국가배상청구권에 관한 3년의 단기시효기간을 기산함에 있어서도 민법 제766조 제1항 외에 소멸시효의 기산점에 관한 일반규정인 민법 제166조 제1항이 적용되므로, 위 3년의 단기시효기간은 그 ‘손해 및 가해자를 안 날’에 더하여 그 ‘권리를 행사할 수 있는 때’가 도래하여야 비로소 시효가 진행한다. 그런데 이 사건과 같이 공무원의 직무수행 중 불법행위에 의하여 납북된 것을 원인으로 하는 국가배상청구권의 행사에 있어, 남북교류의 현실과 거주·이전 및 통신의 자유가 제한된 북한 사회의 비민주성이나 폐쇄성 등을 고려하여 볼 때, 다른 특별한 사정이 없는 한 북한에 납북된 사람이 피고인 국가를 상대로 대한민국 법원에 소장을 제출하는 등으로 그 권리를 행사하는 것은 객관적으로도 불가능하다고 하겠으므로, 납북상태가 지속되는 동안은 소멸시효가 진행하지 않는다고 봄이 상당하다(다만, 이 사건에서와 같이 납북자에 대한 실종선고심판이 확정되게 되면 상속인들에 의한 상속채권의 행사가 가능해질 뿐이다).

이 사건 법률조항이 보호대상이 되는 납북자의 범위에서 6·25 전쟁 중 납북자를 제외한 것은 실태조사의 어려움, 납북 여부에 관한 판단 기준의 불명확성, 전쟁이라는 특수한 상황에서 발생하였다는 점 및 다른 유형의 전쟁피해자와의 형평성 문제 등을 감안한 것이므로 이를 자의적인 차별로서 청구인의 평등권을 침해한다고 할 수 없다. < 재판관 김종대, 재판관 송두환의 반대의견 요지 > 정전한지 50년이 지났고, 우리나라가 경제대국이 되었음에도 입법자가 6·25 전쟁 중 납북된 국민들에 대하여 어떠한 입법조치를 취하지 않고 있는 것은 국가책무의 우선순위나 공평의 관점에서도 입법재량의 한계를 넘는 입법의무불이행으로서 헌법에 위반된다.