(1) 법인세법 제40조 제1항은 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"고 규정하고 있는데, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 실현가능성에서 상당히 높은 정도로 성숙되었는지는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고 2009두11157 판결 참조). (2) 살피건대, 원고의 주장과 같이 민법 제247조 제1항에 따르면 취득시효로 인한 소유권취득의 효과는 점유 개시시로 소급하고, 취득시효기간이 완성되면 그때부터 점유자는 해당 부동산을 점유·사용할 수 있으며, 시효취득한 부동산의 대상청구권 발생일은 취득시효기간이 완성된 날이기는 하다. 그러나, ① 민법 제245조 제1항에 따르면 20년간 소유의 의사로 평온·공연하게 부동산을 점유하는 자는 등기함으로써 그 소유권을 취득한다고 규정하고 있으므로, 취득시효 완성자는 점유취득시효기간이 완성되었다고 하더라도 등기청구권을 취득할 뿐 그 소유권을 확정적으로 취득하는 것은 아닌 점, ② 점유취득시효 완성으로 인한 등기청구권은 취득시효 완성자가 그 부동산에 대한 점유를 상실한 때로부터 10년간 이를 행사하지 않으면 소멸시효가 완성되는 점(대법원 1996. 3. 8. 선고 T6 판결 등 참조), ③ 부동산에 관한 취득시효 완성 후 등기명의인이 부동산을 제3자에게 처분하더라도 원칙적으로 불법행위가 성립하지 아니하며(대법원 2006. 5. 12. 선고 2005다75910 판결 등 참조), 원칙적으로 채무불이행 책임 등도 물을 수 없는 점(대법원 1995. 7. 11. 선고 94다4509 판결 등 참조), ④ 취득시효 완성 후 아직 소유권이전등기를 하기 전에 제3자가 소유명의자로부터 부동산을 양수하여 등기를 한 경우에는 취득시효 완성자가 그 제3자를 상대로 취득시효를 주장할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 취득시효가 완성되더라도 그 소유권이전등기를 하기 전이나 적어도 시효기간 만료 당시의 등기명의인에 대하여 소유권이전등기청구소송을 제기하여 승소하기 전에는 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보기는 어렵다. (3) 원고는 취득시효에 관한 취득세 및 양도소득세에 대한 대법원 판결도 취득시기를 ‘취득시효 완성일’로 보고 있고, 법인세의 익금 산입 시점 역시 그와 달리 볼 이유가 없다고 주장한다. 살피건대 먼저, 취득세에 관하여 대법원은 2004. 11. 25. 선고 2003두13342 판결에서 점유취득시효가 완성된 부동산의 취득시기를 재판 확정시가 아닌 점유취득시효 완성시로 판단하였는데, 이는 취득세의 경우 취득자가 실질적으로 완전한 내용의 소유권을 취득하는가의 여부에 관계없이 사실상의 취득행위 자체를 과세객체로 하는 것이라는 점, 지방세법 제7조 제2항에서 "부동산 등의 취득은 민법 등 관계 법령에 따른 등기·등록 등을 하지 아니한 경우라도 사실상 취득하면 각각 취득한 것으로 보고 해당 취득물건의 소유자 또는 양수인을 각각 취득자로 한다"라고 규정하고 있는 점 등에 비추어 점유취득시효가 완성된 경우를 유상승계취득에 있어 잔금이 청산된 경우와 동일하게 보아 내린 결론이다. 다음으로, 1998년 12월 31일 대통령령 제15969호로 소득세법 시행령 제162조 제1항 제6호가 신설되기 이전에 양도소득세와 관련하여 대법원은 1997. 5. 7. 선고 96누525 판결에서 시효취득한 토지에 대한 소득세법상의 자산 취득시기를 취득시효 완성시로 보았는데, 이는 당시 시행 중이던 소득세법 제27조 및 같은 법 시행령 제53조 제1항에서 자산의 양도차익 계산시 그 취득시기 및 양도시기에 관하여 대금을 청산한 날 등으로 규정하는 등 사실상 소유권을 취득한 시점을 기준으로 한다는 점 등에 비추어 시효가 완성된 점유자의 지위를 대금을 청산한 매수인의 지위와 유사하다고 보아 내린 결론으로 판단된다. 그러나 법인세의 익금 귀속시기에 관하여는 앞서 본 바와 같이 법인세법 제40조 제1항에서 "내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다"라고 규정하여 권리확정주의를 명시하면서, 같은 법 시행령 제68조 등에서 상품 등의 자산의 양도나 용역제공 등에 의한 손익의 귀속사업연도만 명시적으로 정하고 있을 뿐, 이 사건과 같은 부동산의 취득과 관련하여서는 그 귀속시기에 관하여 법인세법 시행규칙 제36조에 따라 ‘익금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’라는 규정만이 일반적으로 적용될 뿐이다. 따라서 이 사건 각 부동산의 시효취득의 경우에는 앞서 본 바와 같이 그 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙되어야 한다는 권리확정주의에 관한 법리가 적용되어야 할 뿐, 취득세나 양도소득세에 관한 위 대법원 판례의 법리를 그대로 적용할 것은 아니다. (4) 또한, 취득시효 완성일을 손익의 귀속시점으로 해석할 경우, 이 사건과 같이 특수관계자로부터 자산을 소유의 의사로 점유하고 사용·수익하는 경우에는 과세당국으로서는 기업이 취득시효 완성으로 익금을 얻게 되었는지 여부를 전혀 알 수 없게 되고, 법인세 부과제척기간의 도과 이후 기업이 등기명의인을 상대로 소유권이전 등기청구 소송을 제기하여 이전받는 경우에는 과세가 불가능해짐으로써 특수관계자간 시효취득을 통한 부의 무상이전을 막을 수 없게 되는 불합리를 피할 수 없다. (5) 따라서 이 사건 각 부동산이 원고에게 귀속된 시기는 점유취득시효 완성을 원인으로 한 소유권이전등기 판결이 확정된 때인 2010년 9월 28일로 보아야 할 것이므로, 이와 달리 이 사건 각 부동산에 관한 원고의 점유취득시효 완성일을 귀속시기로 보아야 한다는 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.