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부가가치세부과처분취소
구 부가가치세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따르되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업의 공급가액이 총공급가액에서 차지하는 비율만큼 안분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다. 이러한 규정 문언 등을 종합하여 보면 사업자가 여러 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액을 안분 계산할 때에는 여러 사업 중 공통매입세액에 관련되는 과세사업과 면세사업을 가려내어 그 부분만의 해당 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 계산하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결). 한편 공통매입세액이 하나의 과세사업 또는 면세사업 중 일부분에 관련되는 경우, 그 부분이 사업장소와 운영실태 등에 비추어 나머지 부분과 구분되는 별개의 독립된 사업 부분이라고 볼 수 없다면 해당 사업 전체의 공급가액을 기준으로 하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 한다. ☞ 면세사업인 의료업과 과세사업인 주차장업 등을 겸영하는 원고에게 발생한 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액(신관건물 신축비용 관련분 및 직영주차장의 관리용역비 관련분)에 대하여 신관건물은 기존 건물에서 수행하던 의료업 등을 좀 더 원활하고 효율적으로 운영하기 위한 것이고, 직영주차장은 의료업과 명백하게 구분되는 별도의 사업단위로 볼 수 없으므로, 과세관청이 병원 전체의 과세사업과 면세사업의 공급가액 비율에 따라 안분한 것을 적법하다고 판단하여 상고기각한 사안
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