1. 국회법상 수정안의 범위에 대한 어떠한 제한도 규정되어 있지 않은 점과 국회법 규정에 따른 문언의 의미상 수정이란 원안에 대하여 다른 의사를 가하는 것으로 새로 추가, 삭제, 또는 변경하는 것을 모두 포함하는 개념이라는 점에 비추어, 어떠한 의안으로 인하여 원안이 본래의 취지를 잃고 전혀 다른 의미로 변경되는 정도에까지 이르지 않는다면 이를 국회법상의 수정안에 해당하는 것으로 보아 의안을 처리할 수 있는 것으로 볼 수 있다. 물론 이미 이루어진 것의 잘못된 점을 바로잡는다는 수정의 사전적 의미를 감안하여 원안의 목적 또는 성격을 변경하지 않는 범위 내에서 고치는 것을 전제로 하고 수정안은 원안과 동일성이 인정되는 범위 내에서만 인정될 수 있다는 청구인들의 해석도 가능하기는 하다. 그러나 원안의 목적과 성격을 보는 관점에 따라서는 동일성의 인정범위가 달라질 수 있고 또한 너무 좁게 해석하면 국회법 규정에 따른 수정의 의미를 상실할 수도 있다.
2. 위와 같이 국회법 제95조상의 수정의 개념을 폭넓게 보는 해석이 가능하다면 피청구인이 이러한 입장에 따라 이 사건 수정안을 적법한 수정안에 해당하는 것으로 보고 의안을 처리하였다 하더라도 이를 명백히 법률에 위반된다고 할 수는 없다. 게다가 국회속기록에 의하면 피청구인은 국회의 의사절차가 명문의 규정이 없는 경우 과거의 관례에 따르게 되어 있는 점을 전제로 국회사무처로부터 제17대 국회에서 2005. 6. 29.까지의 수정안 12개 중 10개가 원안에 포함되어 있지 않은 새로운 사항을 규정한 것이라는 자료를 보고받고 이에 근거하여 이 사건 수정안을 표결처리하였고, 당해 국회사무처의 보고자료에서 언급한 의안을 살펴보면 실제로 이와 같이 새로운 사항을 규정한 의안들이 아무런 문제없이 수정안으로 처리되어왔음을 확인할 수 있다. 따라서 피청구인이 아무런 근거 없이 일방적으로 국회법을 해석하여 수정안의 범위에 대한 입장을 정한 것으로 볼 수도 없다.
재판관 권성, 재판관 송인준, 재판관 주선회의 위헌의견
1. 국회법상 ‘수정안’은 원안과 동일성이 인정되는 범위 안에서 제출된 경우에만 수정안으로 볼 수 있다. 국회법 제95조 제1항의 수정안은 본질적으로 이미 위원회에서 심사를 마친 원안의 존재를 전제로 하고 당해 원안과 동시에 본회의에서 심의되는 종속적이고 부수적인 성격을 가진다. 개념적으로 보아도 수정은 추가, 삭제, 변경 등 원안을 손질하여 고치는 것이므로 원안의 기본적인 내용을 변경하지 않는 범위 내에서 이루어져야 한다. 따라서 원안과는 전혀 다른 내용이 포함되어 있어 결과적으로 원안이 다른 의미로 변질되는 경우는 수정안으로 볼 수 없고 ‘별개의 의안’을 제안하는 것으로 보아야 한다.
2. 이 사건 수정안은 이 사건 원안과 전혀 다른 별개의 의안으로서 국회법상의 수정안으로 볼 수 없다. 이 사건 원안은 재경부·외교통상부·행정자치부·산업자원부의 복수차관제를 도입하고 통계청 및 기상청을 차관급 기구로 격상시키는 내용인 것에 반하여 이 사건 수정안은 방위사업청을 신설하는 내용으로서, 비록 형식적으로는 수정안의 형태로 제출되었다 하더라도 이 사건 원안과 내용에 있어 동일성이 없으므로 원안과는 다른 별개의 의안에 해당한다. 이 사건 수정안에 대한 표결이 있었다 하더라도 방위사업청의 신설에 대한 국회의원들의 찬반의사만이 표명되었을 뿐 이 사건 원안의 복수차관제나 일부 기구의 차관급 격상에 대한 찬반의사는 전혀 나타난 바가 없다. 따라서 이 사건 수정안이 가결되었다 하더라도 이 사건 원안에 대한 어떠한 의결도 있었다고 할 수 없으므로 그 가결을 선포하려면 마땅히 별도의 의결절차를 거쳐야 하는 것이다.