에 대하여 조합을 대표하는 집행기관으로서의 역할을 수행한다. ⑤이 사건 펀드들의 규약에 의하면 조합원총회의 결의는 원칙적으로 일반 결의(총 출자좌수 1/2 이상에 해당하는 출자자의 출석 및 출석한 출자자의 1/2 이상의 찬성)에 의하거나(○○○○ 펀드 규약 제22조 제4항) 특별결의(총 출자좌수 2/3 이상의 찬성)에 의하도록 되어 있어(○○○ 펀드규약 제21조 제4항), 의사결정기관의 의결 방법이 미리 정하여져 있다. (중략) 이와 같이 이 사건 펀드들이 독립된 권리의무의 주체인 비법인사단에 해당하는 이상, 이 사건 거래에 따른 법률효과 또한 이 사건 펀드들에게 귀속되고, 그 출자자에 불과한 원고에게 이 사건 거래에 따른 법률효과가 귀속된다거나 원고를 매수 당사자로 볼 수는 없다. 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 의하면 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우 이를 양도소득의 범위에서 원칙적으로 제외된다. 구 조세특례제한법 제14조 제5항은 중소기업창업투자조합에 귀속되는 소득으로서 이자소득(소득세법 제16조 제1항 각호) 및 집합투자기구로부터의 이익(같은 법 제17조 제1항 제5호)에 대하여는 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다고 정하고, 같은 조 제6항은 위 소득은 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용을 뺀 금액으로 한다고 규정한다. 즉 구 조세특례제한법에 의하면 원칙적으로 중소기업창업투자조합 단계에서는 양도소득이 과세되지 아니하나, 중소기업창업투자조합에게 귀속된 소득의 경우 비용을 제외하여 소득금액을 계산한 후 조합원에게 그 소득을 실제로 지급하는 시점에 그 조합원에게 법인세 등 납세의무(중소기업창업투자조합의 법인세 등 원천징수의무)가 발생하는 것이다. 그런데 이 사건 펀드들은 이 사건 거래로 인한 소득을 원고에게 지급하지 아니하였고, 그 출자자에게 소득이 분배된 바도 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 거래로 발생한 세무상의 효과를 곧바로 원고에게 귀속시켜 과세하였는바, 이는 중소기업창업투자조합에 대하여 과세특례를 정하고 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수하는 구 조세특례제한법의 규정 및 취지에 정면으로 반하는 것이다. 이에 관하여 피고는 이 사건 펀드들이 중소기업창업투자조합으로서 그 주식의 양도차익에 대해 과세되지 아니한다는 점을 근거로 이 사건 펀드들이 세법상 ‘도관’에 해당한다고 주장한다. 그러나 이러한 과세특례 규정은 벤처투자자에 대한 조세감면의 일환으로 투자조합을 통해 간접투자하는 경우에도 직접 투자하는 것과 동일하게 투자자인 조합원에게 조세감면의 혜택을 부여하는 것을 주된 내용으로 하는 것이다. 나아가 위와 같은 과세특례는 중소기업창업투자조합의 창업자에 대한 투자에 대하여만 부여되는 혜택이고, 창업자 등 이외의 자에 대한 투자에 대해서는 과세된다(구 중소기업창업법 제21조 제3항). 따라서 중소기업창업투자조합의 거래 중 구 조세특례제한법상 비과세 및 과세특례가 적용되는 거래가 존재한다는 이유만으로 이를 세법상 도관으로 보아 거래의 세법상 효과가 조합원들에게 막바로 귀속되는 것으로 볼 수는 없다.

종중원이 경작하던 종중 소유 토지의 양도소득이 과세감면대상에 해당하는지 여부 1. 판단 가. 관련 법리 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등). 한편, 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등). 나. 제1주장에 관하여 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제1항, 소득세법 제1조의2 제1항 제1호에 따를때 법인이나 단체가 아닌 개인(자연인)만이 ‘거주자’에 해당할 수 있음이 문언상 명백하므로 원고의 양도소득에 구 조세특례제한법 제69조 제1항을 그대로 적용할 수는 없다. 나아가, 육농정책의 일환이라는 입법목적에 따른 조세부담 경감대상을 정함에 있어서 자연인과 법인이 그 법적 지위나 성격, 설립 및 활동상 차이가 있음에 기초하여 위와 같은 입법목적에 충실하게 자연인과 법인에 각각 걸맞는 다른 요건을 둘 수 있는것인데(헌법재판소 2003. 11. 27.자 2003헌바2 전원재판부 결정 참조), 법인세를 납부하는 법인 등에 대하여는 구 조세특례제한법 제66조 제1항, 제68조 제1항에서 법인세를 감면하는 특례를 따로 두고 있는 점 등에 비추어 구 조세특례제한법 제69조 제1항이 양도소득세 감면 대상을 개인에 한정한 것이 조세형평의 원칙에 어긋난다고 볼 수 없으므로, 개인이 아닌 단체에 대하여까지 위 규정을 굳이 유추적용할 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다. 오히려 원고가 주장하는 ‘물리적 실체를 갖지 않은 원고가 스스로 토지를 경작하는 것을 상정할 수 없다’는 사정은 구 조세특례제한법이 개인과 법인 등을 구별하여 조세감면의 특례를 따로 정한 근거 중 하나가 된다고 봄이 상당하다. 이와 다른 원고의 제1주장은 이유 없다. 다. 제2주장에 관하여 1) 경작하여 수입을 얻은 사정 관련 갑 제7 내지 12호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 보유한 일부 기간 동안 원고 종원 □□□이 이 사건 토지를 경작하고 그 수입 일부를 종중에 지급하였으며, 원고가 이를 선조 분묘 벌초 비용 등에 사용한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 위 사실들만으로는 아래의 사정들에 비추어 이 사건 토지를 ‘원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산’에 해당한다고 볼 수 없다. ◎ 종중은 공동선조의 분묘수호와 봉제사 및 종원 상호간의 친목을 목적으로 형성되는 종족단체로서 공동선조의 사망과 동시에 그 후손에 의하여 자연발생적으로 성립하는 것인데(대법원 2005. 7. 21. 선고 2002다1178 전원합의체 판결), 원고 정관 제1조, 제4조에 비추어 볼 때 원고는 위의 요건에 부합하는 전형적인 종중에 해당한다. 따라서 원고의 고유한 목적은 '공동선조의 분묘수효와 봉제사 및 종원 상호간의 친목'이라고 볼 것이다.(중략) 2) 선조 분묘가 소재하였다는 사정 관련 원고가 이 사건 토지를 선조의 묘지로 사용하였다면, 이 사건 토지를 원고의 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 있을 것이다. 그런데 구 법인세법 제3조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2호에 따라 고정자산의 처분수익이 과세대상에서 제외되려면 그 고정자산이 ‘처분일 당시 3년이상 계속하여’ 고유목적사업에 직접 사용된 것이어야 하는데, 원고의 주장에 의하더라도 원고 종원들의 선조인 망 △△△의 묘가 이 사건 토지에 존재한 것은 1948년부터 2003년까지였다는 것이므로, 원고가 이 사건 토지를 그 처분일인 2015년 9월 1일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하고 있었다고 할 수 없음은 분명하다. 따라서 과거 이 사건 토지에 망 △△△의 묘지가 존재하였다는 사정만으로 이 사건 토지의 양도소득이 비과세대상이 된다고 볼 수는 없다. 3) 소결 달리 이 사건 토지가 처분일 당시 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라는 점에 관한 증거가 없는 이상, 원고의 제2주장도 이유 없다.