이 사건 법률조항의 입법목적은 일제 강점하에서 일본제국주의를 위하여 행한 친일반민족행위의 진상을 규명하여 역사의 진실과 민족의 정통성을 확인하고 사회정의 구현에 이바지함에 있는바 그 정당성이 인정되고, 조선총독부 중추원이 일제의 식민지정책을 정당화, 합리화하는 기능을 수행하여 왔다고 평가되는 점에 비추어 이 사건 법률조항은 위 입법목적 달성에 기여하는 적합한 수단이 된다. 이 사건 법률조항을 포함한 반민규명법은 여러 차례 개정안이 발의되어 수회의 공청회 및 토론회 등을 거친 후 국회에서 가결된 것이므로 실질적으로 우리 사회의 민주적 숙의과정 및 공론적 토대로부터 성립된 것이라고 할 수 있는 바, 역사적 평가라는 가치 판단의 문제 및 다양한 이해관계의 상충 문제가 복합적으로 제기되는 과거사 청산의 입법이 민주적이고 사회적인 합의로 성립되었다고 한다면 헌법재판소로서는 원칙적으로 그 입법적 판단을 존중함이 옳고, 조선총독부 중추원 참의로 활동한 행위라고 하더라도 예외 없이 친일반민족행위결정을 받는 것도 아니며, 반민규명법은 객관적이고도 공정한 조사를 위하여 조사대상자가 국내외에서 일제의 국권침탈을 반대하거나 독립운동에 참여 또는 지원한 사실이 있는 때에는 이러한 사실을 함께 조사하도록 하는 등 조사대상자 등의 불이익을 최소화하기 위한 장치를 마련하고 있다. 이와 같이 반민규명법은 처벌 내지 공민권 제한 등을 규정한 여타의 과거사 청산을 위한 입법에 비하여 기본권 침해를 최소화하고 있는 점에 비추어 볼 때, 피해의 최소성 원칙에도 위배되지 않는다.
친일반민족행위의 진상을 규명하여 정의로운 사회가 실현될 수 있도록 공동체의 윤리를 정립하고자 하는 공익의 중대성은 막대한 반면, 이 사건 법률조항으로 인해 제한되는 조사대상자 등의 인격권은 친일반민족행위에 관한 조사보고서와 사료가 공개됨으로 인한 것에 불과하므로, 이 사건 법률조항은 법익 균형성의 원칙에도 반하지 않는다.
<< 재판관 조대현의 반대의견 >>
사람의 명예를 공식적으로 침해하는 명예형은 형법상 형벌로 규정되어 있지 않더라도 헌법 제13조 제1항의 “처벌”에 해당된다고 봄이 상당하므로, 국가기관이 60년 이상 지난 과거의 행적을 조사하여 친일반민족행위라고 낙인찍는 것은 그 행위자의 명예를 훼손시키는 명예형벌이라고 할 수 있고, 이는 헌법 제13조 제1항의 “처벌”에 해당된다고 보아야 한다. 60년 이상 지난 과거의 친일반민족행위를 명예형으로 처벌하기 위해서는, 그것을 헌법 제13조 제1항의 적용범위에서 제외시키는 특별한 조치가 필요하다. 그리고 헌법의 적용범위를 제한하는 내용은 헌법에 규정되어야 한다. 그러나 현행 헌법은 제헌헌법 제101조와 같이 친일반민족행위에 대하여 예외를 허용하는 특별규정을 두지 않았다. 그러므로 이 사건 법률조항은 헌법 제13조 제1항의 소급처벌 금지에 위반된다.
또한 제헌헌법 제101조에 따라 반민족행위처벌법을 제정하여 친일반민족행위자를 처벌하고도, 그 처벌이 미흡하다고 하여, 헌법에 특별한 근거규정도 없이 다시 친일반민족행위를 조사하여 공개하는 것은 헌법 제13조 제1항의 이중처벌 금지에도 위반된다.