(1) 민법은 제31조에서 '법인은 법률의 규정에 의함이 아니면 성립하지 못한다'고 규정하여 법인의 자유설립을 부정하고 있고, 제32조에서 '학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다'고 규정하여 비영리법인의 설립에 관하여 허가주의를 채용하고 있으며, 현행 법령상 비영리법인의 설립허가에 관한 구체적인 기준이 정하여져 있지 아니하므로, 비영리법인의 설립을 허가할 것인지 여부는 주무관청의 정책적 판단에 따른 재량에 맡겨 있다고 할 것이나, 그와 같은 경우에도 주무관청의 법인설립 불허가처분이 사실의 기초를 결여하였다든지 또는 사회관념상 현저하게 타당성을 잃었다는 등의 사유가 있거나, 주무관청이 그와 같은 결론에 이르게 된 판단과정에 합리성이 결여된 것으로 인정될 수 있는 사정이 있는 때에는 그 불허가처분에 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다고 볼 수밖에 없다(대법원 1996. 9. 10. 선고 95누18437 판결, 2004. 2.27. 선고 2003두5839 판결 등 참조).
(2) 위 법리에 기초하여 위 인정사실, 갑 8~10, 을 3~4의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 처분 사유의 판단과정에 합리성이 결여되었다고 할 것이므로 이 사건 처분은 재량권 일탈·남용의 위법이 있다고 봄이 상당하다.
① 우선 이 사건 재단법인의 정관과 사업계획서에 나타난 사업은 주로 이슬람 종교 선교, 이슬람 문화 교육, 홍보 사업인데, 이슬람 종교 선교, 이슬람 문화 교육 사업의 경우 이슬람문화권의 외국인들을 우선적으로 선교, 교육의 대상으로 삼고, 예배 및 기도, 교육 기타 친교 시간을 정하여 활동을 하는 것을 시행방법으로 하고 있으며, 이슬람 문화 홍보 사업은 거리에서 사진 등을 통하여 이슬람 문화에 관하여 홍보를 하는 것으로서 그 목적이나 방법이 폭력적이거나 지역주민과 갈등을 일으킬만한 요소가 포함되어 있다고 단정하기 어렵다.
피고도 이 사건 처분 당시까지 무슬림들이 지역주민과 갈등을 일으킨 사례가 특별히 없는 점은 인정하고 있다.
② 피고는 인천이슬람사원이 이 사건 재단법인이 설립하고자 하는 주소와 약 700m 떨어진 인접지역으로 법인 소재지를 변경하는 정관변경을 추진 중이므로, 이 사건 재단법인의 설립을 허가할 경우 무슬림 구역이 조성됨에 따라 주민불안 및 지역사회 갈등이 우려되어, 법인의 목적과 사업이 실현 불가능하다는 취지로 주장한다. 그러나 항고소송에서 행정처분의 적법 여부는 특별한 사정이 없는 한 행정처분 당시를 기준으로 하여 판단해야 하는바(대법원 2014. 10. 30. 선고 2012두25125 판결 참조), 이 사건 처분 당시 그러한 정관변경 추진으로 인한 이슬람 종교집단의 밀집현상은 확정되지 않은 상태에 있었을 뿐 아니라 주민불안이나 민원발생우려 등의 사정은 객관적이고 합리적인 판단근거가 결여된 다소 막연한 사정으로 보일 뿐이다.(중략)
그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.