취득세는 본래 재화의 이전이라는 사실 자체를 포착해 거기에 담세력을 인정하고 부과하는 유통세의 일종이다. 취득자가 재화를 사용·수익, 처분함으로써 얻을 수 있는 이익을 포착해 부과하는 것이 아니어서 취득자가 실질로 완전한 내용의 소유권을 취득하는지 여부에 관계없이 사실상 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이다. 구 지방세법 제105조 제2항은 취득세의 과세객체가 되는 부동산 취득에 관해 민법 기타 관계 법령에 의한 등기·등록 등을 이행하지 않은 경우라도 사실상 취득한 때에는 이를 취득한 것으로 본다고 규정하고 있다. 여기서 사실상의 취득이라 함은 일반적으로 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못했으나 대금의 지급과 같은 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우를 말한다고 할 것이고, 그 사실상의 취득자가 3자간 등기명의신탁 약정에 의해 수탁자 명의로 소유권이전등기를 경료하고 자신의 명의로는 소유권이전등기를 경료하지 않았다고 해서 달리 볼 것은 아니다(대법원 2007년 5월 11일 선고 2005두13360 판결 등 참조). 취득세와 농어촌특별세는 신고납세 방식의 조세로써 이러한 유형의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정해 신고하는 행위에 의해 구체적으로 조세채무가 확정되고 그 납부행위는 신고에 의해 확정된 구체적 조세채무의 이행으로 하는 것이므로, 원고가 A명의로 취득세와 농어촌특별세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고하고 이를 사실상 납부하였다고 하더라도 이는 A의 취득세 등 납세의무를 이행한 것에 불과하므로 이로써 원고의 이 사건 각 토지에 대한 취득세 등 납세의무가 소멸했다고 할 수 없다. 또 구 지방세법 제105조 제1항에서 규정하는 ‘부동산의 취득’이란 소유권 이전의 형식에 의한 부동산 취득의 모든 경우를 포함하는 것으로 명의신탁이나 명의신탁 해지로 인한 소유권이전등기를 마친 경우에도 여기에 해당되는 바, A의 취득세 등 납세의무와 명의신탁자인 원고의 취득세 등 납세의무는 구 지방세법 제105조 제1항과 같은 조 제2항에 따라 그 납세의무의 성립요건과 납세의무자를 달리하는 것이고 명의수탁자에 대한 취득세 부과와 명의신탁자에 대한 취득세 부과를 이중과세로 보고 이를 배제하는 명시적 규정도 발견할 수 없는 이상, A에 대한 취득세 등이 납부됐다고 하더라도 이 사건 처분이 이중과세라고 해석할 것도 아니다. 따라서 이 부분에 대한 원고의 주장은 이유 없다. 원고와 A 사이의 명의신탁은 이른바 3자간 등기명의신탁으로 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제4조 제2항 본문에 따라 무효이고, 실제 매수인인 원고는 이 사건 각 토지에 관해 매매계약을 체결하고 매도인에게 매매대금을 지급함으로써 이 사건 각 토지를 사실상 취득했다고 할 것이다. 따라서 설령 원고의 주장처럼 피고 소속 담당 공무원이 원고에게 농지법상 영농법인이 아니면 농지를 취득할 수 없다고 안내해 A명의로 등기했다고 하더라도 실제 매수인인 원고로서는 이 사건 각 토지에 관해 취득세와 농어촌특별세를 납부의무를 면할 수 없다고 봄이 타당하다.

농지세 과세 대상이 되는 토지는 농작물을 직접 재배하거나 재배하도록 하여 그로부터 수입금액이 생기는 토지를 말하고(지방세법 제197조, 제198조, 제206조), 조세감면규제법(1998. 12. 28. 법률 제5584호 조세특례제한법으로 전문개정되기 전의 것) 제63조 제1항에 의하여 양도소득세 등이 감면되는 경우로써 구 농어촌특별세법시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15976호로 전문 개정된 조세특례제한법시행령 부칙 제9조 제1항에 의하여 개정되기 전의 것) 제4조 제1항 제1호에 의하여 농어촌특별세의 비과세 대상이 되는 토지는 직접 경작에 이용된 토지로써 농지세 과세 대상이 되는 토지에 한정되므로, 농업용수의 공급과 배수를 위하여 사용된 토지라고 하더라도 농작물의 재배에 직접 사용되지 않는 구거, 수로 등의 토지는 그에 대한 양도소득세 등이 위 조세감면규제법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면되더라도 농어촌특별세 비과세 대상이 된다고 할 수 없다.