재판관 이강국, 재판관 김종대, 재판관 민형기, 재판관 목영준의 위헌의견 이 사건 법률조항은 영업주가 고용한 종업원이 그 업무와 관련하여 무면허의료행위를 한 경우에, 영업주가 그와 같은 종업원의 범죄행위에 가담했다거나 종업원의 지도, 감독을 소홀히 했다는 등 영업주 자신의 비난받을 만한 행위가 있었는지 여부와는 전혀 관계없이 종업원의 범죄행위가 있으면 자동적으로 영업주도 동일하게 처벌하도록 규정하고 있다. 이것은 다른 사람의 범죄에 대해 그 책임 유무를 묻지 않고 형벌을 부과함으로써 형사법의 기본원리인 책임주의에 반하므로 결국 법치국가의 원리와 헌법 제10조의 취지에 위반하여 헌법에 위반된다. 재판관 이공현, 재판관 조대현, 재판관 김희옥, 재판관 송두환의 위헌의견 이 사건 법률조항은, 종업원의 무면허의료행위에 대한 영업주의 관여나 선임감독상의 과실 등과 같은 책임을 구성요건으로 규정하지 않은 채 종업원의 일정한 범죄행위가 인정되면 그 종업원을 처벌하는 동시에 자동적으로 영업주도 처벌하는 것으로 규정하고 있어, 종업원의 범죄에 아무런 귀책사유가 없는 영업주에 대해서도 처벌할 수 있는 것처럼 규정하고 있다. 뿐만 아니라 이 사건 법률조항을 종업원에 대한 선임감독상의 과실 있는 영업주를 처벌하는 규정으로 보는 경우라 해도 과실밖에 없는 영업주를 고의의 본범(종업원)과 동일한 법정형으로 처벌하는 것은 각자의 책임에 비례하는 형벌의 부과라고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 법률조항은 형벌에 관한 책임원칙에 반한다. 재판관 이동흡의 반대의견 양벌규정인 이 사건 법률조항에 있어서도 직접행위자의 처벌규정과 관련하여 영업주에 대한 처벌조항의 법정형의 종류와 하한을 어떻게 정할 것인가는 기본적으로 입법재량에 속한다고 할 것인바, 이 사건 법률조항이 국민건강에 대한 위해의 측면에서 보호법익에 대한 침해가 중대할 뿐 아니라 종업원의 위반행위가 이익의 귀속주체인 영업주의 묵인 또는 방치와 관련되는 등 영업주라는 지위에 대한 비난가능성이 크다는 점 등에 비추어 종업원의 행위에 대한 영업주의 선임감독상 과실의 죄책은 직접 행위자와 동등하게 평가될 수도 있는 것이므로 이 사건 법률조항에서 종업원에 대한 처벌규정을 전제로 하여 양벌규정으로서 그 영업주에게도 종업원과 동일한 법정형을 규정하였다고 하여 입법재량의 한계를 벗어났다고 볼 수는 없다.

국민의 생명과 건강에 직결되는 의료행위의 중요성에 비추어 의사가 아닌 자가 영리를 목적으로 업으로 하는 것이라는 비난가능성과 무면허의료업자에 대한 일반예방적 효과를 달성하려는 형사정책적 고려에서 입법자가 국민보건의 향상을 위하여 필요 최소한의 범위 내에서 형벌을 가중한 것이어서 입법형성의 범위 내의 것이라고 할 것이다. 또한 이 사건 법률조항은 그 법정형이 징역형의 경우 무기 또는 2년 이상이어서, 법률상 감경사유가 없어도 집행유예를 선고할 수 있으므로(형법 제62조 참조) 법관의 형벌의 종류 및 형량을 선택할 권한을 제한하고 있다고 할 수 없다.