① 위 각 합의서에는 “본 합의서 체결로… 권리자의 동의가 필요한 모든 인허가에 동의한 것으로 하며…”라는 문언이 명확하게 기재 되어 있고, 여기에 합의서 체결 외에 어떠한 조건도 부가되어 있지 않은 점 ② 원자력 발전소의 운영에 있어서 공유수면의 점용ㆍ사용은 필수적인 요소인바, 원자력 발전소의 건설 및 운영에는 많은 인적ㆍ물적ㆍ시간적 투자가 필요하고, 우리나라의 전력 생산에 있어 원자력 발전이 차지하는 중요성에 비추어 볼 때 안정적으로 공유수면을 점용·사용할 필요가 있으므로 피해 보상 문제에 대하여는 일단 피해조사 및 보상의 방법과 관련한 합의가 이루어지면 원고로 하여금 원자력 발전소의 건설 및 운영을 계속 할 수 있도록 하려는 목적으로 위와 같이 확정적인 문언을 기재한 것으로 보이는 점 ③ 2005년 12월 28일자 합의서에는 원자력 발전소 운영에 따른 어업피해조사 및 보상의 방법과 관련하여 조사 방법 및 보상 방법을 구체적으로 규정하고 있고, 특히 보상금 지급과 관련하여 '보상금은 감정평가결과에 따라 고리본부가 요구하는 구비서류가 제출 완비된 날로부터 60일 이내에 지급한다'라고 규정하고 있어 원고에게 위 조사 결과에 따른 보상의무가 발생함을 분명하게 규정하고 있으므로 이 사건 어업인들은 위 규정을 근거로 민사소송을 제기하여 위 의무의 이행을 소구할 수 있을 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 각 합의서에 기재된 문언대로 위 각 합의서의 체결로 이 사건 어업인들은 고리원전 1 내지 4호기 운영 및 신고리원전 1 내지 4호기 건설·운영과 관련하여 공유수면 점용·사용허가 관련 권리자의 동의가 필요한 모든 인허가에 포괄적으로 동의한 것으로 봄이 상당하다.
피고가 이 사건 신청에 대한 허부를 결정함에 있어 재량권이 있다고 할지라도 그 재량권 행사의 기초가 되는 위와 같은 사실인정에 중대한 오류가 있었다고 할 것이므로, 결국 이 사건 불허가처분은 피고가 재량권을 남용하거나 일탈한 것으로 위법하다.