원고가 공개를 청구한 협정 관련 내부보고서, 검토의견서 등에는 일본 측이 제안한 사항에 대한 우리나라의 내부 검토, 제안의 배경 및 정책 방향 등이 담겨있는데, 이 같은 내용이 공개된다면 우리나라의 대응전략 등이 노출돼 다른 나라들과 유사한 협정을 체결할 때 상대 국가들의 교섭정보로 활용될 여지가 있다.
일본 측의 입장에 관한 내용이 일본 측 동의 없이 외부에 노출돼 지금까지 우리나라와 일본 사이에 쌓아온 외교적 신뢰관계에 심각한 타격을 줄 수 있고, 향후 다른 나라와 유사한 조약이나 협정을 체결할 때도 문제가 될 수 있다. 협상 체결 과정의 민주적 통제과정이 필요하다고 할 수 있지만, 이는 국민의 대표기관인 국회를 통해서도 가능하다"며 받아들이지 않았다.